Manage Ontology ID Assignment when cell_type has no 1:1 mapping with any author-defined cell set

[ubyndr]

We are encountering a challenge in cases where cell_type annotations do not have direct one-to-one mappings with any author-defined cell sets, which I refer to as the edge case. This issue primarily affects the assignment of cell type ontology IDs in scenarios involving one-to-many mappings. The lack of straightforward mappings complicates the ontology ID assignment process, leading to potential inaccuracies or the inability to assign an ID altogether.

cc @dosumis @hkir-dev

[dosumis]

I'm not sure we have any examples of this yet, but we have discussed solutions. We need to fulfill the stated aim of having the most precise ontology term available mapped to a user annotation. I think the simplest would be to scan for any cell_type annotations that have no mappings to author cell sets after the current mapping algos run. For these, we should map to the smallest number of cell mapping cell sets.

Here's an attempt at laying out the logic:

If Cell set defined by cell_type annotation (E) subsumes the cell sets defined by user annotations e1, e2, e3. AND e1, e2, e3 don't subsume each other And e1+e2+e3 = E (?) then annotate e1, e2 and e3 with E.

Related issue:

• We have discussed whether annotations should be propagated down the subcluster_of hierarchy when we create CAS &/or flatten. I think that this potentially causes problems as it means annotations need to be changed in multiple places. It would be better to generate visualisations that communicate annotations to users in a clearer way.

[ubyndr]

If you examine the co-annotation analysis results below, our situation appears to be the opposite of what you've described, doesn't it

Co-annotation analysis for lung dataset

```txt ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 936 │ cell_type │ B cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Immune │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 937 │ cell_type │ B cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Lymphoid │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 938 │ cell_type │ B cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ B cell lineage │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 939 │ cell_type │ B cell │ cluster_matches │ ann_level_4 │ B cells │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 940 │ cell_type │ B cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 941 │ cell_type │ CD1c-positive myeloid dendritic cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Immune │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 942 │ cell_type │ CD1c-positive myeloid dendritic cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Myeloid │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 943 │ cell_type │ CD1c-positive myeloid dendritic cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Dendritic cells │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 944 │ cell_type │ CD1c-positive myeloid dendritic cell │ cluster_matches │ ann_level_4 │ DC2 │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 945 │ cell_type │ CD1c-positive myeloid dendritic cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 946 │ cell_type │ CD4-positive, alpha-beta T cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Immune │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 947 │ cell_type │ CD4-positive, alpha-beta T cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Lymphoid │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 948 │ cell_type │ CD4-positive, alpha-beta T cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ T cell lineage │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 949 │ cell_type │ CD4-positive, alpha-beta T cell │ cluster_matches │ ann_level_4 │ CD4 T cells │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 950 │ cell_type │ CD4-positive, alpha-beta T cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 951 │ cell_type │ CD8-positive, alpha-beta T cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Immune │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 952 │ cell_type │ CD8-positive, alpha-beta T cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Lymphoid │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 953 │ cell_type │ CD8-positive, alpha-beta T cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ T cell lineage │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 954 │ cell_type │ CD8-positive, alpha-beta T cell │ cluster_matches │ ann_level_4 │ CD8 T cells │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 955 │ cell_type │ CD8-positive, alpha-beta T cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 956 │ cell_type │ T cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Immune │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 957 │ cell_type │ T cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Lymphoid │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 958 │ cell_type │ T cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ T cell lineage │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 959 │ cell_type │ T cell │ cluster_matches │ ann_level_4 │ T cells proliferating │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 960 │ cell_type │ T cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 961 │ cell_type │ acinar cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Epithelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 962 │ cell_type │ acinar cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Submucosal Gland │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 963 │ cell_type │ acinar cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Submucosal Secretory │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 964 │ cell_type │ acinar cell │ cluster_matches │ ann_level_4 │ SMG duct │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 965 │ cell_type │ acinar cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 966 │ cell_type │ alveolar macrophage │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Immune │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 967 │ cell_type │ alveolar macrophage │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Myeloid │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 968 │ cell_type │ alveolar macrophage │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Macrophages │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 969 │ cell_type │ alveolar macrophage │ cluster_matches │ ann_level_4 │ Alveolar macrophages │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 970 │ cell_type │ alveolar macrophage │ cluster_overlaps │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 971 │ cell_type │ alveolar macrophage │ supercluster_of │ ann_level_5 │ Alveolar Mph CCL3+ │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 972 │ cell_type │ alveolar macrophage │ supercluster_of │ ann_level_5 │ Alveolar Mph proliferating │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 973 │ cell_type │ alveolar macrophage │ supercluster_of │ ann_level_5 │ Alveolar Mph MT-positive │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 974 │ cell_type │ alveolar type 1 fibroblast cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Stroma │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 975 │ cell_type │ alveolar type 1 fibroblast cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Fibroblast lineage │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 976 │ cell_type │ alveolar type 1 fibroblast cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Fibroblasts │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 977 │ cell_type │ alveolar type 1 fibroblast cell │ cluster_matches │ ann_level_4 │ Alveolar fibroblasts │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 978 │ cell_type │ alveolar type 1 fibroblast cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 979 │ cell_type │ alveolar type 2 fibroblast cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Stroma │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 980 │ cell_type │ alveolar type 2 fibroblast cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Fibroblast lineage │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 981 │ cell_type │ alveolar type 2 fibroblast cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Fibroblasts │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 982 │ cell_type │ alveolar type 2 fibroblast cell │ cluster_matches │ ann_level_4 │ Adventitial fibroblasts │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 983 │ cell_type │ alveolar type 2 fibroblast cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 984 │ cell_type │ bronchial goblet cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Epithelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 985 │ cell_type │ bronchial goblet cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Airway epithelium │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 986 │ cell_type │ bronchial goblet cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Secretory │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 987 │ cell_type │ bronchial goblet cell │ subcluster_of │ ann_level_4 │ Goblet │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 988 │ cell_type │ bronchial goblet cell │ cluster_matches │ ann_level_5 │ Goblet (bronchial) │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 989 │ cell_type │ bronchus fibroblast of lung │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Stroma │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 990 │ cell_type │ bronchus fibroblast of lung │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Fibroblast lineage │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 991 │ cell_type │ bronchus fibroblast of lung │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Fibroblasts │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 992 │ cell_type │ bronchus fibroblast of lung │ cluster_matches │ ann_level_4 │ Peribronchial fibroblasts │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 993 │ cell_type │ bronchus fibroblast of lung │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 994 │ cell_type │ brush cell of trachebronchial tree │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Epithelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 995 │ cell_type │ brush cell of trachebronchial tree │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Airway epithelium │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 996 │ cell_type │ brush cell of trachebronchial tree │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Rare │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 997 │ cell_type │ brush cell of trachebronchial tree │ cluster_matches │ ann_level_4 │ Tuft │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 998 │ cell_type │ brush cell of trachebronchial tree │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 999 │ cell_type │ capillary endothelial cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Endothelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1000 │ cell_type │ capillary endothelial cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Blood vessels │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1001 │ cell_type │ capillary endothelial cell │ cluster_matches │ ann_level_3 │ EC capillary │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1002 │ cell_type │ capillary endothelial cell │ supercluster_of │ ann_level_4 │ EC general capillary │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1003 │ cell_type │ capillary endothelial cell │ supercluster_of │ ann_level_4 │ EC aerocyte capillary │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1004 │ cell_type │ capillary endothelial cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1005 │ cell_type │ ciliated columnar cell of tracheobronchial tree │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Epithelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1006 │ cell_type │ ciliated columnar cell of tracheobronchial tree │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Airway epithelium │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1007 │ cell_type │ ciliated columnar cell of tracheobronchial tree │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Multiciliated lineage │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1008 │ cell_type │ ciliated columnar cell of tracheobronchial tree │ subcluster_of │ ann_level_4 │ Multiciliated │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1009 │ cell_type │ ciliated columnar cell of tracheobronchial tree │ cluster_matches │ ann_level_5 │ Multiciliated (non-nasal) │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1010 │ cell_type │ classical monocyte │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Immune │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1011 │ cell_type │ classical monocyte │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Myeloid │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1012 │ cell_type │ classical monocyte │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Monocytes │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1013 │ cell_type │ classical monocyte │ cluster_matches │ ann_level_4 │ Classical monocytes │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1014 │ cell_type │ classical monocyte │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1015 │ cell_type │ club cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Epithelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1016 │ cell_type │ club cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Airway epithelium │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1017 │ cell_type │ club cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Secretory │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1018 │ cell_type │ club cell │ cluster_matches │ ann_level_4 │ Club │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1019 │ cell_type │ club cell │ supercluster_of │ ann_level_5 │ Club (nasal) │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1020 │ cell_type │ club cell │ supercluster_of │ ann_level_5 │ Club (non-nasal) │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1021 │ cell_type │ conventional dendritic cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Immune │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1022 │ cell_type │ conventional dendritic cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Myeloid │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1023 │ cell_type │ conventional dendritic cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Dendritic cells │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1024 │ cell_type │ conventional dendritic cell │ cluster_matches │ ann_level_4 │ DC1 │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1025 │ cell_type │ conventional dendritic cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1026 │ cell_type │ dendritic cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Immune │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1027 │ cell_type │ dendritic cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Myeloid │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1028 │ cell_type │ dendritic cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Dendritic cells │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1029 │ cell_type │ dendritic cell │ cluster_matches │ ann_level_4 │ Migratory DCs │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1030 │ cell_type │ dendritic cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1031 │ cell_type │ elicited macrophage │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Immune │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1032 │ cell_type │ elicited macrophage │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Myeloid │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1033 │ cell_type │ elicited macrophage │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Macrophages │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1034 │ cell_type │ elicited macrophage │ subcluster_of │ ann_level_4 │ Interstitial macrophages │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1035 │ cell_type │ elicited macrophage │ cluster_matches │ ann_level_5 │ Monocyte-derived Mph │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1036 │ cell_type │ endothelial cell of lymphatic vessel │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Endothelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1037 │ cell_type │ endothelial cell of lymphatic vessel │ cluster_matches │ ann_level_2 │ Lymphatic EC │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1038 │ cell_type │ endothelial cell of lymphatic vessel │ supercluster_of │ ann_level_3 │ Lymphatic EC mature │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1039 │ cell_type │ endothelial cell of lymphatic vessel │ supercluster_of │ ann_level_3 │ Lymphatic EC differentiating │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1040 │ cell_type │ endothelial cell of lymphatic vessel │ supercluster_of │ ann_level_3 │ Lymphatic EC proliferating │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1041 │ cell_type │ endothelial cell of lymphatic vessel │ subcluster_of │ ann_level_4 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1042 │ cell_type │ endothelial cell of lymphatic vessel │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1043 │ cell_type │ epithelial cell of alveolus of lung │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Epithelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1044 │ cell_type │ epithelial cell of alveolus of lung │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Airway epithelium │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1045 │ cell_type │ epithelial cell of alveolus of lung │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Secretory │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1046 │ cell_type │ epithelial cell of alveolus of lung │ subcluster_of │ ann_level_4 │ Transitional Club-AT2 │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1047 │ cell_type │ epithelial cell of alveolus of lung │ cluster_matches │ ann_level_5 │ AT0 │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1048 │ cell_type │ epithelial cell of lower respiratory tract │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Epithelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1049 │ cell_type │ epithelial cell of lower respiratory tract │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Airway epithelium │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1050 │ cell_type │ epithelial cell of lower respiratory tract │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Secretory │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1051 │ cell_type │ epithelial cell of lower respiratory tract │ subcluster_of │ ann_level_4 │ Transitional Club-AT2 │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1052 │ cell_type │ epithelial cell of lower respiratory tract │ cluster_matches │ ann_level_5 │ pre-TB secretory │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1053 │ cell_type │ fibroblast │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Stroma │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1054 │ cell_type │ fibroblast │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Fibroblast lineage │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1055 │ cell_type │ fibroblast │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Fibroblasts │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1056 │ cell_type │ fibroblast │ cluster_matches │ ann_level_4 │ Subpleural fibroblasts │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1057 │ cell_type │ fibroblast │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1058 │ cell_type │ hematopoietic stem cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Immune │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1059 │ cell_type │ hematopoietic stem cell │ cluster_matches │ ann_level_2 │ Hematopoietic stem cells │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1060 │ cell_type │ hematopoietic stem cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1061 │ cell_type │ hematopoietic stem cell │ subcluster_of │ ann_level_4 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1062 │ cell_type │ hematopoietic stem cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1063 │ cell_type │ ionocyte │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Epithelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1064 │ cell_type │ ionocyte │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Airway epithelium │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1065 │ cell_type │ ionocyte │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Rare │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1066 │ cell_type │ ionocyte │ cluster_matches │ ann_level_4 │ Ionocyte │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1067 │ cell_type │ ionocyte │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1068 │ cell_type │ lung macrophage │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Immune │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1069 │ cell_type │ lung macrophage │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Myeloid │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1070 │ cell_type │ lung macrophage │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Macrophages │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1071 │ cell_type │ lung macrophage │ subcluster_of │ ann_level_4 │ Interstitial macrophages │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1072 │ cell_type │ lung macrophage │ cluster_matches │ ann_level_5 │ Interstitial Mph perivascular │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1073 │ cell_type │ lung neuroendocrine cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Epithelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1074 │ cell_type │ lung neuroendocrine cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Airway epithelium │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1075 │ cell_type │ lung neuroendocrine cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Rare │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1076 │ cell_type │ lung neuroendocrine cell │ cluster_matches │ ann_level_4 │ Neuroendocrine │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1077 │ cell_type │ lung neuroendocrine cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1078 │ cell_type │ lung pericyte │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Stroma │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1079 │ cell_type │ lung pericyte │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Fibroblast lineage │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1080 │ cell_type │ lung pericyte │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Fibroblasts │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1081 │ cell_type │ lung pericyte │ cluster_matches │ ann_level_4 │ Pericytes │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1082 │ cell_type │ lung pericyte │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1083 │ cell_type │ mast cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Immune │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1084 │ cell_type │ mast cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Myeloid │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1085 │ cell_type │ mast cell │ cluster_matches │ ann_level_3 │ Mast cells │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1086 │ cell_type │ mast cell │ subcluster_of │ ann_level_4 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1087 │ cell_type │ mast cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1088 │ cell_type │ mesothelial cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Stroma │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1089 │ cell_type │ mesothelial cell │ cluster_matches │ ann_level_2 │ Mesothelium │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1090 │ cell_type │ mesothelial cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1091 │ cell_type │ mesothelial cell │ subcluster_of │ ann_level_4 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1092 │ cell_type │ mesothelial cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1093 │ cell_type │ mucus secreting cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Epithelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1094 │ cell_type │ mucus secreting cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Submucosal Gland │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1095 │ cell_type │ mucus secreting cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Submucosal Secretory │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1096 │ cell_type │ mucus secreting cell │ cluster_matches │ ann_level_4 │ SMG mucous │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1097 │ cell_type │ mucus secreting cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1098 │ cell_type │ multi-ciliated epithelial cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Epithelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1099 │ cell_type │ multi-ciliated epithelial cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Airway epithelium │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1100 │ cell_type │ multi-ciliated epithelial cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Multiciliated lineage │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1101 │ cell_type │ multi-ciliated epithelial cell │ cluster_overlaps │ ann_level_4 │ Multiciliated │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1102 │ cell_type │ multi-ciliated epithelial cell │ supercluster_of │ ann_level_4 │ Deuterosomal │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1103 │ cell_type │ multi-ciliated epithelial cell │ supercluster_of │ ann_level_5 │ Multiciliated (nasal) │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1104 │ cell_type │ multi-ciliated epithelial cell │ cluster_overlaps │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1105 │ cell_type │ myofibroblast cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Stroma │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1106 │ cell_type │ myofibroblast cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Fibroblast lineage │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1107 │ cell_type │ myofibroblast cell │ cluster_matches │ ann_level_3 │ Myofibroblasts │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1108 │ cell_type │ myofibroblast cell │ subcluster_of │ ann_level_4 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1109 │ cell_type │ myofibroblast cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1110 │ cell_type │ nasal mucosa goblet cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Epithelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1111 │ cell_type │ nasal mucosa goblet cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Airway epithelium │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1112 │ cell_type │ nasal mucosa goblet cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Secretory │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1113 │ cell_type │ nasal mucosa goblet cell │ subcluster_of │ ann_level_4 │ Goblet │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1114 │ cell_type │ nasal mucosa goblet cell │ cluster_matches │ ann_level_5 │ Goblet (nasal) │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1115 │ cell_type │ natural killer cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Immune │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1116 │ cell_type │ natural killer cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Lymphoid │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1117 │ cell_type │ natural killer cell │ cluster_matches │ ann_level_3 │ Innate lymphoid cell NK │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1118 │ cell_type │ natural killer cell │ cluster_matches │ ann_level_4 │ NK cells │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1119 │ cell_type │ natural killer cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1120 │ cell_type │ non-classical monocyte │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Immune │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1121 │ cell_type │ non-classical monocyte │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Myeloid │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1122 │ cell_type │ non-classical monocyte │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Monocytes │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1123 │ cell_type │ non-classical monocyte │ cluster_matches │ ann_level_4 │ Non-classical monocytes │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1124 │ cell_type │ non-classical monocyte │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1125 │ cell_type │ plasma cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Immune │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1126 │ cell_type │ plasma cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Lymphoid │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1127 │ cell_type │ plasma cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ B cell lineage │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1128 │ cell_type │ plasma cell │ cluster_matches │ ann_level_4 │ Plasma cells │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1129 │ cell_type │ plasma cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1130 │ cell_type │ plasmacytoid dendritic cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Immune │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1131 │ cell_type │ plasmacytoid dendritic cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Myeloid │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1132 │ cell_type │ plasmacytoid dendritic cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Dendritic cells │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1133 │ cell_type │ plasmacytoid dendritic cell │ cluster_matches │ ann_level_4 │ Plasmacytoid DCs │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1134 │ cell_type │ plasmacytoid dendritic cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1135 │ cell_type │ pulmonary artery endothelial cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Endothelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1136 │ cell_type │ pulmonary artery endothelial cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Blood vessels │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1137 │ cell_type │ pulmonary artery endothelial cell │ cluster_matches │ ann_level_3 │ EC arterial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1138 │ cell_type │ pulmonary artery endothelial cell │ subcluster_of │ ann_level_4 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1139 │ cell_type │ pulmonary artery endothelial cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1140 │ cell_type │ respiratory basal cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Epithelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1141 │ cell_type │ respiratory basal cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Airway epithelium │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1142 │ cell_type │ respiratory basal cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Basal │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1143 │ cell_type │ respiratory basal cell │ supercluster_of │ ann_level_4 │ Suprabasal │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1144 │ cell_type │ respiratory basal cell │ supercluster_of │ ann_level_4 │ Basal resting │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1145 │ cell_type │ respiratory basal cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1146 │ cell_type │ respiratory hillock cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Epithelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1147 │ cell_type │ respiratory hillock cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Airway epithelium │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1148 │ cell_type │ respiratory hillock cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Basal │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1149 │ cell_type │ respiratory hillock cell │ cluster_matches │ ann_level_4 │ Hillock-like │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1150 │ cell_type │ respiratory hillock cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1151 │ cell_type │ serous secreting cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Epithelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1152 │ cell_type │ serous secreting cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Submucosal Gland │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1153 │ cell_type │ serous secreting cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Submucosal Secretory │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1154 │ cell_type │ serous secreting cell │ subcluster_of │ ann_level_4 │ SMG serous │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1155 │ cell_type │ serous secreting cell │ cluster_matches │ ann_level_5 │ SMG serous (nasal) │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1156 │ cell_type │ smooth muscle cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Stroma │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1157 │ cell_type │ smooth muscle cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Smooth muscle │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1158 │ cell_type │ smooth muscle cell │ cluster_matches │ ann_level_3 │ SM activated stress response │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1159 │ cell_type │ smooth muscle cell │ subcluster_of │ ann_level_4 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1160 │ cell_type │ smooth muscle cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1161 │ cell_type │ stromal cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Stroma │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1162 │ cell_type │ stromal cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Smooth muscle │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1163 │ cell_type │ stromal cell │ cluster_matches │ ann_level_3 │ Smooth muscle FAM83D+ │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1164 │ cell_type │ stromal cell │ subcluster_of │ ann_level_4 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1165 │ cell_type │ stromal cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1166 │ cell_type │ tracheobronchial goblet cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Epithelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1167 │ cell_type │ tracheobronchial goblet cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Airway epithelium │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1168 │ cell_type │ tracheobronchial goblet cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Secretory │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1169 │ cell_type │ tracheobronchial goblet cell │ subcluster_of │ ann_level_4 │ Goblet │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1170 │ cell_type │ tracheobronchial goblet cell │ cluster_matches │ ann_level_5 │ Goblet (subsegmental) │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1171 │ cell_type │ tracheobronchial serous cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Epithelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1172 │ cell_type │ tracheobronchial serous cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Submucosal Gland │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1173 │ cell_type │ tracheobronchial serous cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ Submucosal Secretory │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1174 │ cell_type │ tracheobronchial serous cell │ subcluster_of │ ann_level_4 │ SMG serous │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1175 │ cell_type │ tracheobronchial serous cell │ cluster_matches │ ann_level_5 │ SMG serous (bronchial) │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1176 │ cell_type │ tracheobronchial smooth muscle cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Stroma │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1177 │ cell_type │ tracheobronchial smooth muscle cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Smooth muscle │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1178 │ cell_type │ tracheobronchial smooth muscle cell │ subcluster_of │ ann_level_3 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1179 │ cell_type │ tracheobronchial smooth muscle cell │ subcluster_of │ ann_level_4 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1180 │ cell_type │ tracheobronchial smooth muscle cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1181 │ cell_type │ type I pneumocyte │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Epithelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1182 │ cell_type │ type I pneumocyte │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Alveolar epithelium │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1183 │ cell_type │ type I pneumocyte │ cluster_matches │ ann_level_3 │ AT1 │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1184 │ cell_type │ type I pneumocyte │ subcluster_of │ ann_level_4 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1185 │ cell_type │ type I pneumocyte │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1186 │ cell_type │ type II pneumocyte │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Epithelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1187 │ cell_type │ type II pneumocyte │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Alveolar epithelium │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1188 │ cell_type │ type II pneumocyte │ cluster_matches │ ann_level_3 │ AT2 │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1189 │ cell_type │ type II pneumocyte │ cluster_overlaps │ ann_level_4 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1190 │ cell_type │ type II pneumocyte │ supercluster_of │ ann_level_4 │ AT2 proliferating │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1191 │ cell_type │ type II pneumocyte │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1192 │ cell_type │ vein endothelial cell │ subcluster_of │ ann_level_1 │ Endothelial │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1193 │ cell_type │ vein endothelial cell │ subcluster_of │ ann_level_2 │ Blood vessels │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1194 │ cell_type │ vein endothelial cell │ cluster_matches │ ann_level_3 │ EC venous │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1195 │ cell_type │ vein endothelial cell │ supercluster_of │ ann_level_4 │ EC venous pulmonary │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1196 │ cell_type │ vein endothelial cell │ supercluster_of │ ann_level_4 │ EC venous systemic │ ├──────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┼──────────────────┼───────────────┼─────────────────────────────────────────────────┤ │ 1197 │ cell_type │ vein endothelial cell │ subcluster_of │ ann_level_5 │ None │ ╘══════╧═══════════════╧═════════════════════════════════════════════════╧══════════════════╧═══════════════╧═════════════════════════════════════════════════╛ ```

[dosumis]

Indeed. In these cases there is no way to associate an ontology term with the cell sets based on what's in the AnnData file, and that's fine.