dengchunyu / scPagwas_reproduce

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关于Analysis/Simulated_groundtruth_compare_analysis.md代码的问题 #5

Open Chonghui-Liu opened 5 months ago

Chonghui-Liu commented 5 months ago

邓老师您好: 看了您的文章收获颇多,准备学习您的代码并引用您的文章。我在复现代码Simulated_groundtruth_compare_analysis.md时,发现代码定义了Mono,dc,B,NK, tcell几个变量。我好奇的是为什么定义Mono变量时,变量中包括元素"X9JD4_mDC","G4YW_mDC",这两列在原数据中不应该是DC细胞吗,为什么归到了Mono细胞中呢?同样,定义dc变量时也出现了"G4YW_I_mono", "G4YW_NC_mono";定义tcell时出现了"G4YW_B_naive","G4YW_B_NSM"。我想知道这是有什么特殊的原因吗?还是说是笔误造成的。

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dengchunyu commented 5 months ago

monocyte细胞和dc细胞比较相似,但是和淋巴细胞有巨大差异,这么做的原因是为了增加在AUC分析时单细胞数据的复杂度,人为的将阳性细胞和阴性之间的差距缩小,不这样做的话AUC结果都是1,不符合复杂的生物学情况。另外G4YW_B_naive","G4YW_B_NSM是T细胞,不是B细胞,你的图片里显示我没写错,就算写错了也没关系,都是阴性细胞不影响最后的结果