Relevance of biolog plates

[oolonek]

Check wether https://www.biolog.com/ plates (which ones) are relevant for the microcosmics project.

Check wether soil dilution could be directly explored using such plates.

Could be interesting to couple such results with metabolomics profiles of soils

[oolonek]

Rima also mentionned API50 https://us.vwr.com/store/product/29016242/api-50-chb-e-medium-biomerieux for identification of bacteria.

Check if they are similar plates but more generic.

[rima-bio]

1. ECOPLATE : The EcoPlate contains 31 carbon sources that are useful for community analysis. These 31 carbon sources are repeated 3 times to give the scientist more replicates of the data. Communities of microorganisms will give a characteristic reaction pattern called a metabolic fingerprint. From a single EcoPlate, these fingerprint reaction patterns rapidly and easily characterize the community (https://sci-hub.se/https://doi.org/10.1016/j.apsoil.2015.06.007). L’Eco-plate est une microplaque de 96 puits dans lesquels se trouvent un substrat carboné et un colorant. Cette plaque doit être inoculée par une solution environnementale contenant une communauté microbienne provenant notamment du sol. Elle regroupe 3 réplicas d’une série de 31 substrats carbonés et un contrôle négatif (eau). Ces substrats représentent 6 classes différentes de composés carbonés : amines/amides, hydrates de carbone, polymères de carbone, acides carboxyliques, acides aminés, phosphates organiques (Preston-Mafham et al., 2002) (Annexe 1). Ils représentent les sources de carbone les plus retrouvés dans l’environnement terrestre, la majorité d’entre eux étant issus de matière végétale (exemple : D-Xylose). Ce choix de substrats a été déterminé ainsi pour apporter des informations suffisantes et pertinentes dans le cas d’étude des populations bactériennes de l’environnement. Par ailleurs, chaque puits contient aussi un sel de tétrazolium qui sert d’indicateur coloré positif. En effet ce sel va jouer le rôle d’accepteurs d’électron artificiel dans la chaine respiratoire des bactéries. Ainsi, lorsque les bactéries métabolisent le substrat, ce sel est réduit de manière irréversible en un composé violet insoluble : le formazan (Tachon et al., 2009). La production de formazan est alors quantifiée par mesure de la densité optique à 590 nm (OD590nm). L’OD590nm est alors proportionnelle à la consommation du substrat (chrome-extension://efaidnbmnnnibpcajpcglclefindmkaj/https://www.secure.mg/sites/default/files/2019-01/Ecoplate-Version-Courte.pdf). The limitations: Le principal reproche fait à l’Eco-Plate est que ses conditions d’incubations ne sont pas celles du sol. Il se peut que ce métabolisme ne puisse pas s’exprimer dans le contexte naturel. De plus, l’apport d’une seule source de carbone à la fois induit en effet une pression de sélection vis-à-vis du substrat en faveur de celles ayant un métabolisme rapide supportant une forte concentration en un seul nutriment (Garland et al., 1997 ; Preston-Mafham et al., 2002 ; Muñiz et al., 2014). Le CLPP pourrait donc ne refléter que la capacité d’une communauté bactérienne à supporter les conditions de la plaque : des bactéries capables d’intégrer ce sel de tétrazolium dans leur chaine respiratoire, qu’elles soient cultivables ou non, mais ayant un métabolisme rapide et aérobie, (Winding et al., 1997 ; Preston-Mafham et al., 2002). D’un puits à l’autre, la diversité n’est donc pas la même et elle diminue par rapport à la communauté inoculée (Garland et al., 1997). De plus, alors qu’ils représentent des organismes très actifs dans les sols, les champignons ne sont pas représentés dans les Eco-Plates car ce sel de tétrazolium n’est pas adapté à leur métabolisme. Il existe cependant la plaque Biolog FF adaptée pour les étudier (Preston-Mafham et al., 2002 (chrome-extension://efaidnbmnnnibpcajpcglclefindmkaj/https://www.secure.mg/sites/default/files/2019-01/Ecoplate-Version-Courte.pdf)