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Testing on DANDI datasets #9

Open TheChymera opened 3 months ago

TheChymera commented 3 months ago

Works on DANDI:000397

(mydev) [deco]~/src/nwb2bids ❱ nwb2bids reposit /mnt/data/dandi/000397 /mnt/data/.scratch/ &> /dev/null
(mydev) [deco]~/src/nwb2bids ❱ tree /mnt/data/.scratch
.scratch/
├── participants.json
├── participants.tsv
├── sub-Pt01
│   ├── ses-1
│   │   └── ephys
│   │       ├── sub-Pt01_channels.tsv
│   │       ├── sub-Pt01_contacts.tsv
│   │       ├── sub-Pt01_probes.tsv
│   │       └── sub-Pt01_ses-1_ephys.nwb
│   ├── sessions.json
│   └── sessions.tsv
├── sub-Pt02
│   ├── ses-1
│   │   └── ephys
│   │       ├── sub-Pt02_channels.tsv
│   │       ├── sub-Pt02_contacts.tsv
│   │       ├── sub-Pt02_probes.tsv
│   │       └── sub-Pt02_ses-1_ephys.nwb
│   ├── sessions.json
│   └── sessions.tsv
└── sub-Pt03
    ├── ses-1
    │   └── ephys
    │       ├── sub-Pt03_channels.tsv
    │       ├── sub-Pt03_contacts.tsv
    │       ├── sub-Pt03_probes.tsv
    │       └── sub-Pt03_ses-1_ephys.nwb
    ├── sessions.json
    └── sessions.tsv

10 directories, 20 files
(mydev) [deco]~/src/nwb2bids ❱ tree /mnt/data/dandi/000397/
/mnt/data/dandi/000397/
├── dandiset.yaml
├── sub-Pt01
│   └── sub-Pt01_ecephys.nwb
├── sub-Pt02
│   └── sub-Pt02_ecephys.nwb
└── sub-Pt03
    └── sub-Pt03_ecephys.nwb
yarikoptic commented 3 months ago

almost works -- lacks _ to separate suffix

ub-Pt01channels.tsv
sub-Pt01contacts.tsv
TheChymera commented 3 months ago

Fixed in and after a293360e172bbe179543eb22d91409c8409058a3 , also updated report above

TheChymera commented 2 months ago

Works on DANDI:000473:

``` (mydev) [deco]~/src/nwb2bids ❱ nwb2bids reposit /tmp/dandisets/000473/ /mnt/data/.scratch/ --no-copy (mydev) [deco]~/src/nwb2bids ❱ tree /mnt/data/.scratch/ /mnt/data/.scratch/ ├── participants.json ├── participants.tsv ├── sub-128514 │   ├── ses-128514X20191215Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-128514_channels.tsv │   │   ├── sub-128514_contacts.tsv │   │   ├── sub-128514_probes.tsv │   │   └── sub-128514_ses-128514X20191215Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-128515 │   ├── ses-128515X20191216Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-128515_channels.tsv │   │   ├── sub-128515_contacts.tsv │   │   ├── sub-128515_probes.tsv │   │   └── sub-128515_ses-128515X20191216Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-128516 │   ├── ses-128516X20191215Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-128516_channels.tsv │   │   ├── sub-128516_contacts.tsv │   │   ├── sub-128516_probes.tsv │   │   └── sub-128516_ses-128516X20191215Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-147463 │   ├── ses-147463X20191113Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-147463_channels.tsv │   │   ├── sub-147463_contacts.tsv │   │   ├── sub-147463_probes.tsv │   │   └── sub-147463_ses-147463X20191113Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-147465 │   ├── ses-147465X20191113Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-147465_channels.tsv │   │   ├── sub-147465_contacts.tsv │   │   ├── sub-147465_probes.tsv │   │   └── sub-147465_ses-147465X20191113Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-152414 │   ├── ses-152414X20191023Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-152414_channels.tsv │   │   ├── sub-152414_contacts.tsv │   │   ├── sub-152414_probes.tsv │   │   └── sub-152414_ses-152414X20191023Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-152417 │   ├── ses-152417X20191023Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-152417_channels.tsv │   │   ├── sub-152417_contacts.tsv │   │   ├── sub-152417_probes.tsv │   │   └── sub-152417_ses-152417X20191023Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-152419 │   ├── ses-152419X20191106Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-152419_channels.tsv │   │   ├── sub-152419_contacts.tsv │   │   ├── sub-152419_probes.tsv │   │   └── sub-152419_ses-152419X20191106Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-156130 │   ├── ses-156130X20191112Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-156130_channels.tsv │   │   ├── sub-156130_contacts.tsv │   │   ├── sub-156130_probes.tsv │   │   └── sub-156130_ses-156130X20191112Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-156131 │   ├── ses-156131X20191112Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-156131_channels.tsv │   │   ├── sub-156131_contacts.tsv │   │   ├── sub-156131_probes.tsv │   │   └── sub-156131_ses-156131X20191112Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-216300 │   ├── ses-216300X20200518Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-216300_channels.tsv │   │   ├── sub-216300_contacts.tsv │   │   ├── sub-216300_probes.tsv │   │   └── sub-216300_ses-216300X20200518Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-216301 │   ├── ses-216301X20200521Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-216301_channels.tsv │   │   ├── sub-216301_contacts.tsv │   │   ├── sub-216301_probes.tsv │   │   └── sub-216301_ses-216301X20200521Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-225757 │   ├── ses-225757X20200519Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-225757_channels.tsv │   │   ├── sub-225757_contacts.tsv │   │   ├── sub-225757_probes.tsv │   │   └── sub-225757_ses-225757X20200519Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-225758 │   ├── ses-225758X20200519Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-225758_channels.tsv │   │   ├── sub-225758_contacts.tsv │   │   ├── sub-225758_probes.tsv │   │   └── sub-225758_ses-225758X20200519Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-225759 │   ├── ses-225759X20200521Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-225759_channels.tsv │   │   ├── sub-225759_contacts.tsv │   │   ├── sub-225759_probes.tsv │   │   └── sub-225759_ses-225759X20200521Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-258412 │   ├── ses-258412X20200915Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-258412_channels.tsv │   │   ├── sub-258412_contacts.tsv │   │   ├── sub-258412_probes.tsv │   │   └── sub-258412_ses-258412X20200915Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-258414 │   ├── ses-258414X20200915Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-258414_channels.tsv │   │   ├── sub-258414_contacts.tsv │   │   ├── sub-258414_probes.tsv │   │   └── sub-258414_ses-258414X20200915Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-258416 │   ├── ses-258416X20200921Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-258416_channels.tsv │   │   ├── sub-258416_contacts.tsv │   │   ├── sub-258416_probes.tsv │   │   └── sub-258416_ses-258416X20200921Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-258419 │   ├── ses-258419X20200921Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-258419_channels.tsv │   │   ├── sub-258419_contacts.tsv │   │   ├── sub-258419_probes.tsv │   │   └── sub-258419_ses-258419X20200921Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-259112 │   ├── ses-259112X20200914Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-259112_channels.tsv │   │   ├── sub-259112_contacts.tsv │   │   ├── sub-259112_probes.tsv │   │   └── sub-259112_ses-259112X20200914Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-268947 │   ├── ses-268947X20200922Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-268947_channels.tsv │   │   ├── sub-268947_contacts.tsv │   │   ├── sub-268947_probes.tsv │   │   └── sub-268947_ses-268947X20200922Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-268951 │   ├── ses-268951X20200922Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-268951_channels.tsv │   │   ├── sub-268951_contacts.tsv │   │   ├── sub-268951_probes.tsv │   │   └── sub-268951_ses-268951X20200922Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-273853 │   ├── ses-273853X20200925Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-273853_channels.tsv │   │   ├── sub-273853_contacts.tsv │   │   ├── sub-273853_probes.tsv │   │   └── sub-273853_ses-273853X20200925Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv ├── sub-273855 │   ├── ses-273855X20200928Xprobe0 │   │   └── ephys │   │   ├── sub-273855_channels.tsv │   │   ├── sub-273855_contacts.tsv │   │   ├── sub-273855_probes.tsv │   │   └── sub-273855_ses-273855X20200928Xprobe0_ephys.nwb │   ├── sessions.json │   └── sessions.tsv └── sub-273858 ├── ses-273858X20200925Xprobe0 │   └── ephys │   ├── sub-273858_channels.tsv │   ├── sub-273858_contacts.tsv │   ├── sub-273858_probes.tsv │   └── sub-273858_ses-273858X20200925Xprobe0_ephys.nwb ├── sessions.json └── sessions.tsv 76 directories, 152 files ```