Recreation of environment yml file fails due sagemath-standard requirements

sgriesmayr commented 2 years ago

[x] I read the conda-forge documentation and could not find the solution for my problem there.

Hi you all, thanks a lot in advance for taking the time to read my issue!

Issue:

I try to export a conda environment with sagelib in it to a yml file. The installation of sagelib works fine, but when i try to recreate the environment from the exported yml file, the package sagemath-standard is causing trouble as the requirements for this package cannot be installed, specifically the rpy2 package.

So if i understand correctly it could install sagelib properly also with the pip depenency sagemath-standard? The recreation of the environment fails, also when i try to install sagemath-standard manually i get the same error message (therefore i am surprised it could be installed as dependency of sagelib).

conda create -n sage python=3.8.12
conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority strict
conda install -c conda-forge sagelib
conda env export > sage.yml
conda env create -f sage.yml

Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
  current version: 4.10.3
  latest version: 4.11.0

Please update conda by running

    $ conda update -n base -c defaults conda

Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
Installing pip dependencies: - Ran pip subprocess with arguments:
['/home/sgriesmayr/.conda/envs/sage_imported/bin/python', '-m', 'pip', 'install', '-U', '-r', '/home/sgriesmayr/condaenv.ocxjux47.requirements.txt']
Pip subprocess output:
Requirement already satisfied: sage-docbuild==9.5 in ./.conda/envs/sage_imported/lib/python3.8/site-packages (from -r /home/sgriesmayr/condaenv.ocxjux47.requirements.txt (line 1)) (9.5)
Requirement already satisfied: sage-setup==9.5 in ./.conda/envs/sage_imported/lib/python3.8/site-packages (from -r /home/sgriesmayr/condaenv.ocxjux47.requirements.txt (line 2)) (9.5)
Requirement already satisfied: sagemath-standard==9.5 in ./.conda/envs/sage_imported/lib/python3.8/site-packages (from -r /home/sgriesmayr/condaenv.ocxjux47.requirements.txt (line 3)) (9.5)
Collecting sphinx
  Using cached Sphinx-4.4.0-py3-none-any.whl (3.1 MB)

........

Collecting rpy2<3.4,>=3.3
  Using cached rpy2-3.3.6.tar.gz (179 kB)
  Preparing metadata (setup.py): started
  Preparing metadata (setup.py): finished with status 'error'

Pip subprocess error:
  error: subprocess-exited-with-error

  × python setup.py egg_info did not run successfully.
  │ exit code: 1
  ╰─> [4 lines of output]
      cffi mode: CFFI_MODE.ANY
      /home/sgriesmayr/.conda/envs/sage_imported/lib/python3.8/site-packages/setuptools/installer.py:27: SetuptoolsDeprecationWarning: setuptools.installer is deprecated. Requirements should be satisfied by a PEP 517 installer.
        warnings.warn(
      Error: rpy2 in API mode cannot be built without R in the PATH or R_HOME defined. Correct this or force ABI mode-only by defining the environment variable RPY2_CFFI_MODE=ABI
      [end of output]

Environment (conda list):

``` $ conda list # packages in environment at /home/sgriesmayr/.conda/envs/sage: # # Name Version Build Channel _libgcc_mutex 0.1 conda_forge conda-forge _openmp_mutex 4.5 1_gnu conda-forge arb 2.22.1 hbbd85db_0 conda-forge arpack 3.7.0 hdefa2d7_2 conda-forge backcall 0.2.0 pyh9f0ad1d_0 conda-forge backports 1.0 py_2 conda-forge backports.functools_lru_cache 1.6.4 pyhd8ed1ab_0 conda-forge bdw-gc 8.0.6 h4bd325d_0 conda-forge c-ares 1.18.1 h7f98852_0 conda-forge ca-certificates 2021.10.8 ha878542_0 conda-forge cddlib 1!0.94m h9202a9a_0 conda-forge cliquer 1.22 h36c2ea0_0 conda-forge cypari2 2.1.2 py38hb44a72f_4 conda-forge cysignals 1.11.2 py38h4888d1d_0 conda-forge cython 0.29.28 py38h709712a_0 conda-forge decorator 5.1.1 pyhd8ed1ab_0 conda-forge ecl 21.2.1 h9d73b02_2 conda-forge eclib 20210625 h52f5ea4_4 conda-forge ecm 7.0.4 h9202a9a_1002 conda-forge expat 2.4.6 h27087fc_0 conda-forge fflas-ffpack 2.4.3 h912ac81_2 conda-forge font-ttf-dejavu-sans-mono 2.37 hab24e00_0 conda-forge font-ttf-inconsolata 3.000 h77eed37_0 conda-forge font-ttf-source-code-pro 2.038 h77eed37_0 conda-forge font-ttf-ubuntu 0.83 hab24e00_0 conda-forge fontconfig 2.13.96 ha180cfb_0 conda-forge fonts-conda-ecosystem 1 0 conda-forge fonts-conda-forge 1 0 conda-forge freetype 2.10.4 h0708190_1 conda-forge future 0.18.2 py38h578d9bd_4 conda-forge gap-core 4.11.1 h1725ef4_3 conda-forge gf2x 1.3.0 h75e9656_1 conda-forge giac 1.6.0.47 haa4998e_4 conda-forge giflib 5.2.1 h36c2ea0_2 conda-forge givaro 4.1.1 h192cbe9_1 conda-forge glpk 4.65 h9202a9a_1004 conda-forge gmp 6.2.1 h58526e2_0 conda-forge gmpy2 2.1.2 py38h8384b0a_0 conda-forge gsl 2.7 he838d99_0 conda-forge icu 69.1 h9c3ff4c_0 conda-forge igraph 0.9.6 ha184e22_0 conda-forge iml 1.0.5 hd75c201_1003 conda-forge ipython 7.31.1 py38h578d9bd_0 conda-forge jbig 2.1 h7f98852_2003 conda-forge jedi 0.18.1 py38h578d9bd_0 conda-forge jinja2 3.0.3 pyhd8ed1ab_0 conda-forge jpeg 9e h7f98852_0 conda-forge jupyter_core 4.9.2 py38h578d9bd_0 conda-forge krb5 1.19.2 h48eae69_3 conda-forge lcalc 2.0.5 h8cd7e2e_0 conda-forge ld_impl_linux-64 2.36.1 hea4e1c9_2 conda-forge lerc 3.0 h9c3ff4c_0 conda-forge libblas 3.9.0 13_linux64_openblas conda-forge libbraiding 1.1 h58526e2_0 conda-forge libbrial 1.2.10 hb0536f6_0 conda-forge libcblas 3.9.0 13_linux64_openblas conda-forge libcurl 7.81.0 h494985f_0 conda-forge libdeflate 1.10 h7f98852_0 conda-forge libedit 3.1.20191231 he28a2e2_2 conda-forge libev 4.33 h516909a_1 conda-forge libffi 3.4.2 h7f98852_5 conda-forge libflint 2.8.4 hd3cd37b_ntl_100 conda-forge libgcc-ng 11.2.0 h1d223b6_12 conda-forge libgd 2.3.3 h3cfcdeb_1 conda-forge libgfortran-ng 11.2.0 h69a702a_12 conda-forge libgfortran5 11.2.0 h5c6108e_12 conda-forge libgomp 11.2.0 h1d223b6_12 conda-forge libhomfly 1.02r6 h36c2ea0_0 conda-forge libiconv 1.16 h516909a_0 conda-forge liblapack 3.9.0 13_linux64_openblas conda-forge liblapacke 3.9.0 13_linux64_openblas conda-forge libnghttp2 1.47.0 he49606f_0 conda-forge libnsl 2.0.0 h7f98852_0 conda-forge libopenblas 0.3.18 pthreads_h8fe5266_0 conda-forge libpng 1.6.37 h21135ba_2 conda-forge libssh2 1.10.0 ha35d2d1_2 conda-forge libstdcxx-ng 11.2.0 he4da1e4_12 conda-forge libtiff 4.3.0 h542a066_3 conda-forge libuuid 2.32.1 h7f98852_1000 conda-forge libwebp 1.2.2 h3452ae3_0 conda-forge libwebp-base 1.2.2 h7f98852_1 conda-forge libxml2 2.9.12 h885dcf4_1 conda-forge libzlib 1.2.11 h36c2ea0_1013 conda-forge linbox 1.6.3 hf8a3fca_6 conda-forge lrcalc 1.2 h58526e2_1000 conda-forge lz4-c 1.9.3 h9c3ff4c_1 conda-forge m4ri 20140914 h7ca028e_1005 conda-forge m4rie 20150908 h7ca028e_1001 conda-forge markupsafe 2.1.0 py38h0a891b7_0 conda-forge matplotlib-inline 0.1.3 pyhd8ed1ab_0 conda-forge memory-allocator 0.1.2 py38h497a2fe_0 conda-forge metis 5.1.0 h58526e2_1006 conda-forge mpc 1.2.1 h9f54685_0 conda-forge mpfi 1.5.4 h9f54685_1001 conda-forge mpfr 4.1.0 h9202a9a_1 conda-forge nauty 2.7.2 h7f98852_0 conda-forge ncurses 6.3 h9c3ff4c_0 conda-forge ntl 11.4.3 hef3c4d3_1 conda-forge numpy 1.22.2 py38h6ae9a64_0 conda-forge openssl 3.0.0 h7f98852_2 conda-forge pari 2.13.3 he2feae2_1_pthread conda-forge pari-galdata 0.0.20180411 0 conda-forge pari-seadata-small 0.0.20090618 0 conda-forge parso 0.8.3 pyhd8ed1ab_0 conda-forge perl 5.32.1 2_h7f98852_perl5 conda-forge pexpect 4.8.0 pyh9f0ad1d_2 conda-forge pickleshare 0.7.5 py_1003 conda-forge pip 22.0.3 pyhd8ed1ab_0 conda-forge planarity 3.0.0.5 h36c2ea0_1002 conda-forge ppl 1.2 h8c76519_1004 conda-forge pplpy 0.8.6 py38h87e0038_1 conda-forge primecount 7.2 hcb278e6_1 conda-forge primecountpy 0.1.0 py38h1fd1430_1 conda-forge primesieve 7.8 h9c3ff4c_1 conda-forge prompt-toolkit 3.0.27 pyha770c72_0 conda-forge psutil 5.9.0 py38h497a2fe_0 conda-forge ptyprocess 0.7.0 pyhd3deb0d_0 conda-forge pygments 2.11.2 pyhd8ed1ab_0 conda-forge pynac 0.7.29 py38he7f92b8_2 conda-forge python 3.8.12 h0744224_3_cpython conda-forge python_abi 3.8 2_cp38 conda-forge ratpoints 2.1.3 h445213a_1002 conda-forge readline 8.1 h46c0cb4_0 conda-forge rw 0.9 h7f98852_0 conda-forge sage-docbuild 9.5 pypi_0 pypi sage-setup 9.5 pypi_0 pypi sagelib 9.5 py38hd903835_2 conda-forge sagemath-standard 9.5 pypi_0 pypi setuptools 60.9.3 py38h578d9bd_0 conda-forge singular 4.2.0.p3 h949c820_2 conda-forge six 1.16.0 pyh6c4a22f_0 conda-forge sqlite 3.37.0 h9cd32fc_0 conda-forge suitesparse 5.10.1 h9e50725_1 conda-forge symmetrica 2.0 h58526e2_1007 conda-forge tbb 2021.5.0 h4bd325d_0 conda-forge tk 8.6.12 h27826a3_0 conda-forge traitlets 5.1.1 pyhd8ed1ab_0 conda-forge wcwidth 0.2.5 pyh9f0ad1d_2 conda-forge wheel 0.37.1 pyhd8ed1ab_0 conda-forge xz 5.2.5 h516909a_1 conda-forge zlib 1.2.11 h36c2ea0_1013 conda-forge zn_poly 0.9.2 h9202a9a_0 conda-forge zstd 1.5.2 ha95c52a_0 conda-forge ```

Details about conda and system ( conda info ):

``` $ conda info active environment : sage active env location : /home/sgriesmayr/.conda/envs/sage shell level : 2 user config file : /home/sgriesmayr/.condarc populated config files : /home/sgriesmayr/.condarc conda version : 4.10.3 conda-build version : 3.21.5 python version : 3.9.7.final.0 virtual packages : __cuda=11.4=0 __linux=5.4.0=0 __glibc=2.31=0 __unix=0=0 __archspec=1=x86_64 base environment : /opt/anaconda3 (read only) conda av data dir : /opt/anaconda3/etc/conda conda av metadata url : None channel URLs : https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64 https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64 https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64 https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch package cache : /opt/anaconda3/pkgs /home/sgriesmayr/.conda/pkgs envs directories : /home/sgriesmayr/.conda/envs /opt/anaconda3/envs platform : linux-64 user-agent : conda/4.10.3 requests/2.26.0 CPython/3.9.7 Linux/5.4.0-99-generic ubuntu/20.04.3 glibc/2.31 UID:GID : 1008:1008 netrc file : None offline mode : False ```

saraedum commented 2 years ago

I am not sure I understand. Could you share the environment file that you tried to import?

How did you install sagemath-standard in the first place? It shouldn't be a dependency of the conda sage package.

saraedum commented 2 years ago

In your example run, you don't seem to be conda activateing the sage environment. Is that intentional?

sgriesmayr commented 2 years ago

That is the mystery to me. I did NOT install sagemath-standard, only sagelib. But it gets listes as dependency after the installation of sagelib.

I did activate the sage environment. Just seem to have forgotten to add it here.

What I did is the following:

Create a new environment and activate it

conda create -n sage python=3.8.12

The environment then looks like this when i do

conda activate sage
conda env export

name: sage
channels:
- conda-forge
- defaults
dependencies:
- _libgcc_mutex=0.1=conda_forge
- _openmp_mutex=4.5=1_gnu
- ca-certificates=2021.10.8=ha878542_0
- ld_impl_linux-64=2.36.1=hea4e1c9_2
- libffi=3.4.2=h7f98852_5
- libgcc-ng=11.2.0=h1d223b6_12
- libgomp=11.2.0=h1d223b6_12
- libnsl=2.0.0=h7f98852_0
- libstdcxx-ng=11.2.0=he4da1e4_12
- libzlib=1.2.11=h36c2ea0_1013
- ncurses=6.3=h9c3ff4c_0
- openssl=3.0.0=h7f98852_2
- pip=22.0.3=pyhd8ed1ab_0
- python=3.8.12=h0744224_3_cpython
- python_abi=3.8=2_cp38
- readline=8.1=h46c0cb4_0
- setuptools=60.9.3=py38h578d9bd_0
- sqlite=3.37.0=h9cd32fc_0
- tk=8.6.12=h27826a3_0
- wheel=0.37.1=pyhd8ed1ab_0
- xz=5.2.5=h516909a_1
- zlib=1.2.11=h36c2ea0_1013
prefix: /home/sgriesmayr/.conda/envs/sage

Install sagelib

conda install -c conda-forge sagelib

So i only install one package, namely sagelib. My environment then looks like this:

name: sage
channels:
- conda-forge
- defaults
dependencies:
- _libgcc_mutex=0.1=conda_forge
- _openmp_mutex=4.5=1_gnu
- arb=2.22.1=hbbd85db_0
- arpack=3.7.0=hdefa2d7_2
- backcall=0.2.0=pyh9f0ad1d_0
- backports=1.0=py_2
- backports.functools_lru_cache=1.6.4=pyhd8ed1ab_0
- bdw-gc=8.0.6=h4bd325d_0
- c-ares=1.18.1=h7f98852_0
- ca-certificates=2021.10.8=ha878542_0
- cddlib=1!0.94m=h9202a9a_0
- cliquer=1.22=h36c2ea0_0
- cypari2=2.1.2=py38hb44a72f_4
- cysignals=1.11.2=py38h4888d1d_0
- cython=0.29.28=py38h709712a_0
- decorator=5.1.1=pyhd8ed1ab_0
- ecl=21.2.1=h9d73b02_2
- eclib=20210625=h52f5ea4_4
- ecm=7.0.4=h9202a9a_1002
- expat=2.4.6=h27087fc_0
- fflas-ffpack=2.4.3=h912ac81_2
- font-ttf-dejavu-sans-mono=2.37=hab24e00_0
- font-ttf-inconsolata=3.000=h77eed37_0
- font-ttf-source-code-pro=2.038=h77eed37_0
- font-ttf-ubuntu=0.83=hab24e00_0
- fontconfig=2.13.96=ha180cfb_0
- fonts-conda-ecosystem=1=0
- fonts-conda-forge=1=0
- freetype=2.10.4=h0708190_1
- future=0.18.2=py38h578d9bd_4
- gap-core=4.11.1=h1725ef4_3
- gf2x=1.3.0=h75e9656_1
- giac=1.6.0.47=haa4998e_4
- giflib=5.2.1=h36c2ea0_2
- givaro=4.1.1=h192cbe9_1
- glpk=4.65=h9202a9a_1004
- gmp=6.2.1=h58526e2_0
- gmpy2=2.1.2=py38h8384b0a_0
- gsl=2.7=he838d99_0
- icu=69.1=h9c3ff4c_0
- igraph=0.9.6=ha184e22_0
- iml=1.0.5=hd75c201_1003
- ipython=7.31.1=py38h578d9bd_0
- jbig=2.1=h7f98852_2003
- jedi=0.18.1=py38h578d9bd_0
- jinja2=3.0.3=pyhd8ed1ab_0
- jpeg=9e=h7f98852_0
- jupyter_core=4.9.2=py38h578d9bd_0
- krb5=1.19.2=h48eae69_3
- lcalc=2.0.5=h8cd7e2e_0
- ld_impl_linux-64=2.36.1=hea4e1c9_2
- lerc=3.0=h9c3ff4c_0
- libblas=3.9.0=13_linux64_openblas
- libbraiding=1.1=h58526e2_0
- libbrial=1.2.10=hb0536f6_0
- libcblas=3.9.0=13_linux64_openblas
- libcurl=7.81.0=h494985f_0
- libdeflate=1.10=h7f98852_0
- libedit=3.1.20191231=he28a2e2_2
- libev=4.33=h516909a_1
- libffi=3.4.2=h7f98852_5
- libflint=2.8.4=hd3cd37b_ntl_100
- libgcc-ng=11.2.0=h1d223b6_12
- libgd=2.3.3=h3cfcdeb_1
- libgfortran-ng=11.2.0=h69a702a_12
- libgfortran5=11.2.0=h5c6108e_12
- libgomp=11.2.0=h1d223b6_12
- libhomfly=1.02r6=h36c2ea0_0
- libiconv=1.16=h516909a_0
- liblapack=3.9.0=13_linux64_openblas
- liblapacke=3.9.0=13_linux64_openblas
- libnghttp2=1.47.0=he49606f_0
- libnsl=2.0.0=h7f98852_0
- libopenblas=0.3.18=pthreads_h8fe5266_0
- libpng=1.6.37=h21135ba_2
- libssh2=1.10.0=ha35d2d1_2
- libstdcxx-ng=11.2.0=he4da1e4_12
- libtiff=4.3.0=h542a066_3
- libuuid=2.32.1=h7f98852_1000
- libwebp=1.2.2=h3452ae3_0
- libwebp-base=1.2.2=h7f98852_1
- libxml2=2.9.12=h885dcf4_1
- libzlib=1.2.11=h36c2ea0_1013
- linbox=1.6.3=hf8a3fca_6
- lrcalc=1.2=h58526e2_1000
- lz4-c=1.9.3=h9c3ff4c_1
- m4ri=20140914=h7ca028e_1005
- m4rie=20150908=h7ca028e_1001
- markupsafe=2.1.0=py38h0a891b7_0
- matplotlib-inline=0.1.3=pyhd8ed1ab_0
- memory-allocator=0.1.2=py38h497a2fe_0
- metis=5.1.0=h58526e2_1006
- mpc=1.2.1=h9f54685_0
- mpfi=1.5.4=h9f54685_1001
- mpfr=4.1.0=h9202a9a_1
- nauty=2.7.2=h7f98852_0
- ncurses=6.3=h9c3ff4c_0
- ntl=11.4.3=hef3c4d3_1
- numpy=1.22.2=py38h6ae9a64_0
- openssl=3.0.0=h7f98852_2
- pari=2.13.3=he2feae2_1_pthread
- pari-galdata=0.0.20180411=0
- pari-seadata-small=0.0.20090618=0
- parso=0.8.3=pyhd8ed1ab_0
- perl=5.32.1=2_h7f98852_perl5
- pexpect=4.8.0=pyh9f0ad1d_2
- pickleshare=0.7.5=py_1003
- pip=22.0.3=pyhd8ed1ab_0
- planarity=3.0.0.5=h36c2ea0_1002
- ppl=1.2=h8c76519_1004
- pplpy=0.8.6=py38h87e0038_1
- primecount=7.2=hcb278e6_1
- primecountpy=0.1.0=py38h1fd1430_1
- primesieve=7.8=h9c3ff4c_1
- prompt-toolkit=3.0.27=pyha770c72_0
- psutil=5.9.0=py38h497a2fe_0
- ptyprocess=0.7.0=pyhd3deb0d_0
- pygments=2.11.2=pyhd8ed1ab_0
- pynac=0.7.29=py38he7f92b8_2
- python=3.8.12=h0744224_3_cpython
- python_abi=3.8=2_cp38
- ratpoints=2.1.3=h445213a_1002
- readline=8.1=h46c0cb4_0
- rw=0.9=h7f98852_0
- sagelib=9.5=py38hd903835_2
- setuptools=60.9.3=py38h578d9bd_0
- singular=4.2.0.p3=h949c820_2
- six=1.16.0=pyh6c4a22f_0
- sqlite=3.37.0=h9cd32fc_0
- suitesparse=5.10.1=h9e50725_1
- symmetrica=2.0=h58526e2_1007
- tbb=2021.5.0=h4bd325d_0
- tk=8.6.12=h27826a3_0
- traitlets=5.1.1=pyhd8ed1ab_0
- wcwidth=0.2.5=pyh9f0ad1d_2
- wheel=0.37.1=pyhd8ed1ab_0
- xz=5.2.5=h516909a_1
- zlib=1.2.11=h36c2ea0_1013
- zn_poly=0.9.2=h9202a9a_0
- zstd=1.5.2=ha95c52a_0
- pip:
- sage-docbuild==9.5
- sage-setup==9.5
- sagemath-standard==9.5
prefix: /home/sgriesmayr/.conda/envs/sage

That is also the mystery to me. When it is listed here after installation of sagelib, it is a dependency sagelib needs and could also be installed?

The installation output for sagelib where sagemath-standard does NOT show up.

Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /home/sgriesmayr/.conda/envs/sage

  added / updated specs:
    - sagelib

The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    arb-2.22.1                 |       hbbd85db_0         7.2 MB  conda-forge
    arpack-3.7.0               |       hdefa2d7_2         215 KB  conda-forge
    backcall-0.2.0             |     pyh9f0ad1d_0          13 KB  conda-forge
    backports-1.0              |             py_2           4 KB  conda-forge
    backports.functools_lru_cache-1.6.4|     pyhd8ed1ab_0           9 KB  conda-forge
    bdw-gc-8.0.6               |       h4bd325d_0         239 KB  conda-forge
    c-ares-1.18.1              |       h7f98852_0         113 KB  conda-forge
    cddlib-1!0.94m             |       h9202a9a_0         1.3 MB  conda-forge
    cliquer-1.22               |       h36c2ea0_0         125 KB  conda-forge
    cypari2-2.1.2              |   py38hb44a72f_4         2.1 MB  conda-forge
    cysignals-1.11.2           |   py38h4888d1d_0         213 KB  conda-forge
    cython-0.29.28             |   py38h709712a_0         2.2 MB  conda-forge
    decorator-5.1.1            |     pyhd8ed1ab_0          12 KB  conda-forge
    ecl-21.2.1                 |       h9d73b02_2        13.5 MB  conda-forge
    eclib-20210625             |       h52f5ea4_4        49.0 MB  conda-forge
    ecm-7.0.4                  |    h9202a9a_1002         1.5 MB  conda-forge
    expat-2.4.6                |       h27087fc_0         186 KB  conda-forge
    fflas-ffpack-2.4.3         |       h912ac81_2        15.6 MB  conda-forge
    font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37|       hab24e00_0         388 KB  conda-forge
    font-ttf-inconsolata-3.000 |       h77eed37_0          94 KB  conda-forge
    font-ttf-source-code-pro-2.038|       h77eed37_0         684 KB  conda-forge
    font-ttf-ubuntu-0.83       |       hab24e00_0         1.9 MB  conda-forge
    fontconfig-2.13.96         |       ha180cfb_0         372 KB  conda-forge
    fonts-conda-ecosystem-1    |                0           4 KB  conda-forge
    fonts-conda-forge-1        |                0           4 KB  conda-forge
    freetype-2.10.4            |       h0708190_1         890 KB  conda-forge
    future-0.18.2              |   py38h578d9bd_4         712 KB  conda-forge
    gap-core-4.11.1            |       h1725ef4_3        90.8 MB  conda-forge
    gf2x-1.3.0                 |       h75e9656_1         119 KB  conda-forge
    giac-1.6.0.47              |       haa4998e_4       104.8 MB  conda-forge
    giflib-5.2.1               |       h36c2ea0_2          77 KB  conda-forge
    givaro-4.1.1               |       h192cbe9_1         327 KB  conda-forge
    glpk-4.65                  |    h9202a9a_1004         1.0 MB  conda-forge
    gmp-6.2.1                  |       h58526e2_0         806 KB  conda-forge
    gmpy2-2.1.2                |   py38h8384b0a_0         222 KB  conda-forge
    gsl-2.7                    |       he838d99_0         3.2 MB  conda-forge
    icu-69.1                   |       h9c3ff4c_0        13.2 MB  conda-forge
    igraph-0.9.6               |       ha184e22_0         1.0 MB  conda-forge
    iml-1.0.5                  |    hd75c201_1003         374 KB  conda-forge
    ipython-7.31.1             |   py38h578d9bd_0         1.1 MB  conda-forge
    jbig-2.1                   |    h7f98852_2003          43 KB  conda-forge
    jedi-0.18.1                |   py38h578d9bd_0        1010 KB  conda-forge
    jinja2-3.0.3               |     pyhd8ed1ab_0          99 KB  conda-forge
    jpeg-9e                    |       h7f98852_0         269 KB  conda-forge
    jupyter_core-4.9.2         |   py38h578d9bd_0          81 KB  conda-forge
    krb5-1.19.2                |       h48eae69_3         1.4 MB  conda-forge
    lcalc-2.0.5                |       h8cd7e2e_0         7.6 MB  conda-forge
    lerc-3.0                   |       h9c3ff4c_0         216 KB  conda-forge
    libblas-3.9.0              |13_linux64_openblas          12 KB  conda-forge
    libbraiding-1.1            |       h58526e2_0          96 KB  conda-forge
    libbrial-1.2.10            |       hb0536f6_0         1.1 MB  conda-forge
    libcblas-3.9.0             |13_linux64_openblas          12 KB  conda-forge
    libcurl-7.81.0             |       h494985f_0         340 KB  conda-forge
    libdeflate-1.10            |       h7f98852_0          77 KB  conda-forge
    libedit-3.1.20191231       |       he28a2e2_2         121 KB  conda-forge
    libev-4.33                 |       h516909a_1         104 KB  conda-forge
    libflint-2.8.4             | hd3cd37b_ntl_100        16.3 MB  conda-forge
    libgd-2.3.3                |       h3cfcdeb_1         267 KB  conda-forge
    libgfortran-ng-11.2.0      |      h69a702a_12          19 KB  conda-forge
    libgfortran5-11.2.0        |      h5c6108e_12         1.7 MB  conda-forge
    libhomfly-1.02r6           |       h36c2ea0_0          27 KB  conda-forge
    libiconv-1.16              |       h516909a_0         1.4 MB  conda-forge
    liblapack-3.9.0            |13_linux64_openblas          12 KB  conda-forge
    liblapacke-3.9.0           |13_linux64_openblas          12 KB  conda-forge
    libnghttp2-1.47.0          |       he49606f_0         824 KB  conda-forge
    libopenblas-0.3.18         |pthreads_h8fe5266_0         9.6 MB  conda-forge
    libpng-1.6.37              |       h21135ba_2         306 KB  conda-forge
    libssh2-1.10.0             |       ha35d2d1_2         233 KB  conda-forge
    libtiff-4.3.0              |       h542a066_3         638 KB  conda-forge
    libuuid-2.32.1             |    h7f98852_1000          28 KB  conda-forge
    libwebp-1.2.2              |       h3452ae3_0          85 KB  conda-forge
    libwebp-base-1.2.2         |       h7f98852_1         824 KB  conda-forge
    libxml2-2.9.12             |       h885dcf4_1         760 KB  conda-forge
    linbox-1.6.3               |       hf8a3fca_6         4.2 MB  conda-forge
    lrcalc-1.2                 |    h58526e2_1000         190 KB  conda-forge
    lz4-c-1.9.3                |       h9c3ff4c_1         179 KB  conda-forge
    m4ri-20140914              |    h7ca028e_1005         810 KB  conda-forge
    m4rie-20150908             |    h7ca028e_1001         1.8 MB  conda-forge
    markupsafe-2.1.0           |   py38h0a891b7_0          22 KB  conda-forge
    matplotlib-inline-0.1.3    |     pyhd8ed1ab_0          11 KB  conda-forge
    memory-allocator-0.1.2     |   py38h497a2fe_0          66 KB  conda-forge
    metis-5.1.0                |    h58526e2_1006         4.1 MB  conda-forge
    mpc-1.2.1                  |       h9f54685_0         106 KB  conda-forge
    mpfi-1.5.4                 |    h9f54685_1001         461 KB  conda-forge
    mpfr-4.1.0                 |       h9202a9a_1         2.6 MB  conda-forge
    nauty-2.7.2                |       h7f98852_0        11.0 MB  conda-forge
    ntl-11.4.3                 |       hef3c4d3_1        21.2 MB  conda-forge
    numpy-1.22.2               |   py38h6ae9a64_0         6.9 MB  conda-forge
    pari-2.13.3                |he2feae2_1_pthread        57.5 MB  conda-forge
    pari-galdata-0.0.20180411  |                0          67 KB  conda-forge
    pari-seadata-small-0.0.20090618|                0         605 KB  conda-forge
    parso-0.8.3                |     pyhd8ed1ab_0          69 KB  conda-forge
    perl-5.32.1                | 2_h7f98852_perl5        14.4 MB  conda-forge
    pexpect-4.8.0              |     pyh9f0ad1d_2          47 KB  conda-forge
    pickleshare-0.7.5          |          py_1003           9 KB  conda-forge
    planarity-3.0.0.5          |    h36c2ea0_1002         518 KB  conda-forge
    ppl-1.2                    |    h8c76519_1004        69.6 MB  conda-forge
    pplpy-0.8.6                |   py38h87e0038_1         374 KB  conda-forge
    primecount-7.2             |       hcb278e6_1         167 KB  conda-forge
    primecountpy-0.1.0         |   py38h1fd1430_1          43 KB  conda-forge
    primesieve-7.8             |       h9c3ff4c_1         121 KB  conda-forge
    prompt-toolkit-3.0.27      |     pyha770c72_0         252 KB  conda-forge
    psutil-5.9.0               |   py38h497a2fe_0         346 KB  conda-forge
    ptyprocess-0.7.0           |     pyhd3deb0d_0          16 KB  conda-forge
    pygments-2.11.2            |     pyhd8ed1ab_0         796 KB  conda-forge
    pynac-0.7.29               |   py38he7f92b8_2        13.5 MB  conda-forge
    ratpoints-2.1.3            |    h445213a_1002          44 KB  conda-forge
    rw-0.9                     |       h7f98852_0          39 KB  conda-forge
    sagelib-9.5                |   py38hd903835_2       104.9 MB  conda-forge
    singular-4.2.0.p3          |       h949c820_2        21.7 MB  conda-forge
    six-1.16.0                 |     pyh6c4a22f_0          14 KB  conda-forge
    suitesparse-5.10.1         |       h9e50725_1         2.4 MB  conda-forge
    symmetrica-2.0             |    h58526e2_1007         3.5 MB  conda-forge
    tbb-2021.5.0               |       h4bd325d_0         2.0 MB  conda-forge
    traitlets-5.1.1            |     pyhd8ed1ab_0          82 KB  conda-forge
    wcwidth-0.2.5              |     pyh9f0ad1d_2          33 KB  conda-forge
    zn_poly-0.9.2              |       h9202a9a_0         609 KB  conda-forge
    zstd-1.5.2                 |       ha95c52a_0         458 KB  conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:       708.7 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  arb                conda-forge/linux-64::arb-2.22.1-hbbd85db_0
  arpack             conda-forge/linux-64::arpack-3.7.0-hdefa2d7_2
  backcall           conda-forge/noarch::backcall-0.2.0-pyh9f0ad1d_0
  backports          conda-forge/noarch::backports-1.0-py_2
  backports.functoo~ conda-forge/noarch::backports.functools_lru_cache-1.6.4-pyhd8ed1ab_0
  bdw-gc             conda-forge/linux-64::bdw-gc-8.0.6-h4bd325d_0
  c-ares             conda-forge/linux-64::c-ares-1.18.1-h7f98852_0
  cddlib             conda-forge/linux-64::cddlib-1!0.94m-h9202a9a_0
  cliquer            conda-forge/linux-64::cliquer-1.22-h36c2ea0_0
  cypari2            conda-forge/linux-64::cypari2-2.1.2-py38hb44a72f_4
  cysignals          conda-forge/linux-64::cysignals-1.11.2-py38h4888d1d_0
  cython             conda-forge/linux-64::cython-0.29.28-py38h709712a_0
  decorator          conda-forge/noarch::decorator-5.1.1-pyhd8ed1ab_0
  ecl                conda-forge/linux-64::ecl-21.2.1-h9d73b02_2
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  matplotlib-inline  conda-forge/noarch::matplotlib-inline-0.1.3-pyhd8ed1ab_0
  memory-allocator   conda-forge/linux-64::memory-allocator-0.1.2-py38h497a2fe_0
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Proceed ([y]/n)? y

Downloading and Extracting Packages
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libuuid-2.32.1       | 28 KB     | ################################################################################################################## | 100%
gap-core-4.11.1      | 90.8 MB   | ################################################################################################################## | 100%
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libbraiding-1.1      | 96 KB     | ################################################################################################################## | 100%
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libdeflate-1.10      | 77 KB     | ################################################################################################################## | 100%
ratpoints-2.1.3      | 44 KB     | ################################################################################################################## | 100%
font-ttf-ubuntu-0.83 | 1.9 MB    | ################################################################################################################## | 100%
expat-2.4.6          | 186 KB    | ################################################################################################################## | 100%
lrcalc-1.2           | 190 KB    | ################################################################################################################## | 100%
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zstd-1.5.2           | 458 KB    | ################################################################################################################## | 100%
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prompt-toolkit-3.0.2 | 252 KB    | ################################################################################################################## | 100%
libev-4.33           | 104 KB    | ################################################################################################################## | 100%
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traitlets-5.1.1      | 82 KB     | ################################################################################################################## | 100%
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libiconv-1.16        | 1.4 MB    | ################################################################################################################## | 100%
jinja2-3.0.3         | 99 KB     | ################################################################################################################## | 100%
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symmetrica-2.0       | 3.5 MB    | ################################################################################################################## | 100%
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cliquer-1.22         | 125 KB    | ################################################################################################################## | 100%
mpfi-1.5.4           | 461 KB    | ################################################################################################################## | 100%
linbox-1.6.3         | 4.2 MB    | ################################################################################################################## | 100%
perl-5.32.1          | 14.4 MB   | ################################################################################################################## | 100%
rw-0.9               | 39 KB     | ################################################################################################################## | 100%
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mpfr-4.1.0           | 2.6 MB    | ################################################################################################################## | 100%
igraph-0.9.6         | 1.0 MB    | ################################################################################################################## | 100%
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pari-seadata-small-0 | 605 KB    | ################################################################################################################## | 100%
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freetype-2.10.4      | 890 KB    | ################################################################################################################## | 100%
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Verifying transaction: done
Executing transaction: done

saraedum commented 2 years ago

My guess would be that it gets installed by the activation somehow. @isuruf?

mkoeppe commented 2 years ago

"sagemath-standard" is the name of the Python distribution package that is often referred to as "sagelib".

conda-forge / sage-feedstock

Recreation of environment yml file fails due sagemath-standard requirements #75