Unités abondances/concentrations/biovolume

jiho commented 5 years ago

Si je lis bien, actuellement

Dans le code / la base

Sont calculés

des nombres de particules et de plancton (unité = #)
des esd (unité = mm)
des biovolumes = volume des particules / du plancton (unité = mm3)

Voici le code pour les particules https://github.com/oceanomics/ecotaxa_dev/blob/f33dab7b10c4b04a408d8540a1526cb1865bfd64/appli/part/uvp_sample_import.py#L367-L369

https://github.com/oceanomics/ecotaxa_dev/blob/f33dab7b10c4b04a408d8540a1526cb1865bfd64/appli/part/uvp_sample_import.py#L380-L385

et pour le plancton https://github.com/oceanomics/ecotaxa_dev/blob/f33dab7b10c4b04a408d8540a1526cb1865bfd64/appli/part/uvp_sample_import.py#L563-L567

https://github.com/oceanomics/ecotaxa_dev/blob/f33dab7b10c4b04a408d8540a1526cb1865bfd64/appli/part/uvp_sample_import.py#L577-L581

À l'export

Pour les particules, nous avons

des concentrations de particules (unité = # l-1)
des biovolumes (unité = mm3 au lieu de mm3 l-1)

Les biovolumes sont marqués en mm3 l-1 dans l'en-tête, mais si je lis bien le code ce n'est pas le cas. Export réduit ODV: https://github.com/oceanomics/ecotaxa_dev/blob/f33dab7b10c4b04a408d8540a1526cb1865bfd64/appli/tasks/taskpartexport.py#L127-L128

L157 pour export réduit TSV + L415 et L444 pour l'export détaillé.

Pour le plancton nous avons

des concentrations d'organismes (unité = # m-3, ce qui diffère des particules)
des biovolumes dans des unités différentes
des esd moyens (unité = mm)

Le code:

ODV réduit: biovolume mm3 l-1 https://github.com/oceanomics/ecotaxa_dev/blob/f33dab7b10c4b04a408d8540a1526cb1865bfd64/appli/tasks/taskpartexport.py#L271-L279

TSV réduit: biovolume mm3 https://github.com/oceanomics/ecotaxa_dev/blob/f33dab7b10c4b04a408d8540a1526cb1865bfd64/appli/tasks/taskpartexport.py#L319-L323

ODV détaillé: biovolume mm3 l-1 https://github.com/oceanomics/ecotaxa_dev/blob/f33dab7b10c4b04a408d8540a1526cb1865bfd64/appli/tasks/taskpartexport.py#L553-L560

TSV détaillé: biovolume mm3 l-1 https://github.com/oceanomics/ecotaxa_dev/blob/f33dab7b10c4b04a408d8540a1526cb1865bfd64/appli/tasks/taskpartexport.py#L599-L606

mais https://github.com/oceanomics/ecotaxa_dev/blob/f33dab7b10c4b04a408d8540a1526cb1865bfd64/appli/tasks/taskpartexport.py#L318-L324

Conclusion

Il faut des unités homogènes partout : # l-1, mm3 l-1

Je ne suis pas certain d'avoir été exhaustif dans ma revue du code ci dessus. Il faut donc bien tout revoir.

picheral commented 5 years ago

A FAIRE donc tel qu'exprimé dans la conclusion !

picheral commented 5 years ago

Pages principale : sélection et affichage des graphes => unités OK Export REDUCED TSV et ODV (Zoo et LPM) => unités OK .... mais il y a un espace avant l'indication des unités pour depth et living (parfois) et pas pour les autres champs ! Export RAW => unités OK Exemple : Depth [m] Sampled volume[L] living[# m-3] living>duplicate[# m-3] LPM (>16.4 mm)[# l-1] LPM biovolume (256-323 µm)[mm3 l-1] duplicate(living) biovolume w/o children[mm3 l-1]

=> Il serait souhaitable de procéder à ces dernières petites corrections de format.

jiho commented 5 years ago

C'est encore incorrect. Les comptages sont encore en # m-3 à certains endroits et en # L-1 à d'autres. Merci de suivre la spécification.

grololo06 commented 4 years ago

On converge!

laurent-n commented 4 years ago

' # m-3 sur le zoo est ce qui à été spécifié (cf note MP du 29/4) suite à réunion tel, car ça faisait des valeurs peu lisibles, puisqu'il y a rarement beaucoup d'objet dans un m3. alors que sur les particules # l-1 est bien plus pertinent. Sur les graphiques c'est en # /m3 donc l'export est homogène avec le graphique

jiho commented 4 years ago

@laurent-n quel serait l'impact en terme de précision de tout mettre en l-1 ? A priori cela signifie /1000 par rapport au m-3, ce qui rajoute des décimales mais devrait rester dans des chiffres pas trop ridicules non? Si je ne me trompe pas, on est souvent à 1 ou 0.1 #.m-3 donc on passerait à 0.001 ou 0.0001, c'est gérable.

@picheral je suis évidemment d'accord sur le fait que les # ou mm3 . m-3 ont plus de sens pour les choses rares, mais ne serait-il pas plus simple de tout mettre en l-1 par souci de cohérence au niveau du fichier? C'est plus simple à expliquer aux utilisateurs non?

jiho commented 4 years ago

Suite à discussion ce jour:

Vérifier que les exports .odv et .tsv sont maintenant cohérents (une solution serait de fonctionnaliser le code pour faire les calculs une seule fois)
Vérifier que les unités dans les en tête des colonnes correspondent effectivement à ce qui est calculé
Laisser les unités des concentrations et biovolumes telles quelles (i.e. m-3 pour plancton, L-1 pour particules) jusqu'à modification éventuelle du fichier d'export; on changera les conventions à ce moment là (pour ne pas tout changer pour les utilisateurs maintenant).

picheral commented 4 years ago

Creation d'une nouvelle issue plus simple et limitée au changement des unités à réaliser lors de la refonte d'EcoPart Voir ecotaxa/ecopart#9

ecotaxa / ecopart