search

brentp / smoove

structural variant calling and genotyping with existing tools, but, smoothly.
Apache License 2.0
222 stars 21 forks source link

Error while running smoove call: panic: sam: reference already used #202

Open Giuseppe1995 opened 1 year ago

Giuseppe1995 commented 1 year ago

Hi, I am trying to run smoove call on a set of matched normal-tumor bam files. I've properly run it on more than 100 WGS samples belonging to a dataset, but I' came up with a problem with the current dataset. The command i run is the same, with basically the same options: smoove call --name $SAMPLE --fasta $REFERENCE --outdir ./LumpyDir/$SAMPLE excludechroms hs37d5,~^gi -p 4 $BAM_NORMAL $BAM_TUMOR, where: SAMPLE is the individual ID sample name; REFERENCE is the reference genome (I'm using hs37d5_virus.fa, which is properly indexed); BAM_NORMAL is the bam file for the control sample BAM_TUMOR is the bam file for the tumor sample in particular, I have this error (that appears immediately):

[smoove] 2022/07/18 17:17:57 starting with version 0.2.8 panic: sam: reference already used

goroutine 1 [running]: github.com/brentp/smoove/lumpy.check(...) /home/brentp/src/smoove/lumpy/lumpy.go:54 github.com/brentp/smoove/lumpy.lumpy_filter_cmd(0x7ffee35f6f8f, 0x40, 0x7ffee35f6f5d, 0x10, 0x7ffee35f6eec, 0x67, 0x0, 0x0, 0x0, 0x0, ...) /home/brentp/src/smoove/lumpy/lumpy.go:83 +0xfc5 github.com/brentp/smoove/lumpy.Lumpy(0x7ffee35f6ede, 0x5, 0x7ffee35f6eec, 0x67, 0x7ffee35f6f5d, 0x10, 0xc0002b22a0, 0x2, 0x2, 0xc0002b8640, ...) /home/brentp/src/smoove/lumpy/lumpy.go:133 +0x131 github.com/brentp/smoove/lumpy.Main() /home/brentp/src/smoove/lumpy/lumpy.go:351 +0x29b main.main() /home/brentp/src/smoove/cmd/smoove/smoove.go:121 +0x1c4

NOTE: the only thing that changed from the "old" dataset where everything worked fine is right the REFERENCE (but on this dataset I used correctly also other SV callers, without problems). I've looked up the Issues section, but did not find anything useful.

Thanks in advance, Giuseppe

brentp commented 1 year ago

can you show the BAM header for which this occurs?

Giuseppe1995 commented 1 year ago

this is the normal: samtools view -H $BAM_NORMAL

@SQ SN:gi|8486122|ref|NC_002016.1| LN:1027 @SQ SN:gi|8486125|ref|NC_002017.1| LN:1778 @SQ SN:gi|8486127|ref|NC_002018.1| LN:1413 @SQ SN:gi|8486129|ref|NC_002019.1| LN:1565 @SQ SN:gi|8486131|ref|NC_002020.1| LN:890 @SQ SN:gi|8486134|ref|NC_002021.1| LN:2341 @SQ SN:gi|8486136|ref|NC_002022.1| LN:2233 @SQ SN:gi|8486138|ref|NC_002023.1| LN:2341 @SQ SN:gi|8486148|ref|NC_002205.1| LN:2313 @SQ SN:gi|8486150|ref|NC_002206.1| LN:2204 @SQ SN:gi|8486152|ref|NC_002207.1| LN:1882 @SQ SN:gi|8486154|ref|NC_002208.1| LN:1841 @SQ SN:gi|8486156|ref|NC_002209.1| LN:1557 @SQ SN:gi|8486159|ref|NC_002210.1| LN:1191 @SQ SN:gi|8486161|ref|NC_002211.1| LN:1096 @SQ SN:gi|8486164|ref|NC_002204.1| LN:2368 @SQ SN:gi|9625875|ref|NC_001348.1| LN:124884 @SQ SN:gi|9626158|ref|NC_001405.1| LN:35937 @SQ SN:gi|9626436|ref|NC_001430.1| LN:7390 @SQ SN:gi|9626440|ref|NC_001434.1| LN:7176 @SQ SN:gi|9626453|ref|NC_001436.1| LN:8507 @SQ SN:gi|9626460|ref|NC_001437.1| LN:10976 @SQ SN:gi|9626621|ref|NC_001460.1| LN:34125 @SQ SN:gi|9626677|ref|NC_001472.1| LN:7389 @SQ SN:gi|9626685|ref|NC_001477.1| LN:10735 @SQ SN:gi|9626726|ref|NC_001488.1| LN:8952 @SQ SN:gi|9626735|ref|NC_001490.1| LN:7212 @SQ SN:gi|9626945|ref|NC_001498.1| LN:15894 @SQ SN:gi|9627007|ref|NC_001512.1| LN:11835 @SQ SN:gi|9627145|ref|NC_001531.1| LN:7746 @SQ SN:gi|9627180|ref|NC_001538.1| LN:5153 @SQ SN:gi|9627197|ref|NC_001542.1| LN:11932 @SQ SN:gi|9627219|ref|NC_001552.1| LN:15384 @SQ SN:gi|9627242|ref|NC_001564.1| LN:10695 @SQ SN:gi|9627244|ref|NC_002031.1| LN:10862 @SQ SN:gi|9627363|ref|NC_001591.1| LN:7560 @SQ SN:gi|9627396|ref|NC_001596.1| LN:7434 @SQ SN:gi|9627493|ref|NC_001607.1| LN:8910 @SQ SN:gi|9627521|ref|NC_001611.1| LN:185578 @SQ SN:gi|9627719|ref|NC_001612.1| LN:7413 @SQ SN:gi|9627730|ref|NC_001617.1| LN:7152 @SQ SN:gi|9628421|ref|NC_001669.1| LN:5243 @SQ SN:gi|9628431|ref|NC_001672.1| LN:11141 @SQ SN:gi|9628642|ref|NC_001699.1| LN:5130 @SQ SN:gi|9628880|ref|NC_001722.1| LN:10359 @SQ SN:gi|9628918|ref|NC_001729.1| LN:4726 @SQ SN:gi|9629198|ref|NC_001781.1| LN:15225 @SQ SN:gi|9629267|ref|NC_001798.1| LN:154746 @SQ SN:gi|9629357|ref|NC_001802.1| LN:9181 @SQ SN:gi|9629367|ref|NC_001803.1| LN:15191 @SQ SN:gi|9629378|ref|NC_001806.1| LN:152261 @SQ SN:gi|9629456|ref|NC_001809.1| LN:10871 @SQ SN:gi|9630645|ref|NC_001921.1| LN:15690 @SQ SN:gi|9630656|ref|NC_001925.1| LN:6875 @SQ SN:gi|9630658|ref|NC_001926.1| LN:4458 @SQ SN:gi|9630660|ref|NC_001927.1| LN:961 @SQ SN:gi|9630726|ref|NC_001943.1| LN:6813 @SQ SN:gi|9631267|ref|NC_001989.1| LN:15140 @SQ SN:gi|9633619|ref|NC_000940.1| LN:7320 @SQ SN:gi|9633622|ref|NC_000943.1| LN:11014 @SQ SN:gi|9634109|ref|NC_002161.1| LN:15456 @SQ SN:gi|9634957|ref|NC_002195.1| LN:2915 @SQ SN:gi|9634968|ref|NC_002199.1| LN:17904 @SQ SN:gi|9695415|ref|NC_002200.1| LN:15384 @SQ SN:gi|9790297|ref|NC_001544.1| LN:11657 @SQ SN:gi|10313991|ref|NC_002549.1| LN:18959 @SQ SN:gi|10937870|ref|NC_001796.2| LN:15462 @SQ SN:gi|11528013|ref|NC_001563.2| LN:10962 @SQ SN:gi|11545722|ref|NC_002617.1| LN:15186 @SQ SN:gi|12084822|ref|NC_002640.1| LN:10649 @SQ SN:gi|12175745|ref|NC_002645.1| LN:27317 @SQ SN:gi|12408699|ref|NC_002058.3| LN:7440 @SQ SN:gi|13277517|ref|NC_001653.2| LN:1682 @SQ SN:gi|13559808|ref|NC_002728.1| LN:18246 @SQ SN:gi|15081567|ref|NC_003043.1| LN:16236 @SQ SN:gi|17158068|ref|NC_003243.1| LN:11822 @SQ SN:gi|19073904|ref|NC_003417.1| LN:11411 @SQ SN:gi|19525721|ref|NC_003443.1| LN:15646 @SQ SN:gi|19718363|ref|NC_003461.1| LN:15600 @SQ SN:gi|19744949|ref|NC_003466.1| LN:1871 @SQ SN:gi|20177455|ref|NC_003635.1| LN:10600 @SQ SN:gi|20178606|ref|NC_003676.1| LN:10116 @SQ SN:gi|20178608|ref|NC_003675.1| LN:10140 @SQ SN:gi|20260779|ref|NC_003687.1| LN:10839 @SQ SN:gi|20260781|ref|NC_003690.1| LN:10943 @SQ SN:gi|20279540|ref|NC_003696.1| LN:4349 @SQ SN:gi|20279542|ref|NC_003697.1| LN:3934 @SQ SN:gi|20279544|ref|NC_003698.1| LN:3585 @SQ SN:gi|20279546|ref|NC_003699.1| LN:3156 @SQ SN:gi|20279548|ref|NC_003700.1| LN:2398 @SQ SN:gi|20279550|ref|NC_003701.1| LN:2178 @SQ SN:gi|20279552|ref|NC_003702.1| LN:2139 @SQ SN:gi|20279554|ref|NC_003703.1| LN:2028 @SQ SN:gi|20279556|ref|NC_003704.1| LN:1884 @SQ SN:gi|20279559|ref|NC_003705.1| LN:1879 @SQ SN:gi|20279561|ref|NC_003706.1| LN:1002 @SQ SN:gi|20279563|ref|NC_003707.1| LN:678 @SQ SN:gi|21326584|ref|NC_003977.1| LN:3215 @SQ SN:gi|21397174|ref|NC_003996.1| LN:10053 @SQ SN:gi|22003842|ref|NC_004074.1| LN:15522 @SQ SN:gi|22129792|ref|NC_004102.1| LN:9646 @SQ SN:gi|22256023|ref|NC_004108.1| LN:6980 @SQ SN:gi|22256025|ref|NC_004109.1| LN:4527 @SQ SN:gi|22256027|ref|NC_004110.1| LN:984 @SQ SN:gi|22550315|ref|NC_004119.1| LN:10690 @SQ SN:gi|22788698|ref|NC_004157.1| LN:1716 @SQ SN:gi|22788700|ref|NC_004158.1| LN:4888 @SQ SN:gi|22788702|ref|NC_004159.1| LN:12255 @SQ SN:gi|22789222|ref|NC_004161.1| LN:18891 @SQ SN:gi|22960697|ref|NC_004180.1| LN:1884 @SQ SN:gi|22960700|ref|NC_004181.1| LN:4350 @SQ SN:gi|22960702|ref|NC_004182.1| LN:3909 @SQ SN:gi|22960704|ref|NC_004183.1| LN:3586 @SQ SN:gi|22960706|ref|NC_004184.1| LN:3157 @SQ SN:gi|22960708|ref|NC_004185.1| LN:2432 @SQ SN:gi|22960710|ref|NC_004186.1| LN:2141 @SQ SN:gi|22960712|ref|NC_004187.1| LN:2133 @SQ SN:gi|22960714|ref|NC_004188.1| LN:2029 @SQ SN:gi|22960716|ref|NC_004189.1| LN:1880 @SQ SN:gi|22960718|ref|NC_004190.1| LN:675 @SQ SN:gi|22960720|ref|NC_004191.1| LN:998 @SQ SN:gi|23238115|ref|NC_004198.1| LN:862 @SQ SN:gi|23238117|ref|NC_004200.1| LN:867 @SQ SN:gi|23238119|ref|NC_004201.1| LN:977 @SQ SN:gi|23238121|ref|NC_004202.1| LN:1101 @SQ SN:gi|23238123|ref|NC_004203.1| LN:1119 @SQ SN:gi|23238125|ref|NC_004204.1| LN:1136 @SQ SN:gi|23238127|ref|NC_004211.1| LN:3747 @SQ SN:gi|23238129|ref|NC_004217.1| LN:3048 @SQ SN:gi|23238131|ref|NC_004218.1| LN:2400 @SQ SN:gi|23238133|ref|NC_004219.1| LN:2038 @SQ SN:gi|23238135|ref|NC_004220.1| LN:1716 @SQ SN:gi|23238137|ref|NC_004221.1| LN:1671 @SQ SN:gi|23238139|ref|NC_004199.1| LN:756 @SQ SN:gi|23238141|ref|NC_004205.1| LN:894 @SQ SN:gi|23238143|ref|NC_004206.1| LN:946 @SQ SN:gi|23238145|ref|NC_004207.1| LN:1054 @SQ SN:gi|23238147|ref|NC_004208.1| LN:1114 @SQ SN:gi|23238149|ref|NC_004209.1| LN:1259 @SQ SN:gi|23238151|ref|NC_004210.1| LN:3774 @SQ SN:gi|23238153|ref|NC_004212.1| LN:3035 @SQ SN:gi|23238155|ref|NC_004213.1| LN:2415 @SQ SN:gi|23238157|ref|NC_004214.1| LN:2121 @SQ SN:gi|23238159|ref|NC_004215.1| LN:1947 @SQ SN:gi|23238161|ref|NC_004216.1| LN:1670 @SQ SN:gi|23334585|ref|NC_004291.1| LN:6680 @SQ SN:gi|23334588|ref|NC_004294.1| LN:3376 @SQ SN:gi|23334591|ref|NC_004292.1| LN:7102 @SQ SN:gi|23334594|ref|NC_004293.1| LN:3432 @SQ SN:gi|23343509|ref|NC_004296.1| LN:3402 @SQ SN:gi|23343512|ref|NC_004297.1| LN:7279 @SQ SN:gi|23464593|ref|NC_003467.2| LN:3671 @SQ SN:gi|23464594|ref|NC_003468.2| LN:6562 @SQ SN:gi|24432113|ref|NC_004355.1| LN:10685 @SQ SN:gi|27531786|ref|NC_004500.1| LN:7461 @SQ SN:gi|27754751|ref|NC_004162.2| LN:11826 @SQ SN:gi|29468603|ref|NC_001906.2| LN:18234 @SQ SN:gi|29502191|ref|NC_002076.2| LN:3852 @SQ SN:gi|30271926|ref|NC_004718.3| LN:29751 @SQ SN:gi|32140160|ref|NC_004906.1| LN:890 @SQ SN:gi|32140163|ref|NC_004908.1| LN:1714 @SQ SN:gi|32140165|ref|NC_004909.1| LN:1418 @SQ SN:gi|32140167|ref|NC_004910.1| LN:2341 @SQ SN:gi|32140169|ref|NC_004911.1| LN:2328 @SQ SN:gi|32140171|ref|NC_004912.1| LN:2225 @SQ SN:gi|32141421|ref|NC_004907.1| LN:1025 @SQ SN:gi|32563515|ref|NC_005036.1| LN:15192 @SQ SN:gi|33112010|ref|NC_005039.1| LN:10857 @SQ SN:gi|33589253|ref|NC_005062.1| LN:10787 @SQ SN:gi|33620713|ref|NC_005064.1| LN:11375 @SQ SN:gi|34365526|ref|NC_005080.1| LN:7114 @SQ SN:gi|34365529|ref|NC_005081.1| LN:3411 @SQ SN:gi|34365532|ref|NC_005078.1| LN:3439 @SQ SN:gi|34365535|ref|NC_005079.1| LN:7196 @SQ SN:gi|34365538|ref|NC_005077.1| LN:3343 @SQ SN:gi|34365541|ref|NC_005082.1| LN:7081 @SQ SN:gi|38018022|ref|NC_005147.1| LN:30738 @SQ SN:gi|38371701|ref|NC_005214.1| LN:6423 @SQ SN:gi|38371703|ref|NC_005220.1| LN:3229 @SQ SN:gi|38371707|ref|NC_005221.1| LN:1720 @SQ SN:gi|38371710|ref|NC_005218.1| LN:1696 @SQ SN:gi|38371712|ref|NC_005219.1| LN:3616 @SQ SN:gi|38371716|ref|NC_005222.1| LN:6533 @SQ SN:gi|38371718|ref|NC_005223.1| LN:3682 @SQ SN:gi|38371720|ref|NC_005224.1| LN:1830 @SQ SN:gi|38371722|ref|NC_005225.1| LN:6550 @SQ SN:gi|38371723|ref|NC_005215.1| LN:3696 @SQ SN:gi|38371725|ref|NC_005216.1| LN:2059 @SQ SN:gi|38371727|ref|NC_005217.1| LN:6562 @SQ SN:gi|38488686|ref|NC_005226.1| LN:6541 @SQ SN:gi|38488690|ref|NC_005228.1| LN:3694 @SQ SN:gi|38505523|ref|NC_005233.1| LN:1673 @SQ SN:gi|38505525|ref|NC_005234.1| LN:3635 @SQ SN:gi|38505527|ref|NC_005235.1| LN:6532 @SQ SN:gi|38505529|ref|NC_005236.1| LN:1769 @SQ SN:gi|38505531|ref|NC_005237.1| LN:3651 @SQ SN:gi|38505533|ref|NC_005238.1| LN:6530 @SQ SN:gi|38707562|ref|NC_005283.1| LN:15702 @SQ SN:gi|39840949|ref|NC_005302.1| LN:1672 @SQ SN:gi|41057593|ref|NC_005339.1| LN:16650 @SQ SN:gi|41387225|ref|NC_005084.2| LN:15378 @SQ SN:gi|44965086|ref|NC_005775.1| LN:4385 @SQ SN:gi|44965093|ref|NC_005776.1| LN:6846 @SQ SN:gi|44965100|ref|NC_005777.1| LN:754 @SQ SN:gi|46852132|ref|NC_004148.2| LN:13335 @SQ SN:gi|48305606|ref|NC_010624.1| LN:7458 @SQ SN:gi|48696000|ref|NC_005894.1| LN:3393 @SQ SN:gi|48696024|ref|NC_005897.1| LN:7089 @SQ SN:gi|49169782|ref|NC_005831.2| LN:27553 @SQ SN:gi|50253426|ref|NC_005134.2| LN:7438 @SQ SN:gi|51593836|ref|NC_006152.1| LN:4642 @SQ SN:gi|51874225|ref|NC_001716.2| LN:153080 @SQ SN:gi|51950963|ref|NC_006269.1| LN:7429 @SQ SN:gi|52627072|ref|NC_006318.1| LN:1869 @SQ SN:gi|52627075|ref|NC_006320.1| LN:4215 @SQ SN:gi|52627076|ref|NC_006313.1| LN:7133 @SQ SN:gi|52627079|ref|NC_006317.1| LN:3366 @SQ SN:gi|52630349|ref|NC_006307.1| LN:2325 @SQ SN:gi|52630351|ref|NC_006308.1| LN:2265 @SQ SN:gi|52630353|ref|NC_006309.1| LN:2130 @SQ SN:gi|52630355|ref|NC_006310.1| LN:1968 @SQ SN:gi|52630357|ref|NC_006311.1| LN:1807 @SQ SN:gi|52673227|ref|NC_006319.1| LN:6404 @SQ SN:gi|52673229|ref|NC_006312.1| LN:1125 @SQ SN:gi|55733698|ref|NC_006447.1| LN:3419 @SQ SN:gi|55733701|ref|NC_006433.1| LN:1701 @SQ SN:gi|55733703|ref|NC_006435.1| LN:6533 @SQ SN:gi|55733705|ref|NC_006437.1| LN:3616 @SQ SN:gi|55770806|ref|NC_006429.1| LN:11940 @SQ SN:gi|55770807|ref|NC_006432.1| LN:18875 @SQ SN:gi|55770820|ref|NC_006428.1| LN:15450 @SQ SN:gi|55775697|ref|NC_006430.1| LN:15246 @SQ SN:gi|55775706|ref|NC_006439.1| LN:6997 @SQ SN:gi|56403977|ref|NC_006495.1| LN:2212 @SQ SN:gi|56403979|ref|NC_006496.1| LN:1927 @SQ SN:gi|56403981|ref|NC_006504.1| LN:955 @SQ SN:gi|56403984|ref|NC_006506.1| LN:1574 @SQ SN:gi|56403986|ref|NC_006507.1| LN:1418 @SQ SN:gi|56403988|ref|NC_006508.1| LN:2375 @SQ SN:gi|56410431|ref|NC_006296.2| LN:15882 @SQ SN:gi|56692441|ref|NC_006551.1| LN:11066 @SQ SN:gi|56692993|ref|NC_006554.1| LN:7476 @SQ SN:gi|56699498|ref|NC_006572.1| LN:7271 @SQ SN:gi|56699501|ref|NC_006573.1| LN:3402 @SQ SN:gi|56699504|ref|NC_006574.1| LN:7271 @SQ SN:gi|56699507|ref|NC_006575.1| LN:3427 @SQ SN:gi|56900714|ref|NC_006579.1| LN:14885 @SQ SN:gi|62326809|ref|NC_006947.1| LN:10653 @SQ SN:gi|66275797|ref|NC_006998.1| LN:194711 @SQ SN:gi|66391749|ref|NC_007013.1| LN:2249 @SQ SN:gi|66391753|ref|NC_007014.1| LN:2635 @SQ SN:gi|71037362|ref|NC_006383.2| LN:15948 @SQ SN:gi|73852943|ref|NC_007364.1| LN:865 @SQ SN:gi|73852946|ref|NC_007357.1| LN:2341 @SQ SN:gi|73852948|ref|NC_007358.1| LN:2341 @SQ SN:gi|73852950|ref|NC_007359.1| LN:2233 @SQ SN:gi|73852952|ref|NC_007360.1| LN:1565 @SQ SN:gi|73852954|ref|NC_007362.1| LN:1760 @SQ SN:gi|73852956|ref|NC_007363.1| LN:1027 @SQ SN:gi|73912682|ref|NC_007375.1| LN:2341 @SQ SN:gi|73912684|ref|NC_007376.1| LN:2233 @SQ SN:gi|73912686|ref|NC_007377.1| LN:1027 @SQ SN:gi|73918825|ref|NC_007378.1| LN:2341 @SQ SN:gi|73919059|ref|NC_007373.1| LN:2341 @SQ SN:gi|73919133|ref|NC_007371.1| LN:2233 @SQ SN:gi|73919135|ref|NC_007368.1| LN:1467 @SQ SN:gi|73919144|ref|NC_007374.1| LN:1773 @SQ SN:gi|73919146|ref|NC_007369.1| LN:1566 @SQ SN:gi|73919148|ref|NC_007372.1| LN:2341 @SQ SN:gi|73919151|ref|NC_007367.1| LN:1027 @SQ SN:gi|73919206|ref|NC_007366.1| LN:1762 @SQ SN:gi|73919211|ref|NC_007370.1| LN:890 @SQ SN:gi|73921265|ref|NC_007361.1| LN:1458 @SQ SN:gi|73921303|ref|NC_007382.1| LN:1410 @SQ SN:gi|73921306|ref|NC_007381.1| LN:1497 @SQ SN:gi|73921565|ref|NC_007380.1| LN:838 @SQ SN:gi|75905471|ref|NC_005300.2| LN:5366 @SQ SN:gi|76364065|ref|NC_005301.3| LN:12108 @SQ SN:gi|77124337|ref|NC_007454.1| LN:18954 @SQ SN:gi|77125236|ref|NC_007455.1| LN:5299 @SQ SN:gi|78761397|ref|NC_007573.1| LN:613 @SQ SN:gi|78765373|ref|NC_007548.1| LN:3538 @SQ SN:gi|78766369|ref|NC_007549.1| LN:2969 @SQ SN:gi|78766647|ref|NC_007550.1| LN:2512 @SQ SN:gi|78766821|ref|NC_007551.1| LN:2204 @SQ SN:gi|78767039|ref|NC_007552.1| LN:1307 @SQ SN:gi|78767273|ref|NC_007553.1| LN:1287 @SQ SN:gi|78767504|ref|NC_007554.1| LN:1004 @SQ SN:gi|78767691|ref|NC_007555.1| LN:932 @SQ SN:gi|78767825|ref|NC_007556.1| LN:820 @SQ SN:gi|78767973|ref|NC_007557.1| LN:739 @SQ SN:gi|78768152|ref|NC_007558.1| LN:649 @SQ SN:gi|80984706|ref|NC_007546.1| LN:2736 @SQ SN:gi|81002246|ref|NC_007545.1| LN:1037 @SQ SN:gi|81021557|ref|NC_007544.1| LN:1270 @SQ SN:gi|81022919|ref|NC_007543.1| LN:1350 @SQ SN:gi|81042249|ref|NC_007570.1| LN:1353 @SQ SN:gi|81054207|ref|NC_007571.1| LN:1063 @SQ SN:gi|81097459|ref|NC_007547.1| LN:3309 @SQ SN:gi|81097461|ref|NC_007572.1| LN:2283 @SQ SN:gi|81097463|ref|NC_007574.1| LN:2166 @SQ SN:gi|81097465|ref|NC_007569.1| LN:730 @SQ SN:gi|82503188|ref|NC_007605.1| LN:171823 @SQ SN:gi|82712717|ref|NC_007620.1| LN:15516 @SQ SN:gi|83716025|ref|NC_007652.1| LN:14071 @SQ SN:gi|85667876|ref|NC_006577.2| LN:29926 @SQ SN:gi|85719259|ref|NC_007742.1| LN:1208 @SQ SN:gi|85719261|ref|NC_007743.1| LN:1147 @SQ SN:gi|85719263|ref|NC_007744.1| LN:943 @SQ SN:gi|85719265|ref|NC_007745.1| LN:903 @SQ SN:gi|85719267|ref|NC_007746.1| LN:897 @SQ SN:gi|85719269|ref|NC_007747.1| LN:760 @SQ SN:gi|85813347|ref|NC_007736.1| LN:3740 @SQ SN:gi|85813349|ref|NC_007737.1| LN:3055 @SQ SN:gi|85813351|ref|NC_007738.1| LN:2404 @SQ SN:gi|85813353|ref|NC_007739.1| LN:2062 @SQ SN:gi|85813355|ref|NC_007740.1| LN:1870 @SQ SN:gi|85813357|ref|NC_007741.1| LN:1750 @SQ SN:gi|89885729|ref|NC_007903.1| LN:3380 @SQ SN:gi|89888070|ref|NC_007803.1| LN:19212 @SQ SN:gi|89902995|ref|NC_007906.1| LN:7316 @SQ SN:gi|89902998|ref|NC_007905.1| LN:3366 @SQ SN:gi|89903001|ref|NC_007904.1| LN:7325 @SQ SN:gi|93163150|ref|NC_004905.2| LN:1557 @SQ SN:gi|106060735|ref|NC_001959.2| LN:7654 @SQ SN:gi|110645916|ref|NC_001401.2| LN:4679 @SQ SN:gi|119952252|ref|NC_008719.1| LN:10793 @SQ SN:gi|119952254|ref|NC_008718.1| LN:10510 @SQ SN:gi|123205971|ref|NC_007580.2| LN:10940 @SQ SN:gi|134133206|ref|NC_009225.1| LN:3245 @SQ SN:gi|134288556|ref|NC_009238.1| LN:5040 @SQ SN:gi|139424470|ref|NC_009334.1| LN:172764 @SQ SN:gi|139472801|ref|NC_009333.1| LN:137969 @SQ SN:gi|148283122|ref|NC_009489.1| LN:15486 @SQ SN:gi|148724425|ref|NC_009527.1| LN:11966 @SQ SN:gi|148724431|ref|NC_009528.1| LN:11930 @SQ SN:gi|148724565|ref|NC_009539.1| LN:5229 @SQ SN:gi|151266277|ref|NC_009640.1| LN:15180 @SQ SN:gi|155573622|ref|NC_006273.2| LN:235646 @SQ SN:gi|157781208|ref|NC_009825.1| LN:9355 @SQ SN:gi|157781210|ref|NC_009826.1| LN:9343 @SQ SN:gi|157781212|ref|NC_009823.1| LN:9711 @SQ SN:gi|157781214|ref|NC_009827.1| LN:9628 @SQ SN:gi|157781216|ref|NC_009824.1| LN:9456 @SQ SN:gi|157939567|ref|NC_009896.1| LN:858 @SQ SN:gi|157939615|ref|NC_009894.1| LN:6868 @SQ SN:gi|157939617|ref|NC_009895.1| LN:4309 @SQ SN:gi|158516887|ref|NC_009942.1| LN:11029 @SQ SN:gi|158539108|ref|NC_001608.3| LN:19111 @SQ SN:gi|158976983|ref|NC_001474.2| LN:10723 @SQ SN:gi|163644368|ref|NC_001475.2| LN:10707 @SQ SN:gi|164607193|ref|NC_010248.1| LN:3535 @SQ SN:gi|164607196|ref|NC_010250.1| LN:7184 @SQ SN:gi|164607199|ref|NC_010251.1| LN:7046 @SQ SN:gi|164607202|ref|NC_010249.1| LN:7053 @SQ SN:gi|164607205|ref|NC_010255.1| LN:7102 @SQ SN:gi|164607208|ref|NC_010256.1| LN:3339 @SQ SN:gi|164607211|ref|NC_010252.1| LN:7106 @SQ SN:gi|164607214|ref|NC_010254.1| LN:3332 @SQ SN:gi|164682561|ref|NC_010247.1| LN:3341 @SQ SN:gi|164682564|ref|NC_010253.1| LN:3343 @SQ SN:gi|165973999|ref|NC_010277.1| LN:5387 @SQ SN:gi|166159177|ref|NC_008604.2| LN:10837 @SQ SN:gi|172088171|ref|NC_010562.1| LN:3357 @SQ SN:gi|172088174|ref|NC_010563.1| LN:7107 @SQ SN:gi|188531114|ref|NC_010702.1| LN:7141 @SQ SN:gi|188531117|ref|NC_010700.1| LN:3316 @SQ SN:gi|188531120|ref|NC_010703.1| LN:7132 @SQ SN:gi|188543036|ref|NC_010704.1| LN:1530 @SQ SN:gi|188543069|ref|NC_010707.1| LN:6581 @SQ SN:gi|188543102|ref|NC_010708.1| LN:3621 @SQ SN:gi|188572141|ref|NC_010701.1| LN:3533 @SQ SN:gi|189026268|ref|NC_010757.1| LN:3410 @SQ SN:gi|189026271|ref|NC_010759.1| LN:7038 @SQ SN:gi|189026274|ref|NC_010758.1| LN:3474 @SQ SN:gi|189026277|ref|NC_010760.1| LN:7174 @SQ SN:gi|189026280|ref|NC_010761.1| LN:7088 @SQ SN:gi|189043026|ref|NC_010756.1| LN:3406 @SQ SN:gi|190340974|ref|NC_010956.1| LN:35083 @SQ SN:gi|197944726|ref|NC_011203.1| LN:35343 @SQ SN:gi|197944766|ref|NC_011202.1| LN:34794 @SQ SN:gi|211910015|ref|NC_006306.2| LN:935 @SQ SN:gi|222824550|ref|NC_012042.1| LN:5196 @SQ SN:gi|224504298|ref|NC_012126.1| LN:2140 @SQ SN:gi|226377833|ref|NC_012532.1| LN:10794 @SQ SN:gi|226377835|ref|NC_012533.1| LN:10723 @SQ SN:gi|226377837|ref|NC_012534.1| LN:10941 @SQ SN:gi|226938554|ref|NC_012564.1| LN:5242 @SQ SN:gi|229904919|ref|NC_012671.1| LN:10865 @SQ SN:gi|238801614|ref|NC_012735.1| LN:10814 @SQ SN:gi|238890537|ref|NC_012776.1| LN:3189 @SQ SN:gi|238890540|ref|NC_012777.1| LN:7163 @SQ SN:gi|253756605|ref|NC_012950.1| LN:30953 @SQ SN:gi|253761974|ref|NC_012959.1| LN:34920 @SQ SN:gi|254688376|ref|NC_012932.1| LN:11064 @SQ SN:gi|255237668|ref|NC_013057.1| LN:3383 @SQ SN:gi|255237729|ref|NC_013058.1| LN:7207 @SQ SN:gi|255614072|ref|NC_009026.2| LN:10815 @SQ SN:gi|289183404|ref|NC_012729.2| LN:5104 @SQ SN:gi|294719514|ref|NC_009029.2| LN:10874 @SQ SN:gi|294768540|ref|NC_009028.2| LN:10755 @SQ SN:gi|295413830|ref|NC_014072.1| LN:2064 @SQ SN:gi|295413834|ref|NC_014073.1| LN:3629 @SQ SN:gi|295413915|ref|NC_014068.1| LN:2910 @SQ SN:gi|295413918|ref|NC_014074.1| LN:3729 @SQ SN:gi|295413923|ref|NC_014075.1| LN:3759 @SQ SN:gi|295413928|ref|NC_014076.1| LN:3770 @SQ SN:gi|295413933|ref|NC_014069.1| LN:3690 @SQ SN:gi|295413936|ref|NC_014070.1| LN:2878 @SQ SN:gi|295413940|ref|NC_014071.1| LN:2797 @SQ SN:gi|295413944|ref|NC_014077.1| LN:3899 @SQ SN:gi|295413947|ref|NC_014078.1| LN:3808 @SQ SN:gi|295413950|ref|NC_014079.1| LN:3798 @SQ SN:gi|295413954|ref|NC_014080.1| LN:3736 @SQ SN:gi|295413958|ref|NC_014081.1| LN:3748 @SQ SN:gi|295413965|ref|NC_014082.1| LN:2952 @SQ SN:gi|295413968|ref|NC_014083.1| LN:3763 @SQ SN:gi|295413972|ref|NC_014084.1| LN:3790 @SQ SN:gi|295413977|ref|NC_014085.1| LN:3371 @SQ SN:gi|295413982|ref|NC_014086.1| LN:2765 @SQ SN:gi|295413991|ref|NC_014087.1| LN:3718 @SQ SN:gi|295441873|ref|NC_014088.1| LN:2897 @SQ SN:gi|295441877|ref|NC_014089.1| LN:2908 @SQ SN:gi|295441881|ref|NC_014090.1| LN:2785 @SQ SN:gi|295441884|ref|NC_014091.1| LN:3818 @SQ SN:gi|295441891|ref|NC_014093.1| LN:3253 @SQ SN:gi|295441896|ref|NC_014094.1| LN:3705 @SQ SN:gi|295441901|ref|NC_014095.1| LN:2897 @SQ SN:gi|295441905|ref|NC_014096.1| LN:3787 @SQ SN:gi|295441908|ref|NC_014097.1| LN:2856 @SQ SN:gi|302315369|ref|NC_014372.1| LN:18935 @SQ SN:gi|302371213|ref|NC_014373.1| LN:18940 @SQ SN:gi|302596920|ref|NC_014397.1| LN:6404 @SQ SN:gi|302596922|ref|NC_014396.1| LN:3885 @SQ SN:gi|302596924|ref|NC_014395.1| LN:1690 @SQ SN:gi|312164870|ref|NC_014523.1| LN:2794 @SQ SN:gi|312164872|ref|NC_014522.1| LN:3897 @SQ SN:gi|312164874|ref|NC_014525.1| LN:1731 @SQ SN:gi|312164876|ref|NC_014526.1| LN:1722 @SQ SN:gi|312164878|ref|NC_014527.1| LN:1666 @SQ SN:gi|312164880|ref|NC_014528.1| LN:1181 @SQ SN:gi|312164882|ref|NC_014531.1| LN:703 @SQ SN:gi|312164884|ref|NC_014530.1| LN:1056 @SQ SN:gi|312164887|ref|NC_014529.1| LN:1172 @SQ SN:gi|312166200|ref|NC_014524.1| LN:1936 @SQ SN:gi|312192953|ref|NC_014480.2| LN:3322 @SQ SN:gi|312234429|ref|NC_014092.2| LN:2735 @SQ SN:gi|325961446|ref|NC_015212.1| LN:2164 @SQ SN:gi|328545954|ref|NC_015375.1| LN:1842 @SQ SN:gi|328550464|ref|NC_015373.1| LN:4326 @SQ SN:gi|328550466|ref|NC_015374.1| LN:6327 @SQ SN:gi|330444744|ref|NC_015411.1| LN:4403 @SQ SN:gi|330444746|ref|NC_015412.1| LN:6439 @SQ SN:gi|330464826|ref|NC_015413.1| LN:1761 @SQ SN:gi|330850808|ref|NC_015450.1| LN:4185 @SQ SN:gi|330850810|ref|NC_015451.1| LN:6393 @SQ SN:gi|330850812|ref|NC_015452.1| LN:1830 @SQ SN:gi|335352415|ref|NC_015521.1| LN:7310 @SQ SN:gi|336284682|ref|NC_001545.2| LN:9762 @SQ SN:gi|338209357|ref|NC_015691.1| LN:7632 @SQ SN:gi|338209365|ref|NC_015692.1| LN:7686 @SQ SN:gi|339832375|ref|NC_015783.1| LN:3725 @SQ SN:gi|351694292|ref|NC_011510.2| LN:2362 @SQ SN:gi|352950877|ref|NC_011500.2| LN:1614 @SQ SN:gi|352950878|ref|NC_011501.2| LN:1105 @SQ SN:gi|352950879|ref|NC_011502.2| LN:1059 @SQ SN:gi|352950880|ref|NC_011503.2| LN:1062 @SQ SN:gi|352950881|ref|NC_011506.2| LN:2693 @SQ SN:gi|352950882|ref|NC_011507.2| LN:3302 @SQ SN:gi|352950883|ref|NC_011508.2| LN:2591 @SQ SN:gi|352950884|ref|NC_011509.2| LN:1356 @SQ SN:gi|353072697|ref|NC_011504.2| LN:751 @SQ SN:gi|353072704|ref|NC_011505.2| LN:667 @SQ SN:gi|355469071|ref|NC_016144.1| LN:18927 @SQ SN:gi|356457872|ref|NC_000883.2| LN:5596 @SQ SN:gi|356457881|ref|NC_005227.2| LN:1831 @SQ SN:gi|356491217|ref|NC_016152.1| LN:3377 @SQ SN:gi|356491220|ref|NC_016153.1| LN:7230 @SQ SN:gi|358356460|ref|NC_016157.1| LN:7326 @SQ SN:gi|379764913|ref|NC_016958.1| LN:10986 @SQ SN:gi|380877198|ref|NC_016997.1| LN:10791 @SQ SN:gi|381333920|ref|NC_015843.2| LN:10990 @SQ SN:gi|387935512|ref|NC_017936.1| LN:7696 @SQ SN:gi|387935515|ref|NC_017937.1| LN:15276 @SQ SN:gi|389656400|ref|NC_017993.1| LN:7293 @SQ SN:gi|389656408|ref|NC_017994.1| LN:7319 @SQ SN:gi|389656416|ref|NC_017995.1| LN:7236 @SQ SN:gi|389656424|ref|NC_017996.1| LN:7341 @SQ SN:gi|389656432|ref|NC_017997.1| LN:7271 @SQ SN:gi|394922808|ref|NC_017086.1| LN:10733 @SQ SN:gi|395406760|ref|NC_018136.1| LN:6368 @SQ SN:gi|395406762|ref|NC_018137.1| LN:1744 @SQ SN:gi|395406765|ref|NC_018138.1| LN:3378 @SQ SN:gi|400354812|ref|NC_018382.1| LN:6796 @SQ SN:gi|401829604|ref|NC_018459.1| LN:4335 @SQ SN:gi|401829606|ref|NC_018460.1| LN:834 @SQ SN:gi|401829609|ref|NC_018461.1| LN:6861 @SQ SN:gi|401829611|ref|NC_018462.1| LN:843 @SQ SN:gi|401829614|ref|NC_018463.1| LN:6863 @SQ SN:gi|401829616|ref|NC_018464.1| LN:927 @SQ SN:gi|401829619|ref|NC_018465.1| LN:6966 @SQ SN:gi|401829621|ref|NC_018466.1| LN:4330 @SQ SN:gi|401829623|ref|NC_018467.1| LN:4314 @SQ SN:gi|401829625|ref|NC_018476.1| LN:6895 @SQ SN:gi|401829627|ref|NC_018477.1| LN:860 @SQ SN:gi|401829630|ref|NC_018478.1| LN:4417 @SQ SN:gi|401829632|ref|NC_018481.1| LN:3368 @SQ SN:gi|401829635|ref|NC_018482.1| LN:6922 @SQ SN:gi|401829638|ref|NC_018483.1| LN:3482 @SQ SN:gi|401829641|ref|NC_018484.1| LN:6812 @SQ SN:gi|406608984|ref|NC_018629.1| LN:11902 @SQ SN:gi|407868427|ref|NC_018670.1| LN:10990 @SQ SN:gi|407992845|ref|NC_018705.1| LN:10891 @SQ SN:gi|408354100|ref|NC_018710.1| LN:3419 @SQ SN:gi|408354103|ref|NC_018711.1| LN:7195 @SQ SN:gi|410118099|ref|NC_019023.1| LN:7212 @SQ SN:gi|422937945|ref|NC_019531.1| LN:15048 @SQ SN:gi|470457049|ref|NC_020498.1| LN:2912 @SQ SN:gi|471236999|ref|NC_020807.1| LN:12016 @SQ SN:gi|471237005|ref|NC_020808.1| LN:11918 @SQ SN:gi|471237011|ref|NC_020809.1| LN:11980 @SQ SN:gi|471237017|ref|NC_020810.1| LN:11976 @SQ SN:gi|481852723|ref|NC_021069.1| LN:10865 @SQ SN:gi|485191031|ref|NC_021153.1| LN:8879 @SQ SN:gi|512721866|ref|NC_021483.1| LN:7286 @SQ SN:gi|514360948|ref|NC_021541.1| LN:3511 @SQ SN:gi|514360950|ref|NC_021542.1| LN:814 @SQ SN:gi|514360952|ref|NC_021543.1| LN:2306 @SQ SN:gi|514360954|ref|NC_021544.1| LN:1269 @SQ SN:gi|514360956|ref|NC_021545.1| LN:2847 @SQ SN:gi|514360958|ref|NC_021546.1| LN:1276 @SQ SN:gi|514360962|ref|NC_021547.1| LN:1179 @SQ SN:gi|514360964|ref|NC_021548.1| LN:1007 @SQ SN:gi|514360966|ref|NC_021549.1| LN:631 @SQ SN:gi|514360968|ref|NC_021550.1| LN:751 @SQ SN:gi|514360970|ref|NC_021551.1| LN:2341 @SQ SN:gi|517501503|ref|NC_021580.1| LN:3014 @SQ SN:gi|517501509|ref|NC_021581.1| LN:2364 @SQ SN:gi|517501521|ref|NC_021582.1| LN:825 @SQ SN:gi|517501532|ref|NC_021583.1| LN:1295 @SQ SN:gi|517501542|ref|NC_021584.1| LN:1012 @SQ SN:gi|517501551|ref|NC_021585.1| LN:1052 @SQ SN:gi|517501569|ref|NC_021586.1| LN:801 @SQ SN:gi|517501583|ref|NC_021587.1| LN:678 @SQ SN:gi|517501593|ref|NC_021588.1| LN:1267 @SQ SN:gi|517501601|ref|NC_021589.1| LN:2352 @SQ SN:gi|517501610|ref|NC_021590.1| LN:3526 @SQ SN:gi|520782927|ref|NC_021625.1| LN:3296 @SQ SN:gi|520782935|ref|NC_021626.1| LN:2769 @SQ SN:gi|520782943|ref|NC_021627.1| LN:990 @SQ SN:gi|520782953|ref|NC_021628.1| LN:1068 @SQ SN:gi|520782962|ref|NC_021629.1| LN:706 @SQ SN:gi|520782970|ref|NC_021630.1| LN:2174 @SQ SN:gi|520782976|ref|NC_021631.1| LN:2246 @SQ SN:gi|520782982|ref|NC_021632.1| LN:1791 @SQ SN:gi|520782995|ref|NC_021633.1| LN:1309 @SQ SN:gi|520783009|ref|NC_021634.1| LN:678 @SQ SN:gi|520783028|ref|NC_021635.1| LN:1314 @SQ SN:chr1 LN:249250621 @SQ SN:chr2 LN:243199373 @SQ SN:chr3 LN:198022430 @SQ SN:chr4 LN:191154276 @SQ SN:chr5 LN:180915260 @SQ SN:chr6 LN:171115067 @SQ SN:chr7 LN:159138663 @SQ SN:chr8 LN:146364022 @SQ SN:chr9 LN:141213431 @SQ SN:chr10 LN:135534747 @SQ SN:chr11 LN:135006516 @SQ SN:chr12 LN:133851895 @SQ SN:chr13 LN:115169878 @SQ SN:chr14 LN:107349540 @SQ SN:chr15 LN:102531392 @SQ SN:chr16 LN:90354753 @SQ SN:chr17 LN:81195210 @SQ SN:chr18 LN:78077248 @SQ SN:chr19 LN:59128983 @SQ SN:chr20 LN:63025520 @SQ SN:chr21 LN:48129895 @SQ SN:chr22 LN:51304566 @SQ SN:chrX LN:155270560 @SQ SN:chrY LN:59373566 @SQ SN:chrM LN:16569 @SQ SN:GL000207.1 LN:4262 @SQ SN:GL000226.1 LN:15008 @SQ SN:GL000229.1 LN:19913 @SQ SN:GL000231.1 LN:27386 @SQ SN:GL000210.1 LN:27682 @SQ SN:GL000239.1 LN:33824 @SQ SN:GL000235.1 LN:34474 @SQ SN:GL000201.1 LN:36148 @SQ SN:GL000247.1 LN:36422 @SQ SN:GL000245.1 LN:36651 @SQ SN:GL000197.1 LN:37175 @SQ SN:GL000203.1 LN:37498 @SQ SN:GL000246.1 LN:38154 @SQ SN:GL000249.1 LN:38502 @SQ SN:GL000196.1 LN:38914 @SQ SN:GL000248.1 LN:39786 @SQ SN:GL000244.1 LN:39929 @SQ SN:GL000238.1 LN:39939 @SQ SN:GL000202.1 LN:40103 @SQ SN:GL000234.1 LN:40531 @SQ SN:GL000232.1 LN:40652 @SQ SN:GL000206.1 LN:41001 @SQ SN:GL000240.1 LN:41933 @SQ SN:GL000236.1 LN:41934 @SQ SN:GL000241.1 LN:42152 @SQ SN:GL000243.1 LN:43341 @SQ SN:GL000242.1 LN:43523 @SQ SN:GL000230.1 LN:43691 @SQ SN:GL000237.1 LN:45867 @SQ SN:GL000233.1 LN:45941 @SQ SN:GL000204.1 LN:81310 @SQ SN:GL000198.1 LN:90085 @SQ SN:GL000208.1 LN:92689 @SQ SN:GL000191.1 LN:106433 @SQ SN:GL000227.1 LN:128374 @SQ SN:GL000228.1 LN:129120 @SQ SN:GL000214.1 LN:137718 @SQ SN:GL000221.1 LN:155397 @SQ SN:GL000209.1 LN:159169 @SQ SN:GL000218.1 LN:161147 @SQ SN:GL000220.1 LN:161802 @SQ SN:GL000213.1 LN:164239 @SQ SN:GL000211.1 LN:166566 @SQ SN:GL000199.1 LN:169874 @SQ SN:GL000217.1 LN:172149 @SQ SN:GL000216.1 LN:172294 @SQ SN:GL000215.1 LN:172545 @SQ SN:GL000205.1 LN:174588 @SQ SN:GL000219.1 LN:179198 @SQ SN:GL000224.1 LN:179693 @SQ SN:GL000223.1 LN:180455 @SQ SN:GL000195.1 LN:182896 @SQ SN:GL000212.1 LN:186858 @SQ SN:GL000222.1 LN:186861 @SQ SN:GL000200.1 LN:187035 @SQ SN:GL000193.1 LN:189789 @SQ SN:GL000194.1 LN:191469 @SQ SN:GL000225.1 LN:211173 @SQ SN:GL000192.1 LN:547496 @SQ SN:NC_007605 LN:171823 @SQ SN:hs37d5 LN:35477943 @PG ID:samtools PN:samtools VN:1.10 CL:samtools view -H /srv/ngs/analysis/aievola/EGA_data_56/EGAF00000923263/NBL01_N.bam

and this is the header of the tumor: samtools view -H $BAM_TUMOR

@SQ SN:gi|8486122|ref|NC_002016.1| LN:1027 @SQ SN:gi|8486125|ref|NC_002017.1| LN:1778 @SQ SN:gi|8486127|ref|NC_002018.1| LN:1413 @SQ SN:gi|8486129|ref|NC_002019.1| LN:1565 @SQ SN:gi|8486131|ref|NC_002020.1| LN:890 @SQ SN:gi|8486134|ref|NC_002021.1| LN:2341 @SQ SN:gi|8486136|ref|NC_002022.1| LN:2233 @SQ SN:gi|8486138|ref|NC_002023.1| LN:2341 @SQ SN:gi|8486148|ref|NC_002205.1| LN:2313 @SQ SN:gi|8486150|ref|NC_002206.1| LN:2204 @SQ SN:gi|8486152|ref|NC_002207.1| LN:1882 @SQ SN:gi|8486154|ref|NC_002208.1| LN:1841 @SQ SN:gi|8486156|ref|NC_002209.1| LN:1557 @SQ SN:gi|8486159|ref|NC_002210.1| LN:1191 @SQ SN:gi|8486161|ref|NC_002211.1| LN:1096 @SQ SN:gi|8486164|ref|NC_002204.1| LN:2368 @SQ SN:gi|9625875|ref|NC_001348.1| LN:124884 @SQ SN:gi|9626158|ref|NC_001405.1| LN:35937 @SQ SN:gi|9626436|ref|NC_001430.1| LN:7390 @SQ SN:gi|9626440|ref|NC_001434.1| LN:7176 @SQ SN:gi|9626453|ref|NC_001436.1| LN:8507 @SQ SN:gi|9626460|ref|NC_001437.1| LN:10976 @SQ SN:gi|9626621|ref|NC_001460.1| LN:34125 @SQ SN:gi|9626677|ref|NC_001472.1| LN:7389 @SQ SN:gi|9626685|ref|NC_001477.1| LN:10735 @SQ SN:gi|9626726|ref|NC_001488.1| LN:8952 @SQ SN:gi|9626735|ref|NC_001490.1| LN:7212 @SQ SN:gi|9626945|ref|NC_001498.1| LN:15894 @SQ SN:gi|9627007|ref|NC_001512.1| LN:11835 @SQ SN:gi|9627145|ref|NC_001531.1| LN:7746 @SQ SN:gi|9627180|ref|NC_001538.1| LN:5153 @SQ SN:gi|9627197|ref|NC_001542.1| LN:11932 @SQ SN:gi|9627219|ref|NC_001552.1| LN:15384 @SQ SN:gi|9627242|ref|NC_001564.1| LN:10695 @SQ SN:gi|9627244|ref|NC_002031.1| LN:10862 @SQ SN:gi|9627363|ref|NC_001591.1| LN:7560 @SQ SN:gi|9627396|ref|NC_001596.1| LN:7434 @SQ SN:gi|9627493|ref|NC_001607.1| LN:8910 @SQ SN:gi|9627521|ref|NC_001611.1| LN:185578 @SQ SN:gi|9627719|ref|NC_001612.1| LN:7413 @SQ SN:gi|9627730|ref|NC_001617.1| LN:7152 @SQ SN:gi|9628421|ref|NC_001669.1| LN:5243 @SQ SN:gi|9628431|ref|NC_001672.1| LN:11141 @SQ SN:gi|9628642|ref|NC_001699.1| LN:5130 @SQ SN:gi|9628880|ref|NC_001722.1| LN:10359 @SQ SN:gi|9628918|ref|NC_001729.1| LN:4726 @SQ SN:gi|9629198|ref|NC_001781.1| LN:15225 @SQ SN:gi|9629267|ref|NC_001798.1| LN:154746 @SQ SN:gi|9629357|ref|NC_001802.1| LN:9181 @SQ SN:gi|9629367|ref|NC_001803.1| LN:15191 @SQ SN:gi|9629378|ref|NC_001806.1| LN:152261 @SQ SN:gi|9629456|ref|NC_001809.1| LN:10871 @SQ SN:gi|9630645|ref|NC_001921.1| LN:15690 @SQ SN:gi|9630656|ref|NC_001925.1| LN:6875 @SQ SN:gi|9630658|ref|NC_001926.1| LN:4458 @SQ SN:gi|9630660|ref|NC_001927.1| LN:961 @SQ SN:gi|9630726|ref|NC_001943.1| LN:6813 @SQ SN:gi|9631267|ref|NC_001989.1| LN:15140 @SQ SN:gi|9633619|ref|NC_000940.1| LN:7320 @SQ SN:gi|9633622|ref|NC_000943.1| LN:11014 @SQ SN:gi|9634109|ref|NC_002161.1| LN:15456 @SQ SN:gi|9634957|ref|NC_002195.1| LN:2915 @SQ SN:gi|9634968|ref|NC_002199.1| LN:17904 @SQ SN:gi|9695415|ref|NC_002200.1| LN:15384 @SQ SN:gi|9790297|ref|NC_001544.1| LN:11657 @SQ SN:gi|10313991|ref|NC_002549.1| LN:18959 @SQ SN:gi|10937870|ref|NC_001796.2| LN:15462 @SQ SN:gi|11528013|ref|NC_001563.2| LN:10962 @SQ SN:gi|11545722|ref|NC_002617.1| LN:15186 @SQ SN:gi|12084822|ref|NC_002640.1| LN:10649 @SQ SN:gi|12175745|ref|NC_002645.1| LN:27317 @SQ SN:gi|12408699|ref|NC_002058.3| LN:7440 @SQ SN:gi|13277517|ref|NC_001653.2| LN:1682 @SQ SN:gi|13559808|ref|NC_002728.1| LN:18246 @SQ SN:gi|15081567|ref|NC_003043.1| LN:16236 @SQ SN:gi|17158068|ref|NC_003243.1| LN:11822 @SQ SN:gi|19073904|ref|NC_003417.1| LN:11411 @SQ SN:gi|19525721|ref|NC_003443.1| LN:15646 @SQ SN:gi|19718363|ref|NC_003461.1| LN:15600 @SQ SN:gi|19744949|ref|NC_003466.1| LN:1871 @SQ SN:gi|20177455|ref|NC_003635.1| LN:10600 @SQ SN:gi|20178606|ref|NC_003676.1| LN:10116 @SQ SN:gi|20178608|ref|NC_003675.1| LN:10140 @SQ SN:gi|20260779|ref|NC_003687.1| LN:10839 @SQ SN:gi|20260781|ref|NC_003690.1| LN:10943 @SQ SN:gi|20279540|ref|NC_003696.1| LN:4349 @SQ SN:gi|20279542|ref|NC_003697.1| LN:3934 @SQ SN:gi|20279544|ref|NC_003698.1| LN:3585 @SQ SN:gi|20279546|ref|NC_003699.1| LN:3156 @SQ SN:gi|20279548|ref|NC_003700.1| LN:2398 @SQ SN:gi|20279550|ref|NC_003701.1| LN:2178 @SQ SN:gi|20279552|ref|NC_003702.1| LN:2139 @SQ SN:gi|20279554|ref|NC_003703.1| LN:2028 @SQ SN:gi|20279556|ref|NC_003704.1| LN:1884 @SQ SN:gi|20279559|ref|NC_003705.1| LN:1879 @SQ SN:gi|20279561|ref|NC_003706.1| LN:1002 @SQ SN:gi|20279563|ref|NC_003707.1| LN:678 @SQ SN:gi|21326584|ref|NC_003977.1| LN:3215 @SQ SN:gi|21397174|ref|NC_003996.1| LN:10053 @SQ SN:gi|22003842|ref|NC_004074.1| LN:15522 @SQ SN:gi|22129792|ref|NC_004102.1| LN:9646 @SQ SN:gi|22256023|ref|NC_004108.1| LN:6980 @SQ SN:gi|22256025|ref|NC_004109.1| LN:4527 @SQ SN:gi|22256027|ref|NC_004110.1| LN:984 @SQ SN:gi|22550315|ref|NC_004119.1| LN:10690 @SQ SN:gi|22788698|ref|NC_004157.1| LN:1716 @SQ SN:gi|22788700|ref|NC_004158.1| LN:4888 @SQ SN:gi|22788702|ref|NC_004159.1| LN:12255 @SQ SN:gi|22789222|ref|NC_004161.1| LN:18891 @SQ SN:gi|22960697|ref|NC_004180.1| LN:1884 @SQ SN:gi|22960700|ref|NC_004181.1| LN:4350 @SQ SN:gi|22960702|ref|NC_004182.1| LN:3909 @SQ SN:gi|22960704|ref|NC_004183.1| LN:3586 @SQ SN:gi|22960706|ref|NC_004184.1| LN:3157 @SQ SN:gi|22960708|ref|NC_004185.1| LN:2432 @SQ SN:gi|22960710|ref|NC_004186.1| LN:2141 @SQ SN:gi|22960712|ref|NC_004187.1| LN:2133 @SQ SN:gi|22960714|ref|NC_004188.1| LN:2029 @SQ SN:gi|22960716|ref|NC_004189.1| LN:1880 @SQ SN:gi|22960718|ref|NC_004190.1| LN:675 @SQ SN:gi|22960720|ref|NC_004191.1| LN:998 @SQ SN:gi|23238115|ref|NC_004198.1| LN:862 @SQ SN:gi|23238117|ref|NC_004200.1| LN:867 @SQ SN:gi|23238119|ref|NC_004201.1| LN:977 @SQ SN:gi|23238121|ref|NC_004202.1| LN:1101 @SQ SN:gi|23238123|ref|NC_004203.1| LN:1119 @SQ SN:gi|23238125|ref|NC_004204.1| LN:1136 @SQ SN:gi|23238127|ref|NC_004211.1| LN:3747 @SQ SN:gi|23238129|ref|NC_004217.1| LN:3048 @SQ SN:gi|23238131|ref|NC_004218.1| LN:2400 @SQ SN:gi|23238133|ref|NC_004219.1| LN:2038 @SQ SN:gi|23238135|ref|NC_004220.1| LN:1716 @SQ SN:gi|23238137|ref|NC_004221.1| LN:1671 @SQ SN:gi|23238139|ref|NC_004199.1| LN:756 @SQ SN:gi|23238141|ref|NC_004205.1| LN:894 @SQ SN:gi|23238143|ref|NC_004206.1| LN:946 @SQ SN:gi|23238145|ref|NC_004207.1| LN:1054 @SQ SN:gi|23238147|ref|NC_004208.1| LN:1114 @SQ SN:gi|23238149|ref|NC_004209.1| LN:1259 @SQ SN:gi|23238151|ref|NC_004210.1| LN:3774 @SQ SN:gi|23238153|ref|NC_004212.1| LN:3035 @SQ SN:gi|23238155|ref|NC_004213.1| LN:2415 @SQ SN:gi|23238157|ref|NC_004214.1| LN:2121 @SQ SN:gi|23238159|ref|NC_004215.1| LN:1947 @SQ SN:gi|23238161|ref|NC_004216.1| LN:1670 @SQ SN:gi|23334585|ref|NC_004291.1| LN:6680 @SQ SN:gi|23334588|ref|NC_004294.1| LN:3376 @SQ SN:gi|23334591|ref|NC_004292.1| LN:7102 @SQ SN:gi|23334594|ref|NC_004293.1| LN:3432 @SQ SN:gi|23343509|ref|NC_004296.1| LN:3402 @SQ SN:gi|23343512|ref|NC_004297.1| LN:7279 @SQ SN:gi|23464593|ref|NC_003467.2| LN:3671 @SQ SN:gi|23464594|ref|NC_003468.2| LN:6562 @SQ SN:gi|24432113|ref|NC_004355.1| LN:10685 @SQ SN:gi|27531786|ref|NC_004500.1| LN:7461 @SQ SN:gi|27754751|ref|NC_004162.2| LN:11826 @SQ SN:gi|29468603|ref|NC_001906.2| LN:18234 @SQ SN:gi|29502191|ref|NC_002076.2| LN:3852 @SQ SN:gi|30271926|ref|NC_004718.3| LN:29751 @SQ SN:gi|32140160|ref|NC_004906.1| LN:890 @SQ SN:gi|32140163|ref|NC_004908.1| LN:1714 @SQ SN:gi|32140165|ref|NC_004909.1| LN:1418 @SQ SN:gi|32140167|ref|NC_004910.1| LN:2341 @SQ SN:gi|32140169|ref|NC_004911.1| LN:2328 @SQ SN:gi|32140171|ref|NC_004912.1| LN:2225 @SQ SN:gi|32141421|ref|NC_004907.1| LN:1025 @SQ SN:gi|32563515|ref|NC_005036.1| LN:15192 @SQ SN:gi|33112010|ref|NC_005039.1| LN:10857 @SQ SN:gi|33589253|ref|NC_005062.1| LN:10787 @SQ SN:gi|33620713|ref|NC_005064.1| LN:11375 @SQ SN:gi|34365526|ref|NC_005080.1| LN:7114 @SQ SN:gi|34365529|ref|NC_005081.1| LN:3411 @SQ SN:gi|34365532|ref|NC_005078.1| LN:3439 @SQ SN:gi|34365535|ref|NC_005079.1| LN:7196 @SQ SN:gi|34365538|ref|NC_005077.1| LN:3343 @SQ SN:gi|34365541|ref|NC_005082.1| LN:7081 @SQ SN:gi|38018022|ref|NC_005147.1| LN:30738 @SQ SN:gi|38371701|ref|NC_005214.1| LN:6423 @SQ SN:gi|38371703|ref|NC_005220.1| LN:3229 @SQ SN:gi|38371707|ref|NC_005221.1| LN:1720 @SQ SN:gi|38371710|ref|NC_005218.1| LN:1696 @SQ SN:gi|38371712|ref|NC_005219.1| LN:3616 @SQ SN:gi|38371716|ref|NC_005222.1| LN:6533 @SQ SN:gi|38371718|ref|NC_005223.1| LN:3682 @SQ SN:gi|38371720|ref|NC_005224.1| LN:1830 @SQ SN:gi|38371722|ref|NC_005225.1| LN:6550 @SQ SN:gi|38371723|ref|NC_005215.1| LN:3696 @SQ SN:gi|38371725|ref|NC_005216.1| LN:2059 @SQ SN:gi|38371727|ref|NC_005217.1| LN:6562 @SQ SN:gi|38488686|ref|NC_005226.1| LN:6541 @SQ SN:gi|38488690|ref|NC_005228.1| LN:3694 @SQ SN:gi|38505523|ref|NC_005233.1| LN:1673 @SQ SN:gi|38505525|ref|NC_005234.1| LN:3635 @SQ SN:gi|38505527|ref|NC_005235.1| LN:6532 @SQ SN:gi|38505529|ref|NC_005236.1| LN:1769 @SQ SN:gi|38505531|ref|NC_005237.1| LN:3651 @SQ SN:gi|38505533|ref|NC_005238.1| LN:6530 @SQ SN:gi|38707562|ref|NC_005283.1| LN:15702 @SQ SN:gi|39840949|ref|NC_005302.1| LN:1672 @SQ SN:gi|41057593|ref|NC_005339.1| LN:16650 @SQ SN:gi|41387225|ref|NC_005084.2| LN:15378 @SQ SN:gi|44965086|ref|NC_005775.1| LN:4385 @SQ SN:gi|44965093|ref|NC_005776.1| LN:6846 @SQ SN:gi|44965100|ref|NC_005777.1| LN:754 @SQ SN:gi|46852132|ref|NC_004148.2| LN:13335 @SQ SN:gi|48305606|ref|NC_010624.1| LN:7458 @SQ SN:gi|48696000|ref|NC_005894.1| LN:3393 @SQ SN:gi|48696024|ref|NC_005897.1| LN:7089 @SQ SN:gi|49169782|ref|NC_005831.2| LN:27553 @SQ SN:gi|50253426|ref|NC_005134.2| LN:7438 @SQ SN:gi|51593836|ref|NC_006152.1| LN:4642 @SQ SN:gi|51874225|ref|NC_001716.2| LN:153080 @SQ SN:gi|51950963|ref|NC_006269.1| LN:7429 @SQ SN:gi|52627072|ref|NC_006318.1| LN:1869 @SQ SN:gi|52627075|ref|NC_006320.1| LN:4215 @SQ SN:gi|52627076|ref|NC_006313.1| LN:7133 @SQ SN:gi|52627079|ref|NC_006317.1| LN:3366 @SQ SN:gi|52630349|ref|NC_006307.1| LN:2325 @SQ SN:gi|52630351|ref|NC_006308.1| LN:2265 @SQ SN:gi|52630353|ref|NC_006309.1| LN:2130 @SQ SN:gi|52630355|ref|NC_006310.1| LN:1968 @SQ SN:gi|52630357|ref|NC_006311.1| LN:1807 @SQ SN:gi|52673227|ref|NC_006319.1| LN:6404 @SQ SN:gi|52673229|ref|NC_006312.1| LN:1125 @SQ SN:gi|55733698|ref|NC_006447.1| LN:3419 @SQ SN:gi|55733701|ref|NC_006433.1| LN:1701 @SQ SN:gi|55733703|ref|NC_006435.1| LN:6533 @SQ SN:gi|55733705|ref|NC_006437.1| LN:3616 @SQ SN:gi|55770806|ref|NC_006429.1| LN:11940 @SQ SN:gi|55770807|ref|NC_006432.1| LN:18875 @SQ SN:gi|55770820|ref|NC_006428.1| LN:15450 @SQ SN:gi|55775697|ref|NC_006430.1| LN:15246 @SQ SN:gi|55775706|ref|NC_006439.1| LN:6997 @SQ SN:gi|56403977|ref|NC_006495.1| LN:2212 @SQ SN:gi|56403979|ref|NC_006496.1| LN:1927 @SQ SN:gi|56403981|ref|NC_006504.1| LN:955 @SQ SN:gi|56403984|ref|NC_006506.1| LN:1574 @SQ SN:gi|56403986|ref|NC_006507.1| LN:1418 @SQ SN:gi|56403988|ref|NC_006508.1| LN:2375 @SQ SN:gi|56410431|ref|NC_006296.2| LN:15882 @SQ SN:gi|56692441|ref|NC_006551.1| LN:11066 @SQ SN:gi|56692993|ref|NC_006554.1| LN:7476 @SQ SN:gi|56699498|ref|NC_006572.1| LN:7271 @SQ SN:gi|56699501|ref|NC_006573.1| LN:3402 @SQ SN:gi|56699504|ref|NC_006574.1| LN:7271 @SQ SN:gi|56699507|ref|NC_006575.1| LN:3427 @SQ SN:gi|56900714|ref|NC_006579.1| LN:14885 @SQ SN:gi|62326809|ref|NC_006947.1| LN:10653 @SQ SN:gi|66275797|ref|NC_006998.1| LN:194711 @SQ SN:gi|66391749|ref|NC_007013.1| LN:2249 @SQ SN:gi|66391753|ref|NC_007014.1| LN:2635 @SQ SN:gi|71037362|ref|NC_006383.2| LN:15948 @SQ SN:gi|73852943|ref|NC_007364.1| LN:865 @SQ SN:gi|73852946|ref|NC_007357.1| LN:2341 @SQ SN:gi|73852948|ref|NC_007358.1| LN:2341 @SQ SN:gi|73852950|ref|NC_007359.1| LN:2233 @SQ SN:gi|73852952|ref|NC_007360.1| LN:1565 @SQ SN:gi|73852954|ref|NC_007362.1| LN:1760 @SQ SN:gi|73852956|ref|NC_007363.1| LN:1027 @SQ SN:gi|73912682|ref|NC_007375.1| LN:2341 @SQ SN:gi|73912684|ref|NC_007376.1| LN:2233 @SQ SN:gi|73912686|ref|NC_007377.1| LN:1027 @SQ SN:gi|73918825|ref|NC_007378.1| LN:2341 @SQ SN:gi|73919059|ref|NC_007373.1| LN:2341 @SQ SN:gi|73919133|ref|NC_007371.1| LN:2233 @SQ SN:gi|73919135|ref|NC_007368.1| LN:1467 @SQ SN:gi|73919144|ref|NC_007374.1| LN:1773 @SQ SN:gi|73919146|ref|NC_007369.1| LN:1566 @SQ SN:gi|73919148|ref|NC_007372.1| LN:2341 @SQ SN:gi|73919151|ref|NC_007367.1| LN:1027 @SQ SN:gi|73919206|ref|NC_007366.1| LN:1762 @SQ SN:gi|73919211|ref|NC_007370.1| LN:890 @SQ SN:gi|73921265|ref|NC_007361.1| LN:1458 @SQ SN:gi|73921303|ref|NC_007382.1| LN:1410 @SQ SN:gi|73921306|ref|NC_007381.1| LN:1497 @SQ SN:gi|73921565|ref|NC_007380.1| LN:838 @SQ SN:gi|75905471|ref|NC_005300.2| LN:5366 @SQ SN:gi|76364065|ref|NC_005301.3| LN:12108 @SQ SN:gi|77124337|ref|NC_007454.1| LN:18954 @SQ SN:gi|77125236|ref|NC_007455.1| LN:5299 @SQ SN:gi|78761397|ref|NC_007573.1| LN:613 @SQ SN:gi|78765373|ref|NC_007548.1| LN:3538 @SQ SN:gi|78766369|ref|NC_007549.1| LN:2969 @SQ SN:gi|78766647|ref|NC_007550.1| LN:2512 @SQ SN:gi|78766821|ref|NC_007551.1| LN:2204 @SQ SN:gi|78767039|ref|NC_007552.1| LN:1307 @SQ SN:gi|78767273|ref|NC_007553.1| LN:1287 @SQ SN:gi|78767504|ref|NC_007554.1| LN:1004 @SQ SN:gi|78767691|ref|NC_007555.1| LN:932 @SQ SN:gi|78767825|ref|NC_007556.1| LN:820 @SQ SN:gi|78767973|ref|NC_007557.1| LN:739 @SQ SN:gi|78768152|ref|NC_007558.1| LN:649 @SQ SN:gi|80984706|ref|NC_007546.1| LN:2736 @SQ SN:gi|81002246|ref|NC_007545.1| LN:1037 @SQ SN:gi|81021557|ref|NC_007544.1| LN:1270 @SQ SN:gi|81022919|ref|NC_007543.1| LN:1350 @SQ SN:gi|81042249|ref|NC_007570.1| LN:1353 @SQ SN:gi|81054207|ref|NC_007571.1| LN:1063 @SQ SN:gi|81097459|ref|NC_007547.1| LN:3309 @SQ SN:gi|81097461|ref|NC_007572.1| LN:2283 @SQ SN:gi|81097463|ref|NC_007574.1| LN:2166 @SQ SN:gi|81097465|ref|NC_007569.1| LN:730 @SQ SN:gi|82503188|ref|NC_007605.1| LN:171823 @SQ SN:gi|82712717|ref|NC_007620.1| LN:15516 @SQ SN:gi|83716025|ref|NC_007652.1| LN:14071 @SQ SN:gi|85667876|ref|NC_006577.2| LN:29926 @SQ SN:gi|85719259|ref|NC_007742.1| LN:1208 @SQ SN:gi|85719261|ref|NC_007743.1| LN:1147 @SQ SN:gi|85719263|ref|NC_007744.1| LN:943 @SQ SN:gi|85719265|ref|NC_007745.1| LN:903 @SQ SN:gi|85719267|ref|NC_007746.1| LN:897 @SQ SN:gi|85719269|ref|NC_007747.1| LN:760 @SQ SN:gi|85813347|ref|NC_007736.1| LN:3740 @SQ SN:gi|85813349|ref|NC_007737.1| LN:3055 @SQ SN:gi|85813351|ref|NC_007738.1| LN:2404 @SQ SN:gi|85813353|ref|NC_007739.1| LN:2062 @SQ SN:gi|85813355|ref|NC_007740.1| LN:1870 @SQ SN:gi|85813357|ref|NC_007741.1| LN:1750 @SQ SN:gi|89885729|ref|NC_007903.1| LN:3380 @SQ SN:gi|89888070|ref|NC_007803.1| LN:19212 @SQ SN:gi|89902995|ref|NC_007906.1| LN:7316 @SQ SN:gi|89902998|ref|NC_007905.1| LN:3366 @SQ SN:gi|89903001|ref|NC_007904.1| LN:7325 @SQ SN:gi|93163150|ref|NC_004905.2| LN:1557 @SQ SN:gi|106060735|ref|NC_001959.2| LN:7654 @SQ SN:gi|110645916|ref|NC_001401.2| LN:4679 @SQ SN:gi|119952252|ref|NC_008719.1| LN:10793 @SQ SN:gi|119952254|ref|NC_008718.1| LN:10510 @SQ SN:gi|123205971|ref|NC_007580.2| LN:10940 @SQ SN:gi|134133206|ref|NC_009225.1| LN:3245 @SQ SN:gi|134288556|ref|NC_009238.1| LN:5040 @SQ SN:gi|139424470|ref|NC_009334.1| LN:172764 @SQ SN:gi|139472801|ref|NC_009333.1| LN:137969 @SQ SN:gi|148283122|ref|NC_009489.1| LN:15486 @SQ SN:gi|148724425|ref|NC_009527.1| LN:11966 @SQ SN:gi|148724431|ref|NC_009528.1| LN:11930 @SQ SN:gi|148724565|ref|NC_009539.1| LN:5229 @SQ SN:gi|151266277|ref|NC_009640.1| LN:15180 @SQ SN:gi|155573622|ref|NC_006273.2| LN:235646 @SQ SN:gi|157781208|ref|NC_009825.1| LN:9355 @SQ SN:gi|157781210|ref|NC_009826.1| LN:9343 @SQ SN:gi|157781212|ref|NC_009823.1| LN:9711 @SQ SN:gi|157781214|ref|NC_009827.1| LN:9628 @SQ SN:gi|157781216|ref|NC_009824.1| LN:9456 @SQ SN:gi|157939567|ref|NC_009896.1| LN:858 @SQ SN:gi|157939615|ref|NC_009894.1| LN:6868 @SQ SN:gi|157939617|ref|NC_009895.1| LN:4309 @SQ SN:gi|158516887|ref|NC_009942.1| LN:11029 @SQ SN:gi|158539108|ref|NC_001608.3| LN:19111 @SQ SN:gi|158976983|ref|NC_001474.2| LN:10723 @SQ SN:gi|163644368|ref|NC_001475.2| LN:10707 @SQ SN:gi|164607193|ref|NC_010248.1| LN:3535 @SQ SN:gi|164607196|ref|NC_010250.1| LN:7184 @SQ SN:gi|164607199|ref|NC_010251.1| LN:7046 @SQ SN:gi|164607202|ref|NC_010249.1| LN:7053 @SQ SN:gi|164607205|ref|NC_010255.1| LN:7102 @SQ SN:gi|164607208|ref|NC_010256.1| LN:3339 @SQ SN:gi|164607211|ref|NC_010252.1| LN:7106 @SQ SN:gi|164607214|ref|NC_010254.1| LN:3332 @SQ SN:gi|164682561|ref|NC_010247.1| LN:3341 @SQ SN:gi|164682564|ref|NC_010253.1| LN:3343 @SQ SN:gi|165973999|ref|NC_010277.1| LN:5387 @SQ SN:gi|166159177|ref|NC_008604.2| LN:10837 @SQ SN:gi|172088171|ref|NC_010562.1| LN:3357 @SQ SN:gi|172088174|ref|NC_010563.1| LN:7107 @SQ SN:gi|188531114|ref|NC_010702.1| LN:7141 @SQ SN:gi|188531117|ref|NC_010700.1| LN:3316 @SQ SN:gi|188531120|ref|NC_010703.1| LN:7132 @SQ SN:gi|188543036|ref|NC_010704.1| LN:1530 @SQ SN:gi|188543069|ref|NC_010707.1| LN:6581 @SQ SN:gi|188543102|ref|NC_010708.1| LN:3621 @SQ SN:gi|188572141|ref|NC_010701.1| LN:3533 @SQ SN:gi|189026268|ref|NC_010757.1| LN:3410 @SQ SN:gi|189026271|ref|NC_010759.1| LN:7038 @SQ SN:gi|189026274|ref|NC_010758.1| LN:3474 @SQ SN:gi|189026277|ref|NC_010760.1| LN:7174 @SQ SN:gi|189026280|ref|NC_010761.1| LN:7088 @SQ SN:gi|189043026|ref|NC_010756.1| LN:3406 @SQ SN:gi|190340974|ref|NC_010956.1| LN:35083 @SQ SN:gi|197944726|ref|NC_011203.1| LN:35343 @SQ SN:gi|197944766|ref|NC_011202.1| LN:34794 @SQ SN:gi|211910015|ref|NC_006306.2| LN:935 @SQ SN:gi|222824550|ref|NC_012042.1| LN:5196 @SQ SN:gi|224504298|ref|NC_012126.1| LN:2140 @SQ SN:gi|226377833|ref|NC_012532.1| LN:10794 @SQ SN:gi|226377835|ref|NC_012533.1| LN:10723 @SQ SN:gi|226377837|ref|NC_012534.1| LN:10941 @SQ SN:gi|226938554|ref|NC_012564.1| LN:5242 @SQ SN:gi|229904919|ref|NC_012671.1| LN:10865 @SQ SN:gi|238801614|ref|NC_012735.1| LN:10814 @SQ SN:gi|238890537|ref|NC_012776.1| LN:3189 @SQ SN:gi|238890540|ref|NC_012777.1| LN:7163 @SQ SN:gi|253756605|ref|NC_012950.1| LN:30953 @SQ SN:gi|253761974|ref|NC_012959.1| LN:34920 @SQ SN:gi|254688376|ref|NC_012932.1| LN:11064 @SQ SN:gi|255237668|ref|NC_013057.1| LN:3383 @SQ SN:gi|255237729|ref|NC_013058.1| LN:7207 @SQ SN:gi|255614072|ref|NC_009026.2| LN:10815 @SQ SN:gi|289183404|ref|NC_012729.2| LN:5104 @SQ SN:gi|294719514|ref|NC_009029.2| LN:10874 @SQ SN:gi|294768540|ref|NC_009028.2| LN:10755 @SQ SN:gi|295413830|ref|NC_014072.1| LN:2064 @SQ SN:gi|295413834|ref|NC_014073.1| LN:3629 @SQ SN:gi|295413915|ref|NC_014068.1| LN:2910 @SQ SN:gi|295413918|ref|NC_014074.1| LN:3729 @SQ SN:gi|295413923|ref|NC_014075.1| LN:3759 @SQ SN:gi|295413928|ref|NC_014076.1| LN:3770 @SQ SN:gi|295413933|ref|NC_014069.1| LN:3690 @SQ SN:gi|295413936|ref|NC_014070.1| LN:2878 @SQ SN:gi|295413940|ref|NC_014071.1| LN:2797 @SQ SN:gi|295413944|ref|NC_014077.1| LN:3899 @SQ SN:gi|295413947|ref|NC_014078.1| LN:3808 @SQ SN:gi|295413950|ref|NC_014079.1| LN:3798 @SQ SN:gi|295413954|ref|NC_014080.1| LN:3736 @SQ SN:gi|295413958|ref|NC_014081.1| LN:3748 @SQ SN:gi|295413965|ref|NC_014082.1| LN:2952 @SQ SN:gi|295413968|ref|NC_014083.1| LN:3763 @SQ SN:gi|295413972|ref|NC_014084.1| LN:3790 @SQ SN:gi|295413977|ref|NC_014085.1| LN:3371 @SQ SN:gi|295413982|ref|NC_014086.1| LN:2765 @SQ SN:gi|295413991|ref|NC_014087.1| LN:3718 @SQ SN:gi|295441873|ref|NC_014088.1| LN:2897 @SQ SN:gi|295441877|ref|NC_014089.1| LN:2908 @SQ SN:gi|295441881|ref|NC_014090.1| LN:2785 @SQ SN:gi|295441884|ref|NC_014091.1| LN:3818 @SQ SN:gi|295441891|ref|NC_014093.1| LN:3253 @SQ SN:gi|295441896|ref|NC_014094.1| LN:3705 @SQ SN:gi|295441901|ref|NC_014095.1| LN:2897 @SQ SN:gi|295441905|ref|NC_014096.1| LN:3787 @SQ SN:gi|295441908|ref|NC_014097.1| LN:2856 @SQ SN:gi|302315369|ref|NC_014372.1| LN:18935 @SQ SN:gi|302371213|ref|NC_014373.1| LN:18940 @SQ SN:gi|302596920|ref|NC_014397.1| LN:6404 @SQ SN:gi|302596922|ref|NC_014396.1| LN:3885 @SQ SN:gi|302596924|ref|NC_014395.1| LN:1690 @SQ SN:gi|312164870|ref|NC_014523.1| LN:2794 @SQ SN:gi|312164872|ref|NC_014522.1| LN:3897 @SQ SN:gi|312164874|ref|NC_014525.1| LN:1731 @SQ SN:gi|312164876|ref|NC_014526.1| LN:1722 @SQ SN:gi|312164878|ref|NC_014527.1| LN:1666 @SQ SN:gi|312164880|ref|NC_014528.1| LN:1181 @SQ SN:gi|312164882|ref|NC_014531.1| LN:703 @SQ SN:gi|312164884|ref|NC_014530.1| LN:1056 @SQ SN:gi|312164887|ref|NC_014529.1| LN:1172 @SQ SN:gi|312166200|ref|NC_014524.1| LN:1936 @SQ SN:gi|312192953|ref|NC_014480.2| LN:3322 @SQ SN:gi|312234429|ref|NC_014092.2| LN:2735 @SQ SN:gi|325961446|ref|NC_015212.1| LN:2164 @SQ SN:gi|328545954|ref|NC_015375.1| LN:1842 @SQ SN:gi|328550464|ref|NC_015373.1| LN:4326 @SQ SN:gi|328550466|ref|NC_015374.1| LN:6327 @SQ SN:gi|330444744|ref|NC_015411.1| LN:4403 @SQ SN:gi|330444746|ref|NC_015412.1| LN:6439 @SQ SN:gi|330464826|ref|NC_015413.1| LN:1761 @SQ SN:gi|330850808|ref|NC_015450.1| LN:4185 @SQ SN:gi|330850810|ref|NC_015451.1| LN:6393 @SQ SN:gi|330850812|ref|NC_015452.1| LN:1830 @SQ SN:gi|335352415|ref|NC_015521.1| LN:7310 @SQ SN:gi|336284682|ref|NC_001545.2| LN:9762 @SQ SN:gi|338209357|ref|NC_015691.1| LN:7632 @SQ SN:gi|338209365|ref|NC_015692.1| LN:7686 @SQ SN:gi|339832375|ref|NC_015783.1| LN:3725 @SQ SN:gi|351694292|ref|NC_011510.2| LN:2362 @SQ SN:gi|352950877|ref|NC_011500.2| LN:1614 @SQ SN:gi|352950878|ref|NC_011501.2| LN:1105 @SQ SN:gi|352950879|ref|NC_011502.2| LN:1059 @SQ SN:gi|352950880|ref|NC_011503.2| LN:1062 @SQ SN:gi|352950881|ref|NC_011506.2| LN:2693 @SQ SN:gi|352950882|ref|NC_011507.2| LN:3302 @SQ SN:gi|352950883|ref|NC_011508.2| LN:2591 @SQ SN:gi|352950884|ref|NC_011509.2| LN:1356 @SQ SN:gi|353072697|ref|NC_011504.2| LN:751 @SQ SN:gi|353072704|ref|NC_011505.2| LN:667 @SQ SN:gi|355469071|ref|NC_016144.1| LN:18927 @SQ SN:gi|356457872|ref|NC_000883.2| LN:5596 @SQ SN:gi|356457881|ref|NC_005227.2| LN:1831 @SQ SN:gi|356491217|ref|NC_016152.1| LN:3377 @SQ SN:gi|356491220|ref|NC_016153.1| LN:7230 @SQ SN:gi|358356460|ref|NC_016157.1| LN:7326 @SQ SN:gi|379764913|ref|NC_016958.1| LN:10986 @SQ SN:gi|380877198|ref|NC_016997.1| LN:10791 @SQ SN:gi|381333920|ref|NC_015843.2| LN:10990 @SQ SN:gi|387935512|ref|NC_017936.1| LN:7696 @SQ SN:gi|387935515|ref|NC_017937.1| LN:15276 @SQ SN:gi|389656400|ref|NC_017993.1| LN:7293 @SQ SN:gi|389656408|ref|NC_017994.1| LN:7319 @SQ SN:gi|389656416|ref|NC_017995.1| LN:7236 @SQ SN:gi|389656424|ref|NC_017996.1| LN:7341 @SQ SN:gi|389656432|ref|NC_017997.1| LN:7271 @SQ SN:gi|394922808|ref|NC_017086.1| LN:10733 @SQ SN:gi|395406760|ref|NC_018136.1| LN:6368 @SQ SN:gi|395406762|ref|NC_018137.1| LN:1744 @SQ SN:gi|395406765|ref|NC_018138.1| LN:3378 @SQ SN:gi|400354812|ref|NC_018382.1| LN:6796 @SQ SN:gi|401829604|ref|NC_018459.1| LN:4335 @SQ SN:gi|401829606|ref|NC_018460.1| LN:834 @SQ SN:gi|401829609|ref|NC_018461.1| LN:6861 @SQ SN:gi|401829611|ref|NC_018462.1| LN:843 @SQ SN:gi|401829614|ref|NC_018463.1| LN:6863 @SQ SN:gi|401829616|ref|NC_018464.1| LN:927 @SQ SN:gi|401829619|ref|NC_018465.1| LN:6966 @SQ SN:gi|401829621|ref|NC_018466.1| LN:4330 @SQ SN:gi|401829623|ref|NC_018467.1| LN:4314 @SQ SN:gi|401829625|ref|NC_018476.1| LN:6895 @SQ SN:gi|401829627|ref|NC_018477.1| LN:860 @SQ SN:gi|401829630|ref|NC_018478.1| LN:4417 @SQ SN:gi|401829632|ref|NC_018481.1| LN:3368 @SQ SN:gi|401829635|ref|NC_018482.1| LN:6922 @SQ SN:gi|401829638|ref|NC_018483.1| LN:3482 @SQ SN:gi|401829641|ref|NC_018484.1| LN:6812 @SQ SN:gi|406608984|ref|NC_018629.1| LN:11902 @SQ SN:gi|407868427|ref|NC_018670.1| LN:10990 @SQ SN:gi|407992845|ref|NC_018705.1| LN:10891 @SQ SN:gi|408354100|ref|NC_018710.1| LN:3419 @SQ SN:gi|408354103|ref|NC_018711.1| LN:7195 @SQ SN:gi|410118099|ref|NC_019023.1| LN:7212 @SQ SN:gi|422937945|ref|NC_019531.1| LN:15048 @SQ SN:gi|470457049|ref|NC_020498.1| LN:2912 @SQ SN:gi|471236999|ref|NC_020807.1| LN:12016 @SQ SN:gi|471237005|ref|NC_020808.1| LN:11918 @SQ SN:gi|471237011|ref|NC_020809.1| LN:11980 @SQ SN:gi|471237017|ref|NC_020810.1| LN:11976 @SQ SN:gi|481852723|ref|NC_021069.1| LN:10865 @SQ SN:gi|485191031|ref|NC_021153.1| LN:8879 @SQ SN:gi|512721866|ref|NC_021483.1| LN:7286 @SQ SN:gi|514360948|ref|NC_021541.1| LN:3511 @SQ SN:gi|514360950|ref|NC_021542.1| LN:814 @SQ SN:gi|514360952|ref|NC_021543.1| LN:2306 @SQ SN:gi|514360954|ref|NC_021544.1| LN:1269 @SQ SN:gi|514360956|ref|NC_021545.1| LN:2847 @SQ SN:gi|514360958|ref|NC_021546.1| LN:1276 @SQ SN:gi|514360962|ref|NC_021547.1| LN:1179 @SQ SN:gi|514360964|ref|NC_021548.1| LN:1007 @SQ SN:gi|514360966|ref|NC_021549.1| LN:631 @SQ SN:gi|514360968|ref|NC_021550.1| LN:751 @SQ SN:gi|514360970|ref|NC_021551.1| LN:2341 @SQ SN:gi|517501503|ref|NC_021580.1| LN:3014 @SQ SN:gi|517501509|ref|NC_021581.1| LN:2364 @SQ SN:gi|517501521|ref|NC_021582.1| LN:825 @SQ SN:gi|517501532|ref|NC_021583.1| LN:1295 @SQ SN:gi|517501542|ref|NC_021584.1| LN:1012 @SQ SN:gi|517501551|ref|NC_021585.1| LN:1052 @SQ SN:gi|517501569|ref|NC_021586.1| LN:801 @SQ SN:gi|517501583|ref|NC_021587.1| LN:678 @SQ SN:gi|517501593|ref|NC_021588.1| LN:1267 @SQ SN:gi|517501601|ref|NC_021589.1| LN:2352 @SQ SN:gi|517501610|ref|NC_021590.1| LN:3526 @SQ SN:gi|520782927|ref|NC_021625.1| LN:3296 @SQ SN:gi|520782935|ref|NC_021626.1| LN:2769 @SQ SN:gi|520782943|ref|NC_021627.1| LN:990 @SQ SN:gi|520782953|ref|NC_021628.1| LN:1068 @SQ SN:gi|520782962|ref|NC_021629.1| LN:706 @SQ SN:gi|520782970|ref|NC_021630.1| LN:2174 @SQ SN:gi|520782976|ref|NC_021631.1| LN:2246 @SQ SN:gi|520782982|ref|NC_021632.1| LN:1791 @SQ SN:gi|520782995|ref|NC_021633.1| LN:1309 @SQ SN:gi|520783009|ref|NC_021634.1| LN:678 @SQ SN:gi|520783028|ref|NC_021635.1| LN:1314 @SQ SN:chr1 LN:249250621 @SQ SN:chr2 LN:243199373 @SQ SN:chr3 LN:198022430 @SQ SN:chr4 LN:191154276 @SQ SN:chr5 LN:180915260 @SQ SN:chr6 LN:171115067 @SQ SN:chr7 LN:159138663 @SQ SN:chr8 LN:146364022 @SQ SN:chr9 LN:141213431 @SQ SN:chr10 LN:135534747 @SQ SN:chr11 LN:135006516 @SQ SN:chr12 LN:133851895 @SQ SN:chr13 LN:115169878 @SQ SN:chr14 LN:107349540 @SQ SN:chr15 LN:102531392 @SQ SN:chr16 LN:90354753 @SQ SN:chr17 LN:81195210 @SQ SN:chr18 LN:78077248 @SQ SN:chr19 LN:59128983 @SQ SN:chr20 LN:63025520 @SQ SN:chr21 LN:48129895 @SQ SN:chr22 LN:51304566 @SQ SN:chrX LN:155270560 @SQ SN:chrY LN:59373566 @SQ SN:chrM LN:16569 @SQ SN:GL000207.1 LN:4262 @SQ SN:GL000226.1 LN:15008 @SQ SN:GL000229.1 LN:19913 @SQ SN:GL000231.1 LN:27386 @SQ SN:GL000210.1 LN:27682 @SQ SN:GL000239.1 LN:33824 @SQ SN:GL000235.1 LN:34474 @SQ SN:GL000201.1 LN:36148 @SQ SN:GL000247.1 LN:36422 @SQ SN:GL000245.1 LN:36651 @SQ SN:GL000197.1 LN:37175 @SQ SN:GL000203.1 LN:37498 @SQ SN:GL000246.1 LN:38154 @SQ SN:GL000249.1 LN:38502 @SQ SN:GL000196.1 LN:38914 @SQ SN:GL000248.1 LN:39786 @SQ SN:GL000244.1 LN:39929 @SQ SN:GL000238.1 LN:39939 @SQ SN:GL000202.1 LN:40103 @SQ SN:GL000234.1 LN:40531 @SQ SN:GL000232.1 LN:40652 @SQ SN:GL000206.1 LN:41001 @SQ SN:GL000240.1 LN:41933 @SQ SN:GL000236.1 LN:41934 @SQ SN:GL000241.1 LN:42152 @SQ SN:GL000243.1 LN:43341 @SQ SN:GL000242.1 LN:43523 @SQ SN:GL000230.1 LN:43691 @SQ SN:GL000237.1 LN:45867 @SQ SN:GL000233.1 LN:45941 @SQ SN:GL000204.1 LN:81310 @SQ SN:GL000198.1 LN:90085 @SQ SN:GL000208.1 LN:92689 @SQ SN:GL000191.1 LN:106433 @SQ SN:GL000227.1 LN:128374 @SQ SN:GL000228.1 LN:129120 @SQ SN:GL000214.1 LN:137718 @SQ SN:GL000221.1 LN:155397 @SQ SN:GL000209.1 LN:159169 @SQ SN:GL000218.1 LN:161147 @SQ SN:GL000220.1 LN:161802 @SQ SN:GL000213.1 LN:164239 @SQ SN:GL000211.1 LN:166566 @SQ SN:GL000199.1 LN:169874 @SQ SN:GL000217.1 LN:172149 @SQ SN:GL000216.1 LN:172294 @SQ SN:GL000215.1 LN:172545 @SQ SN:GL000205.1 LN:174588 @SQ SN:GL000219.1 LN:179198 @SQ SN:GL000224.1 LN:179693 @SQ SN:GL000223.1 LN:180455 @SQ SN:GL000195.1 LN:182896 @SQ SN:GL000212.1 LN:186858 @SQ SN:GL000222.1 LN:186861 @SQ SN:GL000200.1 LN:187035 @SQ SN:GL000193.1 LN:189789 @SQ SN:GL000194.1 LN:191469 @SQ SN:GL000225.1 LN:211173 @SQ SN:GL000192.1 LN:547496 @SQ SN:NC_007605 LN:171823 @SQ SN:hs37d5 LN:35477943 @PG ID:samtools PN:samtools VN:1.10 CL:samtools view -H /srv/ngs/analysis/aievola/EGA_file_2/EGAF00000922996/NBL01_T.bam

brentp commented 1 year ago

I don't see the problem in those headers, but it's indicating that you hae a duplicate SN in the samples that you are running.

Giuseppe1995 commented 1 year ago

Sorry, could you indicate which one is duplicated? Because I checked the bam header of the two files and they appear to be identical, and no contig seems to be duplicated.

brentp commented 1 year ago

Yeah, I don't see the problem. It's something with biogo/hts sam header parsing.