[training set simu] Freeze with complex scenarii (in particular merge to ghost pop)

[gdurif]

J’ai fait différents tests avec des données microsats, notamment d’analyses réelles pour lesquelles j’avais des résultats, afin de pouvoir faire des comparaisons : je n’ai globalement pas vu de problèmes, à part ceux évoqués précédemment.

En revanche, j’ai rencontré un problème quand je suis passé à une analyse un peu plus complexe. Toujours sur un dataset microsat (ci-joint) contenant 7 pops, le programme s’est figé lorsque j’ai essayé le scénario suivant (à noter que ce scénario fonctionne très bien avec les derniers programmes sous linux) :

N1 NKo NKa NJ12 N2 N3 N4 Na
0 sample 1
0 sample 2
0 sample 3
0 sample 4
0 sample 5
0 sample 6
0 sample 7
tJ12-DBJ12 varNe 4 NJ12B
tJ12 VarNe 4 NgJ12
tgJ12 merge 8 4
tKa-DBKa varNe 3 NKaB
tKa VarNe 3 NgKa
tgKa merge 8 3
tKo-DBKo varNe 2 NKoB
tKo VarNe 2 NgKo
tgKo merge 8 2
t1 merge 8 1
t2 merge 8 5
t3 merge 8 6
t4 merge 8 7
ta VarNe 8 Naold

Edit1: no problem with R package on Linux, c.f. 86c39c2 Edit2: but simulations failed (because need of conditions over time parameters)

C’est un scénario qui utilise notamment une population fantôme (la pop 8) de manière assez récurrente. J’ai fait différents tests, et j’ai l’impression que c’est le fait de faire des merge avec cette pop fantôme plusieurs fois qui pose problème. Si je ne fait qu'un seul merge, ça fonctionne. Par exemple :

N1 NKo NKa NJ12 N2 N3 N4 Na
0 sample 1
0 sample 2
0 sample 3
0 sample 4
0 sample 5
0 sample 6
0 sample 7
tJ12-DBJ12 varNe 4 NJ12B
tJ12 merge 3 4
tKa-DBKa varNe 3 NKaB
tKa merge 2 3
tKo-DBKo varNe 2 NKoB
tKo merge 1 2
t1 merge 5 1
t2 merge 6 5
t3 merge 7 6
t4 merge 8 7
ta VarNe 8 Naold

Il suffit que je merge une seconde pop dans la pop 8 pour que ça plante.

Voilà, that’s all.

Je vais essayer de creuser d’autres aspects, notamment en travaillant avec des datasets Microsat/Séquences et Séquences seules. Ensuite, je ferai des essais sur SNP. Mais ça sera sans doute à la rentrée.

[gdurif]

More simple scenario leading to a freeze:

N1 N2 N3 Nbc3
0 sample 1
50 sample 2
0 sample 3
t3-DB3 VarNe 3 NF3
t3 merge 4 3
t3lb merge 1 4
t2 merge 1 2

Edit: no problem with R package on Linux, c.f. aa1a375