ディレクトリ構造のドキュメントを作る

[faithandbrave]

オーバーロードと特殊化をどの階層に置くか、とかのルールがドキュメントとしてまとまっていないので作ります。

[yumetodo]

ref: #1083

[faithandbrave]

書きました。 思い出したものは一通り書きましたが、不足していたら随時追記します。