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duolinwang / MusiteDeep

MusiteDeep provides a deep-learning method for general and kinase-specific phosphorylation site prediction. It is implemented by deep learning library Keras and Theano backend (the Keras2.0 and Tensorflow backend implementation were also provided under folder MusiteDeep_Keras2.0). At present, MusiteDeep only provides prediction of human phosphorylation sites; however, it also provides customized model training that enables users to train other PTM prediction models by using their own training data sets based on either CPU or GPU.
GNU General Public License v2.0
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关于MuSiteDeep使用的问题 #1

Open yangyangclover opened 6 years ago

yangyangclover commented 6 years ago

你好，我是华中科技大学同济医学院的博士生，我在bioinformatics上看到您发表的这篇文献，想用您的方法进行磷酸化位点的预测，但是我在使用的过程中遇到了一些问题，想向你请教，我是一名医学生，计算机基础比较差，问题比较幼稚请见谅：我用的是Ubuntu，在按照说明进行操作后，出现了importerroe：no mudule named tensorflow，我pip install tensorflow后再运行，出现module object has no attribute ‘python’。我不知道下一步该怎么做，希望得到您的帮助。

我的微信 15271800795 我的QQ 270441776

非常抱歉打扰您~~谢谢

wyim-pgl commented 6 years ago

Same here

duolinwang commented 6 years ago

你好，

我刚看到你这里的留言，我记得我在邮件里回答了有人提出的类似的问题，不知道是不是你的问题。之前的实现里只接受theano的后端，需要根据readme一步一步安装，我们已经测试过是可以正常运行的。由于theano比较慢，我们后面增加了tensorflow，及keras2.0的版本，在同一个文件夹下的MusiteDeep_keras2.0。如果你们想用自己的数据训练并测试，建议使用这个版本，因为比theano的版本快一些，并且是最新的keras。如果你们只是预测，并且用我们训练好的model预测，那只能用原来的版本，按照原来的步骤安装 theano及keras的较低的版本，因为我们还没有在新的版本上训练出model。