xguse
commented
8 years ago I just confirmed that the list if successfully generated. Its just that res.remove("ORGANISM") makes no sense as related to a list of strings.
---------------------------------------------------------------------------
ValueError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-60-d2f890b5dff6> in <module>()
1 r = RNASEQ_EBI()
----> 2 r.organisms
/home/gus/.anaconda/envs/jupyter/lib/python3.5/site-packages/bioservices/rnaseq_ebi.py in _get_organism(self)
289 res = sorted(list(set(res)))
290
--> 291 res.remove("ORGANISM")
292
293 self._organisms = res
ValueError: list.remove(x): x not in list
> /home/gus/.anaconda/envs/jupyter/lib/python3.5/site-packages/bioservices/rnaseq_ebi.py(291)_get_organism()
289 res = sorted(list(set(res)))
290
--> 291 res.remove("ORGANISM")
292
293 self._organisms = res
ipdb> ll
272 def _get_organism(self):
273 if self._organisms is None:
274 self.info("Fetching all organisms once for all")
275 frmt = 'tsv'
276 res1 = self.http_get("%s/0/getOrganisms/ensembl" % frmt, frmt)
277 res1 = res1.split("\n")
278
279 res2 = self.http_get("%s/0/getOrganisms/plants" % frmt, frmt)
280 res2 = res2.split("\n")
281
282 res3 = self.http_get("%s/0/getOrganisms/fungi" % frmt, frmt)
283 res3 = res3.split("\n")
284
285 res4 = self.http_get("%s/0/getOrganisms/fungi" % frmt, frmt)
286 res4 = res4.split("\n")
287
288 res = res1 + res2 + res3 + res4
289 res = sorted(list(set(res)))
290
--> 291 res.remove("ORGANISM")
292
293 self._organisms = res
294 return self._organisms
295 organisms = property(_get_organism, doc="return list of valid organisms")
ipdb> p res
['ORGANISM\tREFERENCE_ORGANISM', 'aegilops_tauschii\taegilops_tauschii', 'amborella_trichopoda\tamborella_trichopoda', 'anas_platyrhynchos\tanas_platyrhynchos', 'anolis_carolinensis\tanolis_carolinensis', 'arabidopsis_kamchatica\tarabidopsis_lyrata', 'arabidopsis_lyrata\tarabidopsis_lyrata', 'arabidopsis_lyrata_subsp._lyrata\tarabidopsis_lyrata', 'arabidopsis_thaliana\tarabidopsis_thaliana', 'arabidopsis_thaliana_x_arabidopsis_arenosa\tarabidopsis_thaliana', 'aspergillus_fumigatus\taspergillus_fumigatus', 'aspergillus_fumigatus_af293\taspergillus_fumigatus', 'blumeria_graminis\tblumeria_graminis', 'blumeria_graminis_f._sp._hordei\tblumeria_graminis', 'bos_indicus\tbos_taurus', 'bos_taurus\tbos_taurus', 'botrytis_cinerea\tbotrytis_cinerea', 'botrytis_cinerea_b05.10\tbotrytis_cinerea', 'brachypodium_distachyon\tbrachypodium_distachyon', 'brassica_oleracea\tbrassica_oleracea', 'brassica_oleracea_var._alboglabra\tbrassica_oleracea', 'brassica_oleracea_var._capitata\tbrassica_oleracea', 'brassica_oleracea_var._italica\tbrassica_oleracea', 'brassica_oleracea_var._oleracea\tbrassica_oleracea', 'brassica_rapa\tbrassica_rapa', 'brassica_rapa_subsp._chinensis\tbrassica_rapa', 'brassica_rapa_subsp._nipposinica\tbrassica_rapa', 'brassica_rapa_subsp._oleifera\tbrassica_rapa', 'brassica_rapa_subsp._pekinensis\tbrassica_rapa', 'brassica_rapa_subsp._rapa\tbrassica_rapa', 'brassica_rapa_x_brassica_nigra\tbrassica_rapa', 'brassica_rapa_x_raphanus_sativus\tbrassica_rapa', 'canis_lupus_familiaris\tcanis_familiaris', 'chlamydomonas_reinhardtii\tchlamydomonas_reinhardtii', 'chlorocebus_sabaeus\tchlorocebus_sabaeus', 'colletotrichum_gloeosporioides\tcolletotrichum_gloeosporioides', 'colletotrichum_graminicola\tcolletotrichum_graminicola', 'colletotrichum_higginsianum\tcolletotrichum_higginsianum', 'colletotrichum_higginsianum_imi_349063\tcolletotrichum_higginsianum', 'cryptococcus_neoformans\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_a1-lim_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_a1-lim_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_a1-mp_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_a1-mp_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_a1-pg_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_a1-pg_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_a1-vivo\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_a1-ypd_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_a1-ypd_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_a5-lim_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_a5-lim_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_a5-mp_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_a5-mp_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_a5-pg_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_a5-pg_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_a5-vivo\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_a5-ypd_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_a5-ypd_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_bt85-lim_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_bt85-lim_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_bt85-mp_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_bt85-mp_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_bt85-pg_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_bt85-pg_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_bt85-vivo\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_bt85-ypd_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_bt85-ypd_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_c23-lim_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_c23-lim_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_c23-mp_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_c23-mp_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_c23-pg_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_c23-pg_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_c23-vivo\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_c23-ypd_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_c23-ypd_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_ccpt10\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_ccpt2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_ccpt20\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_ccpt22\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_ccpt32\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_ccpt35\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_chc193-lim_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_chc193-lim_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_chc193-mp_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_chc193-pg_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_chc193-pg_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_chc193-vivo\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_chc193-ypd_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_chc193-ypd_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_h99-lim_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_h99-lim_2\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_h99-mp_1\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_var._grubii\tcryptococcus_neoformans', 'cryptococcus_neoformans_var._grubii_h99\tcryptococcus_neoformans', 'danio_rerio\tdanio_rerio', 'equus_caballus\tequus_caballus', 'equus_caballus_x_asinus\tequus_caballus', 'fusarium_graminearum\tfusarium_graminearum', 'fusarium_graminearum_ph-1\tfusarium_graminearum', 'gallus_gallus\tgallus_gallus', 'gallus_gallus_gallus\tgallus_gallus', 'glycine_max\tglycine_max', 'gorilla_gorilla\tgorilla_gorilla', 'homo_sapiens\thomo_sapiens', 'homo_sapiens/mus_musculus_xenograft\thomo_sapiens', 'homo_sapiens/rattus_norvegicus_xenograft\thomo_sapiens', 'hordeum_vulgare\thordeum_vulgare', 'hordeum_vulgare_subsp._spontaneum\thordeum_vulgare', 'hordeum_vulgare_subsp._vulgare\thordeum_vulgare', 'hordeum_vulgare_var._distichon\thordeum_vulgare', 'leersia_perrieri\tleersia_perrieri', 'leptosphaeria_maculans\tleptosphaeria_maculans', 'macaca_mulatta\tmacaca_mulatta', 'macropus_eugenii\tmacropus_eugenii', 'medicago_truncatula\tmedicago_truncatula', 'monodelphis_domestica\tmonodelphis_domestica', 'mus_musculus\tmus_musculus', 'mus_musculus_castaneus\tmus_musculus', 'mus_musculus_domesticus\tmus_musculus', 'mus_musculus_molossinus\tmus_musculus', 'mus_musculus_musculus\tmus_musculus', 'mus_musculus_x_mus_spretus\tmus_musculus', 'mus_spretus\tmus_musculus', 'musa_acuminata\tmusa_acuminata', 'musa_acuminata_aaa_group\tmusa_acuminata', 'mustela_putorius_furo\tmustela_putorius_furo', 'neurospora_crassa\tneurospora_crassa', 'neurospora_crassa_or74a\tneurospora_crassa', 'ornithorhynchus_anatinus\tornithorhynchus_anatinus', 'oryctolagus_cuniculus\toryctolagus_cuniculus', 'oryctolagus_cuniculus_algirus\toryctolagus_cuniculus', 'oryza_barthii\toryza_barthii', 'oryza_brachyantha\toryza_brachyantha', 'oryza_glaberrima\toryza_glaberrima', 'oryza_glumipatula\toryza_glumaepatula', 'oryza_longistaminata\toryza_longistaminata', 'oryza_meridionalis\toryza_meridionalis', 'oryza_nivara\toryza_nivara', 'oryza_nivara\toryza_sativa', 'oryza_punctata\toryza_punctata', 'oryza_rufipogon\toryza_rufipogon', 'oryza_rufipogon_x_oryza_sativa_japonica_group\toryza_rufipogon', 'oryza_sativa\toryza_sativa', 'oryza_sativa_indica_group\toryza_indica', 'oryza_sativa_indica_group\toryza_sativa', 'oryza_sativa_indica_group_x_oryza_sativa_japonica_group\toryza_indica', 'oryza_sativa_indica_group_x_oryza_sativa_japonica_group\toryza_sativa', 'oryza_sativa_japonica_group\toryza_sativa', 'oryza_sativa_japonica_group_x_oryza_sativa_indica_group\toryza_sativa', 'ostreococcus_\\u0027lucimarinus\\u0027\tostreococcus_lucimarinus', 'ovis_aries\tovis_aries', 'pan_troglodytes\tpan_troglodytes', 'papio_anubis\tpapio_anubis', 'penicillium_digitatum_pd1\tpenicillium_digitatum_pd1', 'penicillium_digitatum_phi26\tpenicillium_digitatum_phi26', 'physcomitrella_patens\tphyscomitrella_patens', 'pongo_abelii\tpongo_abelii', 'populus_trichocarpa\tpopulus_trichocarpa', 'prunus_persica\tprunus_persica', 'prunus_persica_var._nucipersica\tprunus_persica', 'prunus_persica_var._persica\tprunus_persica', 'rattus_norvegicus\trattus_norvegicus', 'rattus_norvegicus_albus\trattus_norvegicus', 'rhizoctonia_solani\trhizoctonia_solani', 'rhizoctonia_solani_ag-1_ia\trhizoctonia_solani', 'rhizoctonia_solani_ag-3_rhs1ap\trhizoctonia_solani', 'saccharomyces_cerevisiae\tsaccharomyces_cerevisiae', 'saccharomyces_cerevisiae_by4741\tsaccharomyces_cerevisiae', 'saccharomyces_cerevisiae_jay291\tsaccharomyces_cerevisiae', 'saccharomyces_cerevisiae_jwy6147\tsaccharomyces_cerevisiae', 'schizosaccharomyces_pombe\tschizosaccharomyces_pombe', 'schizosaccharomyces_pombe_972h-\tschizosaccharomyces_pombe', 'sclerotinia_sclerotiorum\tsclerotinia_sclerotiorum', 'selaginella_moellendorffii\tselaginella_moellendorffii', 'setaria_italica\tsetaria_italica', 'solanum_lycopersicum\tsolanum_lycopersicum', 'solanum_lycopersicum_var._cerasiforme\tsolanum_lycopersicum', 'solanum_lycopersicum_x_solanum_pennellii\tsolanum_lycopersicum', 'solanum_lycopersicum_x_solanum_pimpinellifolium\tsolanum_lycopersicum', 'solanum_tuberosum\tsolanum_tuberosum', 'sorghum_bicolor\tsorghum_bicolor', 'sphaerulina_musiva_so2202\tsphaerulina_musiva_so2202', 'sus_scrofa\tsus_scrofa', 'sus_scrofa_domesticus\tsus_scrofa', 'sus_scrofa_scrofa\tsus_scrofa', 'tetraodon_nigroviridis\ttetraodon_nigroviridis', 'theobroma_cacao\ttheobroma_cacao', 'triticum_aestivum\ttriticum_aestivum', 'triticum_aestivum/septoria_tritici_mixed_cdna_library\ttriticum_aestivum', 'triticum_urartu\ttriticum_urartu', 'ustilaginoidea_virens\tustilaginoidea_virens', 'verticillium_dahliae\tverticillium_dahliae', 'verticillium_longisporum\tverticillium_dahliae', 'vitis_vinifera\tvitis_vinifera', 'xenopus_tropicalis\txenopus_tropicalis', 'yarrowia_lipolytica\tyarrowia_lipolytica', 'yarrowia_lipolytica_clib122\tyarrowia_lipolytica', 'zea_mays\tzea_mays', 'zea_mays_subsp._mays\tzea_mays', 'zea_mays_subsp._mexicana\tzea_mays', 'zymoseptoria_brevis\tzymoseptoria_brevis']
ipdb> print('\n'.join(res))
ORGANISM REFERENCE_ORGANISM
aegilops_tauschii aegilops_tauschii
amborella_trichopoda amborella_trichopoda
anas_platyrhynchos anas_platyrhynchos
anolis_carolinensis anolis_carolinensis
arabidopsis_kamchatica arabidopsis_lyrata
arabidopsis_lyrata arabidopsis_lyrata
arabidopsis_lyrata_subsp._lyrata arabidopsis_lyrata
arabidopsis_thaliana arabidopsis_thaliana
arabidopsis_thaliana_x_arabidopsis_arenosa arabidopsis_thaliana
aspergillus_fumigatus aspergillus_fumigatus
aspergillus_fumigatus_af293 aspergillus_fumigatus
blumeria_graminis blumeria_graminis
blumeria_graminis_f._sp._hordei blumeria_graminis
bos_indicus bos_taurus
bos_taurus bos_taurus
botrytis_cinerea botrytis_cinerea
botrytis_cinerea_b05.10 botrytis_cinerea
brachypodium_distachyon brachypodium_distachyon
brassica_oleracea brassica_oleracea
brassica_oleracea_var._alboglabra brassica_oleracea
brassica_oleracea_var._capitata brassica_oleracea
brassica_oleracea_var._italica brassica_oleracea
brassica_oleracea_var._oleracea brassica_oleracea
brassica_rapa brassica_rapa
brassica_rapa_subsp._chinensis brassica_rapa
brassica_rapa_subsp._nipposinica brassica_rapa
brassica_rapa_subsp._oleifera brassica_rapa
brassica_rapa_subsp._pekinensis brassica_rapa
brassica_rapa_subsp._rapa brassica_rapa
brassica_rapa_x_brassica_nigra brassica_rapa
brassica_rapa_x_raphanus_sativus brassica_rapa
canis_lupus_familiaris canis_familiaris
chlamydomonas_reinhardtii chlamydomonas_reinhardtii
chlorocebus_sabaeus chlorocebus_sabaeus
colletotrichum_gloeosporioides colletotrichum_gloeosporioides
colletotrichum_graminicola colletotrichum_graminicola
colletotrichum_higginsianum colletotrichum_higginsianum
colletotrichum_higginsianum_imi_349063 colletotrichum_higginsianum
cryptococcus_neoformans cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_a1-lim_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_a1-lim_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_a1-mp_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_a1-mp_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_a1-pg_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_a1-pg_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_a1-vivo cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_a1-ypd_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_a1-ypd_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_a5-lim_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_a5-lim_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_a5-mp_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_a5-mp_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_a5-pg_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_a5-pg_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_a5-vivo cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_a5-ypd_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_a5-ypd_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_bt85-lim_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_bt85-lim_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_bt85-mp_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_bt85-mp_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_bt85-pg_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_bt85-pg_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_bt85-vivo cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_bt85-ypd_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_bt85-ypd_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_c23-lim_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_c23-lim_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_c23-mp_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_c23-mp_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_c23-pg_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_c23-pg_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_c23-vivo cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_c23-ypd_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_c23-ypd_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_ccpt10 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_ccpt2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_ccpt20 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_ccpt22 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_ccpt32 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_ccpt35 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_chc193-lim_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_chc193-lim_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_chc193-mp_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_chc193-pg_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_chc193-pg_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_chc193-vivo cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_chc193-ypd_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_chc193-ypd_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_h99-lim_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_h99-lim_2 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_h99-mp_1 cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_var._grubii cryptococcus_neoformans
cryptococcus_neoformans_var._grubii_h99 cryptococcus_neoformans
danio_rerio danio_rerio
equus_caballus equus_caballus
equus_caballus_x_asinus equus_caballus
fusarium_graminearum fusarium_graminearum
fusarium_graminearum_ph-1 fusarium_graminearum
gallus_gallus gallus_gallus
gallus_gallus_gallus gallus_gallus
glycine_max glycine_max
gorilla_gorilla gorilla_gorilla
homo_sapiens homo_sapiens
homo_sapiens/mus_musculus_xenograft homo_sapiens
homo_sapiens/rattus_norvegicus_xenograft homo_sapiens
hordeum_vulgare hordeum_vulgare
hordeum_vulgare_subsp._spontaneum hordeum_vulgare
hordeum_vulgare_subsp._vulgare hordeum_vulgare
hordeum_vulgare_var._distichon hordeum_vulgare
leersia_perrieri leersia_perrieri
leptosphaeria_maculans leptosphaeria_maculans
macaca_mulatta macaca_mulatta
macropus_eugenii macropus_eugenii
medicago_truncatula medicago_truncatula
monodelphis_domestica monodelphis_domestica
mus_musculus mus_musculus
mus_musculus_castaneus mus_musculus
mus_musculus_domesticus mus_musculus
mus_musculus_molossinus mus_musculus
mus_musculus_musculus mus_musculus
mus_musculus_x_mus_spretus mus_musculus
mus_spretus mus_musculus
musa_acuminata musa_acuminata
musa_acuminata_aaa_group musa_acuminata
mustela_putorius_furo mustela_putorius_furo
neurospora_crassa neurospora_crassa
neurospora_crassa_or74a neurospora_crassa
ornithorhynchus_anatinus ornithorhynchus_anatinus
oryctolagus_cuniculus oryctolagus_cuniculus
oryctolagus_cuniculus_algirus oryctolagus_cuniculus
oryza_barthii oryza_barthii
oryza_brachyantha oryza_brachyantha
oryza_glaberrima oryza_glaberrima
oryza_glumipatula oryza_glumaepatula
oryza_longistaminata oryza_longistaminata
oryza_meridionalis oryza_meridionalis
oryza_nivara oryza_nivara
oryza_nivara oryza_sativa
oryza_punctata oryza_punctata
oryza_rufipogon oryza_rufipogon
oryza_rufipogon_x_oryza_sativa_japonica_group oryza_rufipogon
oryza_sativa oryza_sativa
oryza_sativa_indica_group oryza_indica
oryza_sativa_indica_group oryza_sativa
oryza_sativa_indica_group_x_oryza_sativa_japonica_group oryza_indica
oryza_sativa_indica_group_x_oryza_sativa_japonica_group oryza_sativa
oryza_sativa_japonica_group oryza_sativa
oryza_sativa_japonica_group_x_oryza_sativa_indica_group oryza_sativa
ostreococcus_\u0027lucimarinus\u0027 ostreococcus_lucimarinus
ovis_aries ovis_aries
pan_troglodytes pan_troglodytes
papio_anubis papio_anubis
penicillium_digitatum_pd1 penicillium_digitatum_pd1
penicillium_digitatum_phi26 penicillium_digitatum_phi26
physcomitrella_patens physcomitrella_patens
pongo_abelii pongo_abelii
populus_trichocarpa populus_trichocarpa
prunus_persica prunus_persica
prunus_persica_var._nucipersica prunus_persica
prunus_persica_var._persica prunus_persica
rattus_norvegicus rattus_norvegicus
rattus_norvegicus_albus rattus_norvegicus
rhizoctonia_solani rhizoctonia_solani
rhizoctonia_solani_ag-1_ia rhizoctonia_solani
rhizoctonia_solani_ag-3_rhs1ap rhizoctonia_solani
saccharomyces_cerevisiae saccharomyces_cerevisiae
saccharomyces_cerevisiae_by4741 saccharomyces_cerevisiae
saccharomyces_cerevisiae_jay291 saccharomyces_cerevisiae
saccharomyces_cerevisiae_jwy6147 saccharomyces_cerevisiae
schizosaccharomyces_pombe schizosaccharomyces_pombe
schizosaccharomyces_pombe_972h- schizosaccharomyces_pombe
sclerotinia_sclerotiorum sclerotinia_sclerotiorum
selaginella_moellendorffii selaginella_moellendorffii
setaria_italica setaria_italica
solanum_lycopersicum solanum_lycopersicum
solanum_lycopersicum_var._cerasiforme solanum_lycopersicum
solanum_lycopersicum_x_solanum_pennellii solanum_lycopersicum
solanum_lycopersicum_x_solanum_pimpinellifolium solanum_lycopersicum
solanum_tuberosum solanum_tuberosum
sorghum_bicolor sorghum_bicolor
sphaerulina_musiva_so2202 sphaerulina_musiva_so2202
sus_scrofa sus_scrofa
sus_scrofa_domesticus sus_scrofa
sus_scrofa_scrofa sus_scrofa
tetraodon_nigroviridis tetraodon_nigroviridis
theobroma_cacao theobroma_cacao
triticum_aestivum triticum_aestivum
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