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Espressoのインストール #16

Open shimizu123321 opened 4 years ago

shimizu123321 commented 4 years ago

　再び質問に参りました。MateriAppsLiveでQuantum Espressoによる第一原理計算を使用できると聞き、現在勉強中のみです。 　以前のURL(以下)を参考に、Jupyter notebookで動作確認したのですが、正常にプログラムが動きませんでした。おそらく、Quantum Espressoがインストールできていないようです。 　本当に基礎的な質問ですが、Quantum Espressoをインストールするにはどうすればよいのでしょうか？すみませんが、コマンドプロンプトの命令の意味も添えていただけると大変ありがたいです。 　よろしくお願いいたします。

参考にしたURL https://cometscome.github.io/DFT/build/Fast/fast/

wistaria commented 4 years ago

@shimizu123321 MateriApps LIVE!にはQuantum Espressoは最初から入っています。インストールする必要はありません。 「正常にプログラムが動きませんでした」とのことですが、何をどのように実行したらどの時点でどのようなエラーメッセージが出たか、こちらでエラーを再現するのに必要な情報をいただけると助かります。また、お使いのMateriApps LIVE!のバージョンもお知らせください

shimizu123321 commented 4 years ago

　すでに入っているのですね。ということは、別の問題かもしれません。

　問題が分からないので、要領を得ない書き方になってしまいますが、よろしくお願いいたします。

　まず、最初の投稿にあるWebページの「ASEでの第一原理計算(ASEでの取り込み)」に記載されている、 　　cp ~/Downloads/NaCl_mp-22862_computed.cif ~/ASE/ 　　import ase.io 　　rocksalt =ase.io.read("NaCl_mp-22862_computed.cif")

を入力すると、

　　import-im6.q16: attempt to perform an operation not allowed by the security policy PS' @ 　　 　　error/constitute.c/IsCoderAuthorized/408. 　　user@malive:/usr/share/espresso/pseudo$ rocksalt =ase.io.read("NaCl_mp-22862_computed.cif") 　　bash: syntax error near unexpected token('

と表示されました。

　次に、上の操作を無視し、「第一原理計算のテスト実行」の

　　cd /usr/share/espresso/pseudo 　　sudo wget https://www.quantum-espresso.org/upf_files/Na.pbesol-spn-kjpaw_psl.1.0.0.UPF 　　sudo wget https://www.quantum-espresso.org/upf_files/Cl.pbesol-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF

でNaとClの擬ポテンシャルをダウンロードした後、Jupyter notebookを開いてPython3でコーディングしようとしました。すると、

　　Permission denied: Untitled.ipynb

と表示されました。

　最後に、バージョンは"MateriaAppsLive-3.1-amd64"を使っています。

　恐縮ですが、よろしくお願いいたします。

wistaria commented 4 years ago

Jupyter notebook を /usr/share/espresso/pseudo で実行してるのではないでしょうか？以下のように、いったんホームディレクトリに戻ってから実行してみてください

cd
jupyter notebook
shimizu123321 commented 4 years ago

　ホームディレクトリではJupyter notebookを実行できました。基本的にはホームディレクトリでしかプログラムを実行できないということなのでしょうか？ 　ところで、

　import ase.io 　rocksalt =ase.io.read("NaCl_mp-22862_computed.cif")

は何のコマンドなのでしょうか？これをコマンドプロンプトに入力しても

・import ase.ioの場合 import-im6.q16: attempt to perform an operation not allowed by the security policy `PS' @ error/constitute.c/IsCoderAuthorized/408.

・rocksalt =ase.io.read("NaCl_mp-22862_computed.cif") bash: syntax error near unexpected token `('

と返されるだけで、何も起こりません。これが原因なのか、jupyter notebookに

from ase.build import bulk from ase.calculators.espresso import Espresso from ase.constraints import UnitCellFilter from ase.optimize import LBFGS import ase.io

pseudopotentials = {'Na': 'Na.pbe-spn-kjpaw_psl.1.0.0.UPF',

'Cl': 'Cl.pbe-n-rrkjus_psl.1.0.0.UPF'} #擬ポテンシャルの種類が違うの修正

pseudopotentials = {'Na': 'Na.pbesol-spn-kjpaw_psl.1.0.0.UPF', 'Cl': 'Cl.pbesol-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF'}

rocksalt = bulk('NaCl', crystalstructure='rocksalt', a=6.0)

rocksalt =ase.io.read("NaCl_mp-22862_computed.cif") #Material Projectでダウンロードしたものを使う場合。 calc = Espresso(pseudopotentials=pseudopotentials, tstress=True, tprnfor=True, kpts=(3, 3, 3))

rocksalt.set_calculator(calc)

ucf = UnitCellFilter(rocksalt) opt = LBFGS(ucf) opt.run(fmax=0.005)

cubic lattic constant

print((8*rocksalt.get_volume()/len(rocksalt))**(1.0/3.0))

と入力しても、

FileNotFoundError Traceback (most recent call last)

in () 10 'Cl': 'Cl.pbesol-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF'} 11 #rocksalt = bulk('NaCl', crystalstructure='rocksalt', a=6.0) ---> 12 rocksalt =ase.io.read("NaCl_mp-22862_computed.cif") #Material Projectでダウンロードしたものを使う場合。 13 calc = Espresso(pseudopotentials=pseudopotentials, 14 tstress=True, tprnfor=True, kpts=(3, 3, 3)) /home/user/.local/lib/python3.7/site-packages/ase/io/formats.py in read(filename, index, format, parallel, do_not_split_by_at_sign, **kwargs) 643 else: 644 return next(_iread(filename, slice(index, None), format, io, --> 645 parallel=parallel, **kwargs)) 646 647 /home/user/.local/lib/python3.7/site-packages/ase/parallel.py in new_generator(*args, **kwargs) 262 not kwargs.pop('parallel', True)): 263 # Disable: --> 264 for result in generator(*args, **kwargs): 265 yield result 266 return /home/user/.local/lib/python3.7/site-packages/ase/io/formats.py in _iread(filename, index, format, io, parallel, full_output, **kwargs) 701 if io.acceptsfd: 702 mode = 'rb' if io.isbinary else 'r' --> 703 fd = open_with_compression(filename, mode) 704 must_close_fd = True 705 else: /home/user/.local/lib/python3.7/site-packages/ase/io/formats.py in open_with_compression(filename, mode) 454 455 if compression is None: --> 456 return open(filename, mode) 457 elif compression == 'gz': 458 import gzip FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'NaCl_mp-22862_computed.cif' というエラー (指定のファイルが見つからない？) が出てしまいました。 　どこを変えれば解決するのかわからないので要領を得ませんが、ご教授いただきたく存じます。
wistaria commented 4 years ago

　ホームディレクトリではJupyter notebookを実行できました。基本的にはホームディレクトリでしかプログラムを実行できないということなのでしょうか？

ファイル書き込み権限のあるディレクトリで実行する必要があります。具体的には、ホームディレクトリ、あるいはその下にあるディレクトリで実行してください

　ところで、

　import ase.io 　rocksalt =ase.io.read("NaCl_mp-22862_computed.cif")

は何のコマンドなのでしょうか？

Pythonのコマンドです。Jupyter notebookの中で実行すべきものです。また、以下では、Jupyter notebookを起動するディレクトリに、NaCl_mp-22862_computed.cifが置いてある必要があると思います

shimizu123321 commented 4 years ago

　返信が遅くなりすみません。

　詳しく説明してくださり、ありがとうございました。 　おかげさまで、無事に計算できました。