search

emmakopp1 / phylogeny_trust

This project aims to validate (or invalidate) a phylogenetic tree estimation.
0 stars 0 forks source link

Incohérence dans le nombre des taxons de bantusubsample.nex #24

Closed tpellard closed 1 month ago

tpellard commented 1 month ago

Le fichier bantusubsample.nex indique qu'il devrait y avoir 108 taxons:

#NEXUS

begin data;
 dimensions ntax=108 nchar=3859;

Or la matrice du fichier ne comporte que 107 lignes. Ce qui peut provoquer une erreur quand on veut l'ouvrir:

library(here)
library(ape)
read.nexus.data(here("data/real/bantu_ctmc-strict-bd-subsample/bantusubsample.nex"))

> ntax: 108 differ from actual number of taxa in file?
Erreur dans read.nexus.data(here("data/real/bantu_ctmc-strict-bd-subsample/bantusubsample.nex")) : 
  nexus parser did not read names correctly (tot.ntax!=0)
emmakopp1 commented 1 month ago

tu peux pull c'est bon normalement