nxzhox
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4 years ago @clquezada para no confundirlo o para no confundirme yo, solo considero a FG = Bilagay como Bilagay, pese a que la data se llame Bilagay.
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nxzhox
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4 years ago @clquezada para no confundirlo o para no confundirme yo, solo considero a FG = Bilagay como Bilagay, pese a que la data se llame Bilagay.
----------------TRABAJANDO----------------------
pasar excel de Trophical position a simmr
Ocupamos un archivo csv como entrada
en este caso bilagay_for_trophicposition.csv es el dato de entrada
(Puedes importarlo en Excel para ver la estructura)
system.file("extdata", "Bilagay_for_tRophicPosition.csv", package = "tRophicPosition")
como es un archivo externo (extdata) podemos ocupar el método data
data("Bilagay")
muestro el csv
Bilagay
estructura de csv
str(Bilagay)
en este caso me arroja que tiene 841 obs de 7 variables
muestro todos los Carbonos y nitrogenos del csv
as.matrix(Bilagay[5:6])
creo un vector con los nombres
names= c("bilagay","b1","b2") names
filtro el csv segun FG, en este caso FG=Bilagay
x<-subset(Bilagay,FG=="Bilagay") x
Creo una matriz con los datos de Carbono y nitrogeno de FG=Bilagay
xdatos=matrix(c(x$d13C,x$d15N), nrow=344, ncol=2) xdatos
filtro el csv segun FG, en este caso FG=Benthic_BL
z<-subset(Bilagay,FG=="Benthic_BL") z
Creo una matriz con los datos de Carbono y nitrogeno de FG=Benthic_BL
zdatos=matrix(c(z$d13C,z$d15N), nrow=299, ncol=2) zdatos
filtro el csv segun FG, en este caso FG=Pelagic_BL
w<-subset(Bilagay,FG=="Pelagic_BL") w
Creo una matriz con los datos de Carbono y nitrogeno de FG=Pelagic_BL
wdatos=matrix(c(w$d13C,w$d15N), nrow=198, ncol=2) wdatos
promedios C Bilagay
xmeanC<-mean(x$d13C) xmeanC
promedios C Benthic_BL
zmeanC<-mean(z$d13C) zmeanC
promedios C Pelagic_BL
wmeanC<-mean(w$d13C) wmeanC
creo un vector con los promedios de carbono
sourcesmeanC<- c(xmeanC,wmeanC,zmeanC) sourcesmeanC
sd C Bilagay
xsdC<-sd(x$d13C) xsdC
sd C Benthic_BL
zsdC<-sd(z$d13C) zsdC
sd C Pelagic_BL
wsdC<-sd(w$d13C) wsdC
creo un vector con la desviacion estandar de Carbono
sourcessdC<- c(xsdC,wsdC,zsdC) sourcessdC
promedios N Bilagay
xmeanN<-mean(x$d15N) xmeanN
promedios N Benthic_BL
zmeanN<-mean(z$d15N) zmeanN
promedios N Pelagic_BL
wmeanN<-mean(w$d15N) wmeanN
creo un vector con los promedios de Nitrogeno
sourcesmeanN<- c(xmeanN,wmeanN,zmeanN) sourcesmeanN
sd N Bilagay
xsdN<-sd(x$d15N) xsdN
sd N Benthic_BL
zsdN<-sd(z$d15N) zsdN
sd N Pelagic_BL
wsdN<-sd(w$d15N) wsdN
creo un vector con las desviaciones estandar de Nitrogeno
sourcessdN<- c(xsdN,wsdN,zsdN) sourcessdN
creo una matriz con los promedios de carbono y nitrogeno
sourcesbilagaymeans<- matrix(c(sourcesmeanC,sourcesmeanN), nrow=3, ncol=2) sourcesbilagaymeans
creo una matriz con las desviaciones estandar de carbono y nitrogeno
sourcesbilagaysd<- matrix(c(sourcessdC,sourcessdN), nrow=3, ncol=2) sourcesbilagaysd
TDF() #hecharle un look
este es el simmr que vimos ayer en reunion
geese_simmr2 = simmr_load(mixtures = as.matrix(Bilagay[5:6]), #error source_names = names, source_means = sourcesbilagaymeans, source_sds = sourcesbilagaysd
)
este es el que hice solo con bilagay
geese_simmr = simmr_load(mixtures = xdatos, #error source_names = names, source_means = sourcesbilagaymeans, source_sds = sourcesbilagaysd
)
crear funcion de tp-> simmr
https://www.tidyverse.org/ hecharle un look
cheatssheets
plot(geese_simmr2) plot(geese_simmr)