ASEの動作

[shimizu123321]

　初めまして。第一原理計算とプログラミングは完全に初心者で、コロナ騒動をきっかけにMateriAppsLiveを始めた者です。

　早速MateriAppsLiveとVirtual Boxをインストールし、ASEで計算を走らせようとしたのですが、以下のエラーが出てしまいました。

ModuleNotFoundError Traceback (most recent call last)

in () ----> 1 from ase.build import bulk 2 from ase.calculators.espresso import Espresso 3 from ase.constraints import UnitCellFilter 4 from ase.optimize import LBFGS 5 import ase.io ModuleNotFoundError: No module named 'ase' 　ちなみに、以下URLの「動作確認」をそのままの手順で行いました。 https://cometscome.github.io/DFT/build/ASE/jupyter/ 　完全に素人のため、解説を含めてどう対処すればよいかご教授をお願いいたします。

[yomichi]

エラーの原因として、ASE が正しくインストールできていないようです。 参考にされたページ通りにされたかと思いますが、インストールするためのコマンドである、2つ目の

sudo python3 -m pip install --upgrade --user ase

が間違っています。先頭の sudo を消してもう一度やっていただければ、そこから先は動くかと思います。

一応ざっくりと解説しておくと、

sudo をつけると実行しているアカウントが一時的に root という別の（強い権限をもつ）アカウントに変わります。 一方で、 --user というのは、ここでは、そのアカウントからしか見えない場所にインストールする、という意味です。 そのため、両方つけた状態でインストールされた ASE は別のアカウント、たとえば user からは見えません。

その後の jupyter notebook では、元のアカウント、 user で実行しているので、 root でインストールした ase が見つからなかった、というのが今回起きたことと思われます。

[shimizu123321]

答えてくださり、ありがとうございました。 sudoを消して実行したところ、ASEがインストールされたと思います。

ただ、同じWebページの「動作確認」のサンプルコードをJupyter notebookにそのまま打ち込んでも何も出力されないのですが、これはなぜでしょうか？ たびたびすみませんが、こちらも解説を含めて対処法をご教授お願いいたします。

[yomichi]

コードの実行には Shift+Enter をする必要がありますが（昨日はエラーメッセージが出ているのでできているかと思いますが）、そこは大丈夫ですか？

[shimizu123321]

はい。今はエラーメッセージが出てこなくなっています。

ASEは動いているけれども、例えば別のウィンドウに出力されているということでしょうか？

[yomichi]

ちゃんと実行しているのに表示されないとしたら、もしかしたら出力が折りたたまれているのかもしれません（デフォルトでそうなるような設定があるかは知りませんが） 下の画像のように、入力セルの真下に ... というのが見えれば、そこをクリックすると出力セルが展開されます。

あと、念の為、動作確認の真上にある、

a = 3
b = 5
a+b

も確認してみてください。当然8が出るはずです。

[shimizu123321]

無事、ASEの結果が出力できました。

この度は丁寧に説明してくださり、ありがとうございました。 また操作に行き詰まってしまったらお聞きすると思いますが、よろしくお願いいたします。