PR: Build help input files implicitly when running help calculations

[jnsebgosselin]

• This PR remove the need to call HelpManager.build_help_input_files before running HELP calculations with HelpManager.calc_help_cells. So in the help example, the line:

  helpm.build_help_input_files(sf_edepth=0.15)

  is not required anymore since the HELP input files are generated automatically when running :

  output_help = helpm.HelpManager.calc_help_cells(
        path_to_hdf5=workdir + 'help_example.out',
        cellnames=cellnames,
        tfsoil=-3,
        sf_edepth=0.15,
        sf_ulai=1)

• We also added the possibility to build HELP input files for a list of cell ids instead of building the input files for the whole grid each time.

• Scaling factor are now passed directly as argument of HelpManager.calc_help_cells

• Finally, a new flag was added to HelpManager.calc_help_cells. This flag is called build_help_input_files and can be used to skip the building of the HELP input files as part of HelpManager.calc_help_cells.

[jnsebgosselin]

@FHuchet @mraynauld

Dans la version 0.3.1, il ne sera plus nécessaire de faire helpm.build_help_input_files().

Les fichiers input de HELP vont être générer automatiquement lorsque vous allez faire output_help = helpm.calc_help_cells()

J'ai changé cela pour que ce soit moins mélangeant et qu'il y ait moins de risque d'erreur.

[FHuchet]

Comment faudra-t-il faire pour modifier le facteur de profondeur racinaire par exemple suite à cette modification ?

[jnsebgosselin]

Comment faudra-t-il faire pour modifier le facteur de profondeur racinaire par exemple suite à cette modification ?

Excellente question.

Les facteurs d'échelle pour la profondeur racinaire et pour l'indice de surface foliaire maximale devront être passés directement à calc_help_cells comme ceci:

output_help = helpm.HelpManager.calc_help_cells(
        path_to_hdf5='help_example.out',
        cellnames=cellnames,
        tfsoil=-3,
        sf_edepth=0.15,
        sf_ulai=1)