MIUVIG 追加に伴う CV チェックの追加

komstat commented 4 years ago

BS_R0002 Invalid Attribute value for controlled terms
MIUVIG で新たに追加する属性で CV チェックを追加する。

source_uvig
["", "metagenome (not viral targeted)", "viral fraction metagenome (virome)", "sequence-targeted metagenome", "metatranscriptome (not viral targeted)", "viral fraction RNA metagenome (RNA virome)", "sequence-targeted RNA metagenome", "microbial single amplified genome (SAG)", "viral single amplified genome (vSAG)", "isolate microbial genome"]

virus_enrich_appr
["", "filtration", "ultrafiltration", "centrifugation", "ultracentrifugation", "PEG Precipitation", "FeCl Precipitation", "CsCl density gradient", "DNAse", "RNAse", "targeted sequence capture"]

参考: NCBI BioSample attributes
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/docs/attributes/

okbp commented 4 years ago

@komstat source_uvigでは (not viral targeted), (virome), (not viral targeted), (RNA virome), (SAG),(vSAG) と補足と思しきワードがCVに含まれていますが、これは除去すれば良いでしょうか？パッケージ毎にCVを変えるような厳密なチェックをする場合は別途ルール化する必要があります。

komstat commented 4 years ago

MIxS のオリジナル定義表 https://ddbj-dev.atlassian.net/wiki/spaces/OV/pages/74514551/MIxS+v5+package と実際のサンプル https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/14968443 を確認したのですが、() も含めて値とするようです。ですので () は除去せずそのまま CV term として扱ってください

okbp commented 4 years ago

ありがとうございます。了解しました。

ddbj / ddbj_validator

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