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bxlab / metaWRAP

MetaWRAP - a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis
MIT License
394 stars 191 forks source link

R dependencies for Blobology #9

Open karoraw1 opened 6 years ago

karoraw1 commented 6 years ago

So I ran into an issue rendering blobplot PNGs on MARCC.

Error in .External2(C_X11, paste("png::", filename, sep = ""), g$width,  : 
  unable to start device PNG
Calls: png
In addition: Warning message:
In png(paste(arg_input_file, taxlevel, "png", sep = "."), (numcols *  :
  unable to open connection to X11 display ''
Execution halted

I tracked it down to the lack of PNG support on some installations of R i.e.

> capabilities()
       jpeg         png        tiff       tcltk         X11        aqua 
      FALSE       FALSE       FALSE       FALSE       FALSE       FALSE 
   http/ftp     sockets      libxml        fifo      cledit       iconv 
       TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE 
        NLS     profmem       cairo         ICU long.double     libcurl 
       TRUE       FALSE       FALSE       FALSE        TRUE        TRUE

I got around this by installing R and one other random package into my metawrap-env using conda:

$ conda install r-essentials
Fetching package metadata ...................
Solving package specifications: .

Package plan for installation in environment /home-3/karoraw1@jhu.edu/scratch/miniconda2/envs/metawrap-env:

The following NEW packages will be INSTALLED:

    backports:                          1.0-py27_1         conda-forge
    backports.shutil_get_terminal_size: 1.0.0-py_3         conda-forge
    backports_abc:                      0.5-py27_0         conda-forge
    bleach:                             1.4.2-py27_0       bioconda   
    configparser:                       3.5.0-py27_0       conda-forge
    decorator:                          4.1.2-py27_0       conda-forge
    entrypoints:                        0.2.3-py27_1       conda-forge
    functools32:                        3.2.3.2-py27_2     conda-forge
    glib:                               2.50.2-1                      
    harfbuzz:                           0.9.39-2                      
    html5lib:                           1.0.1-py_0         conda-forge
    ipykernel:                          4.8.1-py27_0       conda-forge
    ipython:                            5.5.0-py27_0       conda-forge
    ipython_genutils:                   0.2.0-py27_0       conda-forge
    jsonschema:                         2.6.0-py27_1       conda-forge
    jupyter_client:                     5.2.2-py27_0       conda-forge
    jupyter_core:                       4.4.0-py_0         conda-forge
    libsodium:                          1.0.15-1           conda-forge
    mistune:                            0.8.3-py_0         conda-forge
    nbconvert:                          5.3.1-py_1         conda-forge
    nbformat:                           4.4.0-py27_0       conda-forge
    notebook:                           5.4.0-py27_0       conda-forge
    pandoc:                             2.0.0.1-0          conda-forge
    pandocfilters:                      1.4.1-py27_0       conda-forge
    pango:                              1.40.3-1                      
    pathlib2:                           2.3.0-py27_0       conda-forge
    pexpect:                            4.4.0-py27_0       conda-forge
    pickleshare:                        0.7.4-py27_0       conda-forge
    prompt_toolkit:                     1.0.15-py27_0      conda-forge
    ptyprocess:                         0.5.2-py27_0       conda-forge
    pyzmq:                              16.0.1-py27_0      conda-forge
    r-assertthat:                       0.2.0-r3.4.1_0     r          
    r-backports:                        1.1.0-r3.4.1_0     r          
    r-base:                             3.4.1-0            conda-forge
    r-base64enc:                        0.1_3-r3.4.1_0     r          
    r-bh:                               1.62.0_1-r3.4.1_0  r          
    r-bindr:                            0.1-r3.4.1_0       r          
    r-bindrcpp:                         0.2-r3.4.1_0       r          
    r-bitops:                           1.0_6-r3.4.1_2     r          
    r-boot:                             1.3_19-r3.4.1_0    r          
    r-broom:                            0.4.2-r3.4.1_0     r          
    r-car:                              2.1_4-r3.4.1_0     r          
    r-caret:                            6.0_76-r3.4.1_0    r          
    r-catools:                          1.17.1-r3.4.1_2    r          
    r-cellranger:                       1.1.0-r3.4.1_0     r          
    r-class:                            7.3_14-r3.4.1_0    r          
    r-cluster:                          2.0.6-r3.4.1_0     r          
    r-codetools:                        0.2_15-r3.4.1_0    r          
    r-colorspace:                       1.3_2-r3.4.1_0     r          
    r-crayon:                           1.3.2-r3.4.1_0     r          
    r-curl:                             2.6-r3.4.1_0       r          
    r-data.table:                       1.10.4-r3.4.1_0    r          
    r-dbi:                              0.6_1-r3.4.1_0     r          
    r-dichromat:                        2.0_0-r3.4.1_2     r          
    r-digest:                           0.6.12-r3.4.1_0    r          
    r-dplyr:                            0.7.0-r3.4.1_0     r          
    r-essentials:                       1.6.0-r3.4.1_0     r          
    r-evaluate:                         0.10-r3.4.1_0      r          
    r-forcats:                          0.2.0-r3.4.1_0     r          
    r-foreach:                          1.4.3-r3.4.1_0     r          
    r-foreign:                          0.8_68-r3.4.1_0    r          
    r-formatr:                          1.5-r3.4.1_0       r          
    r-ggplot2:                          2.2.1-r3.4.1_0     r          
    r-gistr:                            0.4.0-r3.4.1_0     r          
    r-glmnet:                           2.0_10-r3.4.1_0    r          
    r-glue:                             1.1.1-r3.4.1_0     r          
    r-gtable:                           0.2.0-r3.4.1_0     r          
    r-haven:                            1.0.0-r3.4.1_0     r          
    r-hexbin:                           1.27.1-r3.4.1_0    r          
    r-highr:                            0.6-r3.4.1_0       r          
    r-hms:                              0.3-r3.4.1_0       r          
    r-htmltools:                        0.3.6-r3.4.1_0     r          
    r-htmlwidgets:                      0.8-r3.4.1_1       r          
    r-httpuv:                           1.3.3-r3.4.1_0     r          
    r-httr:                             1.2.1-r3.4.1_0     r          
    r-irdisplay:                        0.4.4-r3.4.1_0     r          
    r-irkernel:                         0.7.1-r3.4.1_0     r          
    r-iterators:                        1.0.8-r3.4.1_0     r          
    r-jsonlite:                         1.5-r3.4.1_0       r          
    r-kernsmooth:                       2.23_15-r3.4.1_0   r          
    r-knitr:                            1.16-r3.4.1_0      r          
    r-labeling:                         0.3-r3.4.1_2       r          
    r-lattice:                          0.20_35-r3.4.1_0   r          
    r-lazyeval:                         0.2.0-r3.4.1_0     r          
    r-lme4:                             1.1_13-r3.4.1_0    r          
    r-lubridate:                        1.6.0-r3.4.1_0     r          
    r-magrittr:                         1.5-r3.4.1_2       r          
    r-maps:                             3.2.0-r3.4.1_0     r          
    r-markdown:                         0.8-r3.4.1_0       r          
    r-mass:                             7.3_47-r3.4.1_0    r          
    r-matrix:                           1.2_10-r3.4.1_0    r          
    r-matrixmodels:                     0.4_1-r3.4.1_0     r          
    r-mgcv:                             1.8_17-r3.4.1_0    r          
    r-mime:                             0.5-r3.4.1_0       r          
    r-minqa:                            1.2.4-r3.4.1_2     r          
    r-mnormt:                           1.5_5-r3.4.1_0     r          
    r-modelmetrics:                     1.1.0-r3.4.1_0     r          
    r-modelr:                           0.1.0-r3.4.1_0     r          
    r-munsell:                          0.4.3-r3.4.1_0     r          
    r-nlme:                             3.1_131-r3.4.1_0   r          
    r-nloptr:                           1.0.4-r3.4.1_2     r          
    r-nnet:                             7.3_12-r3.4.1_0    r          
    r-openssl:                          0.9.6-r3.4.1_0     r          
    r-pbdzmq:                           0.2_6-r3.4.1_0     r          
    r-pbkrtest:                         0.4_7-r3.4.1_0     r          
    r-pkgconfig:                        2.0.1-r3.4.1_0     r          
    r-plogr:                            0.1_1-r3.4.1_0     r          
    r-plyr:                             1.8.4-r3.4.1_0     r          
    r-pryr:                             0.1.2-r3.4.1_0     r          
    r-psych:                            1.7.5-r3.4.1_0     r          
    r-purrr:                            0.2.2.2-r3.4.1_0   r          
    r-quantmod:                         0.4_9-r3.4.1_0     r          
    r-quantreg:                         5.33-r3.4.1_0      r          
    r-r6:                               2.2.1-r3.4.1_0     r          
    r-randomforest:                     4.6_12-r3.4.1_0    r          
    r-rbokeh:                           0.5.0-r3.4.1_0     r          
    r-rcolorbrewer:                     1.1_2-r3.4.1_3     r          
    r-rcpp:                             0.12.11-r3.4.1_0   r          
    r-rcppeigen:                        0.3.3.3.0-r3.4.1_0 r          
    r-readr:                            1.1.1-r3.4.1_0     r          
    r-readxl:                           1.0.0-r3.4.1_0     r          
    r-recommended:                      3.4.1-r3.4.1_0     r          
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    r-spatial:                          7.3_11-r3.4.1_0    r          
    r-stringi:                          1.1.5-r3.4.1_0     r          
    r-stringr:                          1.2.0-r3.4.1_0     r          
    r-survival:                         2.41_3-r3.4.1_0    r          
    r-tibble:                           1.3.3-r3.4.1_0     r          
    r-tidyr:                            0.6.3-r3.4.1_0     r          
    r-tidyverse:                        1.1.1-r3.4.1_0     r          
    r-ttr:                              0.23_1-r3.4.1_0    r          
    r-uuid:                             0.1_2-r3.4.1_0     r          
    r-xml2:                             1.1.1-r3.4.1_0     r          
    r-xtable:                           1.8_2-r3.4.1_0     r          
    r-xts:                              0.9_7-r3.4.1_2     r          
    r-yaml:                             2.1.14-r3.4.1_0    r          
    r-zoo:                              1.8_0-r3.4.1_0     r          
    scandir:                            1.6-py27_0         conda-forge
    send2trash:                         1.4.2-py_0         conda-forge
    simplegeneric:                      0.8.1-py27_0       conda-forge
    singledispatch:                     3.4.0.3-py27_0     conda-forge
    ssl_match_hostname:                 3.5.0.1-py27_1     conda-forge
    terminado:                          0.8.1-py27_0       conda-forge
    testpath:                           0.3.1-py27_0       conda-forge
    tornado:                            4.5.3-py27_0       conda-forge
    traitlets:                          4.3.2-py27_0       conda-forge
    wcwidth:                            0.1.7-py27_0       conda-forge
    webencodings:                       0.5-py27_0         conda-forge
    zeromq:                             4.1.5-0            conda-forge

The following packages will be UPDATED:

    libedit:                            3.1-heed3624_0                 --> 3.1.20170329-0 conda-forge

The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:

    ncurses:                            6.0-h9df7e31_2                 --> 5.9-10         conda-forge

Proceed ([y]/n)? y

libsodium-1.0. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  10.23 MB/s
libedit-3.1.20 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  36.34 MB/s
pandoc-2.0.0.1 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  51.95 MB/s
zeromq-4.1.5-0 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  62.14 MB/s
glib-2.50.2-1. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  19.98 MB/s
configparser-3 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  15.36 MB/s
decorator-4.1. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00   8.81 MB/s
functools32-3. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  11.31 MB/s
ipython_genuti 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  14.65 MB/s
mistune-0.8.3- 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00   6.92 MB/s
pandocfilters- 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00   5.59 MB/s
ptyprocess-0.5 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  10.42 MB/s
pyzmq-16.0.1-p 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  48.65 MB/s
scandir-1.6-py 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  19.13 MB/s
send2trash-1.4 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00   4.85 MB/s
simplegeneric- 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00   3.40 MB/s
wcwidth-0.1.7- 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  10.46 MB/s
webencodings-0 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00   8.62 MB/s
backports.shut 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00   3.65 MB/s
entrypoints-0. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00   4.64 MB/s
harfbuzz-0.9.3 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  21.12 MB/s
html5lib-1.0.1 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  25.29 MB/s
jsonschema-2.6 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  24.66 MB/s
pathlib2-2.3.0 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  14.20 MB/s
pexpect-4.4.0- 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  25.34 MB/s
traitlets-4.3. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  29.04 MB/s
bleach-1.4.2-p 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  14.52 MB/s
jupyter_core-4 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  20.09 MB/s
pango-1.40.3-1 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  22.80 MB/s
pickleshare-0. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00   5.89 MB/s
testpath-0.3.1 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  27.16 MB/s
jupyter_client 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  30.45 MB/s
nbformat-4.4.0 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  33.34 MB/s
prompt_toolkit 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  38.40 MB/s
r-base-3.4.1-0 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  66.06 MB/s
terminado-0.8. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00   9.06 MB/s
ipython-5.5.0- 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  56.86 MB/s
nbconvert-5.3. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  46.48 MB/s
r-assertthat-0 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  19.41 MB/s
r-backports-1. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  16.38 MB/s
r-base64enc-0. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00 549.00 kB/s
r-bh-1.62.0_1- 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  61.51 MB/s
r-bindr-0.1-r3 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00   8.78 MB/s
r-bitops-1.0_6 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  11.92 MB/s
r-boot-1.3_19- 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  52.50 MB/s
r-cluster-2.0. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  51.62 MB/s
r-codetools-0. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  17.43 MB/s
r-colorspace-1 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  50.84 MB/s
r-crayon-1.3.2 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  53.98 MB/s
r-curl-2.6-r3. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  45.32 MB/s
r-data.table-1 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  55.59 MB/s
r-dbi-0.6_1-r3 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  55.34 MB/s
r-dichromat-2. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  37.47 MB/s
r-digest-0.6.1 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  30.98 MB/s
r-foreign-0.8_ 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  43.51 MB/s
r-formatr-1.5- 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  33.97 MB/s
r-glue-1.1.1-r 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00   3.40 MB/s
r-gtable-0.2.0 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  22.59 MB/s
r-highr-0.6-r3 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  15.04 MB/s
r-hms-0.3-r3.4 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  11.60 MB/s
r-iterators-1. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  29.67 MB/s
r-jsonlite-1.5 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  41.70 MB/s
r-kernsmooth-2 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  28.16 MB/s
r-labeling-0.3 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  18.85 MB/s
r-lattice-0.20 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  16.25 MB/s
r-lazyeval-0.2 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  31.38 MB/s
r-magrittr-1.5 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  39.30 MB/s
r-maps-3.2.0-r 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  60.46 MB/s
r-mass-7.3_47- 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  57.30 MB/s
r-mime-0.5-r3. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  13.51 MB/s
r-mnormt-1.5_5 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  23.97 MB/s
r-nloptr-1.0.4 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  55.29 MB/s
r-nnet-7.3_12- 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  32.01 MB/s
r-openssl-0.9. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  49.30 MB/s
r-pkgconfig-2. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00   9.96 MB/s
r-plogr-0.1_1- 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00   8.15 MB/s
r-r6-2.2.1-r3. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  39.74 MB/s
r-randomforest 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  34.95 MB/s
r-rcolorbrewer 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  13.77 MB/s
r-rcpp-0.12.11 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  53.11 MB/s
r-rematch-1.0. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00   7.33 MB/s
r-repr-0.10-r3 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  24.42 MB/s
r-rlang-0.1.1- 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  49.76 MB/s
r-rpart-4.1_11 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  57.68 MB/s
r-sourcetools- 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  24.51 MB/s
r-sparsem-1.77 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  56.19 MB/s
r-spatial-7.3_ 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  36.04 MB/s
r-stringi-1.1. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  52.05 MB/s
r-uuid-0.1_2-r 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  11.07 MB/s
r-xtable-1.8_2 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  53.88 MB/s
r-yaml-2.1.14- 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  26.65 MB/s
ipykernel-4.8. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  25.02 MB/s
r-bindrcpp-0.2 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  28.34 MB/s
r-catools-1.17 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  25.80 MB/s
r-class-7.3_14 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  27.74 MB/s
r-foreach-1.4. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  34.97 MB/s
r-hexbin-1.27. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  43.33 MB/s
r-htmltools-0. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  34.89 MB/s
r-httpuv-1.3.3 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  44.50 MB/s
r-httr-1.2.1-r 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  41.23 MB/s
r-irdisplay-0. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  12.64 MB/s
r-markdown-0.8 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  31.47 MB/s
r-matrix-1.2_1 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  57.97 MB/s
r-minqa-1.2.4- 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00   4.07 MB/s
r-modelmetrics 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00   5.10 MB/s
r-munsell-0.4. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00   5.46 MB/s
r-nlme-3.1_131 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  18.71 MB/s
r-pbdzmq-0.2_6 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  48.12 MB/s
r-plyr-1.8.4-r 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00   1.04 MB/s
r-rprojroot-1. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  12.93 MB/s
r-stringr-1.2. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00 310.75 kB/s
r-tibble-1.3.3 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  10.97 MB/s
r-xml2-1.1.1-r 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  18.39 MB/s
r-zoo-1.8_0-r3 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  39.56 MB/s
notebook-5.4.0 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  62.24 MB/s
r-cellranger-1 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  27.39 MB/s
r-dplyr-0.7.0- 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  59.05 MB/s
r-evaluate-0.1 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  19.41 MB/s
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r-glmnet-2.0_1 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  57.75 MB/s
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r-quantmod-0.4 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  52.00 MB/s
r-rmarkdown-1. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  60.17 MB/s
r-car-2.1_4-r3 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  59.15 MB/s
r-gistr-0.4.0- 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  59.79 MB/s
r-modelr-0.1.0 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  32.78 MB/s
r-caret-6.0_76 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  58.57 MB/s
r-rbokeh-0.5.0 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  55.61 MB/s
r-tidyverse-1. 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  16.83 MB/s
r-essentials-1 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00   2.32 MB/s
$ conda install readline
Fetching package metadata ...................
Solving package specifications: .

Package plan for installation in environment /home-3/karoraw1@jhu.edu/scratch/miniconda2/envs/metawrap-env:

The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:

    readline: 6.2-2 --> 6.2-0 conda-forge

Proceed ([y]/n)? y

readline-6.2-0 100% |#############################################################################################################| Time: 0:00:00  10.34 MB/s

And tada: 

> capabilities()
       jpeg         png        tiff       tcltk         X11        aqua 
       TRUE        TRUE        TRUE        TRUE       FALSE       FALSE 
   http/ftp     sockets      libxml        fifo      cledit       iconv 
       TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE 
        NLS     profmem       cairo         ICU long.double     libcurl 
       TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE

I am currently testing the fix, but it seems to be working fine. I just figured I'd post this here to let others know my solution and put the idea of including R dependencies in the conda installation process in your head. ✌️

ursky commented 6 years ago

Thanks for the feedback! I originally left our R as a dependency because I was having issue with R library conflicts when using conda. I was able to resolve these issues. R and ggplot2 are now part of the metaWRAP installation as of metaWRAP v=0.7.4!