search

davidperezmartorell / forestMap

Map of forests and studies or inventories during the time
0 stars 0 forks source link

errores en txon_clean #89

Closed davidperezmartorell closed 7 months ago

davidperezmartorell commented 7 months ago

Hola, veo que en la lista de especies taxon_clean, cuando busco en GBIF la taxonomia, hay bastantes que da nerror. Los errores comunes son 1) su nombre es nombre spp. 2) el nombre esta mal 3)nombres relacioandos con hongos que tienen un numero

hare esto 1) para los que son spp les pondre les signre reinio, fmilia y demas, toda la info que se pueda, pero buscando el genero en lugar de la especie 2)creo que para los nombres erroneos, erratas, podria modificarlo en la lista tax_cleaned porque son pocos. Te daré a lista de especies con erratas. 3) para los hongos pondré los datos generales de fungi

como escepcion, creo que hay algun NA en la lista de especies, pero no lo he identificado, quizas es solo una liena

davidperezmartorell commented 7 months ago

aqui la lista de taxones erroneos. de los casi 300mil filas, he encontrado certa de 1000 taxones unicos que no se identifican correctamente en GBIF. voy a pasar el proceso suggest a ver que dice. este es el archivo taxon_erroneos.xlsx

davidperezmartorell commented 7 months ago

ojum esto me esta dando muchisimo trabajo. me recuerda al trabajo del taxonclean que hicimos. en fin. lo necesito para poder clasificar las especies de todos los estudios. estas son ls especies que tenian alguna errata. mantngo los 2 nombres pero uso el nuevo nombre para clasificar los datos reinio, fmilia, orden..etc... <html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:x="urn:schemas-microsoft-com:office:excel" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

specie | GBIF_name -- | -- Calophyllum peekellii | Calophyllum peekelii Davalia solida | Davallia solida Davallia denhami | Davallia denhamii Dendrocnide solomonensis | Dendrocnide salomonensis Dennstaedtia scadens | Dennstaedtia scandens Dillenia salomonense | Dillenia salomonensis Dioscorea numularia | Dioscorea nummularia Diplora pinnata | Diplora Endiadra solomonensis | Endiandra solomonensis Euodia salomonensis | Euodia solomonensis Gleichenia solida | Gleichenia Halfordia solomonense | Halfordia Hernandia solomonensis | Hernandia Lygodium circinatum | Lygodium circinnatum Mapania sp | Mapania Microsorium commutatum | Microsorum commutatum Microsorium scolopendria | Microsorium scolopendrium Nephrolepis bisserata | Nephrolepis biserrata Paraserianthes falcata | Paraserianthes Ptychosperma salomonensis | Ptychosperma salomonense Syzygium onesima | Syzygium onesimum Syzygium tierneyana | Syzygium tierneyanum Tounefortia sarmentosa | Tournefortia sarmentosa Anisophylleacorneri | Anisophyllea corneri Fagraeacuspidata | Fagraea cuspidata Gerronema?? | Gerronema Lecythydaceae | Lecythidaceae Macarangagigantea | Macaranga gigantea Macarangatriloba | Macaranga triloba Macarangawinkleri | Macaranga winkleri Melanochylaauriculata | Melanochyla auriculata Neo-uvaria | Annonaceae Per-sea | Persea Popowiapisocarpa | Popowia pisocarpa Praraviniasuberosa | Praravinia suberosa Pternandracoerulescens | Pternandra coerulescens Pternandragaleata | Pternandra galeata Ptychopyxisarborea | Ptychopyxis arborea Saurauiaferox | Saurauia ferox Sindorairpicina | Sindora irpicina Spathiostemonjavensis | Spathiostemon javensis

davidperezmartorell commented 7 months ago

ya he encontrado muchas de las especies y las he rellenado en taxon. sea por lookup o suggest. las que no he podido encontrar, ls he denominado como other y podemos hacer un chequeo cuando queramos. en cuanto pueda, subiré el codigo y el archivo taxon_clean donde he agregado todos los datos de kingdom, phyli, class, etc.. inclyso un campo acerca si es gimnosperma (que tngo que revisar)

davidperezmartorell commented 7 months ago

creo otro issue donde ire mostrando paso a paso los datos