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dkaschek / dMod

Dynamic modeling and parameter estimation in R
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plotCombined(), plotData(), plotPrediction() #35

Closed dkaschek closed 6 years ago

dkaschek commented 6 years ago

When conditions are numeric values or can interpreted as such, the plot functions do not work any more. The problem seems to have appeared with the introduction of dplyr in the plot functions.

dlill commented 6 years ago

Liegt wahrscheinlich an dieser Zeile in wide2long.list:

numconditions <- suppressWarnings(as.numeric(conditions))

Was ist der Vorteil, wenn Conditions as.numeric gemacht werden?

dkaschek commented 6 years ago

Der ursprüngliche Grund, warum ich das mal eingefügt habe, hat sich glaube ich erübrigt. Bei meinen conditions ist es so, dass sie sich aus den Daten aus einer ID-Spalte ergeben und deshalb numerisch sind. Letzte Woche konnte ich damit noch ganz normal plotten. Heute nicht mehr.

dlill commented 6 years ago

Dann werde ich morgen versuchen, es in wide2long zu beheben. Meine Idee war, an die wide2long data.frames von data und prediction noch das condition.grid dranzuheften, damit man a) auch über kovariaten filtern kann und b) auch auf diese direkt zugreifen kann, indem man neue aesthetics definieren kann über aesthetics.

dlill commented 6 years ago

Habe jetzt wide2long geändert, jetzt geht das Plotten wieder. Falls du ein nichttriviales condition.grid hast, probier mal im plotCombined das Argument aesthetics = list(linetype = "covname") aus, oder für die Punkte covname == covvalue.

dkaschek commented 6 years ago

plotCombined() funktioniert immer noch nicht. Anscheinend wird ymin = value - sigma und ymax = value + sigma nicht korrekt nach unten weitergegeben. Jedenfalls beschwert sich geom_errbar(), dass er ymin und ymax nicht hat.

Wenn ich die Zeile durch geom_errbar(aes(ymin = value - sigma, ymax = value + sigma), data = data, width = 0) ersetze, funktioniert es. So war es aber nicht gedacht, nehme ich an.

Ich habe keine Ahnung von rlang. Kannst du checken, woran das liegt?