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emmakopp1 / phylogeny_trust

This project aims to validate (or invalidate) a phylogenetic tree estimation.
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Bounds ordonnés #10

Closed emmakopp1 closed 3 months ago

emmakopp1 commented 3 months ago

J'ai fait tourné ton fichier temp.R mais il y a quelque chose qui ne me parait pas cohérent sur le plot de ub_DS : La borne tends vers 0.9999875 or sur le fichier st_ctmc-strict-bd-fossilRemoved.log, on voit que le paramètre pi_0 est 0.942. Donc lorsque t est grand (20 environ), la borne devrait tendre vers 0.942. Or ce n'est pas le cas Qu'en penses-tu?

tpellard commented 3 months ago

Oui il y avait une erreur, merci. Il fait rajouter rowwise() avant le calcul des bornes pour que R fasse bien le calcul ligne par ligne.

Par contre le résultat n'est pas super et est difficile à interpréter. Vu que la borne tend toujours vers π₀ qui est toujours supérieur à 0.9, on ne sait pas trop quoi en dire

emmakopp1 commented 3 months ago

je n'ai rien d'actualisé dans mes figures sur le github

tpellard commented 3 months ago

Oui J'ai pas mis à jour le code des figures, je m'en occupe ce week-end

tpellard commented 3 months ago

Fait. J'ai mis les subsets bantous dans la meme figure pour voir, mais on peut les remettre à part aussi