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darksideoftheshmoo / rcell2-cellid

R package bundling Cell-ID and tools to optimize its performance.
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Error in rcell2.cellid::cell.load.alt(path = data.dir) #4

Open clementejose opened 11 months ago

clementejose commented 11 months ago

Luego de correr cellID exitosamente intento cargar los datos utilizando la función rcell2.cellid::cell.load.alt(path = path.img)

Obtengo la salida

Error in load_out_all(path = path, position.pattern = position.pattern, : Error in load_out_all: number of flags does not match extracted channel names. Check your 'fluorescence.pattern'

Sindo que, si utilizo la vieja función para cargar el mismo objeto rcell2::load_cell_data(path=path.img), se ejecuta sin errores.

Los canales de adquisición son (TFP, YFP, BF)

naikymen commented 11 months ago

Hola José, cómo estás?

Desde ya muchas gracias por repotar el error.

El error implica que el output de cell-id tiene cierta cantidad de flags (e.g. 0,1) pero las imágenes que querés cargar están nombradas con otra cantidad de canales (e.g. TFP, YFP, BF).

Habría que chequear si cell-id efectivamente usó todos los canales, o si falta alguno.

Mandame por si acaso un archivo out_bf_fl_mapping, de cualquier posición.

Si no, podés usar Python.

TKM