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emmakopp1 / phylogeny_trust

This project aims to validate (or invalidate) a phylogenetic tree estimation.
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Erreur à la lecture de iecor.nex #23

Closed tpellard closed 1 month ago

tpellard commented 1 month ago

Dans 01_Import.R le code get_nexus_parameters() plante sur iecor.nex:

 get_nexus_parameters(here("data/real/iecor_ctmc-strict-M1/iecor.nex"))

> Erreur dans cslEscaped[character_num, 2] : indice hors limites

Ça plante en fait dans la fonction à l'import du fichier avec ReadAsPhyDat() de TreeTools:

 ReadAsPhyDat(here("data/real/iecor_ctmc-strict-M1/iecor.nex"))

> Erreur dans cslEscaped[character_num, 2] : indice hors limites

C'est sans doute un problème de format du fichier nexus. En l'ouvrant à la main on voit qu'il n'est pas comme les autres, et c'est le seul à avoir la mention [ Generated by: CoBL ].

emmakopp1 commented 1 month ago

Problème reglé, j'ai modifié à la main le fichier .nexus en enlevant la partie characterlabels. J'ai peur que ça pose problème pour obtenir des informations trait par trait... Mais c'est le mieux que j'ai trouvé pour le moment.