emmakopp1 / phylogeny_trust

This project aims to validate (or invalidate) a phylogenetic tree estimation.
0 stars 0 forks source link

ub_ds vs ub_ds2 #26

Closed emmakopp1 closed 1 month ago

emmakopp1 commented 1 month ago

J'ai compris pourquoi il y avait une incohérence entre la borne et l'inf sur la borne.

Dans ub_DS : l'argument age est une liste avec l'âge de toute les feuilles des arbres.

Dans compute_inf_DS : on trouve le t minimum tel que notre borne est égale à 1. Dans ce cas t est un réel et non une liste de multiples âge. Par conséquent on suppose dans ce calcul que toute les feuilles ont le même âge (égal à t).

Pour résumer, dans la table bounds_real_tb, la colonne ub_DS considère une liste d'âges différent (cas qui inclue les fossils). Dans la colonne inf_t_DS on est dans le cas ou chaque feuille à le même âge (pas de fossils).

J'ai donc ajouté une colonne ub_DS2 qui corresond au cas où on calcul la borne sur un arbre sans fossils. C'est donc le même calcul que pour l'inf et remarque que les résultats sont cohérents : lorsque inf_t_DS < t_R, ub_DS2 < 1.

J'éspère que cela est plus clair. Je propose donc d'intégrer les deux borne et de les nommer ub_DS_BD et ub_DS_FBD. Qu'en penses-tu ? Je suis disponible par zoom quand tu le souhaites si ce n'est pas clair