When I running irGSEA.integrate encounter a problem

chuiqin / irGSEA

The integration of single cell rank-based gene set enrichment analysis

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When I running irGSEA.integrate encounter a problem #31

Open Always-Stude opened 7 months ago

Always-Stude commented 7 months ago

1705666879333 Why did encounter an issue？What can I do？

chuiqin commented 7 months ago

你的pbmc的meta.data信息里面，可能没有seurat_annotations这一列试试head(pbmc@meta.data)

chuiqin commented 6 months ago

还可以排除一下Seurat的版本。错误的发生是因为Seurat从5.02开始，增加了一个fc.slot参数。如果你要计算scale.data的差异，不管是FindAllMarkers还是FindMarkers函数，没有指定fc.slot，计算的时候都会出错。恰好irGSEA的打分矩阵都存放在scale.data里面。我在新版本的irGSEA（version 3.2.4）里面已经修复了这个错误，只要重新安装irGSEA即可解决这个问题。