Open Chonghui-Liu opened 3 months ago
师姐好，我又遇到了一个问题。我最近复现到blood traits snp pruning这个脚本的部分，需要对输入的GWAS数据中的snp进行pruning，我看文章中写的是利用千人基因组计划中的数据进行连锁不平衡分析，但是没有详细介绍。由于我之前对GWAS研究不太了解，关于脚本中的这个数据 /share/pub/mayl/ABC_model/ldsc/data_ldsc/02_partitioned_LD_score_estimation/1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.$i我在github中并没有找到，我猜测是处理的1000Genome的数据，请问师姐能否发给我这个数据制作的脚本，如不方便的话能否请师姐赐教我在我的研究中应该如何用最简单的方式制作出这个数据来对输入的GWAS summary statistic数据进行pruning
师姐好，我又遇到了一个问题。我最近复现到blood traits snp pruning这个脚本的部分，需要对输入的GWAS数据中的snp进行pruning，我看文章中写的是利用千人基因组计划中的数据进行连锁不平衡分析，但是没有详细介绍。由于我之前对GWAS研究不太了解，关于脚本中的这个数据 /share/pub/mayl/ABC_model/ldsc/data_ldsc/02_partitioned_LD_score_estimation/1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.$i我在github中并没有找到，我猜测是处理的1000Genome的数据，请问师姐能否发给我这个数据制作的脚本，如不方便的话能否请师姐赐教我在我的研究中应该如何用最简单的方式制作出这个数据来对输入的GWAS summary statistic数据进行pruning