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cilix-ai / on-the-fly-guidance

[MICCAI 2024] On-the-Fly Guidance Training for Medical Image Registration. Pre-print available in link below.
https://arxiv.org/abs/2308.15216
Creative Commons Attribution 4.0 International
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复现OFG时遇到的一些问题，希望请教作者 #9

Closed sugar-hub closed 8 months ago

sugar-hub commented 9 months ago

作者您好，在复现OFG时我遇到了一些问题，不知是否是我的一些步骤错误了，还希望得到作者的指导。

根据我的理解，./experiment/opt_experiment_loop.py 是否是添加了OFG模块的训练过程？我在运行该文件时，首先于原文件第185行，遇到OFG函数缺少传入img_size的报错。是否应当修改为 ofg = OFG(output[1].shape, output[1].clone().detach()) ?

其次，我接着运行该文件时，遇到第191行报错，报错内容为OFG-utils.SpatialTransformer-第69行，无法转换维度的情况。经过查找发现，是SpatialTransformer中的grid维度变成了7个，分别是torch.Size([1, 5, 1, 3, 160, 192, 224])，导致出错。不知应当如何解决。

我遇到了这些问题，暂时不知如何解决，所以前来寻求指导。不好意思给作者添麻烦了！

yuelinxin commented 9 months ago

哈喽 @sugar-hub，./experiment里面的文件是我们自己尝试的一些代码，不是主文件，里面的文件也很久没更新了，我们可能会考虑把它们删掉。我们主要的文件是train.py和infer.py，具体用法是：

python train.py --model <模型名> --ofg_epoch <优化轮数> --dataset <数据集名> --train_dir <训练集path> --val_dir <验证集path>

根据数据集的不同可能会需要再加一个--atlas_dir。如果--ofg_epoch设为0就是不使用OFG，模型的损失就是默认的NCC无监督损失。 另外，如果想比较清晰的看懂OFG的实现，我们之前加了一个叫OFGLoss.py的文件，里面有OFG的主体部分。 我们目前使用文档还没来得及写出来，下个版本会在README里标好如何使用。

感谢issue。

sugar-hub commented 9 months ago

谢谢您的答复