Aggiunta skipmapping e keepTemp

combogenomics / medusa

A draft genome scaffolder that uses multiple reference genomes in a graph-based approach.

http://combo.dbe.unifi.it/medusa/

GNU General Public License v3.0

42 stars 15 forks source link

Aggiunta skipmapping e keepTemp #32

Closed gianlucacolotto closed 3 years ago

gianlucacolotto commented 3 years ago

Aggiunta di due opzioni alla command line e relativa gestione nel sorgente Scaffolder.java:

l'opzione "skipMapping" indicando il percorso della cartella dove cercare gli output di mummer per partire dalla fase 2
l'opzione "keepTemp", di default a false; se specifica deve essere seguita dal valore true nella linea di comando per saltare il blocco in cui vengono cancellati i file temporanei .coords, .delta, .mgaps e .ntref.

EBosi commented 3 years ago

Added two command line options to solve #31 i) "skipMapping" (-s) can be used with an argument to indicate the path where mummer outputs reside (with no argument will be considered the local directory "."). If this option is set, the program will skip the mapping phase and begin the graph construction using the available mapping files. ii) "keepTemp" can be used to disable the deletion of temporary files (.coords, .delta, .mgaps e .ntref). By default is false.