toDo ö

[AndreaSanchezTapia]

• [x] ajeitar a estrutura de pastas de output: /plots, /output_nowcasting, /tabelas_nowcasting_para_codigos (falta incluir /output_nowcasting como subpasta) ver README
• [x] incluir um parametro plot TRUE/FALSE para rodar com argumentos iguais
• [x] verificar a criação de plots
• [x] corrigir o filtro de datas 15/03 para srag, botar condicional
• [x] ajeitar a parte onde git faz push para outputDir
• [x] corrigir filtro de residentes/não residentes no município (está filtrando para residentes no caso de São Paulo)
• [x] verificar o código para as diferentes escalas e parâmetros asociados (sigla, DRS etc.)
• [x] ajustar a parametrização de campinas (window, trim) - isto é lá no repo deles
• [x] pensar um formato de relatório
• [x] implementar filtro de hospitalizados
• [ ] usar project root em todas os sources internos (mas não nos paths fornecidos na linha de comando)
• [ ] implementar filtro de residentes para estados? é a única escala que não usa isso

[saramortara]

não entendi o item: "corrigir filtro de residentes/não residentes no município". A ideia é deixar isso opcional? filtrar por residentes na localidade ou notificados na localidade?

[renatocoutinho]

Eu entendi que é isso, Sara, pra análises que vão na linha da projeção de leitos você precisa filtrar por localidade de notificação mesmo. Acho que Diogo até já fez alguma modificação pra poder reutilizar o código?

[AndreaSanchezTapia]

As análises não deveriam forçar esse filtro (como está para São Paulo) para cidades menores, deveria ser opcional. Mais um parâmetro, residentes true-false? Além do fato de que leitos usa outro filtro.

[renatocoutinho]

você precisa definir de algum jeito o que é caso do município ou não, então tem que filtrar ou por residente ou por notificação mesmo. Mais um parâmetro....

[AndreaSanchezTapia]

já tinha o parametro em read.sivep, só botei no parseOpts

[renatocoutinho]

hummm verdade, mas o read.sivep só aplica esse filtro se escala == municipio

[AndreaSanchezTapia]

Ainda não chequei nada de escala, incluindo os caminhos na outra issue. Mas você fechou ela, depois vejo o que falta.

[renatocoutinho]

A outra issue era outra coisa, mas a read.sivep já corrigi.

[renatocoutinho]

Filtro de hospitalizados está sendo feito numa etapa posterior, em gera.nowcasting, e o encaminhamento da solução de project root está indo via pacote ou por concatenação das funções, o que deixa só o último item por fazer, vou abrir issue específico e fechar este TO DO finalmente!