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Multimodal deep model for drug-target binding affinity with hybrid fusion strategy
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代码无法跑通疑问 #2

Open xiha-haxi opened 1 year ago

xiha-haxi commented 1 year ago

您好！ 在跑test_pretrain.py文件时报错：FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'data/distance_matrix/3ao4.npz' 运行create_target_distance_matrix.py时没有文件：FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'data/target_pdb/1a30.pdb' 在create_drug_graph.py中存在train_id = pd.read_csv('data/train_data.csv')['PDBID'].to_numpy().tolist()，但没有找到该csv文件 我想认真阅读您的代码，是否可以帮忙解决我的疑惑呢？对此我不胜感激！

dldxzx commented 1 year ago

由于distance_matrix太大，无法上传至github，你可以利用我们的代码生成，也可以前往百度网盘下载：链接：https://pan.baidu.com/s/18s-p-dx0YhA_5tG32dok2A 提取码：9zgg

Xin Zeng Associate Professor College of Mathematics and Computer Science, Dali University, Dali, China Machine learning, Data mining

发件人： xiha-haxi 发送时间： 2023-09-14 11:06 收件人： dldxzx/MMDTA 抄送： Subscribed 主题： [dldxzx/MMDTA] 代码无法跑通疑问 (Issue #2) 您好！ 在跑test_pretrain.py文件时报错：FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'data/distance_matrix/3ao4.npz' 运行create_target_distance_matrix.py时没有文件：FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'data/target_pdb/1a30.pdb' 在create_drug_graph.py中存在train_id = pd.read_csv('data/train_data.csv')['PDBID'].to_numpy().tolist()，但没有找到该csv文件 我想认真阅读您的代码，是否可以帮忙解决我的疑惑呢？对此我不胜感激！ — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you are subscribed to this thread.Message ID: @.***>

xiha-haxi commented 1 year ago

非常感谢您的回复和所给出的解决方案！

dldxzx commented 5 months ago

链接：https://pan.baidu.com/s/1UJz1mSW5dZmPNAxWPd8yxA 提取码：u6u5

抱歉，这是新链接。

Xin Zeng Associate Professor College of Mathematics and Computer Science, Dali University, Dali, China Machine learning, Data mining

发件人： nitudou 发送时间： 2024-03-22 22:56 收件人： dldxzx/MMDTA 抄送： Xin Zeng; Comment 主题： Re: [dldxzx/MMDTA] 代码无法跑通疑问 (Issue #2) 由于distance_matrix太大，无法上传至github，你可以利用我们的代码生成，也可以前往百度网盘下载：链接：https://pan.baidu.com/s/18s-p-dx0YhA_5tG32dok2A 提取码：9zgg Xin Zeng Associate Professor College of Mathematics and Computer Science, Dali University, Dali, China Machine learning, Data mining 发件人： xiha-haxi 发送时间： 2023-09-14 11:06 收件人： dldxzx/MMDTA 抄送： Subscribed 主题： [dldxzx/MMDTA] 代码无法跑通疑问 (Issue #2) 您好！ 在跑test_pretrain.py文件时报错：FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'data/distance_matrix/3ao4.npz' 运行create_target_distance_matrix.py时没有文件：FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'data/target_pdb/1a30.pdb' 在create_drug_graph.py中存在train_id = pd.read_csv('data/train_data.csv')['PDBID'].to_numpy().tolist()，但没有找到该csv文件 我想认真阅读您的代码，是否可以帮忙解决我的疑惑呢？对此我不胜感激！ — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you are subscribed to this thread.Message ID: @.> 作者您好！ 能否再重新发一下链接呢，我这里看到链接实效了。十分感谢！ — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: @.>

paperssss429 commented 1 month ago

您好！ 在跑test_pretrain.py文件时报错：FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'data/distance_matrix/3ao4.npz' 运行create_target_distance_matrix.py时没有文件：FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'data/target_pdb/1a30.pdb' 在create_drug_graph.py中存在train_id = pd.read_csv('data/train_data.csv')['PDBID'].to_numpy().tolist()，但没有找到该csv文件 我想认真阅读您的代码，是否可以帮忙解决我的疑惑呢？对此我不胜感激！

请问您跑通training.py文件了吗？我下载了作者提供的百度云盘上的数据集，但还是无法跑通。主要是缺少drug.sdf的数据，无法生成processed/train_data.pt

dldxzx commented 1 month ago

@.***）。我的代码很多同行都已经重现过。

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发件人： Mr Wang 发送时间： 2024-07-23 16:07 收件人： dldxzx/MMDTA 抄送： Xin Zeng; Comment 主题： Re: [dldxzx/MMDTA] 代码无法跑通疑问 (Issue #2) 您好！ 在跑test_pretrain.py文件时报错：FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'data/distance_matrix/3ao4.npz' 运行create_target_distance_matrix.py时没有文件：FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'data/target_pdb/1a30.pdb' 在create_drug_graph.py中存在train_id = pd.read_csv('data/train_data.csv')['PDBID'].to_numpy().tolist()，但没有找到该csv文件 我想认真阅读您的代码，是否可以帮忙解决我的疑惑呢？对此我不胜感激！ 请问您跑通training.py文件了吗？我下载了作者提供的百度云盘上的数据集，但还是无法跑通。主要是缺少drug.sdf的数据，无法生成processed/train_data.pt — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: @.***>

paperssss429 commented 1 month ago

代码没有问题，主要是缺少相关数据。 恳请您提供一下train_data.pt（或者完整的drug.sdf），后续我们团队也将引用您的文章。谢谢！

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: Xin Zeng @.> 发送时间: 2024年7月23日 21:52 收件人: dldxzx/MMDTA @.> 抄送: Mr Wang @.>, Comment @.> 主题: Re: [dldxzx/MMDTA] 代码无法跑通疑问 (Issue #2)

@.***）。我的代码很多同行都已经重现过。

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发件人： Mr Wang 发送时间： 2024-07-23 16:07 收件人： dldxzx/MMDTA 抄送： Xin Zeng; Comment 主题： Re: [dldxzx/MMDTA] 代码无法跑通疑问 (Issue #2) 您好！ 在跑test_pretrain.py文件时报错：FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'data/distance_matrix/3ao4.npz' 运行create_target_distance_matrix.py时没有文件：FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'data/target_pdb/1a30.pdb' 在create_drug_graph.py中存在train_id = pd.read_csv('data/train_data.csv')['PDBID'].to_numpy().tolist()，但没有找到该csv文件 我想认真阅读您的代码，是否可以帮忙解决我的疑惑呢？对此我不胜感激！ 请问您跑通training.py文件了吗？我下载了作者提供的百度云盘上的数据集，但还是无法跑通。主要是缺少drug.sdf的数据，无法生成processed/train_data.pt — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: @.***>

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dldxzx commented 1 month ago

数据集除了我们提供的，剩余的全部来自PDBbind数据库，可以直接去下载。

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发件人： Mr Wang 发送时间： 2024-07-24 16:53 收件人： dldxzx/MMDTA 抄送： Xin Zeng; Comment 主题： Re: [dldxzx/MMDTA] 代码无法跑通疑问 (Issue #2) 代码没有问题，主要是缺少相关数据。 恳请您提供一下train_data.pt（或者完整的drug.sdf），后续我们团队也将引用您的文章。谢谢！

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: Xin Zeng @.> 发送时间: 2024年7月23日 21:52 收件人: dldxzx/MMDTA @.> 抄送: Mr Wang @.>, Comment @.> 主题: Re: [dldxzx/MMDTA] 代码无法跑通疑问 (Issue #2)

@.***）。我的代码很多同行都已经重现过。

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发件人： Mr Wang 发送时间： 2024-07-23 16:07 收件人： dldxzx/MMDTA 抄送： Xin Zeng; Comment 主题： Re: [dldxzx/MMDTA] 代码无法跑通疑问 (Issue #2) 您好！ 在跑test_pretrain.py文件时报错：FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'data/distance_matrix/3ao4.npz' 运行create_target_distance_matrix.py时没有文件：FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'data/target_pdb/1a30.pdb' 在create_drug_graph.py中存在train_id = pd.read_csv('data/train_data.csv')['PDBID'].to_numpy().tolist()，但没有找到该csv文件 我想认真阅读您的代码，是否可以帮忙解决我的疑惑呢？对此我不胜感激！ 请问您跑通training.py文件了吗？我下载了作者提供的百度云盘上的数据集，但还是无法跑通。主要是缺少drug.sdf的数据，无法生成processed/train_data.pt — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: @.***>

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