海南SIF--by李宁

[kongdd]

library(phenofit)

setwd('.') # 路径
dd<-read.table('Hainan_SIF_1sp.txt',header=T)
dd$fDate<-as.Date(dd$fDate)  # 转为日期类型
#### 从SIF中提取物候
## 1、预处理
InputSIF1<-check_input(dd$fDate,dd$sif1,nptperyear = 46, south = FALSE,maxgap = 46/4, alpha = 0.02, wmin = 0.2)
plot_input(InputSIF1)  # 查看输入数据
## 2、生长季划分（粗拟合、更新权重）
rFun<-'smooth_wWHIT'  # 粗拟合方法，包括：smooth_wHANTS，smooth_wSG，smooth_wWHIT（推荐）
wFun<-'wTSM'  # 更新权重方法，包括：wSELF,wTSM（推荐）,wBisquare0（推荐）,wBisquare（推荐）,wChen,wKong
brks2<-season_mov(InputSIF1,options=list(rFun=rFun,wFun=wFun,r_min=0.05,ypeak_min=0.05,lambda=10,verbose=F))
## plot_season(InputSIF1,brks2,dd)  # 这里会报错，Error in plot.window(...) : 'xlim'值不对
## 3、精拟合（包含更新权重）
fit <- curvefits(InputSIF1, brks2,options = list(methods = c("AG", "Beck", "Elmore", "Zhang"),wFUN = wFun,nextend = 2, maxExtendMonth = 2, minExtendMonth = 1, minPercValid = 0.2))
## 4、提取模拟结果
r_param = get_param(fit)
r_pheno = get_pheno(fit)
r_gof = get_GOF(fit)
d_fit = get_fitting(fit)
g <- plot_curvefits(d_fit, brks2)
grid::grid.newpage(); grid::grid.draw(g)

存在问题：

2、在运行完“生长季划分”并制图时，会报错（代码：plot_season(InputSIF1,brks2,dd) #Error in plot.window(...) : 'xlim'值不对），可能是我数据的问题，但是我和“CA_NS6”数据对照，没有发现问题在哪里。 3、个别年份没有物候信息，如2005年，2006年，2012年，2013年和2017年，是否可以通过调参把没有物候信息的年份弄出来，需要用到哪些参数。 4、单个物候站点的模拟参数如何应用到栅格数据集，做面尺度的物候提取。

Data link

Hainan_SIF_1sp.txt

[kongdd]

library(phenofit)
library(data.table)
library(dplyr)

## 
## Attaching package: 'dplyr'

## The following objects are masked from 'package:data.table':
## 
##     between, first, last

## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag

## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

df = fread("E:/Hainan_SIF_1sp.txt") %>% 
  rename(t = Date, y = SIF)
df$t <- as.Date(df$t)  # 转为日期类型

#### 从SIF中提取物候
## 1、预处理
inputs <-check_input(df$t, df$y, nptperyear = 46, south = FALSE,
                       maxgap = 46/4, alpha = 0.02, wmin = 0.2)
plot_input(inputs)  # 查看输入数据

## 2、生长季划分（粗拟合、更新权重）
rFun<-'smooth_wWHIT'  # 粗拟合方法，包括：smooth_wHANTS，smooth_wSG，smooth_wWHIT（推荐）
wFun<-'wTSM'  # 更新权重方法，包括：wSELF,wTSM（推荐）,wBisquare0（推荐）,wBisquare（推荐）,wChen,wKong
brks2 <- season_mov(inputs,options=list(rFun=rFun,wFun=wFun,
                                         r_min=0.00, ypeak_min=0.05, lambda=NULL,verbose=F))
plot_season(inputs, brks2, df)  # 这里会报错，Error in plot.window(...) : 'xlim'值不对

## 3、精拟合（包含更新权重）
fit <- curvefits(inputs, brks2,
                 options = list(methods = c("AG", "Beck", "Elmore", "Zhang"),
                                wFUN = wFun,nextend = 2, 
                                maxExtendMonth = 2, minExtendMonth = 1, minPercValid = 0.2))
## 4、提取模拟结果
r_param = get_param(fit)
r_pheno = get_pheno(fit)
r_gof = get_GOF(fit)
d_fit = get_fitting(fit)

g <- plot_curvefits(d_fit, brks2)
grid::grid.newpage(); grid::grid.draw(g)

## save fig using Ipaper
# Ipaper::write_fig(g, "curvefit.pdf", 10, 6)

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问题已解决