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emmakopp1 / phylogeny_trust

This project aims to validate (or invalidate) a phylogenetic tree estimation.
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compute_inf_t_DS() #22

Closed tpellard closed 1 month ago

tpellard commented 4 months ago

La définition de compute_inf_t_DS() dans 03_Transform.R incluait un paramètre N alors que la fonction compute_upperbound_DS() ne le prend pas en compte. J'ai considéré que c'était une erreur, et je l'ai enlevé (ça produisait une erreur).

Les âges obtenus pour $\inf_{t}{\Delta^S(t) = 1}$ sont beaucoup plus jeunes qu'avant, c'est normal?

family upper bound $\Delta^T(t_R)$ $\inf_{t}{\Delta^S(t) = 1}$ ancien $\inf_{t}{\Delta^S(t) = 1}$
Bantu 2.330635 4.099225 9.97
Bantu_subset 2.249598 3.785711 8.28
Bantu_subset2 2.203111 3.632298 7.42
ST 1.737712 2.557883 5.94
emmakopp1 commented 4 months ago

Oui c'est normal. Le calcul DS = sum_{v feuille de l'arbre} exp(-q*t(v)). TU peux remarquer que quand t(v) augmente, DS augmente. Puisqu'on a inclus les fossils, cela donne des longeur de branche (t(v)) plus courte et donc DS est plus petit. Si DS est plus petit, alors inf DS aussi. J'éspère que c'est plus clair

rgyalrong commented 4 months ago

Cela signifie néanmoins que pour le ST par exemple, toutes les reconstructions à des époques plus anciennes que 2500 avant le présent sont concernées, cela a-t-il une incidence sur la validité de nos méthodes ? C'est quelque chose que nous allons avoir besoin de discuter, mais il ne faut pas que cela puisse être utilisé pour critiquer injustement l'intérêt des méthodes phylogénétiques.

Le sam. 25 mai 2024 à 11:38, Kopp @.***> a écrit :

Oui c'est normal. Le calcul DS = sum_{v feuille de l'arbre} exp(-q*t(v)). TU peux remarquer que quand t(v) augmente, DS augmente. Puisqu'on a inclus les fossils, cela donne des longeur de branche (t(v)) plus courte et donc DS est plus petit. Si DS est plus petit, alors inf DS aussi. J'éspère que c'est plus clair

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-- Guillaume Jacques

Directeur de recherches CNRS (CRLAO) - EPHE- INALCO https://scholar.google.fr/citations?user=1XCp2-oAAAAJ&hl=fr https://langsci-press.org/catalog/book/295 http://cnrs.academia.edu/GuillaumeJacques http://panchr.hypotheses.org/

emmakopp1 commented 4 months ago

Oui, je propose que l'on attende de voir ce que ce la donne pour DT également. Quand j'en parlais avec Robin il y a plusieurs mois il me disait que de toute façon reconstruire un proto-language est ambitieux et que ça ne le choquait pas que ça soit compliqué au dela d'une limite jeune. Ca ne veut pas dire que ça invalide la méthode de reconstruction phylogénétique.

rgyalrong commented 4 months ago

Pour delta T, il me semble que tu n'as pas changé la formule, donc avons-nous des raisons de nous attendre à ce que les résultats soient significativement différents ?

La conclusion de l'article serait-elle que les reconstructions de la topologie peuvent être fiables, mais que par contre celles des états anciens ne l'est pas avec les méthodes actuelles ?

Le sam. 25 mai 2024 à 11:58, Kopp @.***> a écrit :

Oui, je propose que l'on attende de voir ce que ce la donne pour DT également. Quand j'en parlais avec Robin il y a plusieurs mois il me disait que de toute façon reconstruire un proto-language est ambitieux et que ça ne le choquait pas que ça soit compliqué au dela d'une limite jeune. Ca ne veut pas dire que ça invalide la méthode de reconstruction phylogénétique.

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-- Guillaume Jacques

Directeur de recherches CNRS (CRLAO) - EPHE- INALCO https://scholar.google.fr/citations?user=1XCp2-oAAAAJ&hl=fr https://langsci-press.org/catalog/book/295 http://cnrs.academia.edu/GuillaumeJacques http://panchr.hypotheses.org/

emmakopp1 commented 4 months ago

La preuve théorique est en rédaction (cf appendix du PLM latex). Je modifie la formule dès que la preuve est finie et définitive (pour éviter les allers-retours). Donc c'est normal que rien ai changé pour le moment