Models.isomorphic fails on isomorphic models

[atomcat1978]

Current Behavior

The JSON-LD representations in the Steps To Reproduce section contain 2 isomorphic models. However, Models.isIsomorfic returns false.

Expected Behavior

Models.isomorphic should return true.

Steps To Reproduce

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            var model1 = new LinkedHashModel();
            var model2 = new LinkedHashModel();
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M Coetzees oppfølger til bøkene \\\"Barndom\\\" (2002) og \\\"Ungdom\\\" (2003). Biografen tar et oppgjør med denne store mannlige narsissisten, ved å intervjue flere kvinner som har stått ham nær. J.M. Coetzee er født i Sør-Afrika i 1940 og har de seneste årene undervist i litteratur ved universitetet i Cape Town. Han er nå bosatt i Australia. En rekke av hans romaner er utgitt på norsk. Han har vunnet flere høythengende priser, blant annet to ganger Booker-prisen og i 2003 Nobelprisen i litteratur.\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#isRelatedTo\" : [ {    \"@id\" : \"_:node1frhft7hex43\"  }, {    \"@id\" : \"_:node1frhft7hex48\"  }, {    \"@id\" : \"_:node1frhft7hex52\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#language\" : [ {    \"@id\" : \"http://lexvo.org/id/iso639-3/eng\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#subject\" : [ {    \"@id\" : \"_:node1frhft7hex37\"  } ]}, {  \"@id\" : \"_:node1frhft7hex34\",  \"@type\" : [ \"http://data.deichman.no/ontology#Person\" ],  \"http://data.deichman.no/ontology#bibsysId\" : [ {    \"@value\" : \"90114178\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#birthYear\" : [ {    \"@value\" : \"1940\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#catalogueName\" : [ {    \"@value\" : \"Coetzee, John M.\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#name\" : [ {    \"@value\" : \"John M. 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Biswalo and Aud Talle. Scandinavian University Press, 1995. 243 s. ISBN 82-00-22698-0 Blant de afrikanske land er det Tanzania som har rapportert flest tilfeller av AIDS til WHO. Siden 1989 har det tanzaniansk-norske AIDS-prosjektet kartlagt HIV-og AIDS-epidemien i nord-Tanzania og funnet kulturelle, sosiologiske og psykologiske faktorer som påvirker epedemiens utvikling, samt utviklet og evaluert forebyggende planer. Denne boka fokuserer på unge mennesker, siden disse er særlig utsatt for smitterisiko. Den har en multi- faglig tilnærming til løsing av problemene. Den vil være nyttig for alle somdriver med AIDS-forskning, behandling og U-hjelpsarbeid generelt.\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#mainTitle\" : [ {    \"@value\" : \"Young people at risk\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#subtitle\" : [ {    \"@value\" : \"fighting AIDS in Northern Tanzania\"  } ]}, {  \"@id\" : \"_:node1frhft7hex79\",  \"@type\" : [ \"http://data.deichman.no/ontology#ClassificationEntry\" ],  \"http://data.deichman.no/ontology#hasClassificationNumber\" : [ {    \"@value\" : \"362.196979\"  } ]}, {  \"@id\" : \"_:node1frhft7hex8\",  \"@type\" : [ \"http://data.deichman.no/ontology#Publication\" ],  \"http://data.deichman.no/ontology#contributor\" : [ {    \"@id\" : \"_:node1frhft7hex19\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#hasIdentifierInPrimaryCataloguingSource\" : [ {    \"@value\" : \"0260428\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#hasPlaceOfPublication\" : [ {    \"@id\" : \"_:node1frhft7hex13\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#isbn\" : [ {    \"@value\" : \"9788202325145\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#language\" : [ {    \"@id\" : \"http://lexvo.org/id/iso639-3/nob\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#mainTitle\" : [ {    \"@value\" : \"Sommer\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#numberOfPages\" : [ {    \"@value\" : \"271\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#publicationOf\" : [ {    \"@id\" : \"_:node1frhft7hex9\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#publicationYear\" : [ {    \"@value\" : \"2010\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#publishedBy\" : [ {    \"@value\" : \"Cappelen Damm\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#subtitle\" : [ {    \"@value\" : \"scener fra et provinsielt liv\"  } ]}, {  \"@id\" : \"_:node1frhft7hex80\",  \"@type\" : [ \"http://data.deichman.no/ontology#Place\" ],  \"http://data.deichman.no/ontology#prefLabel\" : [ {    \"@value\" : \"Oslo\"  } ]}, {  \"@id\" : \"_:node1frhft7hex81\",  \"@type\" : [ \"http://data.deichman.no/ontology#Person\" ],  \"http://data.deichman.no/ontology#bibsysId\" : [ {    \"@value\" : \"90810034\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#catalogueName\" : [ {    \"@value\" : \"Biswalo, Paul M.\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#name\" : [ {    \"@value\" : \"Paul M. 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Omtalen er utarbeidet av BS.\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#subject\" : [ {    \"@id\" : \"_:node1frhft7hex91\"  }, {    \"@id\" : \"_:node1frhft7hex92\"  }, {    \"@id\" : \"_:node1frhft7hex93\"  }, {    \"@id\" : \"_:node1frhft7hex94\"  } ]}, {  \"@id\" : \"_:node1frhft7hex89\",  \"@type\" : [ \"http://data.deichman.no/ontology#Person\" ],  \"http://data.deichman.no/ontology#bibsysId\" : [ {    \"@value\" : \"1615360582051\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#birthYear\" : [ {    \"@value\" : \"1985\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#catalogueName\" : [ {    \"@value\" : \"Johnson, George M.\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#name\" : [ {    \"@value\" : \"George M. 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J.M. Coetzee er født i Sør-Afrika i 1940 og har de seneste årene undervist i litteratur ved universitetet i Cape Town. Han er nå bosatt i Australia. En rekke av hans romaner er utgitt på norsk. 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Han har vunnet flere høythengende priser, blant annet to ganger Booker-prisen og i 2003 Nobelprisen i litteratur.\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#isRelatedTo\" : [ {    \"@id\" : \"_:node1frhfn04rx42\"  }, {    \"@id\" : \"_:node1frhfn04rx47\"  }, {    \"@id\" : \"_:node1frhfn04rx51\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#language\" : [ {    \"@id\" : \"http://lexvo.org/id/iso639-3/eng\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#subject\" : [ {    \"@id\" : \"_:node1frhfn04rx36\"  } ]}, {  \"@id\" : \"_:node1frhfn04rx33\",  \"@type\" : [ \"http://data.deichman.no/ontology#Person\" ],  \"http://data.deichman.no/ontology#bibsysId\" : [ {    \"@value\" : \"90114178\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#birthYear\" : [ {    \"@value\" : \"1940\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#catalogueName\" : [ {    \"@value\" : \"Coetzee, John M.\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#name\" : [ {    \"@value\" : \"John M. 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Biswalo and Aud Talle. Scandinavian University Press, 1995. 243 s. ISBN 82-00-22698-0 Blant de afrikanske land er det Tanzania som har rapportert flest tilfeller av AIDS til WHO. Siden 1989 har det tanzaniansk-norske AIDS-prosjektet kartlagt HIV-og AIDS-epidemien i nord-Tanzania og funnet kulturelle, sosiologiske og psykologiske faktorer som påvirker epedemiens utvikling, samt utviklet og evaluert forebyggende planer. Denne boka fokuserer på unge mennesker, siden disse er særlig utsatt for smitterisiko. Den har en multi- faglig tilnærming til løsing av problemene. Den vil være nyttig for alle somdriver med AIDS-forskning, behandling og U-hjelpsarbeid generelt.\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#mainTitle\" : [ {    \"@value\" : \"Young people at risk\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#subtitle\" : [ {    \"@value\" : \"fighting AIDS in Northern Tanzania\"  } ]}, {  \"@id\" : \"_:node1frhfn04rx78\",  \"@type\" : [ \"http://data.deichman.no/ontology#ClassificationEntry\" ],  \"http://data.deichman.no/ontology#hasClassificationNumber\" : [ {    \"@value\" : \"362.196979\"  } ]}, {  \"@id\" : \"_:node1frhfn04rx79\",  \"@type\" : [ \"http://data.deichman.no/ontology#Place\" ],  \"http://data.deichman.no/ontology#prefLabel\" : [ {    \"@value\" : \"Oslo\"  } ]}, {  \"@id\" : \"_:node1frhfn04rx8\",  \"@type\" : [ \"http://data.deichman.no/ontology#Work\" ],  \"http://data.deichman.no/ontology#biography\" : [ {    \"@id\" : \"http://data.deichman.no/biography#biographicalContent\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#contributor\" : [ {    \"@id\" : \"_:node1frhfn04rx11\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#fictionNonfiction\" : [ {    \"@id\" : \"http://data.deichman.no/fictionNonfiction#fiction\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#genre\" : [ {    \"@id\" : \"_:node1frhfn04rx15\"  }, {    \"@id\" : \"_:node1frhfn04rx16\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#hasClassification\" : [ {    \"@id\" : \"_:node1frhfn04rx9\"  } ],  \"http://data.deichman.no/ontology#hasSummary\" : [ {    \"@value\" : \"Sommer er J. 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            var parser = Rio.createParser(RDFFormat.JSONLD);
            parser.setRDFHandler(new StatementCollector(model1));
            parser.parse(new StringReader(json1));

            parser.setRDFHandler(new StatementCollector(model2));
            parser.parse(new StringReader(json2));

            assert Models.isomorphic(model1, model2);

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[hmottestad]

Thanks for reporting this!

I've found out that we can parse the same jsonld data twice and get the same issue with isomorphism. I'm not sure what is going on, but I have a hunch that is has something to do with the JSON-LD parser.

First thing we need to do is to narrow down the example to something a bit more manageable. Any chance you could help with that?

Would also love to hear about what you are working on over at Deichmann. I've worked with Difi on eInnsyn and with Brreg on Fellesdatakatalog and I think that Veronika @veleda worked with Deichmann at some point.

[hmottestad]

public static void main(String[] args) throws IOException, InterruptedException {
        var json1 = "{\n" +
            "  \"@graph\": [\n" +
            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex43\",\n" +
            "      \"@type\": \"http://data.deichman.no/ontology#WorkRelation\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#hasRelationType\": {\n" +
            "        \"@id\": \"http://data.deichman.no/relationType#relatedWork\"\n" +
            "      },\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#work\": {\n" +
            "        \"@id\": \"_:node1frhft7hex44\"\n" +
            "      }\n" +
            "    },\n" +
            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex44\",\n" +
            "      \"@type\": \"http://data.deichman.no/ontology#Work\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#contributor\": {\n" +
            "        \"@id\": \"_:node1frhft7hex46\"\n" +
            "      },\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#mainTitle\": \"Summertime\"\n" +
            "    },\n" +
            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex46\",\n" +
            "      \"@type\": [\n" +
            "        \"http://data.deichman.no/ontology#MainEntry\",\n" +
            "        \"http://data.deichman.no/ontology#Contribution\"\n" +
            "      ],\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#agent\": {\n" +
            "        \"@id\": \"_:node1frhft7hex45\"\n" +
            "      },\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#role\": {\n" +
            "        \"@id\": \"http://data.deichman.no/role#author\"\n" +
            "      }\n" +
            "    },\n" +
            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex48\",\n" +
            "      \"@type\": \"http://data.deichman.no/ontology#WorkRelation\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#hasRelationType\": {\n" +
            "        \"@id\": \"http://data.deichman.no/relationType#relatedWork\"\n" +
            "      },\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#work\": {\n" +
            "        \"@id\": \"_:node1frhft7hex49\"\n" +
            "      }\n" +
            "    },\n" +
            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex49\",\n" +
            "      \"@type\": \"http://data.deichman.no/ontology#Work\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#contributor\": {\n" +
            "        \"@id\": \"_:node1frhft7hex51\"\n" +
            "      },\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#mainTitle\": \"Summertime\"\n" +
            "    },\n" +
            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex5\",\n" +
            "      \"@type\": \"http://data.deichman.no/ontology#Contribution\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#agent\": {\n" +
            "        \"@id\": \"_:node1frhft7hex4\"\n" +
            "      },\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#role\": {\n" +
            "        \"@id\": \"http://data.deichman.no/role#director\"\n" +
            "      }\n" +
            "    },\n" +
            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex50\",\n" +
            "      \"@type\": \"http://data.deichman.no/ontology#Person\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#bibsysId\": \"90114178\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#birthYear\": \"1940\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#catalogueName\": \"Coetzee, John M.\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#name\": \"John M. Coetzee\"\n" +
            "    },\n" +
            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex51\",\n" +
            "      \"@type\": [\n" +
            "        \"http://data.deichman.no/ontology#MainEntry\",\n" +
            "        \"http://data.deichman.no/ontology#Contribution\"\n" +
            "      ],\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#agent\": {\n" +
            "        \"@id\": \"_:node1frhft7hex50\"\n" +
            "      },\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#role\": {\n" +
            "        \"@id\": \"http://data.deichman.no/role#author\"\n" +
            "      }\n" +
            "    },\n" +
            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex52\",\n" +
            "      \"@type\": \"http://data.deichman.no/ontology#WorkRelation\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#hasRelationType\": {\n" +
            "        \"@id\": \"http://data.deichman.no/relationType#continuationOf\"\n" +
            "      },\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#work\": {\n" +
            "        \"@id\": \"_:node1frhft7hex53\"\n" +
            "      }\n" +
            "    },\n" +
            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex53\",\n" +
            "      \"@type\": \"http://data.deichman.no/ontology#Work\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#mainTitle\": \"Ungdom\"\n" +
            "    },\n" +
            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex54\",\n" +
            "      \"@type\": \"http://data.deichman.no/ontology#Publication\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#contributor\": [\n" +
            "        {\n" +
            "          \"@id\": \"_:node1frhft7hex57\"\n" +
            "        },\n" +
            "        {\n" +
            "          \"@id\": \"_:node1frhft7hex59\"\n" +
            "        }\n" +
            "      ],\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#hasIdentifierInPrimaryCataloguingSource\": \"0135686\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#language\": {\n" +
            "        \"@id\": \"http://lexvo.org/id/iso639-3/nob\"\n" +
            "      },\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#publicationOf\": {\n" +
            "        \"@id\": \"_:node1frhft7hex55\"\n" +
            "      }\n" +
            "    },\n" +
            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex55\",\n" +
            "      \"@type\": \"http://data.deichman.no/ontology#Work\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#audience\": {\n" +
            "        \"@id\": \"http://data.deichman.no/audience#juvenile\"\n" +
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            "      \"http://data.deichman.no/ontology#fictionNonfiction\": {\n" +
            "        \"@id\": \"http://data.deichman.no/fictionNonfiction#fiction\"\n" +
            "      },\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#isRelatedTo\": [\n" +
            "        {\n" +
            "          \"@id\": \"_:node1frhft7hex61\"\n" +
            "        },\n" +
            "        {\n" +
            "          \"@id\": \"_:node1frhft7hex66\"\n" +
            "        }\n" +
            "      ]\n" +
            "    },\n" +
            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex56\",\n" +
            "      \"@type\": \"http://data.deichman.no/ontology#Person\",\n" +
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            "      \"http://data.deichman.no/ontology#birthYear\": \"1939\",\n" +
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            "      \"http://data.deichman.no/ontology#name\": \"Solveig Bøhle\"\n" +
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            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex57\",\n" +
            "      \"@type\": \"http://data.deichman.no/ontology#Contribution\",\n" +
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            "        \"@id\": \"_:node1frhft7hex56\"\n" +
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            "        \"@id\": \"http://data.deichman.no/role#director\"\n" +
            "      }\n" +
            "    },\n" +
            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex58\",\n" +
            "      \"@type\": \"http://data.deichman.no/ontology#Person\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#bibsysId\": \"3046139\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#catalogueName\": \"Hellem, Terje\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#name\": \"Terje Hellem\"\n" +
            "    },\n" +
            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex59\",\n" +
            "      \"@type\": \"http://data.deichman.no/ontology#Contribution\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#agent\": {\n" +
            "        \"@id\": \"_:node1frhft7hex58\"\n" +
            "      },\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#role\": {\n" +
            "        \"@id\": \"http://data.deichman.no/role#director\"\n" +
            "      }\n" +
            "    },\n" +
            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex6\",\n" +
            "      \"@type\": \"http://data.deichman.no/ontology#Person\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#bibsysId\": \"1533887388192\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#catalogueName\": \"Rossing, Paul M.\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#name\": \"Paul M. Rossing\"\n" +
            "    },\n" +
            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex60\",\n" +
            "      \"@type\": \"http://data.deichman.no/ontology#Person\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#bibsysId\": \"90148055\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#birthYear\": \"1899\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#catalogueName\": \"White, Elwyn Brooks\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#deathYear\": \"1985\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#name\": \"Elwyn Brooks White\"\n" +
            "    },\n" +
            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex61\",\n" +
            "      \"@type\": \"http://data.deichman.no/ontology#WorkRelation\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#hasRelationType\": {\n" +
            "        \"@id\": \"http://data.deichman.no/relationType#relatedWork\"\n" +
            "      },\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#work\": {\n" +
            "        \"@id\": \"_:node1frhft7hex62\"\n" +
            "      }\n" +
            "    },\n" +
            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex62\",\n" +
            "      \"@type\": \"http://data.deichman.no/ontology#Work\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#contributor\": {\n" +
            "        \"@id\": \"_:node1frhft7hex64\"\n" +
            "      },\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#mainTitle\": \"Stuart M\"\n" +
            "    },\n" +
            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex63\",\n" +
            "      \"@type\": \"http://data.deichman.no/ontology#Person\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#bibsysId\": \"90148055\",\n" +
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            "    {\n" +
            "      \"@id\": \"_:node1frhft7hex99\",\n" +
            "      \"@type\": \"http://data.deichman.no/ontology#Genre\",\n" +
            "      \"http://data.deichman.no/ontology#prefLabel\": \"Essay\"\n" +
            "    }\n" +
            "  ]\n" +
            "}";

        boolean isomorphic;
        do {
            Model model1 = Rio.parse(new StringReader(json1), RDFFormat.JSONLD);
            Model model2 = Rio.parse(new StringReader(json1), RDFFormat.JSONLD);

             isomorphic = Models.isomorphic(model1, model2);
            System.out.println(isomorphic);

        }while (isomorphic);

    }

[abrokenjester]

I've managed to reproduce the same problem using an N-Triples conversion of the original JSON-LD data - so it looks as if this is not a parsing issue, or at least not a parsing issue specific to the JSON-LD format.

[abrokenjester]

Also determined that using the deprecated Models.legacyIsormorphic algorithm does not have this problem. So that points to an issue with the new algorithm implementation. It would be really useful if we could reduce this to a minimal example.

[atomcat1978]

Thanks for the soon reply and sorry for my late one. I'll check the fix, and hopefully can skip Jena for isomorphic check in our tests :)