Get Pathways'rankPvalue for each celltypes!
[1] "Basophils"
Error in stats::smooth.spline(lambda, pi0, df = smooth.df) :
missing or infinite values in inputs are not allowed
我输入的单细胞数据是经过downsampling的仅仅包括2998个细胞的数据集
An object of class Seurat
28871 features across 2998 samples within 1 assay
Active assay: RNA (28871 features, 0 variable features)
1 dimensional reduction calculated: umap
gwas数据是经过prune后的，仅包含7500个随机选取的LD后的snp
在先前的测试过程中发现当选取的单细胞数据集比较大的时候（原始数据为16w个细胞），是不会出现这个报错的，但是在使用wrapper时，在第6、8、9、10步运行速度非常慢，到最后一步的时候会弹出报错，error in transmission，所以downsampling也是不得已而为之。所以在选择单细胞数据集大小和prune后的snp数量上，有没有特别的要求。感谢！
邓博，您好，
在按照步骤分步运行到第8步的时候，出现如下报错：
我输入的单细胞数据是经过downsampling的仅仅包括2998个细胞的数据集 An object of class Seurat 28871 features across 2998 samples within 1 assay Active assay: RNA (28871 features, 0 variable features) 1 dimensional reduction calculated: umap
gwas数据是经过prune后的，仅包含7500个随机选取的LD后的snp
在先前的测试过程中发现当选取的单细胞数据集比较大的时候（原始数据为16w个细胞），是不会出现这个报错的，但是在使用wrapper时，在第6、8、9、10步运行速度非常慢，到最后一步的时候会弹出报错，error in transmission，所以downsampling也是不得已而为之。所以在选择单细胞数据集大小和prune后的snp数量上，有没有特别的要求。感谢！