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dongzhang0725 / PhyloSuite

PhyloSuite is an integrated and scalable desktop platform for streamlined molecular sequence data management and evolutionary phylogenetics studies
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MACSE优化比对结果时进度条卡在23% #94

Open tubarl opened 1 month ago

tubarl commented 1 month ago

张老师您好，我在PhyloSuite中使用以下的accession number收集了这12种企鹅线粒体上的13个cds，并且使用MAFFT进行了多序列比对。但是似乎每一个基因的mafft比对文件在进行MACSE比对优化时进度条都会卡在23% 这是运行时生成的日志文件log.txt

NC_036297.1 NC_037702.1 NC_021137.1 NC_036337.1 NC_045377.1 NC_021474.1 NC_054275.1 NC_027938.1 NC_036264.1 NC_022817.1 NC_008138.1 NC_004538.1

tubarl commented 1 month ago

编辑：已经懂了，原来提取基因是在custom选择里，我一直以为在Single gene栏那里 应该是序列的问题，所以我有一个新的疑问，我尝试使用PhyloSuite获取以上id的ATP6基因，获取的序列完全就是线粒体基因组与我使用biopython获取到的ATP6基因序列完全不同 QQ截图20240524013341 该图上面是PhyloSuite获取得到的，下图是我通过biopython得到的，与ncbi上的相比下图是正确的 QQ截图20240524013234 该图是我尝试获得ATP6基因时选择的参数，只修改了extract sequence栏，下面一栏为初始设置

dongzhang0725 commented 1 month ago

不是卡，是正在运行，这软件本来就是很慢，等着就行

kikuki @.***> 于2024年5月24日周五 00:37写道：

张老师您好，我在PhyloSuite中使用以下的accession number收集了这12种企鹅线粒体上的13个cds，并且使用MAFFT进行了多序列比对。但是似乎每一个基因的mafft比对文件在进行MACSE比对优化时进度条都会卡在23% 这是运行时生成的日志文件log.txt https://github.com/dongzhang0725/PhyloSuite/files/15419850/log.txt

NC_036297.1 NC_037702.1 NC_021137.1 NC_036337.1 NC_045377.1 NC_021474.1 NC_054275.1 NC_027938.1 NC_036264.1 NC_022817.1 NC_008138.1 NC_004538.1

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