Testing alignment_cain - Githubissues

chigc / stemmatology

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Open AMertgens opened 8 months ago

AMertgens commented 8 months ago

-reduce number of tax to 10. (alignment_cain_small.nex) (criterion=parsimony) Result:

Branch-and-bound search completed:
  Score of best tree found = 24
  Number of trees retained = 7816
  Time used = 27.11 sec (CPU time = 0.06 sec)

27 Sekunden 7816

tax number increased to 15 Result

Branch-and-bound search completed:
Score of best tree found = 50
Number of trees retained = 35818002
Time used = 00:09:00 (CPU time = 00:08:46.4)

9 Minuten 35 818 002 Trees

Tax = 20 Test aborted after 30 Minutes and no more progress (stuck at 19%)

PatrickSahle commented 8 months ago

faszinierend. Unsere Anwendung scheint nicht zu den theoretischen Grundlagen zu passen, oder wie erklärt sich das?

AMertgens commented 8 months ago

gedanken:

Kann auch immer noch sein, dass einfach durch die Kollation sehr viel "noise" in den Daten ist, der dann Paup ausbremst.
Habe den (nicht fundierten) Eindruck, dass in der Bioinformatik zwar mit langen DNA Sequenzen aber mit geringer Anzahl (<20) von Spezies gearbeitet wird.
PAUP ist etwas oldschool und nutzt leider auch einfach nur einen CPU Kern. Der ist dann zu 100% ausgelastet während meine anderen nichts tun. Wahrscheinlich optimiert für single-core aber high-performance System und nicht "consumer" hardware.

Ich teste mal weiter mit den anderen Tools und vergleiche Ergebnisse.

AMertgens commented 8 months ago

(continued)

Tax = 20 (nochmal durchlaufen lassen, diesmal kam er nach 15 Minuten zum Ende)