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ddbj / ddbj_validator

DDBJ Validation Rule/Validator/Module/API server
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XMLや属性がない箇所に対してAuto-annotationが効かない #43

Closed okbp closed 6 years ago

okbp commented 6 years ago

以下のようなtaxonomy_id属性であれば、taxonomy_idがAuto-annotationできる場合には値が差し込まれるが、

前: <Organism taxonomy_id="">
後: <Organism taxonomy_id="1314">

taxonomy_id属性そのものがなければ、taxonomy_idがAuto-annotationされないXMLが返される。

前: <Organism taxonomy_id="">
後: <Organism taxonomy_id="">

XPathで該当の要素or属性を検索して差し込むコードにしているが、ない場合には要素、属性を追記する必要がある。
もしD-way,SSM側でauto-annotationの値をjsonからではなく、XMLの差分から得ている場合には影響がでる。

okbp commented 6 years ago

D-way,SSM側ではauto-annotationの値をXMLの差分から得ているため影響があり、修正 3c03b93

okbp commented 6 years ago

auto-annotationは基本的に入力のある値を訂正するもので、元々記述のないものをXMLに足す動きはtaxonomy_id属性のみ。 属性ではなく要素(Organism等)を追加する場合には、要素を追加する位置をXSDから求めないといけないが(単純追加はxs:sequenceに違反する可能性がある)、ケースがないため対応していない。

okbp commented 6 years ago

ステージング環境にデプロイ済み

okbp commented 6 years ago

c55e765 masterマージして4/3にリリース済み