Разделить окно настроек, на окно инструментов, и окно дерева. Потом в окно инструментов можно добавлять столько кнопок и виджетов сколько нужно, и по разному их группировать.
Полоса инструментов:
Можно разместить у любой границы экрана, даже вертикально. Можно добавить кнопку чтобы сворачивать полосу до одной кнопки. А если какому-нибудь инструменту нужны свои настройки, то он может открыть себе своё собственное окно, со всеми нужными элементами управления
Под это дело надо будет добавить сохранение позиций окон, при закрытии электроника