Open Chonghui-Liu opened 2 months ago
师姐您好，我在学习你的代码时有一个疑问，你的论文中说的在进行LD分析之前去掉 MHC(Chr6: 25–35 Mbp)的SNP。然而，我在学习sc-agwas包的GWAS_summary_input.R函数的时候，发现你的代码的处理方式是保留MHC区域的SNP并删掉6号染色体除MHC区域以外的SNP，我不知道这么处理的原因或者是不是笔误导致的？GWAS_summary_input.R中的代码为： if (MHC_filter) { gwas_data_6 <- gwas_data %>% dplyr::filter(chrom %in% "chr6") %>% dplyr::filter(pos > 25000000 & pos < 34000000)
gwas_data <- gwas_data[!(gwas_data$chrom %in% "chr6"), ] gwas_data <- merge(gwas_data, gwas_data_6, all = TRUE) rm(gwas_data_6)
}
师姐您好，我在学习你的代码时有一个疑问，你的论文中说的在进行LD分析之前去掉 MHC(Chr6: 25–35 Mbp)的SNP。然而，我在学习sc-agwas包的GWAS_summary_input.R函数的时候，发现你的代码的处理方式是保留MHC区域的SNP并删掉6号染色体除MHC区域以外的SNP，我不知道这么处理的原因或者是不是笔误导致的？GWAS_summary_input.R中的代码为： if (MHC_filter) { gwas_data_6 <- gwas_data %>% dplyr::filter(chrom %in% "chr6") %>% dplyr::filter(pos > 25000000 & pos < 34000000)
}