search

dengchunyu / scPagwas_reproduce

reproduce scPagwas code
4 stars 1 forks source link

关于scPagwas文章图3E和图4A的区别 #6

Open Chonghui-Liu opened 2 months ago

Chonghui-Liu commented 2 months ago

deng老师您好： 我在阅读您的文章Polygenic regressionuncoverstrait-relevant cellular contexts through pathway activation transformation of single-cell RNA sequencing data时，发现图3E和图4A是同一套 BMMC scRNA-seq 数据。然而，图3E显示的是10,000个细胞，而图4A的描述是 35,582个细胞。我想问一下这是什么原因？是否图3E的数据是图4A的数据的一个子集呢？我在文章中没有看到，万望收到您的回复。

刘崇辉 东北林业大学

dengchunyu commented 2 months ago

图4是完整的单细胞数据，图3E是为了构建一个阳性阴性细胞比例呈一比一的benchmark数据集，随机抽取的5000个单核细胞，5000个其他细胞构建的。

Chonghui Liu @.***> 于2024年4月25日周四 10:23写道：

deng老师您好： 我在阅读您的文章Polygenic regressionuncoverstrait-relevant cellular contexts through pathway activation transformation of single-cell RNA sequencing data时，发现图3E和图4A是同一套 BMMC scRNA-seq 数据。然而，图3E显示的是10,000个细胞，而图4A的描述是 35,582个细胞。我想问一下这是什么原因？是否图3E的数据是图4A的数据的一个子集呢？我在文章中没有看到，万望收到您的回复。

刘崇辉 东北林业大学

— Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/dengchunyu/scPagwas_reproduce/issues/6, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AILWCUCCNS3EIDHJZQ65EG3Y7BSKVAVCNFSM6AAAAABGX7RSJGVHI2DSMVQWIX3LMV43ASLTON2WKOZSGI3DENJQGM3TINQ . You are receiving this because you are subscribed to this thread.Message ID: @.***>

Chonghui-Liu commented 2 months ago

非常感谢师姐的回复。我最近在学习和复现师姐的scPagwas_reproduce项目代码，打算做一个类似的方法并引用scPagwas方法作为对比，可能问题比较多，得多麻烦师姐指教。昨天还遇到了一个问题关于Simulated_groundtruth_compare_analysis.md这部分模拟数据生成部分，具体问题在https://github.com/dengchunyu/scPagwas_reproduce/issues/5