Open sgriesmayr opened 2 years ago
I am not sure I understand. Could you share the environment file that you tried to import?
How did you install sagemath-standard in the first place? It shouldn't be a dependency of the conda sage package.
In your example run, you don't seem to be conda activate
ing the sage
environment. Is that intentional?
That is the mystery to me. I did NOT install sagemath-standard, only sagelib. But it gets listes as dependency after the installation of sagelib.
I did activate the sage environment. Just seem to have forgotten to add it here.
What I did is the following:
Create a new environment and activate it
conda create -n sage python=3.8.12
The environment then looks like this when i do
conda activate sage
conda env export
name: sage
channels:
- conda-forge
- defaults
dependencies:
- _libgcc_mutex=0.1=conda_forge
- _openmp_mutex=4.5=1_gnu
- ca-certificates=2021.10.8=ha878542_0
- ld_impl_linux-64=2.36.1=hea4e1c9_2
- libffi=3.4.2=h7f98852_5
- libgcc-ng=11.2.0=h1d223b6_12
- libgomp=11.2.0=h1d223b6_12
- libnsl=2.0.0=h7f98852_0
- libstdcxx-ng=11.2.0=he4da1e4_12
- libzlib=1.2.11=h36c2ea0_1013
- ncurses=6.3=h9c3ff4c_0
- openssl=3.0.0=h7f98852_2
- pip=22.0.3=pyhd8ed1ab_0
- python=3.8.12=h0744224_3_cpython
- python_abi=3.8=2_cp38
- readline=8.1=h46c0cb4_0
- setuptools=60.9.3=py38h578d9bd_0
- sqlite=3.37.0=h9cd32fc_0
- tk=8.6.12=h27826a3_0
- wheel=0.37.1=pyhd8ed1ab_0
- xz=5.2.5=h516909a_1
- zlib=1.2.11=h36c2ea0_1013
prefix: /home/sgriesmayr/.conda/envs/sage
Install sagelib
conda install -c conda-forge sagelib
So i only install one package, namely sagelib. My environment then looks like this:
name: sage
channels:
- conda-forge
- defaults
dependencies:
- _libgcc_mutex=0.1=conda_forge
- _openmp_mutex=4.5=1_gnu
- arb=2.22.1=hbbd85db_0
- arpack=3.7.0=hdefa2d7_2
- backcall=0.2.0=pyh9f0ad1d_0
- backports=1.0=py_2
- backports.functools_lru_cache=1.6.4=pyhd8ed1ab_0
- bdw-gc=8.0.6=h4bd325d_0
- c-ares=1.18.1=h7f98852_0
- ca-certificates=2021.10.8=ha878542_0
- cddlib=1!0.94m=h9202a9a_0
- cliquer=1.22=h36c2ea0_0
- cypari2=2.1.2=py38hb44a72f_4
- cysignals=1.11.2=py38h4888d1d_0
- cython=0.29.28=py38h709712a_0
- decorator=5.1.1=pyhd8ed1ab_0
- ecl=21.2.1=h9d73b02_2
- eclib=20210625=h52f5ea4_4
- ecm=7.0.4=h9202a9a_1002
- expat=2.4.6=h27087fc_0
- fflas-ffpack=2.4.3=h912ac81_2
- font-ttf-dejavu-sans-mono=2.37=hab24e00_0
- font-ttf-inconsolata=3.000=h77eed37_0
- font-ttf-source-code-pro=2.038=h77eed37_0
- font-ttf-ubuntu=0.83=hab24e00_0
- fontconfig=2.13.96=ha180cfb_0
- fonts-conda-ecosystem=1=0
- fonts-conda-forge=1=0
- freetype=2.10.4=h0708190_1
- future=0.18.2=py38h578d9bd_4
- gap-core=4.11.1=h1725ef4_3
- gf2x=1.3.0=h75e9656_1
- giac=1.6.0.47=haa4998e_4
- giflib=5.2.1=h36c2ea0_2
- givaro=4.1.1=h192cbe9_1
- glpk=4.65=h9202a9a_1004
- gmp=6.2.1=h58526e2_0
- gmpy2=2.1.2=py38h8384b0a_0
- gsl=2.7=he838d99_0
- icu=69.1=h9c3ff4c_0
- igraph=0.9.6=ha184e22_0
- iml=1.0.5=hd75c201_1003
- ipython=7.31.1=py38h578d9bd_0
- jbig=2.1=h7f98852_2003
- jedi=0.18.1=py38h578d9bd_0
- jinja2=3.0.3=pyhd8ed1ab_0
- jpeg=9e=h7f98852_0
- jupyter_core=4.9.2=py38h578d9bd_0
- krb5=1.19.2=h48eae69_3
- lcalc=2.0.5=h8cd7e2e_0
- ld_impl_linux-64=2.36.1=hea4e1c9_2
- lerc=3.0=h9c3ff4c_0
- libblas=3.9.0=13_linux64_openblas
- libbraiding=1.1=h58526e2_0
- libbrial=1.2.10=hb0536f6_0
- libcblas=3.9.0=13_linux64_openblas
- libcurl=7.81.0=h494985f_0
- libdeflate=1.10=h7f98852_0
- libedit=3.1.20191231=he28a2e2_2
- libev=4.33=h516909a_1
- libffi=3.4.2=h7f98852_5
- libflint=2.8.4=hd3cd37b_ntl_100
- libgcc-ng=11.2.0=h1d223b6_12
- libgd=2.3.3=h3cfcdeb_1
- libgfortran-ng=11.2.0=h69a702a_12
- libgfortran5=11.2.0=h5c6108e_12
- libgomp=11.2.0=h1d223b6_12
- libhomfly=1.02r6=h36c2ea0_0
- libiconv=1.16=h516909a_0
- liblapack=3.9.0=13_linux64_openblas
- liblapacke=3.9.0=13_linux64_openblas
- libnghttp2=1.47.0=he49606f_0
- libnsl=2.0.0=h7f98852_0
- libopenblas=0.3.18=pthreads_h8fe5266_0
- libpng=1.6.37=h21135ba_2
- libssh2=1.10.0=ha35d2d1_2
- libstdcxx-ng=11.2.0=he4da1e4_12
- libtiff=4.3.0=h542a066_3
- libuuid=2.32.1=h7f98852_1000
- libwebp=1.2.2=h3452ae3_0
- libwebp-base=1.2.2=h7f98852_1
- libxml2=2.9.12=h885dcf4_1
- libzlib=1.2.11=h36c2ea0_1013
- linbox=1.6.3=hf8a3fca_6
- lrcalc=1.2=h58526e2_1000
- lz4-c=1.9.3=h9c3ff4c_1
- m4ri=20140914=h7ca028e_1005
- m4rie=20150908=h7ca028e_1001
- markupsafe=2.1.0=py38h0a891b7_0
- matplotlib-inline=0.1.3=pyhd8ed1ab_0
- memory-allocator=0.1.2=py38h497a2fe_0
- metis=5.1.0=h58526e2_1006
- mpc=1.2.1=h9f54685_0
- mpfi=1.5.4=h9f54685_1001
- mpfr=4.1.0=h9202a9a_1
- nauty=2.7.2=h7f98852_0
- ncurses=6.3=h9c3ff4c_0
- ntl=11.4.3=hef3c4d3_1
- numpy=1.22.2=py38h6ae9a64_0
- openssl=3.0.0=h7f98852_2
- pari=2.13.3=he2feae2_1_pthread
- pari-galdata=0.0.20180411=0
- pari-seadata-small=0.0.20090618=0
- parso=0.8.3=pyhd8ed1ab_0
- perl=5.32.1=2_h7f98852_perl5
- pexpect=4.8.0=pyh9f0ad1d_2
- pickleshare=0.7.5=py_1003
- pip=22.0.3=pyhd8ed1ab_0
- planarity=3.0.0.5=h36c2ea0_1002
- ppl=1.2=h8c76519_1004
- pplpy=0.8.6=py38h87e0038_1
- primecount=7.2=hcb278e6_1
- primecountpy=0.1.0=py38h1fd1430_1
- primesieve=7.8=h9c3ff4c_1
- prompt-toolkit=3.0.27=pyha770c72_0
- psutil=5.9.0=py38h497a2fe_0
- ptyprocess=0.7.0=pyhd3deb0d_0
- pygments=2.11.2=pyhd8ed1ab_0
- pynac=0.7.29=py38he7f92b8_2
- python=3.8.12=h0744224_3_cpython
- python_abi=3.8=2_cp38
- ratpoints=2.1.3=h445213a_1002
- readline=8.1=h46c0cb4_0
- rw=0.9=h7f98852_0
- sagelib=9.5=py38hd903835_2
- setuptools=60.9.3=py38h578d9bd_0
- singular=4.2.0.p3=h949c820_2
- six=1.16.0=pyh6c4a22f_0
- sqlite=3.37.0=h9cd32fc_0
- suitesparse=5.10.1=h9e50725_1
- symmetrica=2.0=h58526e2_1007
- tbb=2021.5.0=h4bd325d_0
- tk=8.6.12=h27826a3_0
- traitlets=5.1.1=pyhd8ed1ab_0
- wcwidth=0.2.5=pyh9f0ad1d_2
- wheel=0.37.1=pyhd8ed1ab_0
- xz=5.2.5=h516909a_1
- zlib=1.2.11=h36c2ea0_1013
- zn_poly=0.9.2=h9202a9a_0
- zstd=1.5.2=ha95c52a_0
- pip:
- sage-docbuild==9.5
- sage-setup==9.5
- sagemath-standard==9.5
prefix: /home/sgriesmayr/.conda/envs/sage
That is also the mystery to me. When it is listed here after installation of sagelib, it is a dependency sagelib needs and could also be installed?
The installation output for sagelib where sagemath-standard does NOT show up.
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /home/sgriesmayr/.conda/envs/sage
added / updated specs:
- sagelib
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
arb-2.22.1 | hbbd85db_0 7.2 MB conda-forge
arpack-3.7.0 | hdefa2d7_2 215 KB conda-forge
backcall-0.2.0 | pyh9f0ad1d_0 13 KB conda-forge
backports-1.0 | py_2 4 KB conda-forge
backports.functools_lru_cache-1.6.4| pyhd8ed1ab_0 9 KB conda-forge
bdw-gc-8.0.6 | h4bd325d_0 239 KB conda-forge
c-ares-1.18.1 | h7f98852_0 113 KB conda-forge
cddlib-1!0.94m | h9202a9a_0 1.3 MB conda-forge
cliquer-1.22 | h36c2ea0_0 125 KB conda-forge
cypari2-2.1.2 | py38hb44a72f_4 2.1 MB conda-forge
cysignals-1.11.2 | py38h4888d1d_0 213 KB conda-forge
cython-0.29.28 | py38h709712a_0 2.2 MB conda-forge
decorator-5.1.1 | pyhd8ed1ab_0 12 KB conda-forge
ecl-21.2.1 | h9d73b02_2 13.5 MB conda-forge
eclib-20210625 | h52f5ea4_4 49.0 MB conda-forge
ecm-7.0.4 | h9202a9a_1002 1.5 MB conda-forge
expat-2.4.6 | h27087fc_0 186 KB conda-forge
fflas-ffpack-2.4.3 | h912ac81_2 15.6 MB conda-forge
font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37| hab24e00_0 388 KB conda-forge
font-ttf-inconsolata-3.000 | h77eed37_0 94 KB conda-forge
font-ttf-source-code-pro-2.038| h77eed37_0 684 KB conda-forge
font-ttf-ubuntu-0.83 | hab24e00_0 1.9 MB conda-forge
fontconfig-2.13.96 | ha180cfb_0 372 KB conda-forge
fonts-conda-ecosystem-1 | 0 4 KB conda-forge
fonts-conda-forge-1 | 0 4 KB conda-forge
freetype-2.10.4 | h0708190_1 890 KB conda-forge
future-0.18.2 | py38h578d9bd_4 712 KB conda-forge
gap-core-4.11.1 | h1725ef4_3 90.8 MB conda-forge
gf2x-1.3.0 | h75e9656_1 119 KB conda-forge
giac-1.6.0.47 | haa4998e_4 104.8 MB conda-forge
giflib-5.2.1 | h36c2ea0_2 77 KB conda-forge
givaro-4.1.1 | h192cbe9_1 327 KB conda-forge
glpk-4.65 | h9202a9a_1004 1.0 MB conda-forge
gmp-6.2.1 | h58526e2_0 806 KB conda-forge
gmpy2-2.1.2 | py38h8384b0a_0 222 KB conda-forge
gsl-2.7 | he838d99_0 3.2 MB conda-forge
icu-69.1 | h9c3ff4c_0 13.2 MB conda-forge
igraph-0.9.6 | ha184e22_0 1.0 MB conda-forge
iml-1.0.5 | hd75c201_1003 374 KB conda-forge
ipython-7.31.1 | py38h578d9bd_0 1.1 MB conda-forge
jbig-2.1 | h7f98852_2003 43 KB conda-forge
jedi-0.18.1 | py38h578d9bd_0 1010 KB conda-forge
jinja2-3.0.3 | pyhd8ed1ab_0 99 KB conda-forge
jpeg-9e | h7f98852_0 269 KB conda-forge
jupyter_core-4.9.2 | py38h578d9bd_0 81 KB conda-forge
krb5-1.19.2 | h48eae69_3 1.4 MB conda-forge
lcalc-2.0.5 | h8cd7e2e_0 7.6 MB conda-forge
lerc-3.0 | h9c3ff4c_0 216 KB conda-forge
libblas-3.9.0 |13_linux64_openblas 12 KB conda-forge
libbraiding-1.1 | h58526e2_0 96 KB conda-forge
libbrial-1.2.10 | hb0536f6_0 1.1 MB conda-forge
libcblas-3.9.0 |13_linux64_openblas 12 KB conda-forge
libcurl-7.81.0 | h494985f_0 340 KB conda-forge
libdeflate-1.10 | h7f98852_0 77 KB conda-forge
libedit-3.1.20191231 | he28a2e2_2 121 KB conda-forge
libev-4.33 | h516909a_1 104 KB conda-forge
libflint-2.8.4 | hd3cd37b_ntl_100 16.3 MB conda-forge
libgd-2.3.3 | h3cfcdeb_1 267 KB conda-forge
libgfortran-ng-11.2.0 | h69a702a_12 19 KB conda-forge
libgfortran5-11.2.0 | h5c6108e_12 1.7 MB conda-forge
libhomfly-1.02r6 | h36c2ea0_0 27 KB conda-forge
libiconv-1.16 | h516909a_0 1.4 MB conda-forge
liblapack-3.9.0 |13_linux64_openblas 12 KB conda-forge
liblapacke-3.9.0 |13_linux64_openblas 12 KB conda-forge
libnghttp2-1.47.0 | he49606f_0 824 KB conda-forge
libopenblas-0.3.18 |pthreads_h8fe5266_0 9.6 MB conda-forge
libpng-1.6.37 | h21135ba_2 306 KB conda-forge
libssh2-1.10.0 | ha35d2d1_2 233 KB conda-forge
libtiff-4.3.0 | h542a066_3 638 KB conda-forge
libuuid-2.32.1 | h7f98852_1000 28 KB conda-forge
libwebp-1.2.2 | h3452ae3_0 85 KB conda-forge
libwebp-base-1.2.2 | h7f98852_1 824 KB conda-forge
libxml2-2.9.12 | h885dcf4_1 760 KB conda-forge
linbox-1.6.3 | hf8a3fca_6 4.2 MB conda-forge
lrcalc-1.2 | h58526e2_1000 190 KB conda-forge
lz4-c-1.9.3 | h9c3ff4c_1 179 KB conda-forge
m4ri-20140914 | h7ca028e_1005 810 KB conda-forge
m4rie-20150908 | h7ca028e_1001 1.8 MB conda-forge
markupsafe-2.1.0 | py38h0a891b7_0 22 KB conda-forge
matplotlib-inline-0.1.3 | pyhd8ed1ab_0 11 KB conda-forge
memory-allocator-0.1.2 | py38h497a2fe_0 66 KB conda-forge
metis-5.1.0 | h58526e2_1006 4.1 MB conda-forge
mpc-1.2.1 | h9f54685_0 106 KB conda-forge
mpfi-1.5.4 | h9f54685_1001 461 KB conda-forge
mpfr-4.1.0 | h9202a9a_1 2.6 MB conda-forge
nauty-2.7.2 | h7f98852_0 11.0 MB conda-forge
ntl-11.4.3 | hef3c4d3_1 21.2 MB conda-forge
numpy-1.22.2 | py38h6ae9a64_0 6.9 MB conda-forge
pari-2.13.3 |he2feae2_1_pthread 57.5 MB conda-forge
pari-galdata-0.0.20180411 | 0 67 KB conda-forge
pari-seadata-small-0.0.20090618| 0 605 KB conda-forge
parso-0.8.3 | pyhd8ed1ab_0 69 KB conda-forge
perl-5.32.1 | 2_h7f98852_perl5 14.4 MB conda-forge
pexpect-4.8.0 | pyh9f0ad1d_2 47 KB conda-forge
pickleshare-0.7.5 | py_1003 9 KB conda-forge
planarity-3.0.0.5 | h36c2ea0_1002 518 KB conda-forge
ppl-1.2 | h8c76519_1004 69.6 MB conda-forge
pplpy-0.8.6 | py38h87e0038_1 374 KB conda-forge
primecount-7.2 | hcb278e6_1 167 KB conda-forge
primecountpy-0.1.0 | py38h1fd1430_1 43 KB conda-forge
primesieve-7.8 | h9c3ff4c_1 121 KB conda-forge
prompt-toolkit-3.0.27 | pyha770c72_0 252 KB conda-forge
psutil-5.9.0 | py38h497a2fe_0 346 KB conda-forge
ptyprocess-0.7.0 | pyhd3deb0d_0 16 KB conda-forge
pygments-2.11.2 | pyhd8ed1ab_0 796 KB conda-forge
pynac-0.7.29 | py38he7f92b8_2 13.5 MB conda-forge
ratpoints-2.1.3 | h445213a_1002 44 KB conda-forge
rw-0.9 | h7f98852_0 39 KB conda-forge
sagelib-9.5 | py38hd903835_2 104.9 MB conda-forge
singular-4.2.0.p3 | h949c820_2 21.7 MB conda-forge
six-1.16.0 | pyh6c4a22f_0 14 KB conda-forge
suitesparse-5.10.1 | h9e50725_1 2.4 MB conda-forge
symmetrica-2.0 | h58526e2_1007 3.5 MB conda-forge
tbb-2021.5.0 | h4bd325d_0 2.0 MB conda-forge
traitlets-5.1.1 | pyhd8ed1ab_0 82 KB conda-forge
wcwidth-0.2.5 | pyh9f0ad1d_2 33 KB conda-forge
zn_poly-0.9.2 | h9202a9a_0 609 KB conda-forge
zstd-1.5.2 | ha95c52a_0 458 KB conda-forge
------------------------------------------------------------
Total: 708.7 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
arb conda-forge/linux-64::arb-2.22.1-hbbd85db_0
arpack conda-forge/linux-64::arpack-3.7.0-hdefa2d7_2
backcall conda-forge/noarch::backcall-0.2.0-pyh9f0ad1d_0
backports conda-forge/noarch::backports-1.0-py_2
backports.functoo~ conda-forge/noarch::backports.functools_lru_cache-1.6.4-pyhd8ed1ab_0
bdw-gc conda-forge/linux-64::bdw-gc-8.0.6-h4bd325d_0
c-ares conda-forge/linux-64::c-ares-1.18.1-h7f98852_0
cddlib conda-forge/linux-64::cddlib-1!0.94m-h9202a9a_0
cliquer conda-forge/linux-64::cliquer-1.22-h36c2ea0_0
cypari2 conda-forge/linux-64::cypari2-2.1.2-py38hb44a72f_4
cysignals conda-forge/linux-64::cysignals-1.11.2-py38h4888d1d_0
cython conda-forge/linux-64::cython-0.29.28-py38h709712a_0
decorator conda-forge/noarch::decorator-5.1.1-pyhd8ed1ab_0
ecl conda-forge/linux-64::ecl-21.2.1-h9d73b02_2
eclib conda-forge/linux-64::eclib-20210625-h52f5ea4_4
ecm conda-forge/linux-64::ecm-7.0.4-h9202a9a_1002
expat conda-forge/linux-64::expat-2.4.6-h27087fc_0
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Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
My guess would be that it gets installed by the activation somehow. @isuruf?
"sagemath-standard" is the name of the Python distribution package that is often referred to as "sagelib".
Hi you all, thanks a lot in advance for taking the time to read my issue!
Issue:
I try to export a conda environment with sagelib in it to a yml file. The installation of sagelib works fine, but when i try to recreate the environment from the exported yml file, the package sagemath-standard is causing trouble as the requirements for this package cannot be installed, specifically the rpy2 package.
So if i understand correctly it could install sagelib properly also with the pip depenency sagemath-standard? The recreation of the environment fails, also when i try to install sagemath-standard manually i get the same error message (therefore i am surprised it could be installed as dependency of sagelib).
Environment (
conda list
):Details about
conda
and system (conda info
):