Imageserver: support Roche TIF

cytomine / Cytomine-IMS

Cytomine-IMS: Image Management System

GNU Lesser General Public License v2.1

14 stars 16 forks source link

Closed stevben closed 10 years ago

stevben commented 10 years ago

Support Roche TIF possible via :

vips im_vips2tiff 11GH076256_A2_CD3_100.tif:2 output_image.tif:deflate,,flat,,,,8

puis:

vips tiffsave output_image.tif output_image_compress.tif --tile --pyramid --compression jpeg --tile-width 256 --tile-height 256

Benjamin va développer lecture headers tiff pour extraire info et différencier TIF Roche d'un TIF normal.

stevben commented 10 years ago

Pour l'instant, une méthode brutale pour détecter un TIFF Ventana est de faire un Tiffinfo et rechercher le patten "<iScan" issu du header XML.

tiffinfo ~/Cytomine/Slides/bif_tif/11GH076256_A2_CD3_100.tif | grep --text "<iScan" | tee >(wc -l)

renvoie 1 si TIF VENTANA