brightics / studio

Component based analytics studio on the web browser
Other
181 stars 85 forks source link

After installing graphviz via conda install on miniconda, get error #764

Closed krazyeom closed 4 years ago

krazyeom commented 4 years ago

There is no problem on Anaconda. But something problem on miniconda. When I use graphviz on linux, I get a error message as show as below.

(base) krazyeom@DESKTOP-FHH7TLU:~$ dot Warning: Could not load "/home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/libgvplugin_pango.so.6" - file not found

so I cannot use functions that use the graphviz on B. Studio.

krazyeom commented 4 years ago

While installing graphviz, I've got the following log messages In intenet conected envirenment.

* _libgcc_mutex-0.1

Downloading and Extracting Packages
certifi-2020.4.5.2   | 157 KB    | ############################################################################# | 100%
graphite2-1.3.13     | 98 KB     | ############################################################################# | 100%
lz4-c-1.9.2          | 191 KB    | ############################################################################# | 100%
glib-2.63.1          | 2.9 MB    | ############################################################################# | 100%
libuuid-1.0.3        | 15 KB     | ############################################################################# | 100%
jpeg-9b              | 214 KB    | ############################################################################# | 100%
libxcb-1.13          | 421 KB    | ############################################################################# | 100%
pixman-0.38.0        | 364 KB    | ############################################################################# | 100%
freetype-2.10.2      | 608 KB    | ############################################################################# | 100%
libxml2-2.9.10       | 1.2 MB    | ############################################################################# | 100%
cairo-1.14.12        | 906 KB    | ############################################################################# | 100%
libffi-3.2.1         | 40 KB     | ############################################################################# | 100%
libtiff-4.1.0        | 449 KB    | ############################################################################# | 100%
fontconfig-2.13.0    | 227 KB    | ############################################################################# | 100%
zstd-1.4.4           | 447 KB    | ############################################################################# | 100%
icu-58.2             | 10.5 MB   | ############################################################################# | 100%
expat-2.2.6          | 146 KB    | ############################################################################# | 100%
libpng-1.6.37        | 278 KB    | ############################################################################# | 100%
graphviz-2.40.1      | 6.5 MB    | ############################################################################# | 100%
cffi-1.14.0          | 224 KB    | ############################################################################# | 100%
harfbuzz-1.8.8       | 507 KB    | ############################################################################# | 100%
fribidi-1.0.5        | 101 KB    | ############################################################################# | 100%
pango-1.42.4         | 464 KB    | ############################################################################# | 100%
pcre-8.43            | 209 KB    | ############################################################################# | 100%
python-3.7.7         | 45.0 MB   | ############################################################################# | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
(base) krazyeom@DESKTOP-FHH7TLU:~$ dot
Warning: Could not load "/home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/libgvplugin_pango.so.6" - file not found

I've tried to find List Dynamic Dependencies libgvplugin_pango.so.6 of by ldd command.

(base) krazyeom@DESKTOP-FHH7TLU:~$ ldd /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/libgvplugin_pango.so.6
        linux-vdso.so.1 (0x00007fffc8491000)
        libgvc.so.6 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libgvc.so.6 (0x00007f5955330000)
        libxdot.so.4 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libxdot.so.4 (0x00007f5955120000)
        libcgraph.so.6 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libcgraph.so.6 (0x00007f5954f00000)
        libcdt.so.5 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libcdt.so.5 (0x00007f5954cf0000)
        libpathplan.so.4 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libpathplan.so.4 (0x00007f5954ae0000)
        libexpat.so.1 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libexpat.so.1 (0x00007f5954aac000)
        libpangocairo-1.0.so.0 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libpangocairo-1.0.so.0 (0x00007f5954a90000)
        libcairo.so.2 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libcairo.so.2 (0x00007f5954790000)
        libpixman-1.so.0 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libpixman-1.so.0 (0x00007f59546d7000)
        libXrender.so.1 => not found
        libX11.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libX11.so.6 (0x00007f5954390000)
        libXext.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXext.so.6 (0x00007f5954170000)
        libpangoft2-1.0.so.0 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libpangoft2-1.0.so.0 (0x00007f5954158000)
        libharfbuzz.so.0 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libharfbuzz.so.0 (0x00007f59540a2000)
        libgraphite2.so.3 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libgraphite2.so.3 (0x00007f5954077000)
        libpango-1.0.so.0 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libpango-1.0.so.0 (0x00007f595402e000)
        libgthread-2.0.so.0 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libgthread-2.0.so.0 (0x00007f5954020000)
        libgobject-2.0.so.0 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libgobject-2.0.so.0 (0x00007f5953fc0000)
        libffi.so.6 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libffi.so.6 (0x00007f5953da0000)
        libglib-2.0.so.0 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libglib-2.0.so.0 (0x00007f5953c77000)
        libpcre.so.1 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libpcre.so.1 (0x00007f5953c2f000)
        libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f5953a10000)
        libfribidi.so.0 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libfribidi.so.0 (0x00007f59539ef000)
        libfontconfig.so.1 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libfontconfig.so.1 (0x00007f59537a0000)
        libxml2.so.2 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libxml2.so.2 (0x00007f5953628000)
        libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f5953420000)
        libicui18n.so.58 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libicui18n.so.58 (0x00007f59531a1000)
        libicuuc.so.58 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libicuuc.so.58 (0x00007f5952fee000)
        libicudata.so.58 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libicudata.so.58 (0x00007f59516e0000)
        liblzma.so.5 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../liblzma.so.5 (0x00007f59516b7000)
        librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f59514a0000)
        libuuid.so.1 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libuuid.so.1 (0x00007f5951290000)
        libfreetype.so.6 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libfreetype.so.6 (0x00007f59511dc000)
        libpng16.so.16 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libpng16.so.16 (0x00007f59511a3000)
        libz.so.1 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libz.so.1 (0x00007f5951183000)
        libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f5950de0000)
        libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f59509e0000)
        /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f5955800000)
        libXrender.so.1 => not found
        libXrender.so.1 => not found
        libxcb.so.1 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/../libxcb.so.1 (0x00007f59507b0000)
        libstdc++.so.6 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/.././libstdc++.so.6 (0x00007f595062c000)
        libgcc_s.so.1 => /home/krazyeom/miniconda3/lib/graphviz/.././libgcc_s.so.1 (0x00007f5950618000)
        libXau.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libXau.so.6 (0x00007f5950410000)

and then atter following command

conda install xorg-libxrender

It works correctly.