Open hkhk0 opened 4 years ago
①ですが、 c-toolsが生成するインプットファイル Cdia.datで 指定する擬ポテンシャルのファイル名が古いせいだと思います。
C C6.0-s2p2d1 C_CA13
→
C C6.0-s2p2d1 C_CA19
Cdia.datの該当箇所を上のように変更することで 無事動くことを確認しました。
よろしくお願いいたします。
tmisawa様 早速の回答ありがとうございました。当方でもトライしたところ計算が収束しました。 ところで、なぜファイル名が古いとお気づきになったのでしょうか?
今後も別の材料の計算を行う際に、注意すべき点などございましたらご教示いただけると 幸いです。
@hkhk0 エラーメッセージで
Could not find /usr/share/openmx/DFT_DATA19/VPS/C_CA13.vps
とあったので、気が付きました。
そこで、 /usr/share/openmx/DFT_DATA19/VPS を見に行って、 C_CA19.vps があったのでそれに変更したという手順です。
よろしくお願いいたします。
ご丁寧にありがとうございました。おっしゃっている意味も理解できました。 以下のことですね。 https://t-ozaki.issp.u-tokyo.ac.jp/vps_pao2019/C/index.html
今後少しずつ勉強していきたいと思います。それにしてもプロの先生から このようにレスポンスをいただけるとは、新しい世界をみた感じがします(少し大袈裟ですが)。
@hkhk0 ②ですが、状況がよく分かりません。例えば、LXTerminalを開いて
grep -R setxkmap
を実行するとどのような出力が表示されますか?
@wistaria 様
ご連絡ありがとうございます。初めて立ち上げたときはuser@malive:~$しか表示されて いなかったのですが、上記の通りスペルミスで入力後以降立ち上げる度にbash: setxkmap: command not foundが最初の行にでてきます。grep -R setxkmapを入力すると以下のような 出力が表示されました。
Binary file .cache/mozilla/firefox/dx2gzogu.default-esr/cache2/entries/45D01A94213CDB16235E2F36A8702C8474D1C548 matches Binary file .cache/mozilla/firefox/dx2gzogu.default-esr/cache2/entries/8225FAF1286E9900E42C0E527B6AE90061B204FD matches Binary file .mozilla/firefox/dx2gzogu.default-esr/formhistory.sqlite matches Binary file .mozilla/firefox/dx2gzogu.default-esr/places.sqlite matches Binary file .mozilla/firefox/dx2gzogu.default-esr/sessionstore-backups/previous.jsonlz4 matches .bashrc:setxkmap -layout jp Binary file .bash_history matches
@hkhk0
理由は分かりませんが、何かのはずみで $HOME/.bashrc (LXTerminalが開かれる時に自動的に実行される設定ファイルの一つ)の中に setxkmap -layout jp
という行が追加されてしまっているようです(出力の下から2行目)
nano でも vi でも emacs でもよいので、使い方の分かるエディタで $HOME/.bashrc を開いてください。どこかに setxkmap -layout jp
という行があると思いますので、先頭に # マークを付けてコメントアウトしてください(修正後 # setxkmap -layout jp
)。これでエラーは出なくなると思います
@wistaria アドバイスありがとうございました。emacsでトライしたところエラー表示が消えました。少しずついろいろと触ってみようと思います。
計算科学の勉強がてら以下の資料を参考にしながらソフトを使用しようと しているのですが、以下のような問題が起きております。 参考資料:https://www.slideshare.net/cms_initiative/materiapps-live?next_slideshow=1
①LXterminalでopenmx Cdia.datを実行すると、以下の表示が表れ、先に進みません。 (C-toolなどは手順通り問題なく作動させることができました) プログラミングなどほとんど経験がなく、対処法について調べましたが見当たらず、 コメント、アドバイスいただけると幸いです。
user@malive:~$ openmx Cdia.dat
The number of threads in each node for OpenMP parallelization is 1.
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