Âges des arbres simulés

[tpellard]

L'article décrit qu'on a simulé des arbres d'âge de 1 à 17 millénaires, chacun des tree-sim-i.tree. Mais les âges moyens des résultats de beast sont assez différents:

family	pi0	pi1	t_R
1	0.5005173	0.4994827	4.087380
2	0.5009848	0.4990152	4.328674
3	0.5006531	0.4993469	4.131720
4	0.4982740	0.5017260	4.278868
5	0.5012455	0.4987545	4.145915
6	0.5013594	0.4986406	4.997658
7	0.5007808	0.4992192	6.714967
8	0.5003334	0.4996666	13.526969
9	0.4975249	0.5024751	15.235329
10	0.4995509	0.5004491	18.892063
11	0.5022454	0.4977546	19.789334
12	0.5021514	0.4978486	31.937666
13	0.5017466	0.4982534	21.720497
14	0.4997428	0.5002572	16.153669
15	0.5011629	0.4988371	27.604187
16	0.5015785	0.4984215	31.504883
17	0.4959604	0.5040396	21.971150

[emmakopp1]

Oui ils le sont. Cela peut être du au fait que dans les étude je n'ai mis qu'une seule calibration. Cependant étant donné que l'on cherche à reconstruire la topologie des noeuds profond, ce n'est pas vraiment un problème.

[tpellard]

Si on veut faire un diagramme des bornes sur les données simulées, on prend quel age? L'age connu ou l'age inféré?

[emmakopp1]

Je ne sais pas si cela a un intêret de faire des bornes sur les données simulés car le but est de montrer que l'on ne peut pas reconstruire la topologies profonde. Donc on vérifie empiriquement des résultats théoriques. Je ne vois pas ce que cela ajoute puisque de toute façon l'âge inféré est mauvais. Ou alors on fait varier l'age entre 0 et 20 aussi mais je ne sais pas