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emmakopp1 / phylogeny_trust

This project aims to validate (or invalidate) a phylogenetic tree estimation.
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Nouvelle borne ∆S #17

Closed emmakopp1 closed 2 months ago

emmakopp1 commented 2 months ago

Bonjour, J'ai implémenté la nouvelle borne pour calculer ∆S en prenant en compte les fossils compute_upperbound_DS_2. Malheureusement, elle nécessite de charger les arbres. Je ne suis pas sûre d'avoir le niveau pour modifier get_all_parameters dans temp.R, un peu d'aide serait la bienvenue... Bonne journée !

tpellard commented 2 months ago

Si je comprends bien le code, il faut les âges de chaque arbre de l'échantillon postérieur, c'est ça? On met un burn-in? Pour accélérer le code, or pourrait en fait lire les fichiers .trees, extraire les infos et les écrire dans un tableau qu'on réimporte ensuite. Comme ça on n'a pas besoin de réimporter à chaque fois les .trees

tpellard commented 2 months ago

Et cette fonction on va l'utiliser uniquement sur les résultats de modèles FBD ou bien elle a vocation à remplacer totalement la précédente?

emmakopp1 commented 2 months ago

Cette fonction sera utilisée pour ∆S qui utilisera exclusivement des modèles d'arbres FBD. Donc elle va remplacer compute_upperbound_DS.

Très bonne idée oui de lire les fichiers d'arbres. Je propose 20% de burnin si ce n'est pas déraisonnable niveau temp de calcul. Car la façon dont je l'ai faite c'était impossible j'ai fini par prendre uniquement le dernier arbre.