XBB.1.16.6 (456+478) + ORF1a:G268R (235 seqs, 8 countries)

[arodzh-sudo]

Transferred from https://github.com/sars-cov-2-variants/lineage-proposals/issues/488

Potential sublineage of XBB.1.16.6 monitored by the Puerto Rico Public Health Laboratory. This sublineage constitutes 68% of XBB.1.16.6 detected in Puerto Rico and is currently showing an advantage over EG.5.1.1

Substitution on top of XBB.1.16.6: ORF1a:G268R (G1067A) Earliest sequence: 2023-5-5, Puerto Rico — EPI_ISL_17737300 Most recent sequence: 2023-8-29, Iowa, USA — EPI_ISL_18237081 Countries circulating: USA (135), Puerto Rico (61), Canada (29), France (5), UK (2), Sweden (1), South Korea (1), Japan (1) Number of sequences: 235 GISAID nucleotide query: A12397G,G1067A,T22930A CovSpectrum query: XBB.1.16.6* (Nextclade) + ORF1a:G268R

EPI_ISL_17737300,EPI_ISL_17965545,EPI_ISL_17885200,EPI_ISL_17955916,EPI_ISL_17831589,EPI_ISL_17831590,EPI_ISL_17885218,EPI_ISL_17982616,EPI_ISL_17982660,EPI_ISL_18007683,EPI_ISL_17976398,EPI_ISL_18007740,EPI_ISL_18007757,EPI_ISL_18043011,EPI_ISL_18043014,EPI_ISL_18043122,EPI_ISL_18043183,EPI_ISL_18079969,EPI_ISL_18043156,EPI_ISL_18043028,EPI_ISL_18065611,EPI_ISL_18031646,EPI_ISL_18043043,EPI_ISL_18059984,EPI_ISL_18059993,EPI_ISL_18059996,EPI_ISL_18080770,EPI_ISL_18080773,EPI_ISL_18080949,EPI_ISL_18012180,EPI_ISL_17987279,EPI_ISL_17987280,EPI_ISL_18043039,EPI_ISL_18060013,EPI_ISL_18060036,EPI_ISL_18022834,EPI_ISL_18060029,EPI_ISL_18060032,EPI_ISL_18011181,EPI_ISL_18012182,EPI_ISL_18090746,EPI_ISL_18095404,EPI_ISL_18090704,EPI_ISL_18090743,EPI_ISL_18090774,EPI_ISL_18053320,EPI_ISL_18049290,EPI_ISL_18090764,EPI_ISL_18107278,EPI_ISL_18057792,EPI_ISL_18057353,EPI_ISL_18090751,EPI_ISL_18022460,EPI_ISL_18053996,EPI_ISL_18079062,EPI_ISL_18107198,EPI_ISL_18058025,EPI_ISL_18060662,EPI_ISL_18055150,EPI_ISL_18037715,EPI_ISL_18072545,EPI_ISL_18057879,EPI_ISL_18107208,EPI_ISL_18107293,EPI_ISL_18072573,EPI_ISL_18069135,EPI_ISL_18107236,EPI_ISL_18114169,EPI_ISL_18114174,EPI_ISL_18107298,EPI_ISL_18107299,EPI_ISL_18107303,EPI_ISL_18107325,EPI_ISL_18107307,EPI_ISL_18107308,EPI_ISL_18107260,EPI_ISL_18057246,EPI_ISL_18115447,EPI_ISL_18107271,EPI_ISL_18107312,EPI_ISL_18081426,EPI_ISL_18093583,EPI_ISL_18077423,EPI_ISL_18107267,EPI_ISL_18107272,EPI_ISL_18104279,EPI_ISL_18104311,EPI_ISL_18090176,EPI_ISL_18103859,EPI_ISL_18107321,EPI_ISL_18115214,EPI_ISL_18076438,EPI_ISL_18104543,EPI_ISL_18090206,EPI_ISL_18080251,EPI_ISL_18115256,EPI_ISL_18115230,EPI_ISL_18104706,EPI_ISL_18104755,EPI_ISL_18076502,EPI_ISL_18104999,EPI_ISL_18099223,EPI_ISL_18115282,EPI_ISL_18098626,EPI_ISL_18104875,EPI_ISL_18113784,EPI_ISL_18115328.EPI_ISL_18126469,EPI_ISL_18126518,EPI_ISL_18126691,EPI_ISL_18128346,EPI_ISL_18129203,EPI_ISL_18129717,EPI_ISL_18129896,EPI_ISL_18129914,EPI_ISL_18129915,EPI_ISL_18129916,EPI_ISL_18131337,EPI_ISL_18131580,EPI_ISL_18137781,EPI_ISL_18137857,EPI_ISL_18143827,EPI_ISL_18144242,EPI_ISL_18144414,EPI_ISL_18144817,EPI_ISL_18144830,EPI_ISL_18144992,EPI_ISL_18145686,EPI_ISL_18150663,EPI_ISL_18150744,EPI_ISL_18150907,EPI_ISL_18150985,EPI_ISL_18151137,EPI_ISL_18160091,EPI_ISL_18160276,EPI_ISL_18160355,EPI_ISL_18160374,EPI_ISL_18160383,EPI_ISL_18162483,EPI_ISL_18162484,EPI_ISL_18162488,EPI_ISL_18162609,EPI_ISL_18162734,EPI_ISL_18162740,EPI_ISL_18162854,EPI_ISL_18162973,EPI_ISL_18162974,EPI_ISL_18162992,EPI_ISL_18163070,EPI_ISL_18164117,EPI_ISL_18164210,EPI_ISL_18164262,EPI_ISL_18164450,EPI_ISL_18165581,EPI_ISL_18207195,EPI_ISL_18209350,EPI_ISL_18210815,EPI_ISL_18210955,EPI_ISL_18212538,EPI_ISL_18212643,EPI_ISL_18212783,EPI_ISL_18216002,EPI_ISL_18221810,EPI_ISL_18221813,EPI_ISL_18221992,EPI_ISL_18222337,EPI_ISL_18222952,EPI_ISL_18223096,EPI_ISL_18223229,EPI_ISL_18223323,EPI_ISL_18223495,EPI_ISL_18223646,EPI_ISL_18223692,EPI_ISL_18223708,EPI_ISL_18223870,EPI_ISL_18223876,EPI_ISL_18223886,EPI_ISL_18223907,EPI_ISL_18224008,EPI_ISL_18224026,EPI_ISL_18224029,EPI_ISL_18224030,EPI_ISL_18224097,EPI_ISL_18224108,EPI_ISL_18224114,EPI_ISL_18224137,EPI_ISL_18225622,EPI_ISL_18225694,EPI_ISL_18225852,EPI_ISL_18225924,EPI_ISL_18226060,EPI_ISL_18226165,EPI_ISL_18226166,EPI_ISL_18229871,EPI_ISL_18229947,EPI_ISL_18230945,EPI_ISL_18230946,EPI_ISL_18230959,EPI_ISL_18230965,EPI_ISL_18230966,EPI_ISL_18230977,EPI_ISL_18233516,EPI_ISL_18234199,EPI_ISL_18234200,EPI_ISL_18234202,EPI_ISL_18237081,EPI_ISL_18237424

https://nextstrain.org/fetch/genome.ucsc.edu/trash/ct/subtreeAuspice1_genome_33ab8_293c80.json?c=gt-nuc_1067&label=id:node_6860741

[FedeGueli]

ping @corneliusroemer
147 as today

[arodzh-sudo]

156 seqs as of 8/28/2023

[FedeGueli]

190 now.

[arodzh-sudo]

Now 8 countries with England the most recent

[arodzh-sudo]

28 more sequences from the USA

[DailyCovidCases]

This branch is dead, please close this issue