Open Xuelei-Dai opened 3 years ago
That command shouldn't be using anything in gfa2vcf.rs at all, could you give the results of running RUST_BACKTRACE=1 gfautil -i ./pangenome.gfa id-convert --namemap ./ > pangenome.convertID.gfa
? And what does the GFA file look like?
OK, I'm sorry for the late reply.
I have run your recommend command RUST_BACKTRACE=1 gfautil -i ./pangenome.gfa id-convert --namemap ./ > pangenome.convertID.gfa
, remain occur the error as follows:
Error: InvalidLine(UintIdError, "S\ts1\tATccatccccaaccccaatccctcatcccaatcccatcatcccatcaccccaatcccaccaccccaatcccaatcctcATCCCgtcatcccaatcccaatctCATcatcccatcaccccaatcccaatcctcaccccaatcccatcaccccaatcccaatcccatcatcccatcatcccatcatcccatccccaaccccaatccTAACCCCAACCCCGATCCCAAACCCaatcctcatccccatcccaccatcccaatcccaatcccatcaccccaatcccatcatcccaaccccaacccaatcccaatccccattccatcaccccaatcccatcaccccaatcccatcaccccaatcccaatcctcaccccaatcccatcatcccaatcccaatgCCAATCCTTATCCCAATCCCATCATCCCAGCATCGCAatcccatcaccccaatcccatcatcccaatcccaatcccaatcccatcaccccaatcccaatcccaatcccatcaccccaatcccaatcctcaccccaatcccatcatcccatcccatcatcccatccccaaccccaatcctcatcccaatcccatcatcccatcaccccaatcccaccaccccaatcccaatcctcATCCCgtcatcccaatcccaatctCATcatcccatcaccccaatcccaatcctcaccccaatcccatcaccccaatcccaatcccatcatccccatcatcccatcatcccatccccaaccccaatccTAACCCCAACCCCGATCCCAAACCCaatcctcatccccatcccaccatcccaatcccaatcccatcaccccaatcccatCACCCCCAATCCCatcatcccaaccccaaccccaaccccaatcccccTATTccatcaccccaatcccatcaccccaatcccatcaccccaatcccaatcctcaccccaatcccatcaccccaatcccaatGCCAATCCTCATCCCATCATCCcatcatcccaatcccaataTTCACCCCATCAtcccaaccccaaatcccaatcccaatcccatcatcccaatcccatcatcccaatcccattatcccaatcccaaccccatcatcccaaccccaaatcccaatcccaatcccatcatcccaatcccatcatcccaatcccattatcccaatcccaaccccatcatcccaatcccatcaccccatcaccccaatcccataatcccaatcccatcatcccaatcccacacccaaTCCCAATCCTCatcccatcaccccatcaccccaatcccatcatcccaatcccatcatcccaatcccatcatcccaatcccatcatcccatccccaatcccaatcccaatccctATCCTATCATCCcatcatcccaatcccaatcctcATCCcaccaccccaatcccaccaccccaatcccaatcctcATCCCGTCATCCCAATCGCAATCCCATCATCCCATCACCCCCAACCCAATCCTCACCCCAATCCCATCATCCCAATCCTTatcccatcaccccaatcccattatcccaaccccaatcccaatcccatcatCCTTCCCCAATCCCATCACCCCATCATCCCATCCCCAGGCCCCCCAATCCCCACCCCCAAACCCTTAATCCcacccccaatcccacccccaaTCCTAATAATCCCAGCCCCAAAACCCTTAATCCCAACCCTTAATCCCAACCCTTAATCCCACCCCCAATCCCAACTCCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCACCCCGAATGCATAATCCCAATCCTAAATCCCACCCCCAACCCttaatcccaaccccaatccttAATCCCAATCCTTAATTCCCAgccccaatcccacccccaaCCCTCAATCCCAGCCCCCATCTCAGCCCCCAAACCCttaatcccaaccccaatccttaatcccatccccaatcccacccccaatccttaatcccagccccaatcccatccccaatccttaatcccaccccaacccttaatcccagccccaatcccacccccaaCCCTTAATCCCAGCCCCAGTCCCAACTCCAGTGCTTAATCCCACCCCCAATCCTTAATCCCAgccccaatcccatccccaaTCCTTAATCCCAGCCCCAGTCCCAACTCCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCAACTCCAGTGCTTAATCCCACCCCCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCACCCCCCAACCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCAGCCCCAATCCTTAATCCCAgccccaatcccatccccaaTCCTTAATCCCACCCCAATACTTAATCCCAgccccaatcccatccccaaTCCTTAATCCCACCCCAATACTTAATCCCAgccccaatcccaaccccaatgcTTAATCCCACCCCCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTAATCCCActcccaatcccaaccccaatccttAATCCCACCCCCAACCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTACTCCCAATCCTTAATCCCAGCCGCAATCCCACCCCCAACCCTTAATCCCAGCCCCCATCTCAGCCCCCAACCCTTAATCCCACCCCCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTAATCCCAGcccatatcccaccccaatccttaatccCACCCCCAATCCTTAATCGCACCCCCAACCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTACTCCCAATCCTTAATCCCAgccccaatcccacccccaacccttaatcccagccccaatcccacccccaaCCCTCAATCCCAGCCCCCATCTCAGCCCCCAACCCttaatcccaaccccaatccttaatcccatccccaatcccacccccaaTCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCCCATCCCCAATCCttaatcccaccccaacccttAATCCCATCCCCAATACCACCCTAATCCTTAATCCCAgccccaatcccaaccccaacccttAATCCCAGCCCCAATCCTTAATCCCAGCCCATATCCCACCCCTAATCCTTAATCCCAGCCCCAACCCTTAATCCCAtccccaatcccacacccaaTCCTTAATCCCAgccccaatcccacccccaaCCCTTAATCCCAGCCCCCATCTCAGCCCCCAACCCTTAATCCCAACCTCAGTCCTTAATCCCAGTCCCAATCCTTACTCCTAATCCTTAATCCCAgccccaatcccacccccaatccttaatcccagccccaatcccacccccaaTGCTTAATCCCAgccccaatcccacccccaaCCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCAACTCCAATCCTTAATCCCAGACCCAATCCCAACTCCAATGCTTAATCCCACCCCCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCAGCCCCAACCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCACCCACCTGCCCCAGGGGGGTCCCGTGCTGCCCCTCCCCCAGGCAGTCGATGTCCCTGGAGGTGACGATGCCCTGCAGccgccccccaaccccaaccctaatcccaatcccacccccaaTCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTACTCCCACCCCCAACCCTTAATCCcacccccaatcccacccccaacccttaatcccagccccaatcccacccccaaTCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCCCCCCAACCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCAACTCCAATGCTTAATCCCACCCCCAATCCCTTAATCCCAgccccaatcccacccccaacccttatcccagccccaaacccaaccccaatcccacccacCTGCCCCAGGGGGGTCCCGTGCTGCCCCTCCCCCAGGCAGTCGATGTCCCTGGAGGTGACGATTCCCTGCAGCCTctccccaaccccaacccttaatcccaatcccacccccaaTCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTACTCCCAATCCTTAATCCCAgccccaatcccacccccaaCCCTTAATCCCAGCCCCCATCTCAGCCCCCAACCCTTAATCCCAACCTCAGTCCTTAATCCCAGTCCCAATCCTTACTCCTAATCCTTAATCCCAcccccaatcccatccccaatccttaatcccacccccaacccttaatcccagccccaatcccacccccaaCCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTACTCGCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCACACCCCCAATCCTTAATCCCAgccccaatcccacccccaaTCCTTAATCCCACCCCCAATCCTTAATCCCAgccccaatcccacccccaaTCCTTAATCCCACCCCCAACCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTACTCGCAATCCTTAATCCCAgccccaatcccacccccaacccttaatcccagccccaatcccaaccccaatccttAATCCCACCCCCAATCCCAACACCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCcctcatcccaaccccaatcccaacctcAACCCTTAATCCCAACCCAATCCCACCCGCAATCCTTAATCCCAACCCAATCCCACCCGCAATCCTTAATCCCAGCCCCAACACCACCCTTAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTAACCCCAGCCCCAATCCCATCCGCAATGCTTAGTCCCAGCCCCAATCCttaatcccaaccccaatcccgaTCCCAGTCCTTAATCCCAACAGCAATCTTTAATCCCAGCCCCAatccctcctcccagccccaatCCCAACCTCAACCCATAATCCCACCCCCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCTCCCCCAATGCTTAATCCCAATCCttaatcccaccccaatccttaatccCACCCCCAATCCTTAAACCCACCCCCAACCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCAACTCCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCAACTCCAATGCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTAATCCCACCCCCAATCACACCCCCAACCCTTAATCCCAACCCTTAATCCCACCCCCAACCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTAATCCCAGCCCATATTCCACCCCTAATCCTTAATCCCAGACCCAATCTCAACTCCCAACCCTTAATCCCAACTCCAACCCTTAATCCCAGCCCCCATCTCAGCCCCCAACCCTTAATCCCAACCCCAGTCCTTAATCCCAGTCCCAATCCTTACTCCCAATCCTTAATCCCAgccccaatcccacccccaatccttaatcccagccccaatcccacccccaaCCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCAGTGCCAATCCTTAATCCCACCCCCAACCCTTAATCCCAGCCTCAATCCCACCCACCTGCCCCAGGGGGGTCCCGTGCTGCCCCTCCCCCAGGCAGTCGATGTCCCTGGAGGTGACGATTCCCTGCAGCCGCCCCCCCAACCTCCCGCTCTGCGTCACCGGGACCCCCGAGCAGCCCCTGAGCTGCCGCAGCTCCAACATATCCCGCACTGTGTGAGTCGGGCTCAGCACCGCCGGCTCCCGGATACAGCCCTGCTGGAAGTGCTGAGcgggtattatgggatggcgGGTGAGTATGGGGCGTTatgggggagatatggggggatatggggggatatgagGGAGATATGGGGGTATATGAGGGGTATATGGGAGTATATGGGGGGTATgtgaggggatatggggggatatgggggagatatggggatatggggggatatggggggatatgagggggatatgggggggttatggggggatatgggggagatatggggggatatggggggatatgagGGAGATATGGGGGTATATGAGGGGTATATGGGAGTATATGGGGGGTatgtgggggatatggggggatatggggagatatggggatatgggggggttatggggggatatggggggatatggggggatatgggggagcTCAGCACCGCCGGCTCCCGGATACAGCCCTGCTGGAAGTGCTGAGcgggtattatgggatggcgGGTGagtatggggggatatgggggagatatgggggatatggggagatatggggggatgtgggggagatatggggggggatatggggggatatggggggatatggggggaatatggggggatatggggggtatgaGGGTGAtatgggggtatatggggggatatgaggggagatatggggggctatggggggctCAGCACCGCCGGCTCCCGGATACAGCCCTGCTGGAAGTGCTGAGcgggtattatgggatggggggtggagtatggggggatatgggggggtatggggggatatgagGAgtatatggggggatatggggggatatggggggtatgagggggacatggggggatatggggtggtatggggggatatgggggagatatggggggatatggggggatatgggggagatatggggggatatgggggggatatggggatatggggggttatgggggtatatggggtatgggggtatatggggggtatggggggttatgaggggttatggggggttatggggggtatggggggtatatggggggatatgggggtattgggggggttatggggagatatggggggatatgagTGAGatatggggatttggggtggttatggggggatatgaTGAagatatggggggatatggggggatatggggggatatggggggaatgagggggttatgggggtatatgggggtatgggggggatatggggggctatgtggggctatggggggcaatggggtgggGGTCCGGGGGCCGTACCTTCACCTTTCGCACCTGGCTGGCCTGGAACTCCGGGGTGCAGTTGTGGTGGATGATTCCAATGCCGCCCAtcagctgtggggggggggggggttatggggaggTATCCCATAATCCCATAATCCCATATCCCCATAATGCCataatcccatatcccatcaCCCCATACTCCCATATCCCATGACCCGATAATCCCATAGCCTCATGATCCCATATCCCCATGGTCCCATAATCCCATAATCCCATGTCCCCATAACGCCATGATCCCAtatccccatgaccccataatcccataaaCCCAtatccccatggccccataaccccataattCCATATCCCCATAActccataaccccacaccccacaccccataaccccataactgcataaccccacaccccataaccccacacccataaccccataaccccataccccagatccccccaccccataaccccataaccccacaccctTTAACCCCACACCTCATAACCCCCCAGCgccataaccccataaccccccaccccataaccgcccaccccataaccccacagcttataaccccacaccccataaccccataaccccataacccccaccccataacctcccaccccataaccccccaccccataaccccactcacagcccccagccccatacccccaccccataaccccacacctcATAACCCCACAccctataaccccataaccccacaccctATAACCCCACATCCtataaccccacaccccataacccccaccccataaccccataaaccccccaccccataacccccccaccGCATAACCCCCACCGCATAACCCCCCACCCCgtaaccccccaccccataaccccataaccccccaccccataacccccacccataccccccaccccataaccccacaaccccccaccccataaccccccaccccataaccccataacccccacaccccataacccccagccgtaaccccacaccccataaccccaccaccccaccaccccataaccccataacccccccaccccataaccccccaccccataaccccccaccccataacccccataaccccacaccccataaccccataaccccactccaacccccagccccataaccccaaccccccaccccataaccccccaccccataaccccacaacccataaccccataaccccataaacccccacccataacccccccacccataaccccccaccgcataacccccccaccccataacccccacccataaccccataaccccccaccccataacccccactccagcccccagcccccataaccccaccaccccccaccccataaccccccaccccataaccccataaccccaccccataacccccccacctcctaaccccacacccccataaccccataccccacaccccataaccccataaccccccaccccataaccccccaccccccataacccccacacccccataacccccataaccccactccacacccccaccccataaccccacacccccaccccataaccccccaccccataaccccaaaccCATAACCTCCCACCgcataaccccataacccccaccccataacccccccacccataacccccacaccccataaccccacaccccacaccccataacccaataaccccataccccataaccccccaccccataaccccactcacagcccccagccccataaccccacaccccataactccataaccccacaccccacaccccataactgcaacaccccacaccccacaccccataaccccataacctcacatcccataaccccacaaccccatggccccataaccccataaccccccaccccataaccccataaccccccagtaaccccataaccccactcACAGCCATGGCGATGGCCATATCGGCCTCGGTGACGGTGTCCATAGGAGAGGACACCAAAGGGGTTTTTAGGGTGATCCGCTTCGTCAGCGCCGACGTCAGATCCTATAAAGGCACGGAAGATCCTATAAAGGgctcctccccaccccacacagcccccgGGTAGGGGAACCCCCCCGGAACCCCATATCCTATAAGGGAAcccccccagaaccccacaTCCTATAGGGGAACCTCCCAGAATCCCATATCCTATAGGGGAaccccccccagaaccccacaTCCTATAGGGGAACCCCATATCCTATAGGgaaacccccccaaaaccccatatcCTATAGGGGAACCTCCCAGAACCCCAAATCCTATAGGGGAACCCCATATCCTATATGGGAACCCCATATCCTATAGGagaaccccccccaaaaccccatatcCTATAAGGGAACCCTCCCAGGACCCCATATCCTATAGGGGAACCCCACATCCTACAGGGCACCACCCCAGAACCCCATATCCTATAGAGGAACTCTCCCAGAACCCCATATCCTATAGGGGAgcccccccagaaccccataTCCTATAAGGGAACCACATATCCTATAGGGGAAACCCATATCCGATAGTGGaccccccccacaaccccaaaTCCTATAGGGGAAcccccccagaaccccacaTCCTATAGGGGAACCTCCCAGTACCCCATATCCTATAGGGGAGCCCCCCCCCGAACCCCATATCCTACAGGCAAACCCCACATCCTATAGGGGAACCCCATATCCGATAGTGGAacccccccacaaccccacatccTATAGGGGAACCCCCCAGAACCCCGCATCCTATAGGGGAACCCCATATCCTATAGGGgaacccccccaaaaccccatatcCTATAAGGGAACCCTCCCAGAACCCCATATCCTATAGGGGAACCCCAAATCCTATAGGGTACCCCTCCAGAACCCCATATCCTATAGGGGAACCTCCCAGAACCCCATATCCTATAGGGGAAcccccccagaaccccacaTCCTATGGGGGAATCCCACATCCTATAGGGGAacccccccccagaaccccataCCCTATAAGGGAACCCCATATCCTATAGGGGAacccccccagaaccccataTCCTATAAGGAGGGAACCCTATAAAGGGGTATGGGGTGGATGtatgggggatttatggggtgCATGGGGGACTTATGGGGTAtatgggggatttatggggtgtatggggatTTATGGGGGATGTATGGGGGATGTATGGTGTGTATGGGGGTtttatggggtgtatgggggattttgggggggtttATGGGGATTTATGGGCTGtatgggggatttatgggggatgtatgggggatttatggggtgtatgggggatttatgggggtttatggggtgTATGGTGGAtgtatggggtgtatgggggatTTGTGGTGGAtttatggggtgtatgggggacTTGTGGGAGATTTATGGGGGattatggggtgtatgggggatttatgggggTGTATAGGGGTTTATGGGGATTATGGGGAATGTATGGGGTGTATGGGCGATttatggggtttatgggggaTTTGTGGGGGATGtatgggggatttatgggggatgtatggggtgtatgggggatttgtggggtgtatgggggtgtatgggggaTGTATGGGGTGCATGGGGGATGTATGGGATGTATAGGGGAtgtatggggtgtatggggtgtatgggggatGTATGGGTGTATGGGGGATGTATGGGGGATGTATGGGCCGtatgggggatttatggggtgtatgggggatttatggggggtgtatggggtgtatgggggatttatggggtgtatgggggatGTATGGGATTTATGGGGGATTTGTGGGGGATGtatgggggatttatggggaatgtatggggtgtatggggcATTTATGGGGTGTATGGTGGATTTgtgggggatttatggggtgtatgggggacGTATGGGATGTATAGGGGATGTATGGGGTGTGTGGGTGTATGGGGTGTGTGGGGGTTGTATGGGATGTATAGGGGATGtatggggtgtgtggggtgtatggggtggatggggtggatatgggggtgtatggggtggATACGGGGGTGTATGGTGTGcatggggtggatatggggtggatggggtggatatggggctgtatggggtgtgtgggggtgtatggggtgcATGGAGTAGATAtgggggtgtgtggggtgtATGGGGGATGTATGGGATGTATAGGGGATGtatggggtgtgtggggtgtatggggtggATACGGGGGTGTATGGGGTGGATACGGGGGTGTATGGTGTGcatggggtggatatggggtggatggggtggatatggggctgtatggggtgTGTGGGGGTGTATGGGATGTATAGGGGATgtatggggtggatatgggggtgtatgggggtTGTATGGGATGTATAGGGGATgtatggggtggatatggggtggatatggggtgtatggggtggatatggggtgtatggggtggATACGGGGGTgtatggggtggatatggggtggatatggggctgtatggggctgtatgggtgtatggggtggatatgggggtgtatggggtgtgTGGGGGTGTATGGGATGTATAGGGGATgtatggggtggctatggggtggctatggggtggctatggggtgtatggggtcaCTCACCACCTCCTCGGCTGCAAAAGTCAATGAATCCGGGCAGGATGAGGAAAtcgctgcgggggggggggggggggtcacttATAGGGTCACCCCATAGTGGGGGGCATAGGGGTTATGGGGTaggggggggctttggggtggccctatggggacagcagtgccTGGGGGGGGTGTAGGGGTTACGAGGAGGGACATTTGGGGTGGCCCTATGGGGACATAGGGGGTATAGGGATGGGGGGGTATTTGGGGTGGCcatatggggacagcagtgccTGGAGGGGGGACATAGGGGATATAGGGATGGGGGGGGACATTTGGGGTGGCCCTATGGGGACAGCCCCTGGGGGGCCataggggttatgggggggacATTTGGGGTGGTCctatggggacagtgctgggggGCCATAGGGGTTATGGGGGCGTTGGGGGACATTTGGGGCAGCACTATGGGGACAGTGTCCGGAGGGGGCATTGGGGTTATGGGTGGGGGGATATTTGGGGTGGCCCTATGGGGACAGCATTGGCCTGGGGGGGGGACATAGGAGATATAGGGatggggggggacatggggtggccctatggggacagtggtgcctgggggggacatgggggttatgggggggacatttggggtggccctatggggacagtggTGCCTGGGGTGACCATAGGGgttatggggatgggggggacattggggtggcCCTATGGGGACAGTGCCTGGGGGGTGTAGGGTACTGGGGGGGGACGTTTGGGGTGGCCctatggggacagtgctggggggccataggggttatgggggggggggacatttggggtggccctatggggacagtgctggggggccataggggttatggggggacaCCATTTGGGGTGGCCctatggggacagtgctggggggccataggggttatggggggggggacattTGGGGTGGCCCTATGGGGACAGTGCCTGGGGGGGTGTAGGGGTTAGGGGGGGGCTCTTTGGGGTGGCcctatggggacagcagtgccTGGAGGGGGCCATAgggatatatgggatgggggggtaaTTTGGGGTGGCCCTATGGGACAGTCCCGGGGGGGGCATAGGTGTTATGGGGGGGGACATTTGGGGTGgccctatggggcagtgctggggggccataggggttatgggggggatatTTTGGGGTGGTCCctatggggacagtgctgggggGCCATAGGGGTTATGGGGGACACATTTGGGGCGGCCctatggggacagtgctgggggccataggggttatgggggggacACATTTGGGTGgccctatggggcagtgctgggggccataggggttatggggggggtatttggggtggccctatggggcagtgctggggggccataggggttatggggggggacatttggggtggccctatggggcagtgctggggggccataggggttatgggggggacACATTTGGGGTGGCCCTATGGGGACAGCCCCTGGGGGGCCATAGGGGttatgggggcattggggacatttggggtgGCCCTatgggggcagtgctgggggccataggggttatggggggtatttggggtggccctatggggacagtgctgggggccataggggttatggggggggacaatggggtggccctatggggcagtgctggggggccatagggggttatgggggagaCATTTGGGGTGGCCCTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATCCACACACTCCCGTTGCACACTCCCATTGCACACTCACATACTCACTCGttgcacactcacacactccCGTCGCACATTCCCATTGCACACTCAGACACTCCCATTGCACGCTCccattgcacacacacactctcattgcacactcacacactccCAATGCACACTCCCGTTGCACACTCACACAGTCGTGttgcacactcacacactccCATTGCACACTCACACTCTCAttgcacactcacacactcccgttgcacactcacacactccTGTCGCACACTCCCATTGCACACTCACACTCCCGttgcacactcacacactccctttgcacactcacacactccTGTCGCACACTCCTATTGCACACTCACACTCCCGttgcacactcacacactccCTTTGCACACTCACACTCTCCTGTTGCACACTCCCATTGCACACTCCCATACTCGttgcacactcacacactccCATTGCACACTCGCACACTCACACACTCCCGATGCACACTCCCgttgcacacacacactcctgTCACACACTCCCCttgcacactcacacactccTGCTGCACACTCCtgttgcacacacacactcctgTCACACACTCCCAttgcacactcacacactcGGGTTGCACACTGACACACTCCTGTCACACACTCCCAttgcacactcacacactcacattGCACACACACAATCCCAttgcacactcacacactcctgttgcacacacacactcctgTCACACACTCCCCttgcacactcacacactcGGGTTGCACACTGACACACTCCCGAGGCACACTCccattgcacacacacactcccattgcacactcacacactcGGGTTGCACACTGACACACTCCCTTTGCACACTCACACCCTGGTGTTGCACACTCCCTGTCTCACGCCGCTGTGGCCCCGTTTCCCTGCCAGCCTTCACCTCGTGGGCCGCCCGGCCGTGCACAGAGCGCAATGCCTTCGTCTGCAAAGCCGCCGCCTGAACGgacaacaacacaacaacacaacaacacaaaCGCAACAACGCAACAACGCAACGACCCCCAACACTGCAATAAACGGACCCACAGCAGCAACGCTCAGCGCCTGCcgatggggggcaatggggggggcAGTGTGTgaggggtgatggggtggggatgtggggggcgatgggggtAGTGGGGGGTATGAGGGGTGATGGAGGTGGTGTgaggggtgatggggtgatggggtgtGAGGGGTGATGGggagatggggtgggggtgatgggggtatggggtggggaggtgatggggagGTCTGTGAGGGGTGATGGGGGTGTGaggggtggtggggtgggggtgtagGAGAGAATGGGGGGTGATGGgtgggggggtgatggggggtgtgaggggtgatggggtgggaatgtgggggcaatgggggtagTGGGGGGTATGAGGGATAATGGAGGGGTGTgaggggtgatggggtgggggtgtaGGAGGGAATGGggtgatgggatggggaggtgatgggggtgtgaggggtgatgggggtgagggtgatggggtggggataggggggcaatggggggtgATGAGGTGGGGGGTGATGGAGGGGTGTgaggggtgatggggtgggatgtggggggcaatgggggtgatggggggtaTGAGGGGTGATGGAGGGGTGTGAgggggatggggtgatggggtgggggtgatggggggtcTGTGAGGGGTGACGGGGGTGTGAGGGGTGGTGGGGTGGGAatatgggggcaatggggtgatggggtggggggtgatgggggatggggtggggaatGATGGGgaggtggggtgtggggggtgatggggggtgAGAGGTGACGGGGTGATGGagtggggggtgatgggggtaatgggggtatGAGGGGTgttggggggatgtggggggtgaTGGAGTGGAGGGGTGAGGGGGGTAATGGGGTGGAGAGGTGATGGGGGGATGTGAGGGGTGATGGGGGTGTGaggggtggtggggatgtggggggcaatgggggtgaTGAggtggggggtgatggggggtgTGAGGGGTGATGAGGAGGGGATGCAGGGGTGATGGGGTGGGAAtgtggggggcaatgggggtgaTGAggtggggggtgatgggggggtgTGAGGGGTGATGAGGAGGGGATGcagggggtgatggggtgggaatgtggggggcaatggggggtaTAAGGGGTGATGGAGGGGGTGTGAGGGGTGAGGGTGATGGagtggggggtgatgggggtaatggggtggggaggtgatggggggggctgtgaggggtgACGGGGGTGAGGGGTGGtgggtgggggtgtgggggcaatggggggtaGTGGTGGGTATGAGGGGTGATGGAGGGGTGTgaggggtgatggggtggggaGGTGATGGGGGGGTCTGTGAGGGGTGACGGGGGTGTGAgggtgatggggtggggatgtAGGAGAGAATGAAGGGTGGTGGagtggggggggatggggtgggggatgggggggatgtgAGGGGtgatgggggatgtgggaggtgatggggtggggatgtAGGAGGGAATGGAGCGtgatggggtgtggggtgatggggggtgggggggatgggggtgatggggggaaTGTGGGGAGTGATGgggtgggggatgtggggggcgATGGAGTgtgagtggggtggggggtgatgGCATGGGGGGATGCGAGTGGGTGGGGTTGGTGGAGTGGAGGGtgtgtggggtgatggggtggggggtgatgGCATGGGGAAGGAGGGGTTTATGGGGtgcgtggggtggggggtgatgGTGTGGGGGTGATGGTGTGTGAGGTGTGTGGGGTGATGGGATGATGGAGTGGGGGGTGTGAGTGatgatggggtgggggggtgatggggtgggggggtctgTGAGCGGTGATGGGGTGGGGGCTGATGGGTTGTGAAGGATgatggggtatggggtgtgtggggtgtgAGCAGTGATGGGGTGatgggtgggggggttgggatgTGGAGGGTGAGGGctgatggggtgggggggtgatggggggtgatgggttggggtgtgtggggtgtgAACagtgatggggtgatggggttgggatgtggGGAGTgaggggtgatggggtgatgaggtgatggggtgatggggtggggatgtgggggtgatggggttgggatgtggGGGGTGAGGGTGACGGGGTTGGGATGTGTGGGGTGTGAGCagtgatggggtgatggggttgggatgtggggggggtgagggtgatggggtgatggggtggggatgtggggagtgAGGGTGATGGGGTGATGAGGTGATgggtgatggggtggggatgtggagggtgaggggtgatggggtggggggggtgatAGGTGACGGGGTTGGGATGTGTGGGGTGTGAGCAgtgatggggttggggggtgacGGGGTTGGGATGTGT\tLN:i:16663\tSN:Z:1\tSO:i:0\tSR:i:0")
The GFA file look like
S s1 ATccatccccaaccccaatccctcatcccaatcccatcatcccatcaccccaatcccaccaccccaatcccaatcctcATCCCgtcatcccaatcccaatctCATcatcccatcaccccaatcccaatcctcaccccaatcccatcaccccaatcccaatcccatcatcccatcatcccatcatcccatccccaaccccaatccTAACCCCAACCCCGATCCCAAACCCaatcctcatccccatcccaccatcccaatcccaatcccatcaccccaatcccatcatcccaaccccaacccaatcccaatccccattccatcaccccaatcccatcaccccaatcccatcaccccaatcccaatcctcaccccaatcccatcatcccaatcccaatgCCAATCCTTATCCCAATCCCATCATCCCAGCATCGCAatcccatcaccccaatcccatcatcccaatcccaatcccaatcccatcaccccaatcccaatcccaatcccatcaccccaatcccaatcctcaccccaatcccatcatcccatcccatcatcccatccccaaccccaatcctcatcccaatcccatcatcccatcaccccaatcccaccaccccaatcccaatcctcATCCCgtcatcccaatcccaatctCATcatcccatcaccccaatcccaatcctcaccccaatcccatcaccccaatcccaatcccatcatccccatcatcccatcatcccatccccaaccccaatccTAACCCCAACCCCGATCCCAAACCCaatcctcatccccatcccaccatcccaatcccaatcccatcaccccaatcccatCACCCCCAATCCCatcatcccaaccccaaccccaaccccaatcccccTATTccatcaccccaatcccatcaccccaatcccatcaccccaatcccaatcctcaccccaatcccatcaccccaatcccaatGCCAATCCTCATCCCATCATCCcatcatcccaatcccaataTTCACCCCATCAtcccaaccccaaatcccaatcccaatcccatcatcccaatcccatcatcccaatcccattatcccaatcccaaccccatcatcccaaccccaaatcccaatcccaatcccatcatcccaatcccatcatcccaatcccattatcccaatcccaaccccatcatcccaatcccatcaccccatcaccccaatcccataatcccaatcccatcatcccaatcccacacccaaTCCCAATCCTCatcccatcaccccatcaccccaatcccatcatcccaatcccatcatcccaatcccatcatcccaatcccatcatcccatccccaatcccaatcccaatccctATCCTATCATCCcatcatcccaatcccaatcctcATCCcaccaccccaatcccaccaccccaatcccaatcctcATCCCGTCATCCCAATCGCAATCCCATCATCCCATCACCCCCAACCCAATCCTCACCCCAATCCCATCATCCCAATCCTTatcccatcaccccaatcccattatcccaaccccaatcccaatcccatcatCCTTCCCCAATCCCATCACCCCATCATCCCATCCCCAGGCCCCCCAATCCCCACCCCCAAACCCTTAATCCcacccccaatcccacccccaaTCCTAATAATCCCAGCCCCAAAACCCTTAATCCCAACCCTTAATCCCAACCCTTAATCCCACCCCCAATCCCAACTCCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCACCCCGAATGCATAATCCCAATCCTAAATCCCACCCCCAACCCttaatcccaaccccaatccttAATCCCAATCCTTAATTCCCAgccccaatcccacccccaaCCCTCAATCCCAGCCCCCATCTCAGCCCCCAAACCCttaatcccaaccccaatccttaatcccatccccaatcccacccccaatccttaatcccagccccaatcccatccccaatccttaatcccaccccaacccttaatcccagccccaatcccacccccaaCCCTTAATCCCAGCCCCAGTCCCAACTCCAGTGCTTAATCCCACCCCCAATCCTTAATCCCAgccccaatcccatccccaaTCCTTAATCCCAGCCCCAGTCCCAACTCCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCAACTCCAGTGCTTAATCCCACCCCCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCACCCCCCAACCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCAGCCCCAATCCTTAATCCCAgccccaatcccatccccaaTCCTTAATCCCACCCCAATACTTAATCCCAgccccaatcccatccccaaTCCTTAATCCCACCCCAATACTTAATCCCAgccccaatcccaaccccaatgcTTAATCCCACCCCCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTAATCCCActcccaatcccaaccccaatccttAATCCCACCCCCAACCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTACTCCCAATCCTTAATCCCAGCCGCAATCCCACCCCCAACCCTTAATCCCAGCCCCCATCTCAGCCCCCAACCCTTAATCCCACCCCCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTAATCCCAGcccatatcccaccccaatccttaatccCACCCCCAATCCTTAATCGCACCCCCAACCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTACTCCCAATCCTTAATCCCAgccccaatcccacccccaacccttaatcccagccccaatcccacccccaaCCCTCAATCCCAGCCCCCATCTCAGCCCCCAACCCttaatcccaaccccaatccttaatcccatccccaatcccacccccaaTCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCCCATCCCCAATCCttaatcccaccccaacccttAATCCCATCCCCAATACCACCCTAATCCTTAATCCCAgccccaatcccaaccccaacccttAATCCCAGCCCCAATCCTTAATCCCAGCCCATATCCCACCCCTAATCCTTAATCCCAGCCCCAACCCTTAATCCCAtccccaatcccacacccaaTCCTTAATCCCAgccccaatcccacccccaaCCCTTAATCCCAGCCCCCATCTCAGCCCCCAACCCTTAATCCCAACCTCAGTCCTTAATCCCAGTCCCAATCCTTACTCCTAATCCTTAATCCCAgccccaatcccacccccaatccttaatcccagccccaatcccacccccaaTGCTTAATCCCAgccccaatcccacccccaaCCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCAACTCCAATCCTTAATCCCAGACCCAATCCCAACTCCAATGCTTAATCCCACCCCCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCAGCCCCAACCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCACCCACCTGCCCCAGGGGGGTCCCGTGCTGCCCCTCCCCCAGGCAGTCGATGTCCCTGGAGGTGACGATGCCCTGCAGccgccccccaaccccaaccctaatcccaatcccacccccaaTCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTACTCCCACCCCCAACCCTTAATCCcacccccaatcccacccccaacccttaatcccagccccaatcccacccccaaTCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCCCCCCAACCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCAACTCCAATGCTTAATCCCACCCCCAATCCCTTAATCCCAgccccaatcccacccccaacccttatcccagccccaaacccaaccccaatcccacccacCTGCCCCAGGGGGGTCCCGTGCTGCCCCTCCCCCAGGCAGTCGATGTCCCTGGAGGTGACGATTCCCTGCAGCCTctccccaaccccaacccttaatcccaatcccacccccaaTCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTACTCCCAATCCTTAATCCCAgccccaatcccacccccaaCCCTTAATCCCAGCCCCCATCTCAGCCCCCAACCCTTAATCCCAACCTCAGTCCTTAATCCCAGTCCCAATCCTTACTCCTAATCCTTAATCCCAcccccaatcccatccccaatccttaatcccacccccaacccttaatcccagccccaatcccacccccaaCCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTACTCGCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCACACCCCCAATCCTTAATCCCAgccccaatcccacccccaaTCCTTAATCCCACCCCCAATCCTTAATCCCAgccccaatcccacccccaaTCCTTAATCCCACCCCCAACCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTACTCGCAATCCTTAATCCCAgccccaatcccacccccaacccttaatcccagccccaatcccaaccccaatccttAATCCCACCCCCAATCCCAACACCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCcctcatcccaaccccaatcccaacctcAACCCTTAATCCCAACCCAATCCCACCCGCAATCCTTAATCCCAACCCAATCCCACCCGCAATCCTTAATCCCAGCCCCAACACCACCCTTAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTAACCCCAGCCCCAATCCCATCCGCAATGCTTAGTCCCAGCCCCAATCCttaatcccaaccccaatcccgaTCCCAGTCCTTAATCCCAACAGCAATCTTTAATCCCAGCCCCAatccctcctcccagccccaatCCCAACCTCAACCCATAATCCCACCCCCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCTCCCCCAATGCTTAATCCCAATCCttaatcccaccccaatccttaatccCACCCCCAATCCTTAAACCCACCCCCAACCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCAACTCCAATCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCAACTCCAATGCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTAATCCCACCCCCAATCACACCCCCAACCCTTAATCCCAACCCTTAATCCCACCCCCAACCCTTAATCCCAGCCCCAATCCTTAATCCCAGCCCATATTCCACCCCTAATCCTTAATCCCAGACCCAATCTCAACTCCCAACCCTTAATCCCAACTCCAACCCTTAATCCCAGCCCCCATCTCAGCCCCCAACCCTTAATCCCAACCCCAGTCCTTAATCCCAGTCCCAATCCTTACTCCCAATCCTTAATCCCAgccccaatcccacccccaatccttaatcccagccccaatcccacccccaaCCCTTAATCCCAGCCCCAATCCCAGTGCCAATCCTTAATCCCACCCCCAACCCTTAATCCCAGCCTCAATCCCACCCACCTGCCCCAGGGGGGTCCCGTGCTGCCCCTCCCCCAGGCAGTCGATGTCCCTGGAGGTGACGATTCCCTGCAGCCGCCCCCCCAACCTCCCGCTCTGCGTCACCGGGACCCCCGAGCAGCCCCTGAGCTGCCGCAGCTCCAACATATCCCGCACTGTGTGAGTCGGGCTCAGCACCGCCGGCTCCCGGATACAGCCCTGCTGGAAGTGCTGAGcgggtattatgggatggcgGGTGAGTATGGGGCGTTatgggggagatatggggggatatggggggatatgagGGAGATATGGGGGTATATGAGGGGTATATGGGAGTATATGGGGGGTATgtgaggggatatggggggatatgggggagatatggggatatggggggatatggggggatatgagggggatatgggggggttatggggggatatgggggagatatggggggatatggggggatatgagGGAGATATGGGGGTATATGAGGGGTATATGGGAGTATATGGGGGGTatgtgggggatatggggggatatggggagatatggggatatgggggggttatggggggatatggggggatatggggggatatgggggagcTCAGCACCGCCGGCTCCCGGATACAGCCCTGCTGGAAGTGCTGAGcgggtattatgggatggcgGGTGagtatggggggatatgggggagatatgggggatatggggagatatggggggatgtgggggagatatggggggggatatggggggatatggggggatatggggggaatatggggggatatggggggtatgaGGGTGAtatgggggtatatggggggatatgaggggagatatggggggctatggggggctCAGCACCGCCGGCTCCCGGATACAGCCCTGCTGGAAGTGCTGAGcgggtattatgggatggggggtggagtatggggggatatgggggggtatggggggatatgagGAgtatatggggggatatggggggatatggggggtatgagggggacatggggggatatggggtggtatggggggatatgggggagatatggggggatatggggggatatgggggagatatggggggatatgggggggatatggggatatggggggttatgggggtatatggggtatgggggtatatggggggtatggggggttatgaggggttatggggggttatggggggtatggggggtatatggggggatatgggggtattgggggggttatggggagatatggggggatatgagTGAGatatggggatttggggtggttatggggggatatgaTGAagatatggggggatatggggggatatggggggatatggggggaatgagggggttatgggggtatatgggggtatgggggggatatggggggctatgtggggctatggggggcaatggggtgggGGTCCGGGGGCCGTACCTTCACCTTTCGCACCTGGCTGGCCTGGAACTCCGGGGTGCAGTTGTGGTGGATGATTCCAATGCCGCCCAtcagctgtggggggggggggggttatggggaggTATCCCATAATCCCATAATCCCATATCCCCATAATGCCataatcccatatcccatcaCCCCATACTCCCATATCCCATGACCCGATAATCCCATAGCCTCATGATCCCATATCCCCATGGTCCCATAATCCCATAATCCCATGTCCCCATAACGCCATGATCCCAtatccccatgaccccataatcccataaaCCCAtatccccatggccccataaccccataattCCATATCCCCATAActccataaccccacaccccacaccccataaccccataactgcataaccccacaccccataaccccacacccataaccccataaccccataccccagatccccccaccccataaccccataaccccacaccctTTAACCCCACACCTCATAACCCCCCAGCgccataaccccataaccccccaccccataaccgcccaccccataaccccacagcttataaccccacaccccataaccccataaccccataacccccaccccataacctcccaccccataaccccccaccccataaccccactcacagcccccagccccatacccccaccccataaccccacacctcATAACCCCACAccctataaccccataaccccacaccctATAACCCCACATCCtataaccccacaccccataacccccaccccataaccccataaaccccccaccccataacccccccaccGCATAACCCCCACCGCATAACCCCCCACCCCgtaaccccccaccccataaccccataaccccccaccccataacccccacccataccccccaccccataaccccacaaccccccaccccataaccccccaccccataaccccataacccccacaccccataacccccagccgtaaccccacaccccataaccccaccaccccaccaccccataaccccataacccccccaccccataaccccccaccccataaccccccaccccataacccccataaccccacaccccataaccccataaccccactccaacccccagccccataaccccaaccccccaccccataaccccccaccccataaccccacaacccataaccccataaccccataaacccccacccataacccccccacccataaccccccaccgcataacccccccaccccataacccccacccataaccccataaccccccaccccataacccccactccagcccccagcccccataaccccaccaccccccaccccataaccccccaccccataaccccataaccccaccccataacccccccacctcctaaccccacacccccataaccccataccccacaccccataaccccataaccccccaccccataaccccccaccccccataacccccacacccccataacccccataaccccactccacacccccaccccataaccccacacccccaccccataaccccccaccccataaccccaaaccCATAACCTCCCACCgcataaccccataacccccaccccataacccccccacccataacccccacaccccataaccccacaccccacaccccataacccaataaccccataccccataaccccccaccccataaccccactcacagcccccagccccataaccccacaccccataactccataaccccacaccccacaccccataactgcaacaccccacaccccacaccccataaccccataacctcacatcccataaccccacaaccccatggccccataaccccataaccccccaccccataaccccataaccccccagtaaccccataaccccactcACAGCCATGGCGATGGCCATATCGGCCTCGGTGACGGTGTCCATAGGAGAGGACACCAAAGGGGTTTTTAGGGTGATCCGCTTCGTCAGCGCCGACGTCAGATCCTATAAAGGCACGGAAGATCCTATAAAGGgctcctccccaccccacacagcccccgGGTAGGGGAACCCCCCCGGAACCCCATATCCTATAAGGGAAcccccccagaaccccacaTCCTATAGGGGAACCTCCCAGAATCCCATATCCTATAGGGGAaccccccccagaaccccacaTCCTATAGGGGAACCCCATATCCTATAGGgaaacccccccaaaaccccatatcCTATAGGGGAACCTCCCAGAACCCCAAATCCTATAGGGGAACCCCATATCCTATATGGGAACCCCATATCCTATAGGagaaccccccccaaaaccccatatcCTATAAGGGAACCCTCCCAGGACCCCATATCCTATAGGGGAACCCCACATCCTACAGGGCACCACCCCAGAACCCCATATCCTATAGAGGAACTCTCCCAGAACCCCATATCCTATAGGGGAgcccccccagaaccccataTCCTATAAGGGAACCACATATCCTATAGGGGAAACCCATATCCGATAGTGGaccccccccacaaccccaaaTCCTATAGGGGAAcccccccagaaccccacaTCCTATAGGGGAACCTCCCAGTACCCCATATCCTATAGGGGAGCCCCCCCCCGAACCCCATATCCTACAGGCAAACCCCACATCCTATAGGGGAACCCCATATCCGATAGTGGAacccccccacaaccccacatccTATAGGGGAACCCCCCAGAACCCCGCATCCTATAGGGGAACCCCATATCCTATAGGGgaacccccccaaaaccccatatcCTATAAGGGAACCCTCCCAGAACCCCATATCCTATAGGGGAACCCCAAATCCTATAGGGTACCCCTCCAGAACCCCATATCCTATAGGGGAACCTCCCAGAACCCCATATCCTATAGGGGAAcccccccagaaccccacaTCCTATGGGGGAATCCCACATCCTATAGGGGAacccccccccagaaccccataCCCTATAAGGGAACCCCATATCCTATAGGGGAacccccccagaaccccataTCCTATAAGGAGGGAACCCTATAAAGGGGTATGGGGTGGATGtatgggggatttatggggtgCATGGGGGACTTATGGGGTAtatgggggatttatggggtgtatggggatTTATGGGGGATGTATGGGGGATGTATGGTGTGTATGGGGGTtttatggggtgtatgggggattttgggggggtttATGGGGATTTATGGGCTGtatgggggatttatgggggatgtatgggggatttatggggtgtatgggggatttatgggggtttatggggtgTATGGTGGAtgtatggggtgtatgggggatTTGTGGTGGAtttatggggtgtatgggggacTTGTGGGAGATTTATGGGGGattatggggtgtatgggggatttatgggggTGTATAGGGGTTTATGGGGATTATGGGGAATGTATGGGGTGTATGGGCGATttatggggtttatgggggaTTTGTGGGGGATGtatgggggatttatgggggatgtatggggtgtatgggggatttgtggggtgtatgggggtgtatgggggaTGTATGGGGTGCATGGGGGATGTATGGGATGTATAGGGGAtgtatggggtgtatggggtgtatgggggatGTATGGGTGTATGGGGGATGTATGGGGGATGTATGGGCCGtatgggggatttatggggtgtatgggggatttatggggggtgtatggggtgtatgggggatttatggggtgtatgggggatGTATGGGATTTATGGGGGATTTGTGGGGGATGtatgggggatttatggggaatgtatggggtgtatggggcATTTATGGGGTGTATGGTGGATTTgtgggggatttatggggtgtatgggggacGTATGGGATGTATAGGGGATGTATGGGGTGTGTGGGTGTATGGGGTGTGTGGGGGTTGTATGGGATGTATAGGGGATGtatggggtgtgtggggtgtatggggtggatggggtggatatgggggtgtatggggtggATACGGGGGTGTATGGTGTGcatggggtggatatggggtggatggggtggatatggggctgtatggggtgtgtgggggtgtatggggtgcATGGAGTAGATAtgggggtgtgtggggtgtATGGGGGATGTATGGGATGTATAGGGGATGtatggggtgtgtggggtgtatggggtggATACGGGGGTGTATGGGGTGGATACGGGGGTGTATGGTGTGcatggggtggatatggggtggatggggtggatatggggctgtatggggtgTGTGGGGGTGTATGGGATGTATAGGGGATgtatggggtggatatgggggtgtatgggggtTGTATGGGATGTATAGGGGATgtatggggtggatatggggtggatatggggtgtatggggtggatatggggtgtatggggtggATACGGGGGTgtatggggtggatatggggtggatatggggctgtatggggctgtatgggtgtatggggtggatatgggggtgtatggggtgtgTGGGGGTGTATGGGATGTATAGGGGATgtatggggtggctatggggtggctatggggtggctatggggtgtatggggtcaCTCACCACCTCCTCGGCTGCAAAAGTCAATGAATCCGGGCAGGATGAGGAAAtcgctgcgggggggggggggggggtcacttATAGGGTCACCCCATAGTGGGGGGCATAGGGGTTATGGGGTaggggggggctttggggtggccctatggggacagcagtgccTGGGGGGGGTGTAGGGGTTACGAGGAGGGACATTTGGGGTGGCCCTATGGGGACATAGGGGGTATAGGGATGGGGGGGTATTTGGGGTGGCcatatggggacagcagtgccTGGAGGGGGGACATAGGGGATATAGGGATGGGGGGGGACATTTGGGGTGGCCCTATGGGGACAGCCCCTGGGGGGCCataggggttatgggggggacATTTGGGGTGGTCctatggggacagtgctgggggGCCATAGGGGTTATGGGGGCGTTGGGGGACATTTGGGGCAGCACTATGGGGACAGTGTCCGGAGGGGGCATTGGGGTTATGGGTGGGGGGATATTTGGGGTGGCCCTATGGGGACAGCATTGGCCTGGGGGGGGGACATAGGAGATATAGGGatggggggggacatggggtggccctatggggacagtggtgcctgggggggacatgggggttatgggggggacatttggggtggccctatggggacagtggTGCCTGGGGTGACCATAGGGgttatggggatgggggggacattggggtggcCCTATGGGGACAGTGCCTGGGGGGTGTAGGGTACTGGGGGGGGACGTTTGGGGTGGCCctatggggacagtgctggggggccataggggttatgggggggggggacatttggggtggccctatggggacagtgctggggggccataggggttatggggggacaCCATTTGGGGTGGCCctatggggacagtgctggggggccataggggttatggggggggggacattTGGGGTGGCCCTATGGGGACAGTGCCTGGGGGGGTGTAGGGGTTAGGGGGGGGCTCTTTGGGGTGGCcctatggggacagcagtgccTGGAGGGGGCCATAgggatatatgggatgggggggtaaTTTGGGGTGGCCCTATGGGACAGTCCCGGGGGGGGCATAGGTGTTATGGGGGGGGACATTTGGGGTGgccctatggggcagtgctggggggccataggggttatgggggggatatTTTGGGGTGGTCCctatggggacagtgctgggggGCCATAGGGGTTATGGGGGACACATTTGGGGCGGCCctatggggacagtgctgggggccataggggttatgggggggacACATTTGGGTGgccctatggggcagtgctgggggccataggggttatggggggggtatttggggtggccctatggggcagtgctggggggccataggggttatggggggggacatttggggtggccctatggggcagtgctggggggccataggggttatgggggggacACATTTGGGGTGGCCCTATGGGGACAGCCCCTGGGGGGCCATAGGGGttatgggggcattggggacatttggggtgGCCCTatgggggcagtgctgggggccataggggttatggggggtatttggggtggccctatggggacagtgctgggggccataggggttatggggggggacaatggggtggccctatggggcagtgctggggggccatagggggttatgggggagaCATTTGGGGTGGCCCTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATCCACACACTCCCGTTGCACACTCCCATTGCACACTCACATACTCACTCGttgcacactcacacactccCGTCGCACATTCCCATTGCACACTCAGACACTCCCATTGCACGCTCccattgcacacacacactctcattgcacactcacacactccCAATGCACACTCCCGTTGCACACTCACACAGTCGTGttgcacactcacacactccCATTGCACACTCACACTCTCAttgcacactcacacactcccgttgcacactcacacactccTGTCGCACACTCCCATTGCACACTCACACTCCCGttgcacactcacacactccctttgcacactcacacactccTGTCGCACACTCCTATTGCACACTCACACTCCCGttgcacactcacacactccCTTTGCACACTCACACTCTCCTGTTGCACACTCCCATTGCACACTCCCATACTCGttgcacactcacacactccCATTGCACACTCGCACACTCACACACTCCCGATGCACACTCCCgttgcacacacacactcctgTCACACACTCCCCttgcacactcacacactccTGCTGCACACTCCtgttgcacacacacactcctgTCACACACTCCCAttgcacactcacacactcGGGTTGCACACTGACACACTCCTGTCACACACTCCCAttgcacactcacacactcacattGCACACACACAATCCCAttgcacactcacacactcctgttgcacacacacactcctgTCACACACTCCCCttgcacactcacacactcGGGTTGCACACTGACACACTCCCGAGGCACACTCccattgcacacacacactcccattgcacactcacacactcGGGTTGCACACTGACACACTCCCTTTGCACACTCACACCCTGGTGTTGCACACTCCCTGTCTCACGCCGCTGTGGCCCCGTTTCCCTGCCAGCCTTCACCTCGTGGGCCGCCCGGCCGTGCACAGAGCGCAATGCCTTCGTCTGCAAAGCCGCCGCCTGAACGgacaacaacacaacaacacaacaacacaaaCGCAACAACGCAACAACGCAACGACCCCCAACACTGCAATAAACGGACCCACAGCAGCAACGCTCAGCGCCTGCcgatggggggcaatggggggggcAGTGTGTgaggggtgatggggtggggatgtggggggcgatgggggtAGTGGGGGGTATGAGGGGTGATGGAGGTGGTGTgaggggtgatggggtgatggggtgtGAGGGGTGATGGggagatggggtgggggtgatgggggtatggggtggggaggtgatggggagGTCTGTGAGGGGTGATGGGGGTGTGaggggtggtggggtgggggtgtagGAGAGAATGGGGGGTGATGGgtgggggggtgatggggggtgtgaggggtgatggggtgggaatgtgggggcaatgggggtagTGGGGGGTATGAGGGATAATGGAGGGGTGTgaggggtgatggggtgggggtgtaGGAGGGAATGGggtgatgggatggggaggtgatgggggtgtgaggggtgatgggggtgagggtgatggggtggggataggggggcaatggggggtgATGAGGTGGGGGGTGATGGAGGGGTGTgaggggtgatggggtgggatgtggggggcaatgggggtgatggggggtaTGAGGGGTGATGGAGGGGTGTGAgggggatggggtgatggggtgggggtgatggggggtcTGTGAGGGGTGACGGGGGTGTGAGGGGTGGTGGGGTGGGAatatgggggcaatggggtgatggggtggggggtgatgggggatggggtggggaatGATGGGgaggtggggtgtggggggtgatggggggtgAGAGGTGACGGGGTGATGGagtggggggtgatgggggtaatgggggtatGAGGGGTgttggggggatgtggggggtgaTGGAGTGGAGGGGTGAGGGGGGTAATGGGGTGGAGAGGTGATGGGGGGATGTGAGGGGTGATGGGGGTGTGaggggtggtggggatgtggggggcaatgggggtgaTGAggtggggggtgatggggggtgTGAGGGGTGATGAGGAGGGGATGCAGGGGTGATGGGGTGGGAAtgtggggggcaatgggggtgaTGAggtggggggtgatgggggggtgTGAGGGGTGATGAGGAGGGGATGcagggggtgatggggtgggaatgtggggggcaatggggggtaTAAGGGGTGATGGAGGGGGTGTGAGGGGTGAGGGTGATGGagtggggggtgatgggggtaatggggtggggaggtgatggggggggctgtgaggggtgACGGGGGTGAGGGGTGGtgggtgggggtgtgggggcaatggggggtaGTGGTGGGTATGAGGGGTGATGGAGGGGTGTgaggggtgatggggtggggaGGTGATGGGGGGGTCTGTGAGGGGTGACGGGGGTGTGAgggtgatggggtggggatgtAGGAGAGAATGAAGGGTGGTGGagtggggggggatggggtgggggatgggggggatgtgAGGGGtgatgggggatgtgggaggtgatggggtggggatgtAGGAGGGAATGGAGCGtgatggggtgtggggtgatggggggtgggggggatgggggtgatggggggaaTGTGGGGAGTGATGgggtgggggatgtggggggcgATGGAGTgtgagtggggtggggggtgatgGCATGGGGGGATGCGAGTGGGTGGGGTTGGTGGAGTGGAGGGtgtgtggggtgatggggtggggggtgatgGCATGGGGAAGGAGGGGTTTATGGGGtgcgtggggtggggggtgatgGTGTGGGGGTGATGGTGTGTGAGGTGTGTGGGGTGATGGGATGATGGAGTGGGGGGTGTGAGTGatgatggggtgggggggtgatggggtgggggggtctgTGAGCGGTGATGGGGTGGGGGCTGATGGGTTGTGAAGGATgatggggtatggggtgtgtggggtgtgAGCAGTGATGGGGTGatgggtgggggggttgggatgTGGAGGGTGAGGGctgatggggtgggggggtgatggggggtgatgggttggggtgtgtggggtgtgAACagtgatggggtgatggggttgggatgtggGGAGTgaggggtgatggggtgatgaggtgatggggtgatggggtggggatgtgggggtgatggggttgggatgtggGGGGTGAGGGTGACGGGGTTGGGATGTGTGGGGTGTGAGCagtgatggggtgatggggttgggatgtggggggggtgagggtgatggggtgatggggtggggatgtggggagtgAGGGTGATGGGGTGATGAGGTGATgggtgatggggtggggatgtggagggtgaggggtgatggggtggggggggtgatAGGTGACGGGGTTGGGATGTGTGGGGTGTGAGCAgtgatggggttggggggtgacGGGGTTGGGATGTGT LN:i:16663 SN:Z:1 SO:i:0 SR:i:0
L s1 + s2 + 0M SR:i:0 L1:i:16663 L2:i:144
Hello, My input file is the result of
minigraph
, the ekg recommend https://github.com/vgteam/vg/issues/3129#issuecomment-746383277 yourgfautil
to convert the format, but when I run the commandgfautil -i ./pangenome.gfa id-convert --namemap ./ > pangenome.convertID.gfa
, get this error:if here could not provide the
P
line in GFA file (minigraph outfile is NULL
), how we should convert the format?Best wishes~