数据集

[KobeDavid]

你好。数据集该怎么用

[cyh-0]

感谢您对我们这个工作的关注! 所有数据集需用从对应的官方路径下载, 我们会尽快完善相关代码

[KobeDavid]

您的数据集，没有KeyError: 'Finding Labels'这个标签

[cyh-0]

您好,我本地的csv是有这一列的. 如果没有的话可能需要从原网址重新下载 https://nihcc.app.box.com/v/ChestXray-NIHCC/file/219760887468

[KobeDavid]

你好，你能把你所有的数据集给我吗？有很多的文件我从哪个地方下载没有 比如train_val_list.txt

[cyh-0]

您好, 可以从以下官方网址下载原始数据集，train_val_list.txt 也包含在NIH里面了 ChestXpert: https://www.kaggle.com/datasets/willarevalo/chexpert-v10-small NIH: https://nihcc.app.box.com/v/ChestXray-NIHCC PadChest: http://bimcv.cipf.es/bimcv-projects/padchest/ OpenI: https://openi.nlm.nih.gov/faq NIH-GOOGLE: https://cloud.google.com/healthcare-api/docs/resources/public-datasets/nih-chest#additional_labels

[cyh-0]

经过处理的OpenI & PadChest也可以从 https://drive.google.com/drive/folders/1tSNMHxhs98AFctTOur9MTMLhYfiKEJ_- 这里下载

[KobeDavid]

好的。谢谢 那这个是什么问题FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: './embeddings/bluebert/nih_bluebert_14.npy

[cyh-0]

这些embeddings可以从 https://drive.google.com/drive/folders/1S3kL6KGtom_LTsqivdrlbdz_yXYKH8aE?usp=sharing 这里下载

[KobeDavid]

嗯呐谢谢，现在是还没有测试集吗？

[cyh-0]

PadChest, OpenI 和 NIH-GOOGLE 就已经是测试集了

[KobeDavid]

TypeError: init() got an unexpected keyword argument 'weight'这个是什么问题

[KobeDavid]

你好，这个 TypeError： init（） got an unexpected keyword argument 'weight'这个是什么问题

[KobeDavid]

你好 FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '../dataset/CheXpert-v1.0-small/filtered_test.csv'这个文件在哪里下载呢

[cyh-0]

ChestXpert这个csv可以从https://drive.google.com/drive/folders/1b5nm_8rg3PkvrJPomR8-9A9hESEbVryM 这里下载

[ZHOU20000]

FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/tmp/model_best_mid.pth' 请问我已经下载了pth 文件，应该把他们放在哪里，为什么报错找不到呢

[cyh-0]

FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/tmp/model_best_mid.pth' 请问我已经下载了pth 文件，应该把他们放在哪里，为什么报错找不到呢

你好，可以根据这里来该你想要的路径 https://github.com/cyh-0/BoMD/blob/69cc9ceb925badda866e02e70986b3c217704417/trainer/bomd_trainer.py#L106-L111

[ZHOU20000]

谢谢您的回答，其次我在运行过程中，又出现了这个错误，我想弄明白pred_rank.npy之类的文件是运行代码生成的吗，还是需要下载？ 出错代码位置：self.pred_idxs = np.load(f"./ckpt/saved/{fp}/files/pred_rank.npy") 错误FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: './ckpt/saved/run-20220816_175557-6dn2k0id/files/pred_rank.npy'

[cyh-0]

这个ckpt可以从这里下载 https://drive.google.com/drive/folders/1NeafemhJg0HGf52Fzg9kLmhkyKMEhXeQ

[Kevin0036]

这个ckpt可以从这里下载 https://drive.google.com/drive/folders/1NeafemhJg0HGf52Fzg9kLmhkyKMEhXeQ

请问如果我想自己生成pred_rank.npy和model_best_mid.pth等文件，有相关代码可以运行吗？

[Kevin0036]

这个ckpt可以从这里下载 https://drive.google.com/drive/folders/1NeafemhJg0HGf52Fzg9kLmhkyKMEhXeQ

请问如果我想自己生成pred_rank.npy和model_best_mid.pth等文件，有相关代码可以运行吗？

目前运行似乎只能下载您这边官方提供的ckpt，我想问一下能不能在我自己的数据集上生成类似的ckpt权重文件

[cyh-0]

要生成ckpt的话，跑完self.a2s_runner就可以了。https://github.com/cyh-0/BoMD/blob/1688893c9f0cc1269816360d69d023b5de86d304/trainer/bomd_trainer.py#L50