reproduce data - Githubissues

dzwdzw233 commented 1 year ago

Could you please tell me how Alzheimer's disease GWAS data file ieu-b-2.vcf.gz results in maf and beta, or can I get these reproduced input data?

dengchunyu commented 1 year ago

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beta可以手动计算，在基因组关联研究（GWAS）的概要数据中，通常给出了每个基因座（SNP）的效应大小（Effect Size，ES）和标准误差（Standard Error，SE）。要计算出每个基因座的β值，可以使用以下公式：

β = ES / SE 其中，β表示基因座的效应大小。另外，其实效应大小（Effect Size，ES）来也可以用来表示基因座对目标性状的影响程度。因此，这里直接用ES进行计算也是可以的，但是我们的软件要求输入beta,因此，这里可以转换一下，或者直接变一下名字就可以。对于MAF数据，我们在计算时如果gwas概要数据中有maf会输入，如果没有maf，就会统一赋值为0.1进行计算，因为maf在我们的软件中不参加任何计算方法，只进行筛选过滤，过滤也是考虑到snp数量太大对运算不友好，这不是一个很重要的参数。对于我们方法中用到的数据，因为之前没有一个合适的数据库存储这些中间数据，我会将数据从服务器下载下来上传到谷歌云中，一旦上传成功就会把链接分享给你，请等待一下。

                ***@***.***

---- Replied Message ----

     From 

        ***@***.***>

     Date 

    5/17/2023 16:21

     To 

        ***@***.***>

     Cc 

        ***@***.***>

     Subject 

          [dengchunyu/scPagwas_reproduce] reproduce data (Issue #1)

Could you please tell me how Alzheimer's disease GWAS data file ieu-b-2.vcf.gz results in maf and beta, or can I get these reproduced input data?

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dzwdzw233 commented 1 year ago

非常感谢您

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "dengchunyu/scPagwas_reproduce" @.>; 发送时间: 2023年5月23日(星期二) 上午10:01 @.>; @.**@.>; 主题: Re: [dengchunyu/scPagwas_reproduce] reproduce data (Issue #1)

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 beta可以手动计算，在基因组关联研究（GWAS）的概要数据中，通常给出了每个基因座（SNP）的效应大小（Effect Size，ES）和标准误差（Standard Error，SE）。要计算出每个基因座的β值，可以使用以下公式：

β = ES / SE 其中，β表示基因座的效应大小。另外，其实效应大小（Effect Size，ES）来也可以用来表示基因座对目标性状的影响程度。因此，这里直接用ES进行计算也是可以的，但是我们的软件要求输入beta,因此，这里可以转换一下，或者直接变一下名字就可以。对于MAF数据，我们在计算时如果gwas概要数据中有maf会输入，如果没有maf，就会统一赋值为0.1进行计算，因为maf在我们的软件中不参加任何计算方法，只进行筛选过滤，过滤也是考虑到snp数量太大对运算不友好，这不是一个很重要的参数。对于我们方法中用到的数据，因为之前没有一个合适的数据库存储这些中间数据，我会将数据从服务器下载下来上传到谷歌云中，一旦上传成功就会把链接分享给你，请等待一下。

                 ***@***.***

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      From 

         ***@***.***&gt;

      Date 

     5/17/2023 16:21

      To 

         ***@***.***&gt;

      Cc 

         ***@***.***&gt;

      Subject 

           [dengchunyu/scPagwas_reproduce] reproduce data (Issue #1)

Could you please tell me how Alzheimer's disease GWAS data file ieu-b-2.vcf.gz results in maf and beta, or can I get these reproduced input data?

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dengchunyu commented 11 months ago

https://drive.google.com/drive/folders/1z7uQtzjnieJhYLhLmgmIz2jk6a6hes4l?usp=drive_link

xing9133 commented 11 months ago

https://drive.google.com/drive/folders/1z7uQtzjnieJhYLhLmgmIz2jk6a6hes4l?usp=drive_link

需要权限

dengchunyu commented 11 months ago

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    padding-left: 20px;
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    OK，重新试一试，另外，新冠数据太大了放不进去，需要的话可以去原文章下载

                ***@***.***

---- Replied Message ----

     From 

        ***@***.***>

     Date 

    8/31/2023 17:56

     To 

        ***@***.***>

     Cc 

        Chunyu ***@***.***>
        ,

        ***@***.***>

     Subject 

          Re: [dengchunyu/scPagwas_reproduce] reproduce data (Issue #1)

https://drive.google.com/drive/folders/1z7uQtzjnieJhYLhLmgmIz2jk6a6hes4l?usp=drive_link

需要权限

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JiaruiMi commented 7 months ago

邓博，您好。

感谢开发这个非常有用的工具！对我们后续功能基因的筛选和成体表型验证提供了有利的工具。

目前我正在重复您的Vignette的每一个步骤，其中在这个链接中： https://dengchunyu.github.io/dataprepare/2023/05/30/Pruning-Process-for-GWAS-Summary-Statistics-File-in-scPagwas.html "./monocytecount.gz" 和 "./tempfile/AD_EUR_LD0.8.prune"这两个文件您是否可以提供？

另外在下方页面中： https://dengchunyu.github.io/routineuse/2023/05/30/Conventional-result-and-visualization-Instructions-with-Real-World-Examples.html 提到的原始数据链接暂时也打不开。

是否方便将上述提到的数据以百度云盘的形式共享

再次感谢！

JiaruiMi commented 7 months ago

另外，邓博，前面提到的google链接（https://drive.google.com/drive/folders/1z7uQtzjnieJhYLhLmgmIz2jk6a6hes4l?usp=drive_link）也是空文件夹，是否可以更新，再次感谢！

dengchunyu / scPagwas_reproduce

reproduce data #1