search

datasnakes / OrthoEvolution

An easy to use and comprehensive python package which aids in the analysis and visualization of orthologous genes. 🐵
https://orthoevolution.readthedocs.io/en/master/
29 stars 4 forks source link

Merge Orthologs_config_patch to dev-master #94

Closed grabear closed 7 years ago

grabear commented 7 years ago

@sdhutchins This is to fix the Organisms list bug that we mentioned yesterday.

# Import the CG Objects which parses the different lists
from Datasnakes.Orthologs.Blast.comparative_genetics_objects import CompGenObjects
# Initialize (This will unfortunately create a small directory structure for now)
File = CompGenObjects(project="tester", proj_mana=None, copy_from_package=True, MAF='MAFV3.2.csv')
# Use the various attributes
print(File.org_list)
> ['Homo_sapiens', 'Macaca_mulatta', 'Mus_musculus', 'Rattus_norvegicus', 'Ailuropoda_melanoleuca', 'Aotus_nancymaae', 'Bos_taurus', 'Callithrix_jacchus', 'Camelus_dromedarius', 'Canis_lupus_familiaris', 'Capra_hircus', 'Cavia_porcellus', 'Ceratotherium_simum_simum', 'Cercocebus_atys', 'Chinchilla_lanigera', 'Chlorocebus_sabaeus', 'Chrysochloris_asiatica', 'Condylura_cristata', 'Cricetulus_griseus', 'Dasypus_novemcinctus', 'Dipodomys_ordii', 'Echinops_telfairi', 'Elephantulus_edwardii', 'Eptesicus_fuscus', 'Equus_caballus', 'Erinaceus_europaeus', 'Felis_catus', 'Galeopterus_variegatus', 'Gorilla_gorilla_gorilla', 'Heterocephalus_glaber', 'Ictidomys_tridecemlineatus', 'Jaculus_jaculus', 'Loxodonta_africana', 'Macaca_fascicularis', 'Macaca_nemestrina', 'Mandrillus_leucophaeus', 'Manis_javanica', 'Mesocricetus_auratus', 'Microcebus_murinus', 'Microtus_ochrogaster', 'Miniopterus_natalensis', 'Monodelphis_domestica', 'Mustela_putorius_furo', 'Nannospalax_galili', 'Nomascus_leucogenys', 'Ochotona_princeps', 'Octodon_degus', 'Odobenus_rosmarus_divergens', 'Orcinus_orca', 'Oryctolagus_cuniculus', 'Otolemur_garnettii', 'Ovis_aries', 'Pan_paniscus', 'Pan_troglodytes', 'Papio_anubis', 'Pongo_abelii', 'Propithecus_coquereli', 'Pteropus_vampyrus', 'Rhinopithecus_roxellana', 'Rousettus_aegyptiacus', 'Saimiri_boliviensis_boliviensis', 'Sorex_araneus', 'Sus_scrofa', 'Trichechus_manatus_latirostris', 'Tupaia_chinensis', 'Tursiops_truncatus']
print(File.gene_dict)
> {'ADRA1A': {'Tier': '1', 'Homo_sapiens': 'NM_000680.3', 'Macaca_mulatta': nan, 'Mus_musculus': nan, 'Rattus_norvegicus': nan, 'Ailuropoda_melanoleuca': nan, 'Aotus_nancymaae': nan, 'Bos_taurus': nan, 'Callithrix_jacchus': nan, 'Camelus_dromedarius': nan, 'Canis_lupus_familiaris': nan, 'Capra_hircus': nan, 'Cavia_porcellus': nan, 'Ceratotherium_simum_simum': nan, 'Cercocebus_atys': nan, 'Chinchilla_lanigera': nan, 'Chlorocebus_sabaeus': nan, 'Chrysochloris_asiatica': nan, 'Condylura_cristata': nan, 'Cricetulus_griseus': nan, 'Dasypus_novemcinctus': nan, 'Dipodomys_ordii': nan, 'Echinops_telfairi': nan, 'Elephantulus_edwardii': nan, 'Eptesicus_fuscus': nan, 'Equus_caballus': nan, 'Erinaceus_europaeus': nan, 'Felis_catus': nan, 'Galeopterus_variegatus': nan, 'Gorilla_gorilla_gorilla': nan, 'Heterocephalus_glaber': nan, 'Ictidomys_tridecemlineatus': nan, 'Jaculus_jaculus': nan, 'Loxodonta_africana': nan, 'Macaca_fascicularis': nan, 'Macaca_nemestrina': nan, 'Mandrillus_leucophaeus': nan, 'Manis_javanica': nan, 'Mesocricetus_auratus': nan, 'Microcebus_murinus': nan, 'Microtus_ochrogaster': nan, 'Miniopterus_natalensis': nan, 'Monodelphis_domestica': nan, 'Mustela_putorius_furo': nan, 'Nannospalax_galili': nan, 'Nomascus_leucogenys': nan, 'Ochotona_princeps': nan, 'Octodon_degus': nan, 'Odobenus_rosmarus_divergens': nan, 'Orcinus_orca': nan, 'Oryctolagus_cuniculus': nan, 'Otolemur_garnettii': nan, 'Ovis_aries': nan, 'Pan_paniscus': nan, 'Pan_troglodytes': nan, 'Papio_anubis': nan, 'Pongo_abelii': nan, 'Propithecus_coquereli': nan, 'Pteropus_vampyrus': nan, 'Rhinopithecus_roxellana': nan, 'Rousettus_aegyptiacus': nan, 'Saimiri_boliviensis_boliviensis': nan, 'Sorex_araneus': nan, 'Sus_scrofa': nan, 'Trichechus_manatus_latirostris': nan, 'Tupaia_chinensis': nan, 'Tursiops_truncatus': nan}, 'ADRA1B': {'Tier': '1', 'Homo_sapiens': 'NM_000679.3', 'Macaca_mulatta': nan, 'Mus_musculus': nan, 'Rattus_norvegicus': nan, 'Ailuropoda_melanoleuca': nan, 'Aotus_nancymaae': nan, 'Bos_taurus': nan, 'Callithrix_jacchus': nan, 'Camelus_dromedarius': nan, 'Canis_lupus_familiaris': nan, 'Capra_hircus': nan, 'Cavia_porcellus': nan, 'Ceratotherium_simum_simum': nan, 'Cercocebus_atys': nan, 'Chinchilla_lanigera': nan, 'Chlorocebus_sabaeus': nan, 'Chrysochloris_asiatica': nan, 'Condylura_cristata': nan, 'Cricetulus_griseus': nan, 'Dasypus_novemcinctus': nan, 'Dipodomys_ordii': nan, 'Echinops_telfairi': nan, 'Elephantulus_edwardii': nan, 'Eptesicus_fuscus': nan, 'Equus_caballus': nan, 'Erinaceus_europaeus': nan, 'Felis_catus': nan, 'Galeopterus_variegatus': nan, 'Gorilla_gorilla_gorilla': nan, 'Heterocephalus_glaber': nan, 'Ictidomys_tridecemlineatus': nan, 'Jaculus_jaculus': nan, 'Loxodonta_africana': nan, 'Macaca_fascicularis': nan, 'Macaca_nemestrina': nan, 'Mandrillus_leucophaeus': nan, 'Manis_javanica': nan, 'Mesocricetus_auratus': nan, 'Microcebus_murinus': nan, 'Microtus_ochrogaster': nan, 'Miniopterus_natalensis': nan, 'Monodelphis_domestica': nan, 'Mustela_putorius_furo': nan, 'Nannospalax_galili': nan, 'Nomascus_leucogenys': nan, 'Ochotona_princeps': nan, 'Octodon_degus': nan, 'Odobenus_rosmarus_divergens': nan, 'Orcinus_orca': nan, 'Oryctolagus_cuniculus': nan, 'Otolemur_garnettii': nan, 'Ovis_aries': nan, 'Pan_paniscus': nan, 'Pan_troglodytes': nan, 'Papio_anubis': nan, 'Pongo_abelii': nan, 'Propithecus_coquereli': nan, 'Pteropus_vampyrus': nan, 'Rhinopithecus_roxellana': nan, 'Rousettus_aegyptiacus': nan, 'Saimiri_boliviensis_boliviensis': nan, 'Sorex_araneus': nan, 'Sus_scrofa': nan, 'Trichechus_manatus_latirostris': nan, 'Tupaia_chinensis': nan, 'Tursiops_truncatus': nan}, 'ADRA1D': {'Tier': '1', 'Homo_sapiens': 'NM_000678.3', 'Macaca_mulatta': nan, 'Mus_musculus': nan, 'Rattus_norvegicus': nan, 'Ailuropoda_melanoleuca': nan, 'Aotus_nancymaae': nan, 'Bos_taurus': nan, 'Callithrix_jacchus': nan, 'Camelus_dromedarius': nan, 'Canis_lupus_familiaris': nan, 'Capra_hircus': nan, 'Cavia_porcellus': nan, 'Ceratotherium_simum_simum': nan, 'Cercocebus_atys': nan, 'Chinchilla_lanigera': nan, 'Chlorocebus_sabaeus': nan, 'Chrysochloris_asiatica': nan, 'Condylura_cristata': nan, 'Cricetulus_griseus': nan, 'Dasypus_novemcinctus': nan, 'Dipodomys_ordii': nan, 'Echinops_telfairi': nan, 'Elephantulus_edwardii': nan, 'Eptesicus_fuscus': nan, 'Equus_caballus': nan, 'Erinaceus_europaeus': nan, 'Felis_catus': nan, 'Galeopterus_variegatus': nan, 'Gorilla_gorilla_gorilla': nan, 'Heterocephalus_glaber': nan, 'Ictidomys_tridecemlineatus': nan, 'Jaculus_jaculus': nan, 'Loxodonta_africana': nan, 'Macaca_fascicularis': nan, 'Macaca_nemestrina': nan, 'Mandrillus_leucophaeus': nan, 'Manis_javanica': nan, 'Mesocricetus_auratus': nan, 'Microcebus_murinus': nan, 'Microtus_ochrogaster': nan, 'Miniopterus_natalensis': nan, 'Monodelphis_domestica': nan, 'Mustela_putorius_furo': nan, 'Nannospalax_galili': nan, 'Nomascus_leucogenys': nan, 'Ochotona_princeps': nan, 'Octodon_degus': nan, 'Odobenus_rosmarus_divergens': nan, 'Orcinus_orca': nan, 'Oryctolagus_cuniculus': nan, 'Otolemur_garnettii': nan, 'Ovis_aries': nan, 'Pan_paniscus': nan, 'Pan_troglodytes': nan, 'Papio_anubis': nan, 'Pongo_abelii': nan, 'Propithecus_coquereli': nan, 'Pteropus_vampyrus': nan, 'Rhinopithecus_roxellana': nan, 'Rousettus_aegyptiacus': nan, 'Saimiri_boliviensis_boliviensis': nan, 'Sorex_araneus': nan, 'Sus_scrofa': nan, 'Trichechus_manatus_latirostris': nan, 'Tupaia_chinensis': nan, 'Tursiops_truncatus': nan}, 'ADRA2A': {'Tier': '1', 'Homo_sapiens': 'NM_000681.3', 'Macaca_mulatta': nan, 'Mus_musculus': nan, 'Rattus_norvegicus': nan, 'Ailuropoda_melanoleuca': nan, 'Aotus_nancymaae': nan, 'Bos_taurus': nan, 'Callithrix_jacchus': nan, 'Camelus_dromedarius': nan, 'Canis_lupus_familiaris': nan, 'Capra_hircus': nan, 'Cavia_porcellus': nan, 'Ceratotherium_simum_simum': nan, 'Cercocebus_atys': nan, 'Chinchilla_lanigera': nan, 'Chlorocebus_sabaeus': nan, 'Chrysochloris_asiatica': nan, 'Condylura_cristata': nan, 'Cricetulus_griseus': nan, 'Dasypus_novemcinctus': nan, 'Dipodomys_ordii': nan, 'Echinops_telfairi': nan, 'Elephantulus_edwardii': nan, 'Eptesicus_fuscus': nan, 'Equus_caballus': nan, 'Erinaceus_europaeus': nan, 'Felis_catus': nan, 'Galeopterus_variegatus': nan, 'Gorilla_gorilla_gorilla': nan, 'Heterocephalus_glaber': nan, 'Ictidomys_tridecemlineatus': nan, 'Jaculus_jaculus': nan, 'Loxodonta_africana': nan, 'Macaca_fascicularis': nan, 'Macaca_nemestrina': nan, 'Mandrillus_leucophaeus': nan, 'Manis_javanica': nan, 'Mesocricetus_auratus': nan, 'Microcebus_murinus': nan, 'Microtus_ochrogaster': nan, 'Miniopterus_natalensis': nan, 'Monodelphis_domestica': nan, 'Mustela_putorius_furo': nan, 'Nannospalax_galili': nan, 'Nomascus_leucogenys': nan, 'Ochotona_princeps': nan, 'Octodon_degus': nan, 'Odobenus_rosmarus_divergens': nan, 'Orcinus_orca': nan, 'Oryctolagus_cuniculus': nan, 'Otolemur_garnettii': nan, 'Ovis_aries': nan, 'Pan_paniscus': nan, 'Pan_troglodytes': nan, 'Papio_anubis': nan, 'Pongo_abelii': nan, 'Propithecus_coquereli': nan, 'Pteropus_vampyrus': nan, 'Rhinopithecus_roxellana': nan, 'Rousettus_aegyptiacus': nan, 'Saimiri_boliviensis_boliviensis': nan, 'Sorex_araneus': nan, 'Sus_scrofa': nan, 'Trichechus_manatus_latirostris': nan, 'Tupaia_chinensis': nan, 'Tursiops_truncatus': nan}, 'ADRA2B': {'Tier': '1', 'Homo_sapiens': 'NM_000682.6', 'Macaca_mulatta': nan, 'Mus_musculus': nan, 'Rattus_norvegicus': nan, 'Ailuropoda_melanoleuca': nan, 'Aotus_nancymaae': nan, 'Bos_taurus': nan, 'Callithrix_jacchus': nan, 'Camelus_dromedarius': nan, 'Canis_lupus_familiaris': nan, 'Capra_hircus': nan, 'Cavia_porcellus': nan, 'Ceratotherium_simum_simum': nan, 'Cercocebus_atys': nan, 'Chinchilla_lanigera': nan, 'Chlorocebus_sabaeus': nan, 'Chrysochloris_asiatica': nan, 'Condylura_cristata': nan, 'Cricetulus_griseus': nan, 'Dasypus_novemcinctus': nan, 'Dipodomys_ordii': nan, 'Echinops_telfairi': nan, 'Elephantulus_edwardii': nan, 'Eptesicus_fuscus': nan, 'Equus_caballus': nan, 'Erinaceus_europaeus': nan, 'Felis_catus': nan, 'Galeopterus_variegatus': nan, 'Gorilla_gorilla_gorilla': nan, 'Heterocephalus_glaber': nan, 'Ictidomys_tridecemlineatus': nan, 'Jaculus_jaculus': nan, 'Loxodonta_africana': nan, 'Macaca_fascicularis': nan, 'Macaca_nemestrina': nan, 'Mandrillus_leucophaeus': nan, 'Manis_javanica': nan, 'Mesocricetus_auratus': nan, 'Microcebus_murinus': nan, 'Microtus_ochrogaster': nan, 'Miniopterus_natalensis': nan, 'Monodelphis_domestica': nan, 'Mustela_putorius_furo': nan, 'Nannospalax_galili': nan, 'Nomascus_leucogenys': nan, 'Ochotona_princeps': nan, 'Octodon_degus': nan, 'Odobenus_rosmarus_divergens': nan, 'Orcinus_orca': nan, 'Oryctolagus_cuniculus': nan, 'Otolemur_garnettii': nan, 'Ovis_aries': nan, 'Pan_paniscus': nan, 'Pan_troglodytes': nan, 'Papio_anubis': nan, 'Pongo_abelii': nan, 'Propithecus_coquereli': nan, 'Pteropus_vampyrus': nan, 'Rhinopithecus_roxellana': nan, 'Rousettus_aegyptiacus': nan, 'Saimiri_boliviensis_boliviensis': nan, 'Sorex_araneus': nan, 'Sus_scrofa': nan, 'Trichechus_manatus_latirostris': nan, 'Tupaia_chinensis': nan, 'Tursiops_truncatus': nan}, 'CHRM1': {'Tier': '1', 'Homo_sapiens': 'NM_000738.2', 'Macaca_mulatta': nan, 'Mus_musculus': nan, 'Rattus_norvegicus': nan, 'Ailuropoda_melanoleuca': nan, 'Aotus_nancymaae': nan, 'Bos_taurus': nan, 'Callithrix_jacchus': nan, 'Camelus_dromedarius': nan, 'Canis_lupus_familiaris': nan, 'Capra_hircus': nan, 'Cavia_porcellus': nan, 'Ceratotherium_simum_simum': nan, 'Cercocebus_atys': nan, 'Chinchilla_lanigera': nan, 'Chlorocebus_sabaeus': nan, 'Chrysochloris_asiatica': nan, 'Condylura_cristata': nan, 'Cricetulus_griseus': nan, 'Dasypus_novemcinctus': nan, 'Dipodomys_ordii': nan, 'Echinops_telfairi': nan, 'Elephantulus_edwardii': nan, 'Eptesicus_fuscus': nan, 'Equus_caballus': nan, 'Erinaceus_europaeus': nan, 'Felis_catus': nan, 'Galeopterus_variegatus': nan, 'Gorilla_gorilla_gorilla': nan, 'Heterocephalus_glaber': nan, 'Ictidomys_tridecemlineatus': nan, 'Jaculus_jaculus': nan, 'Loxodonta_africana': nan, 'Macaca_fascicularis': nan, 'Macaca_nemestrina': nan, 'Mandrillus_leucophaeus': nan, 'Manis_javanica': nan, 'Mesocricetus_auratus': nan, 'Microcebus_murinus': nan, 'Microtus_ochrogaster': nan, 'Miniopterus_natalensis': nan, 'Monodelphis_domestica': nan, 'Mustela_putorius_furo': nan, 'Nannospalax_galili': nan, 'Nomascus_leucogenys': nan, 'Ochotona_princeps': nan, 'Octodon_degus': nan, 'Odobenus_rosmarus_divergens': nan, 'Orcinus_orca': nan, 'Oryctolagus_cuniculus': nan, 'Otolemur_garnettii': nan, 'Ovis_aries': nan, 'Pan_paniscus': nan, 'Pan_troglodytes': nan, 'Papio_anubis': nan, 'Pongo_abelii': nan, 'Propithecus_coquereli': nan, 'Pteropus_vampyrus': nan, 'Rhinopithecus_roxellana': nan, 'Rousettus_aegyptiacus': nan, 'Saimiri_boliviensis_boliviensis': nan, 'Sorex_araneus': nan, 'Sus_scrofa': nan, 'Trichechus_manatus_latirostris': nan, 'Tupaia_chinensis': nan, 'Tursiops_truncatus': nan}, 'CHRM2': {'Tier': '1', 'Homo_sapiens': 'NM_000739.2', 'Macaca_mulatta': nan, 'Mus_musculus': nan, 'Rattus_norvegicus': nan, 'Ailuropoda_melanoleuca': nan, 'Aotus_nancymaae': nan, 'Bos_taurus': nan, 'Callithrix_jacchus': nan, 'Camelus_dromedarius': nan, 'Canis_lupus_familiaris': nan, 'Capra_hircus': nan, 'Cavia_porcellus': nan, 'Ceratotherium_simum_simum': nan, 'Cercocebus_atys': nan, 'Chinchilla_lanigera': nan, 'Chlorocebus_sabaeus': nan, 'Chrysochloris_asiatica': nan, 'Condylura_cristata': nan, 'Cricetulus_griseus': nan, 'Dasypus_novemcinctus': nan, 'Dipodomys_ordii': nan, 'Echinops_telfairi': nan, 'Elephantulus_edwardii': nan, 'Eptesicus_fuscus': nan, 'Equus_caballus': nan, 'Erinaceus_europaeus': nan, 'Felis_catus': nan, 'Galeopterus_variegatus': nan, 'Gorilla_gorilla_gorilla': nan, 'Heterocephalus_glaber': nan, 'Ictidomys_tridecemlineatus': nan, 'Jaculus_jaculus': nan, 'Loxodonta_africana': nan, 'Macaca_fascicularis': nan, 'Macaca_nemestrina': nan, 'Mandrillus_leucophaeus': nan, 'Manis_javanica': nan, 'Mesocricetus_auratus': nan, 'Microcebus_murinus': nan, 'Microtus_ochrogaster': nan, 'Miniopterus_natalensis': nan, 'Monodelphis_domestica': nan, 'Mustela_putorius_furo': nan, 'Nannospalax_galili': nan, 'Nomascus_leucogenys': nan, 'Ochotona_princeps': nan, 'Octodon_degus': nan, 'Odobenus_rosmarus_divergens': nan, 'Orcinus_orca': nan, 'Oryctolagus_cuniculus': nan, 'Otolemur_garnettii': nan, 'Ovis_aries': nan, 'Pan_paniscus': nan, 'Pan_troglodytes': nan, 'Papio_anubis': nan, 'Pongo_abelii': nan, 'Propithecus_coquereli': nan, 'Pteropus_vampyrus': nan, 'Rhinopithecus_roxellana': nan, 'Rousettus_aegyptiacus': nan, 'Saimiri_boliviensis_boliviensis': nan, 'Sorex_araneus': nan, 'Sus_scrofa': nan, 'Trichechus_manatus_latirostris': nan, 'Tupaia_chinensis': nan, 'Tursiops_truncatus': nan}, 'CHRM3': {'Tier': '1', 'Homo_sapiens': 'NM_000740.2', 'Macaca_mulatta': nan, 'Mus_musculus': nan, 'Rattus_norvegicus': nan, 'Ailuropoda_melanoleuca': nan, 'Aotus_nancymaae': nan, 'Bos_taurus': nan, 'Callithrix_jacchus': nan, 'Camelus_dromedarius': nan, 'Canis_lupus_familiaris': nan, 'Capra_hircus': nan, 'Cavia_porcellus': nan, 'Ceratotherium_simum_simum': nan, 'Cercocebus_atys': nan, 'Chinchilla_lanigera': nan, 'Chlorocebus_sabaeus': nan, 'Chrysochloris_asiatica': nan, 'Condylura_cristata': nan, 'Cricetulus_griseus': nan, 'Dasypus_novemcinctus': nan, 'Dipodomys_ordii': nan, 'Echinops_telfairi': nan, 'Elephantulus_edwardii': nan, 'Eptesicus_fuscus': nan, 'Equus_caballus': nan, 'Erinaceus_europaeus': nan, 'Felis_catus': nan, 'Galeopterus_variegatus': nan, 'Gorilla_gorilla_gorilla': nan, 'Heterocephalus_glaber': nan, 'Ictidomys_tridecemlineatus': nan, 'Jaculus_jaculus': nan, 'Loxodonta_africana': nan, 'Macaca_fascicularis': nan, 'Macaca_nemestrina': nan, 'Mandrillus_leucophaeus': nan, 'Manis_javanica': nan, 'Mesocricetus_auratus': nan, 'Microcebus_murinus': nan, 'Microtus_ochrogaster': nan, 'Miniopterus_natalensis': nan, 'Monodelphis_domestica': nan, 'Mustela_putorius_furo': nan, 'Nannospalax_galili': nan, 'Nomascus_leucogenys': nan, 'Ochotona_princeps': nan, 'Octodon_degus': nan, 'Odobenus_rosmarus_divergens': nan, 'Orcinus_orca': nan, 'Oryctolagus_cuniculus': nan, 'Otolemur_garnettii': nan, 'Ovis_aries': nan, 'Pan_paniscus': nan, 'Pan_troglodytes': nan, 'Papio_anubis': nan, 'Pongo_abelii': nan, 'Propithecus_coquereli': nan, 'Pteropus_vampyrus': nan, 'Rhinopithecus_roxellana': nan, 'Rousettus_aegyptiacus': nan, 'Saimiri_boliviensis_boliviensis': nan, 'Sorex_araneus': nan, 'Sus_scrofa': nan, 'Trichechus_manatus_latirostris': nan, 'Tupaia_chinensis': nan, 'Tursiops_truncatus': nan}, 'CHRM5': {'Tier': '1', 'Homo_sapiens': 'NM_012125.3', 'Macaca_mulatta': nan, 'Mus_musculus': nan, 'Rattus_norvegicus': nan, 'Ailuropoda_melanoleuca': nan, 'Aotus_nancymaae': nan, 'Bos_taurus': nan, 'Callithrix_jacchus': nan, 'Camelus_dromedarius': nan, 'Canis_lupus_familiaris': nan, 'Capra_hircus': nan, 'Cavia_porcellus': nan, 'Ceratotherium_simum_simum': nan, 'Cercocebus_atys': nan, 'Chinchilla_lanigera': nan, 'Chlorocebus_sabaeus': nan, 'Chrysochloris_asiatica': nan, 'Condylura_cristata': nan, 'Cricetulus_griseus': nan, 'Dasypus_novemcinctus': nan, 'Dipodomys_ordii': nan, 'Echinops_telfairi': nan, 'Elephantulus_edwardii': nan, 'Eptesicus_fuscus': nan, 'Equus_caballus': nan, 'Erinaceus_europaeus': nan, 'Felis_catus': nan, 'Galeopterus_variegatus': nan, 'Gorilla_gorilla_gorilla': nan, 'Heterocephalus_glaber': nan, 'Ictidomys_tridecemlineatus': nan, 'Jaculus_jaculus': nan, 'Loxodonta_africana': nan, 'Macaca_fascicularis': nan, 'Macaca_nemestrina': nan, 'Mandrillus_leucophaeus': nan, 'Manis_javanica': nan, 'Mesocricetus_auratus': nan, 'Microcebus_murinus': nan, 'Microtus_ochrogaster': nan, 'Miniopterus_natalensis': nan, 'Monodelphis_domestica': nan, 'Mustela_putorius_furo': nan, 'Nannospalax_galili': nan, 'Nomascus_leucogenys': nan, 'Ochotona_princeps': nan, 'Octodon_degus': nan, 'Odobenus_rosmarus_divergens': nan, 'Orcinus_orca': nan, 'Oryctolagus_cuniculus': nan, 'Otolemur_garnettii': nan, 'Ovis_aries': nan, 'Pan_paniscus': nan, 'Pan_troglodytes': nan, 'Papio_anubis': nan, 'Pongo_abelii': nan, 'Propithecus_coquereli': nan, 'Pteropus_vampyrus': nan, 'Rhinopithecus_roxellana': nan, 'Rousettus_aegyptiacus': nan, 'Saimiri_boliviensis_boliviensis': nan, 'Sorex_araneus': nan, 'Sus_scrofa': nan, 'Trichechus_manatus_latirostris': nan, 'Tupaia_chinensis': nan, 'Tursiops_truncatus': nan}, 'CNR1': {'Tier': '1', 'Homo_sapiens': 'NM_016083.4', 'Macaca_mulatta': nan, 'Mus_musculus': nan, 'Rattus_norvegicus': nan, 'Ailuropoda_melanoleuca': nan, 'Aotus_nancymaae': nan, 'Bos_taurus': nan, 'Callithrix_jacchus': nan, 'Camelus_dromedarius': nan, 'Canis_lupus_familiaris': nan, 'Capra_hircus': nan, 'Cavia_porcellus': nan, 'Ceratotherium_simum_simum': nan, 'Cercocebus_atys': nan, 'Chinchilla_lanigera': nan, 'Chlorocebus_sabaeus': nan, 'Chrysochloris_asiatica': nan, 'Condylura_cristata': nan, 'Cricetulus_griseus': nan, 'Dasypus_novemcinctus': nan, 'Dipodomys_ordii': nan, 'Echinops_telfairi': nan, 'Elephantulus_edwardii': nan, 'Eptesicus_fuscus': nan, 'Equus_caballus': nan, 'Erinaceus_europaeus': nan, 'Felis_catus': nan, 'Galeopterus_variegatus': nan, 'Gorilla_gorilla_gorilla': nan, 'Heterocephalus_glaber': nan, 'Ictidomys_tridecemlineatus': nan, 'Jaculus_jaculus': nan, 'Loxodonta_africana': nan, 'Macaca_fascicularis': nan, 'Macaca_nemestrina': nan, 'Mandrillus_leucophaeus': nan, 'Manis_javanica': nan, 'Mesocricetus_auratus': nan, 'Microcebus_murinus': nan, 'Microtus_ochrogaster': nan, 'Miniopterus_natalensis': nan, 'Monodelphis_domestica': nan, 'Mustela_putorius_furo': nan, 'Nannospalax_galili': nan, 'Nomascus_leucogenys': nan, 'Ochotona_princeps': nan, 'Octodon_degus': nan, 'Odobenus_rosmarus_divergens': nan, 'Orcinus_orca': nan, 'Oryctolagus_cuniculus': nan, 'Otolemur_garnettii': nan, 'Ovis_aries': nan, 'Pan_paniscus': nan, 'Pan_troglodytes': nan, 'Papio_anubis': nan, 'Pongo_abelii': nan, 'Propithecus_coquereli': nan, 'Pteropus_vampyrus': nan, 'Rhinopithecus_roxellana': nan, 'Rousettus_aegyptiacus': nan, 'Saimiri_boliviensis_boliviensis': nan, 'Sorex_araneus': nan, 'Sus_scrofa': nan, 'Trichechus_manatus_latirostris': nan, 'Tupaia_chinensis': nan, 'Tursiops_truncatus': nan}}
grabear commented 7 years ago

@sdhutchins If you have another file in mind then use:

File = CompGenObjects(project="tester", proj_mana=None, acc_file='different_MAF.csv')