openmxの実行ができません

hkhk0 commented 4 years ago

計算科学の勉強がてら以下の資料を参考にしながらソフトを使用しようとしているのですが、以下のような問題が起きております。参考資料：https://www.slideshare.net/cms_initiative/materiapps-live?next_slideshow=1

①LXterminalでopenmx Cdia.datを実行すると、以下の表示が表れ、先に進みません。 (C-toolなどは手順通り問題なく作動させることができました）プログラミングなどほとんど経験がなく、対処法について調べましたが見当たらず、コメント、アドバイスいただけると幸いです。

user@malive:~$ openmx Cdia.dat

The number of threads in each node for OpenMP parallelization is 1.

Welcome to OpenMX Ver. 3.9.2
Copyright (C), 2002-2019, T. Ozaki
OpenMX comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
This is free software, and you are welcome to
redistribute it under the constitution of the GNU-GPL.

Your input file was normally read. The system includes 1 species and 2 atoms. ******************************************************* PAO and VPS ******************************************************* PAOs of species C were normally found. Could not find /usr/share/openmx/DFT_DATA19/VPS/C_CA13.vps user@malive:~$ ^C user@malive:~$ ②LXterminalで、日本語キーボードを認識させるために『setxkbmap - layout.jp』と入力するところを、誤ってsetxkmap・・と入力してしまいました。その後、LXterminalを立ち上げる度に、以下の表示が表れます。resetコマンドですべての表示をリセットできますが、正しい解決法をご指南いただけるとありがたいです。 bash: setxkmap: command not found 初歩的な質問で恐縮ですが、よろしくお願いします。

tmisawa commented 4 years ago

①ですが、 c-toolsが生成するインプットファイル Cdia.datで指定する擬ポテンシャルのファイル名が古いせいだと思います。

 C C6.0-s2p2d1 C_CA13
 →
 C C6.0-s2p2d1 C_CA19

Cdia.datの該当箇所を上のように変更することで無事動くことを確認しました。

よろしくお願いいたします。

hkhk0 commented 4 years ago

tmisawa様早速の回答ありがとうございました。当方でもトライしたところ計算が収束しました。ところで、なぜファイル名が古いとお気づきになったのでしょうか？

今後も別の材料の計算を行う際に、注意すべき点などございましたらご教示いただけると幸いです。

tmisawa commented 4 years ago

@hkhk0 エラーメッセージで

Could not find /usr/share/openmx/DFT_DATA19/VPS/C_CA13.vps

とあったので、気が付きました。

そこで、 /usr/share/openmx/DFT_DATA19/VPS を見に行って、 C_CA19.vps があったのでそれに変更したという手順です。

よろしくお願いいたします。

hkhk0 commented 4 years ago

ご丁寧にありがとうございました。おっしゃっている意味も理解できました。以下のことですね。 https://t-ozaki.issp.u-tokyo.ac.jp/vps_pao2019/C/index.html

今後少しずつ勉強していきたいと思います。それにしてもプロの先生からこのようにレスポンスをいただけるとは、新しい世界をみた感じがします(少し大袈裟ですが)。

wistaria commented 4 years ago

@hkhk0 ②ですが、状況がよく分かりません。例えば、LXTerminalを開いて

grep -R setxkmap

を実行するとどのような出力が表示されますか？

hkhk0 commented 4 years ago

@wistaria 様

ご連絡ありがとうございます。初めて立ち上げたときはuser@malive:~$しか表示されていなかったのですが、上記の通りスペルミスで入力後以降立ち上げる度にbash: setxkmap: command not foundが最初の行にでてきます。grep -R setxkmapを入力すると以下のような出力が表示されました。

Binary file .cache/mozilla/firefox/dx2gzogu.default-esr/cache2/entries/45D01A94213CDB16235E2F36A8702C8474D1C548 matches Binary file .cache/mozilla/firefox/dx2gzogu.default-esr/cache2/entries/8225FAF1286E9900E42C0E527B6AE90061B204FD matches Binary file .mozilla/firefox/dx2gzogu.default-esr/formhistory.sqlite matches Binary file .mozilla/firefox/dx2gzogu.default-esr/places.sqlite matches Binary file .mozilla/firefox/dx2gzogu.default-esr/sessionstore-backups/previous.jsonlz4 matches .bashrc:setxkmap -layout jp Binary file .bash_history matches

wistaria commented 4 years ago

@hkhk0 理由は分かりませんが、何かのはずみで $HOME/.bashrc (LXTerminalが開かれる時に自動的に実行される設定ファイルの一つ)の中に setxkmap -layout jp という行が追加されてしまっているようです(出力の下から2行目) nano でも vi でも emacs でもよいので、使い方の分かるエディタで $HOME/.bashrc を開いてください。どこかに setxkmap -layout jp という行があると思いますので、先頭に # マークを付けてコメントアウトしてください(修正後 # setxkmap -layout jp )。これでエラーは出なくなると思います

hkhk0 commented 4 years ago

@wistaria アドバイスありがとうございました。emacsでトライしたところエラー表示が消えました。少しずついろいろと触ってみようと思います。

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openmxの実行ができません #13